BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163K16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 50,618,657 - 50,770,958
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC227885
Upstream geneKif5c, 2310010M24Rik, Lypd6, 2010311D03Rik, LOC666781
Downstream geneRnd3, LOC666802, LOC666810, LOC100041614, Tas2r134, LOC433426, Ppia-ps2_635.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163K16.bB6Ng01-163K16.g
ACCDH956196DH956197
length1,113852
definitionDH956196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K16, 5' end.DH956197|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,618,657 - 50,619,784)(50,770,108 - 50,770,958)
sequence
gaattcattagttctgatgatatgtgtttaccataaaagccacatttaag
actaattccactctagttttcacaaaaattagtctggggattatgagaag
gaagattaatctaggtgttaaatacaccattaagatagagtgggctgagt
gaaccatctgtgttgtagagtacagataaacccatagcttccttcactag
agatctcagtgtgcataaggtgaagatttcaaaaaaaaggaatgaagaag
aaccttccaaaatgcagacctgggcttgagaccttcttggtctgtaacac
tacttggttgttctgtgagaatgggaccctcctccagtaactacaaggga
aatgcaagttaagacccacaatgagataggacagcgatagtaacaaaaca
caagagacaataaatatcaagaatgtgcagactgtgtgggattcttgaaa
acctaagcactatgcagtgctatgcaaaacattgctaagatacaggatca
actaacatgtcaccagtggagaaatggataaagaaaatgtggtagactgt
gcataaaacaatacaattctgcctttaaaaaaataaaacatcagtcagct
acagcaaggccgatgaacctgggccacttgccacagtccagagctaagct
gaggacaagcactgaaggtgagctccttacactggtagtgagcagaatgg
gcaccagagccatgagagagctggtgggactgaaacgacttttgatcaag
gacaaaacgtttcatctggacaacaggaaataatttaagttcctattgta
taaaataggtgactgtgggtagctaatcacttagtctattcttgaaatgc
tgagatttcatttgaaggttctcattacaaaacaaaaacaaaacaaacac
ctctaagtatgtgaggccaaacattaattggtactatttatccagtctgc
attgtgtacatatattccattatgtataaattacaaatgtattaacattg
atccattaaaacataagtatcagggctgcaataccaaatcaatttaaaaa
atttttttcatttttattaggtattcgctcattacattgcatgctatacc
aaagtcccatagc
gaattctaatattacaagctaaagagggatagagatgtgccgtgggaaca
cccaagcttggatgggatgggtccaagttattctgaagcaatgcttccca
gaagtgacgcctccctgggctttcccatctctatgaaacagagttccaaa
accactcaaaggctgcctggcctataaagggataactgactgatcataag
gatgctaaatgttgggagtaggctaaaatatcactatagagaagaaaggg
catgttgagccatgccaatggcagcaattctcagtggagccacagcaaga
cagccatctctcaacacaagcagtagcatcggggtttcattactaccatg
ggagtcctgagtgtctccaactcttattctcaagggttagctctggatgc
cagtgatttcttgtctctgtgtggccatgttttcaggattccaggtggcc
tctttggttgtgatgtgccgggacaaactgagaaattgaggtatcttaca
agtatatcagatgacttgtgggagagctgttggagggatttttctcttac
taccttgagggcattcctcaatcatagagaaatagaaagcaaaagcaaaa
acaacccagctgttatgtttacctcagtcaagcttatgattgagataaaa
aaaaaatgatttctttggaaaggaatcctaaaaaccctgggcaactctta
gcctaggcttgagttctaaaacccaaactggtagttgatgaatacaagat
actagttaactaacactcaagaaataagtgccagaaagcagatttttttt
ttctcagcaaaagtggctcagtattttttcatgggggcgggggggggggg
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_50618657_50619784
seq2: B6Ng01-163K16.b_45_1157

seq1  GAATTCATTAGTTCTGATGATATGTGTTTACCATAAAAGCCACATTTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGTTCTGATGATATGTGTTTACCATAAAAGCCACATTTAAG  50

seq1  ACTAATTCCACTCTAGTTTTCACAAAAATTAGTCTGGGGATTATGAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTCCACTCTAGTTTTCACAAAAATTAGTCTGGGGATTATGAGAAG  100

