BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165K23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 20,448,601 - 20,585,335
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEtl4
Upstream gene4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609
Downstream geneArhgap21, LOC433408, LOC675912, C130046B21Rik, 4933434I06Rik, Thnsl1, Gpr158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165K23.bB6Ng01-165K23.g
ACCDH957677DH957678
length1,021964
definitionDH957677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165K23, 5' end.DH957678|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,584,311 - 20,585,335)(20,448,601 - 20,449,556)
sequence
gaattcagttgttttctgcattgacctctcatcttatcccctcttctcct
gactccacctggctgcaaacacaagtagtattacgtgaaatccttaaaaa
gttggaacacagtacacaaaacactagcacagagggcaaggagatctaca
ctctgtaatctgcatgttctgaacatggggtgagaaatgcaacagacgat
aaaaagtgaacttctaattcaggggacaaatagctgaggtaaaggaaaaa
agagagcttttacctcttggtaaaactgattagaaggaaagatatgcccc
acacctgagaaggtcctcatttatgtcctcaaactaggaggagagaggag
cctggcacggccagagaggctgagaaaagcctcctctcagggttcatgac
ctaatcactgtaccttctggggctgactggggtgtgtggtctgtggggcc
aggatgggctcctactattttaccccttggttattcctttgtctaggaaa
ctggaaagctctcccagtgtgatggctaaagtagaaagtactagacaatt
cagagtgagcccagcctcagaagcagtctggacttcagcaagagtttaac
acaagtgtatttagtcatggttactactgttgtgatgaaacaccctgacc
aaagcaagttgggacagacagggtttagtcggcttacacttccacatcat
tgttcatcatggaatgaagtcaggacaggaatttcaaatagggcaggaac
ctgggggcagcagctgatgcagaggccagagaagggtgctgcttgctgga
tcgctccgcatgactttatcatcctgcttcctgcttccttatagaaccca
gaaccaccagcccagaggcagtaccacccataatggcatgagacctcctg
catcaataactaagaaaatgtcccataggcttgctcacagcctcattgta
taaggcatttctcatgagactctctcctctcagtgactctagccttgagt
caggggccataaattatcctg
gaattctccccaggtgactcaaatggcccaaatgtcatttctccttcagg
tgtggggctggcagctgcccagagcagaggaaaggcctaatcaactgtga
agagtttgtggacaggactgggttactgaggtgctggtgctgggctgggg
tggaggcagatgggactaatggagtggtggatgagcgcaagcaataaagg
cgagcagacaaagatgggctctgtgtgctggctggcctgtgtcagtctcc
cttgttaactgctggtacctttccatccctttactgtatgtcacattcag
ttttgttagaccactggaaacattattttaaaatccacaagaacataaac
aaagtagaaaaacagcataaaattgatgcgacctttcccatgaaaagcat
gaaggaagggttgagtttaaagtccgatacatgggatgactgaaagaata
atgaagactgtagattgacagtgacatccaagaccctacttctagcgggt
tgcccagtttacttcaaggaagaacatgggagactccacagtccgcaggt
ctgcttcagttatcttgacctgctgtaacaatccctggatggagcagagt
gtgtcttcctcttgcctgactggttacatgtgacctttttgtccatatat
atatagctgaaaagtaaatgtgtgtgttttatgaccatgtaaaagcaata
gcctctccagactgtcagacttgctcattaatctagctgtcctggataat
ttttacatggattatttttaatgttgaaagcaatcttgaaaagccacagg
ggtacttctatcatgcacatagcagttttgtcccatgcaacacgtataca
acacacacgcgcacacacacacacacacgtggcacatatatgcccacatt
ttacacgcacactcaaaagaacgaagctttattgtttttcctggcacata
tgcctaatagcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20584311_20585335
seq2: B6Ng01-165K23.b_44_1064 (reverse)

seq1  CAGGATAATTTTATGACCACCTGACACAA-GCTAGAGTCACTGGAGAGGA  49
      |||||||| |||||| || |||||| ||| |||||||||||| |||||||
seq2  CAGGATAA-TTTATGGCC-CCTGACTCAAGGCTAGAGTCACT-GAGAGGA  47

seq1  GAGAGTCTCAATTGAGAAAATGCCTCTATACAATGAGGCTGTGAGCAAGC  99
      ||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCTCA--TGAG-AAATGCCT-TATACAATGAGGCTGTGAGCAAGC  93

