BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165M02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 171,157,727 - 171,322,082
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBcas1, LOC228916, Cyp24a1, Pfdn4, 4930470P17Rik, Dok5, LOC668955, LOC100043743
Downstream geneLOC100043744, Cbln4, Mc3r, 2010011I20Rik, Aurka, Cstf1, F730031O20Rik, 2410001C21Rik, A330041C17Rik, 1700029J11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165M02.bB6Ng01-165M02.g
ACCDH957729DH957730
length7951,114
definitionDH957729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165M02, 5' end.DH957730|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,321,291 - 171,322,082)(171,157,727 - 171,158,825)
sequence
gaattcattgccacattctttctctacacacacacacacacacacacaca
cacacacatatatatctccttttatagctatgtcacttgtcaattgattt
ctccatgggtttttagcaggaagattcttctaatacatacacagacagac
acagacagacacagacagacagacacacacacacacacacacacacacac
acacacacgtgtgtgtgtgtgtgtcctgatagcttataatatgtctctat
acaaaattttctctctatatatatacatatatgtatatagtctagataat
atctagcttcattccatttacgatttcaaattggggaaattgttttatgc
aggtttggcccctttgataagtatttcctagtactggtaaagtatttata
agctgccaatttggaaaataagtagaacttcaaaccagggagcaatttct
ctaaacttctcctccttctcttcctcctcctccccaccaccaccaccacc
accatcaacatcaccaccatcatcaacatcaccaggtttattgcttaagg
actgagcttaaagactcatccataccaagtattctaccacagagccacct
cttcagccctctctttagaatttattttgagcagagtctccctgaactgt
ccgggctggttttgaaattccctccccctcacccctcccccattcacata
aactccagtctcttctcattgtctgttataaccctggcatatacccactt
tcacaaggaaactgcagaaagctatagattgggggggggggggga
gaattcactgttttcatggggaataaaaaaggcacaaaaagaaaatagta
aatggccccagctgaaaactttgacatttattagatggttgactgcagaa
atctccactaagaatgtaagaggaggccggagagatggcttggcagttga
aagcaagtggtgctctggcaggggatccgagttaggatcctagctcttgt
gcttggcctgcttacaacctcctacagctcaagctgtaaggggatctgct
gccccttgtggtcgctgcaagcacctgcactcatgtgagcatacccacac
acagacacatttcacttcacgtatatgcatagttaaaaacaaaataaacc
acaaaccattaatttaagacaatggcttttccagtctccaaaaggttacc
aaaaaagtatttgatcattagttgtcttagtcataataatttctgtatgt
ttcaaggttaactacccagagtcctttctcaggtgttgactctacttcca
tataaacactgtatctgtttaaaaatggaaaattacaactctcacaatga
tatttatgagggatggtgtctatgtatttagtataaaagaatatgagaaa
agttatcaaaagtgttgtagctaagctcttcagctctccaaatgctttca
agtcttgttttctttgtccctcgtggcaccctgaatgtgtgcctcggaga
tggaatgagttggcttttctcacatctgtttagtcagccctcaactttca
gtcagatctgtcggctttcccactcgactccagccgtccgccagtctttc
cctgggtgagttgcatagcaactaccgctcagcctcacctgcaaaaggtt
agcccaacagttttcatgctttcctgaaatatttttttttcagctctcga
aataagcaagccagctggtagcattctaaatagatctcctctgatctcct
tccttaagtgcaatacaatgcctacccagtctttgcaaacaagctgtcaa
ggaaggtttttctccaccggagctgggatgtgagagggattgttcaccct
ctgccagtcatcgcggccggtgatcgcaaggatccatcctccaatctttc
ctggacctctgcgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_171321291_171322082
seq2: B6Ng01-165M02.b_44_838 (reverse)

seq1  --TCCCCCCCCCCCCAATCTATAGC-TTCTGCAGTTTCCTTGTGAAAGTG  47
         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCCCCCAATCTATAGCTTTCTGCAGTTTCCTTGTGAAAGTG  50

seq1  GGTATATGCCAGGGTTATAACAGACAATGAGAAGAGACTGGAGTTTATGT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATGCCAGGGTTATAACAGACAATGAGAAGAGACTGGAGTTTATGT  100