seq1  GAAGATTAATCTAGGTGTTAAATACACCATTAAGATAGAGTGGGCTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTAATCTAGGTGTTAAATACACCATTAAGATAGAGTGGGCTGAGT  150

seq1  GAACCATCTGTGTTGTAGAGTACAGATAAACCCATAGCTTCCTTCACTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATCTGTGTTGTAGAGTACAGATAAACCCATAGCTTCCTTCACTAG  200

seq1  AGATCTCAGTGTGCATAAGGTGAAGATTTCAAAAAAAAGGAATGAAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCAGTGTGCATAAGGTGAAGATTTCAAAAAAAAGGAATGAAGAAG  250

seq1  AACCTTCCAAAATGCAGACCTGGGCTTGAGACCTTCTTGGTCTGTAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTCCAAAATGCAGACCTGGGCTTGAGACCTTCTTGGTCTGTAACAC  300

seq1  TACTTGGTTGTTCTGTGAGAATGGGACCCTCCTCCAGTAACTACAAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTTGTTCTGTGAGAATGGGACCCTCCTCCAGTAACTACAAGGGA  350

seq1  AATGCAAGTTAAGACCCACAATGAGATAGGACAGCGATAGTAACAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAGTTAAGACCCACAATGAGATAGGACAGCGATAGTAACAAAACA  400

seq1  CAAGAGACAATAAATATCAAGAATGTGCAGACTGTGTGGGATTCTTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGACAATAAATATCAAGAATGTGCAGACTGTGTGGGATTCTTGAAA  450

seq1  ACCTAAGCACTATGCAGTGCTATGCAAAACATTGCTAAGATACAGGATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGCACTATGCAGTGCTATGCAAAACATTGCTAAGATACAGGATCA  500

seq1  ACTAACATGTCACCAGTGGAGAAATGGATAAAGAAAATGTGGTAGACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACATGTCACCAGTGGAGAAATGGATAAAGAAAATGTGGTAGACTGT  550

seq1  GCATAAAACAATACAATTCTGCCTTTAAAAAAATAAAACATCAGTCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAAACAATACAATTCTGCCTTTAAAAAAATAAAACATCAGTCAGCT  600

seq1  ACAGCAAGGCCGATGAACCTGGGCCACTTGCCACAGTCCAGAGCTAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAGGCCGATGAACCTGGGCCACTTGCCACAGTCCAGAGCTAAGCT  650

seq1  GAGGACAAGCACTGAAGGTGAGCTCCTTACACTGGTAGTGAGCAGAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAAGCACTGAAGGTGAGCTCCTTACACTGGTAGTGAGCAGAATGG  700

seq1  GCACCAGAGCCATGAGAGAGCTGGTGGGACTGAAACGACTTTTGATCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGAGCCATGAGAGAGCTGGTGGGACTGAAACGACTTTTGATCAAG  750

seq1  GACAAAACGTTTCATCTGGACAACAGGAAATAATTTAAGTTCCTATTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAACGTTTCATCTGGACAACAGGAAATAATTTAAGTTCCTATTGTA  800

seq1  TAAAATAGGTGACTGTGGGTAGCTAATCACTTAGTCTATTCTTGAAATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGGTGACTGTGGGTAGCTAATCACTTAGTCTATTCTTGAAATGC  850

seq1  TGAGATTTCATTTGAAGGTTCTCATTACAAAACAAAAACAAAACAAAACA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAGATTTCATTTGAAGGTTCTCATTACAAAACAAAAACAAAAC-AAACA  899

seq1  CCTCTAAGTATGTGAGGCCAAACATTAATTGGTACTATTTATCCAGTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGTATGTGAGGCCAAACATTAATTGGTACTATTTATCCAGTCTG  949

seq1  CATTGTGTACATATATTCCATTATGTTATAAATTACAAATGTATTAACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTACATATATTCCATTATG-TATAAATTACAAATGTATTAACAT  998

seq1  TGATCCATTAAAACATAAGTATTCAGGGCTGCAAATACAAATCCATTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  || ||||
seq2  TGATCCATTAAAACATAAGTA-TCAGGGCTGC-AATACCAAATCAATTTA  1046

seq1  AAATATTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTCGCTCATTTACATTTG  1100
      ||| ||||||||   || ||||||||||||| |||||||| ||||| |||
seq2  AAAAATTTTTTT---CA-TTTTTATTAGGTA-TTCGCTCA-TTACA-TTG  1089