seq1  CTATGGGACATTTTCTTAGTTATTGATGCAGGAGGTCTCATGCCATTATG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGACATTTTCTTAGTTATTGATGCAGGAGGTCTCATGCCATTATG  143

seq1  GGTGGTACTGCCTCTGGGCTGGTGGTTCTGGGTTCTATAAGGAAGCAGGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTACTGCCTCTGGGCTGGTGGTTCTGGGTTCTATAAGGAAGCAGGA  193

seq1  AGCAGGTTGATAAAGTCATGCGGAGCGATCCAGCAAGCAGCACCCTTCTC  249
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGATGATAAAGTCATGCGGAGCGATCCAGCAAGCAGCACCCTTCTC  243

seq1  TGGCCTCTGCATCAGCTGCTGCCCCCAGGTTCCTGCCCTATTTG-AATTC  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGCCTCTGCATCAGCTGCTGCCCCCAGGTTCCTGCCCTATTTGAAATTC  293

seq1  CTGTCCTGACTTCATTCCATGATGAACAATGATGTGGAAGTGTAAGCCGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGACTTCATTCCATGATGAACAATGATGTGGAAGTGTAAGCCGA  343

seq1  CTAAACCCTGTCTGTCCCAACTTGCTTTGGTCAGGGTGTTTCATCACAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACCCTGTCTGTCCCAACTTGCTTTGGTCAGGGTGTTTCATCACAAC  393

seq1  AGTAGTAACCATGACTAAATACACTTGTGTT-AACTCTTGCTGAAGTCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTAACCATGACTAAATACACTTGTGTTAAACTCTTGCTGAAGTCCA  443

seq1  GACTGCTTCTGAGGCTGGGCTCACTCTGAATTGTCTAGTACTTTCTACTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTTCTGAGGCTGGGCTCACTCTGAATTGTCTAGTACTTTCTACTT  493

seq1  TAGCCATCACACTGGGAGAGCTTTCCAGTTTCCTAGACAAAGGAATAACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCATCACACTGGGAGAGCTTTCCAGTTTCCTAGACAAAGGAATAACC  543

seq1  AAGGGGTAAAATAGTAGGAGCCCATCCTGGCCCCACAGACCACACACCCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTAAAATAGTAGGAGCCCATCCTGGCCCCACAGACCACACACCCC  593

seq1  AGTCAGCCCCAGAAGGTACAGTGATTAGGTCATGAACCCTGAGAGGAGGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCCCCAGAAGGTACAGTGATTAGGTCATGAACCCTGAGAGGAGGC  643

seq1  TTTTCTCAGCCTCTCTGGCCGTGCCAGGCTCCTCTCTCCTCCTAGTTTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCAGCCTCTCTGGCCGTGCCAGGCTCCTCTCTCCTCCTAGTTTGA  693

seq1  GGACATAAATGAGGACCTTCTCAGGTGTGGGGCATATCTTTCCTTCTAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATAAATGAGGACCTTCTCAGGTGTGGGGCATATCTTTCCTTCTAAT  743

seq1  CAGTTTTACCAAGAGGTAAAAGCTCTCTTTTTTCCTTTACCTCAGCTATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTACCAAGAGGTAAAAGCTCTCTTTTTTCCTTTACCTCAGCTATT  793

seq1  TGTCCCCTGAATTAGAAGTTCACTTTTTATCGTCTGTTGCATTTCTCACC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTGAATTAGAAGTTCACTTTTTATCGTCTGTTGCATTTCTCACC  843

seq1  CCATGTTCAGAACATGCAGATTACAGAGTGTAGATCTCCTTGCCCTCTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTCAGAACATGCAGATTACAGAGTGTAGATCTCCTTGCCCTCTGT  893

seq1  GCTAGTGTTTTGTGTACTGTGTTCCAACTTTTTAAGGATTTCACGTAATA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGTTTTGTGTACTGTGTTCCAACTTTTTAAGGATTTCACGTAATA  943

seq1  CTACTTGTGTTTGCAGCCAGGTGGAGTCAGGAGAAGAGGGGATAAGATGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGTGTTTGCAGCCAGGTGGAGTCAGGAGAAGAGGGGATAAGATGA  993

seq1  GAGGTCAATGCAGAAAACAACTGAATTC  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAATGCAGAAAACAACTGAATTC  1021

seq1: chr2_20448601_20449556
seq2: B6Ng01-165K23.g_71_1034

seq1  GAATTCTCCCCAGGTGACTCAAATGGCCCAAATGTCATTTCTCCTTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCCAGGTGACTCAAATGGCCCAAATGTCATTTCTCCTTCAGG  50