seq1  GAATGGGGGAGGGGGGAGGGGGAGGGAATTTCAAAACCAGCCCGGACAGT  147
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGGGAGGGGTGAGGGGGAGGGAATTTCAAAACCAGCCCGGACAGT  150

seq1  TCAGGGAGACTCTGCTCAAAATAAATTCTAAAGAGAGGGCTGAAGAGGTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGACTCTGCTCAAAATAAATTCTAAAGAGAGGGCTGAAGAGGTG  200

seq1  GCTCTGTGGTAGAATACTTGGTATGGATGAGTCTTTAAGCTCAGTCCTTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGGTAGAATACTTGGTATGGATGAGTCTTTAAGCTCAGTCCTTA  250

seq1  AGCAATAAACCTGGTGATGTTGATGATGGTGGTGATGTTGATGGTGGTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAAACCTGGTGATGTTGATGATGGTGGTGATGTTGATGGTGGTGG  300

seq1  TGGTGGTGGTGGGGAGGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAGAAGTTTAGAGAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGGTGGGGAGGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAGAAGTTTAGAGAAA  350

seq1  TTGCTCCCTGGTTTGAAGTTCTACTTATTTTCCAAATTGGCAGCTTATAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCCTGGTTTGAAGTTCTACTTATTTTCCAAATTGGCAGCTTATAA  400

seq1  ATACTTTACCAGTACTAGGAAATACTTATCAAAGGGGCCAAACCTGCATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTACCAGTACTAGGAAATACTTATCAAAGGGGCCAAACCTGCATA  450

seq1  AAACAATTTCCCCAATTTGAAATCGTAAATGGAATGAAGCTAGATATTAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATTTCCCCAATTTGAAATCGTAAATGGAATGAAGCTAGATATTAT  500

seq1  CTAGACTATATACATATATGTATATATATAGAGAGAAAATTTTGTATAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTATATACATATATGTATATATATAGAGAGAAAATTTTGTATAGA  550

seq1  GACATATTATAAGCTATCAGGACACACACACACACACGTGTGTGTGTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATTATAAGCTATCAGGACACACACACACACACGTGTGTGTGTGTG  600

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTGTCTGTCTGTGTCTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTGTCTGTCTGTGTCTG  650

seq1  TCTGTGTATGTATTAGAAGAATCTTCCTGCTAAAAACCCATGGAGAAATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTATGTATTAGAAGAATCTTCCTGCTAAAAACCCATGGAGAAATC  700

seq1  AATTGACAAGTGACATAGCTATAAAAGGAGATATATATGTGTGTGTGTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACAAGTGACATAGCTATAAAAGGAGATATATATGTGTGTGTGTGT  750

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGAGAAAGAATGTGGCAATGAATTC  792
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGAGAAAGAATGTGGCAATGAATTC  795

seq1: chr2_171157727_171158825
seq2: B6Ng01-165M02.g_69_1182

seq1  GAATTCACTGTTTTCATGGGGAATAAAAAAGGCACAAAAAGAAAATAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTTTCATGGGGAATAAAAAAGGCACAAAAAGAAAATAGTA  50

seq1  AATGGCCCCAGCTGAAAACTTTGACATTTATTAGATGGTTGACTGCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCCCAGCTGAAAACTTTGACATTTATTAGATGGTTGACTGCAGAA  100

seq1  ATCTCCACTAAGAATGTAAGAGGAGGCCGGAGAGATGGCTTGGCAGTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCACTAAGAATGTAAGAGGAGGCCGGAGAGATGGCTTGGCAGTTGA  150

seq1  AAGCAAGTGGTGCTCTGGCAGGGGATCCGAGTTAGGATCCTAGCTCTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTGGTGCTCTGGCAGGGGATCCGAGTTAGGATCCTAGCTCTTGT  200

seq1  GCTTGGCCTGCTTACAACCTCCTACAGCTCAAGCTGTAAGGGGATCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCCTGCTTACAACCTCCTACAGCTCAAGCTGTAAGGGGATCTGCT  250