seq1  CAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATAGC  1128
      | |||||||||| |||||  ||||||||
seq2  C-ATGCTATACC-AAAGT--CCCATAGC  1113

seq1: chr2_50770108_50770958
seq2: B6Ng01-163K16.g_68_919 (reverse)

seq1  CA-CCCCCCCCCCCGCCCCCATGAAAAAATACTGAGCCACTTTTGCTGAG  49
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCCCCCCCGCCCCCATGAAAAAATACTGAGCCACTTTTGCTGAG  50

seq1  AAAAAAAAAATCTGCTTTCTGGCACTTATTTCTTGAGTGTTAGTTAACTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATCTGCTTTCTGGCACTTATTTCTTGAGTGTTAGTTAACTA  100

seq1  GTATCTTGTATTCATCAACTACCAGTTTGGGTTTTAGAACTCAAGCCTAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTGTATTCATCAACTACCAGTTTGGGTTTTAGAACTCAAGCCTAG  150

seq1  GCTAAGAGTTGCCCAGGGTTTTTAGGATTCCTTTCCAAAGAAATCATTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAGTTGCCCAGGGTTTTTAGGATTCCTTTCCAAAGAAATCATTTT  200

seq1  TTTTTTATCTCAATCATAAGCTTGACTGAGGTAAACATAACAGCTGGGTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATCTCAATCATAAGCTTGACTGAGGTAAACATAACAGCTGGGTT  250

seq1  GTTTTTGCTTTTGCTTTCTATTTCTCTATGATTGAGGAATGCCCTCAAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGCTTTTGCTTTCTATTTCTCTATGATTGAGGAATGCCCTCAAGG  300

seq1  TAGTAAGAGAAAAATCCCTCCAACAGCTCTCCCACAAGTCATCTGATATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGAGAAAAATCCCTCCAACAGCTCTCCCACAAGTCATCTGATATA  350

seq1  CTTGTAAGATACCTCAATTTCTCAGTTTGTCCCGGCACATCACAACCAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAGATACCTCAATTTCTCAGTTTGTCCCGGCACATCACAACCAAA  400

seq1  GAGGCCACCTGGAATCCTGAAAACATGGCCACACAGAGACAAGAAATCAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCACCTGGAATCCTGAAAACATGGCCACACAGAGACAAGAAATCAC  450

seq1  TGGCATCCAGAGCTAACCCTTGAGAATAAGAGTTGGAGACACTCAGGACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCCAGAGCTAACCCTTGAGAATAAGAGTTGGAGACACTCAGGACT  500

seq1  CCCATGGTAGTAATGAAACCCCGATGCTACTGCTTGTGTTGAGAGATGGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGTAGTAATGAAACCCCGATGCTACTGCTTGTGTTGAGAGATGGC  550

seq1  TGTCTTGCTGTGGCTCCACTGAGAATTGCTGCCATTGGCATGGCTCAACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGCTGTGGCTCCACTGAGAATTGCTGCCATTGGCATGGCTCAACA  600

seq1  TGCCCTTTCTTCTCTATAGTGATATTTTAGCCTACTCCCAACATTTAGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTCTTCTCTATAGTGATATTTTAGCCTACTCCCAACATTTAGCA  650

seq1  TCCTTATGATCAGTCAGTTATCCCTTTATAGGCCAGGCAGCCTTTGAGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGATCAGTCAGTTATCCCTTTATAGGCCAGGCAGCCTTTGAGTG  700

seq1  GTTTTGGAACTCTGTTTCATAGAGATGGGAAAGCCCAGGGAGGCGTCACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGAACTCTGTTTCATAGAGATGGGAAAGCCCAGGGAGGCGTCACT  750

seq1  TCTGGGAAGCATTGCTTCAGAATAACTTGGACCCATCCCATCCAAGCTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAAGCATTGCTTCAGAATAACTTGGACCCATCCCATCCAAGCTTG  800

seq1  GGTGTTCCCACGGCACATCTCTATCCCTCTTTAGCTTGTAATATTAGAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTCCCACGGCACATCTCTATCCCTCTTTAGCTTGTAATATTAGAAT  850

seq1  TC  851
      ||
seq2  TC  852