seq1  TGTGGGGCTGGCAGCTGCCCAGAGCAGAGGAAAGGCCTAATCAACTGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCTGGCAGCTGCCCAGAGCAGAGGAAAGGCCTAATCAACTGTGA  100

seq1  AGAGTTTGTGGACAGGACTGGGTTACTGAGGTGCTGGTGCTGGGCTGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTGTGGACAGGACTGGGTTACTGAGGTGCTGGTGCTGGGCTGGGG  150

seq1  TGGAGGCAGATGGGACTAATGGAGTGGTGGATGAGCGCAAGCAATAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCAGATGGGACTAATGGAGTGGTGGATGAGCGCAAGCAATAAAGG  200

seq1  CGAGCAGACAAAGATGGGCTCTGTGTGCTGGCTGGCCTGTGTCAGTCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCAGACAAAGATGGGCTCTGTGTGCTGGCTGGCCTGTGTCAGTCTCC  250

seq1  CTTGTTAACTGCTGGTACCTTTCCATCCCTTTACTGTATGTCACATTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAACTGCTGGTACCTTTCCATCCCTTTACTGTATGTCACATTCAG  300

seq1  TTTTGTTAGACCACTGGAAACATTATTTTAAAATCCACAAGAACATAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAGACCACTGGAAACATTATTTTAAAATCCACAAGAACATAAAC  350

seq1  AAAGTAGAAAAACAGCATAAAATTGATGCGACCTTTCCCATGAAAAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGAAAAACAGCATAAAATTGATGCGACCTTTCCCATGAAAAGCAT  400

seq1  GAAGGAAGGGTTGAGTTTAAAGTCCGATACATGGGATGACTGAAAGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGGGTTGAGTTTAAAGTCCGATACATGGGATGACTGAAAGAATA  450

seq1  ATGAAGACTGTAGATTGACAGTGACATCCAAGACCCTACTTCTAGCGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGACTGTAGATTGACAGTGACATCCAAGACCCTACTTCTAGCGGGT  500

seq1  TGCCCAGTTTACTTCAAGGAAGAACATGGGAGACTCCACAGTCCGCAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGTTTACTTCAAGGAAGAACATGGGAGACTCCACAGTCCGCAGGT  550

seq1  CTGCTTCAGTTATCTTGACCTGCTGTAACAATCCCTGGATGGAGCAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCAGTTATCTTGACCTGCTGTAACAATCCCTGGATGGAGCAGAGT  600

seq1  GTGTCTTCCTCTTGCCTGACTGGTTACATGTGACC-TTTTGTCCATATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGTCTTCCTCTTGCCTGACTGGTTACATGTGACCTTTTTGTCCATATAT  650

seq1  ATATAGCTG-AAAGTAAATGTGTGTGTTTTATGACCATGT-AAAGCAATA  697
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATATAGCTGAAAAGTAAATGTGTGTGTTTTATGACCATGTAAAAGCAATA  700

seq1  GCCTCTCCAGACTGTCAGACTTGCTCATTAATCTAGCTGTCCTGGATAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCAGACTGTCAGACTTGCTCATTAATCTAGCTGTCCTGGATAAT  750

seq1  TTTTACATGGATTA-TTTTAATGTTGAAAGCAATCTTGAAAAGCCACA-G  795
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTACATGGATTATTTTTAATGTTGAAAGCAATCTTGAAAAGCCACAGG  800

seq1  GGTACTTCTATCATGCACATAGCAGTTTTGTCCAATGCAAAACACGTATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  GGTACTTCTATCATGCACATAGCAGTTTTGTCCCATGC--AACACGTATA  848

seq1  CAACACACACGCGCACACACACACACACACGT-GCACATATATGCACACA  894
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  CAACACACACGCGCACACACACACACACACGTGGCACATATATGCCCACA  898

seq1  -TATACACGCACACACAAAAG-ATGAAGCTTTAT--GTTTTCTTGGCACA  940
       | ||||||||||| |||||| | ||||||||||   ||||| |||||||
seq2  TTTTACACGCACACTCAAAAGAACGAAGCTTTATTGTTTTTCCTGGCACA  948

seq1  TATGCTTATTAGCCTG  956
      ||||| || |||||||
seq2  TATGCCTAATAGCCTG  964