seq1  GCCCCTTGTGGTCGCTGCAAGCACCTGCACTCATGTGAGCATACCCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTGTGGTCGCTGCAAGCACCTGCACTCATGTGAGCATACCCACAC  300

seq1  ACAGACACATTTCACTTCACGTATATGCATAGTTAAAAACAAAATAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACATTTCACTTCACGTATATGCATAGTTAAAAACAAAATAAACC  350

seq1  ACAAACCATTAATTTAAGACAATGGCTTTTCCAGTCTCCAAAAGGTTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCATTAATTTAAGACAATGGCTTTTCCAGTCTCCAAAAGGTTACC  400

seq1  AAAAAAGTATTTGATCATTAGTTGTCTTAGTCATAATAATTTCTGTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTATTTGATCATTAGTTGTCTTAGTCATAATAATTTCTGTATGT  450

seq1  TTCAAGGTTAACTACCCAGAGTCCTTTCTCAGGTGTTGACTCTACTTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGTTAACTACCCAGAGTCCTTTCTCAGGTGTTGACTCTACTTCCA  500

seq1  TATAAACACTGTATCTGTTTAAAAATGGAAAATTACAACTCTCACAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACACTGTATCTGTTTAAAAATGGAAAATTACAACTCTCACAATGA  550

seq1  TATTTATGAGGGATGGTGTCTATGTATTTAGTATAAAAGAATATGAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATGAGGGATGGTGTCTATGTATTTAGTATAAAAGAATATGAGAAA  600

seq1  AGTTATCAAAAGTGTTGTAGCTAAGCTCTTCAGCTCTCCAAATGC-TTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTTATCAAAAGTGTTGTAGCTAAGCTCTTCAGCTCTCCAAATGCTTTCA  650

seq1  AGTCTTGTTTTCTTTGTCCCTCGTGGCACCCTGAATGTGTGCCTCGGAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTTTTCTTTGTCCCTCGTGGCACCCTGAATGTGTGCCTCGGAGA  700

seq1  TGGAATGAGTTGGCTTTTCTCACATCTG-TTAGTCAGCCCTCAACTTTCA  748
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGAGTTGGCTTTTCTCACATCTGTTTAGTCAGCCCTCAACTTTCA  750

seq1  GTCAGATCTGTCGGC-TTCCCACTCGACTCCAGCCGTCCGCCAGTC-TTC  796
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCAGATCTGTCGGCTTTCCCACTCGACTCCAGCCGTCCGCCAGTCTTTC  800

seq1  CCT-GGTGAGTTGCATAGCAACTACCGCTCAGCCTCACCTGCAAAAGGTT  845
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGAGTTGCATAGCAACTACCGCTCAGCCTCACCTGCAAAAGGTT  850

seq1  AGCCCAACAGTTTTCATGCTTTCCTGAAATA-TTTTTTTTCAGCTCTCGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAACAGTTTTCATGCTTTCCTGAAATATTTTTTTTTCAGCTCTCGA  900

seq1  AATAAGCAAGCCAGCTGGTAGCATTCTAAATAGATCTCCTCTGATCTCC-  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATAAGCAAGCCAGCTGGTAGCATTCTAAATAGATCTCCTCTGATCTCCT  950

seq1  TCCTTAAGTGCAATACAATTGCCTACCCAGTCTTTGCAAACAAGCTGTCA  993
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAGTGCAATACAA-TGCCTACCCAGTCTTTGCAAACAAGCTGTCA  999

seq1  GGGAAG--CTCTCTCCACCGGAGCTGGGATGTGAGAGGGA-TGTTCA-CC  1039
       |||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  AGGAAGGTTTTTCTCCACCGGAGCTGGGATGTGAGAGGGATTGTTCACCC  1049

seq1  TCTGCCAGTCAT--CGGCCGGTGATCGCAAGGAT-CACTCTCC-ATCTTT  1085
      ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||
seq2  TCTGCCAGTCATCGCGGCCGGTGATCGCAAGGATCCATCCTCCAATCTTT  1099

seq1  -CTTGACCTCTGCGT  1099
       || |||||||||||
seq2  CCTGGACCTCTGCGT  1114