BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168A11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 109,530,380 - 109,670,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBdnf, LOC100043427
Upstream geneLOC623003, LOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a
Downstream geneLin7c, Lgr4, Ccdc34, LOC668797, Bbox1, 1110018M03Rik, LOC668799, Slc5a12, Muc15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168A11.bB6Ng01-168A11.g
ACCDH959373DH959374
length1,1771,175
definitionDH959373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168A11, 5' end.DH959374|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,669,036 - 109,670,235)(109,530,380 - 109,531,563)
sequence
gaattctatctctgtttatgcccaatataactctcaattttatagttttt
atctagaaatctactgtttgttgggcctgtccagtggatcccaccatcca
gatgctgcacacaatcttaaaactgagtttaaaatctgaatcctttattt
acggttagtgcttcctttgttttctcatgttctttgtgttgagtggcctc
accttccagtcctatcacacaaagggatgaaagctaaaagtcatcttcat
gtaagttctttctagtttcactttgcaacctactagacatcagcctctta
atggctattccatgataacattaaattcagaagacatattaagctctata
caaggcccttcttaaacacattttaaaaactaacttattttataaccatt
tctacttccatagtttttgtcttgttatctgacacaatgactagccacat
ccttctgctcaactcttttttctaatttttcaatgtcagggatcaaatgg
caaataaacaaattaaaacccattccccataattgtcctttggggaaatg
taaattaaggttgcaagttctgctatcacacacatagtcaaacaaccaaa
atatcaaagactgtgtgctaatgctaagtgttgacatggagtgtaaaatg
tgttagcacattgaaaagcagattgacagtttcttttttcaagttcaaca
caaaaagcatgtcacatatccagtatctctactgagtgtttatcctgaag
aaatgaagtcatgtaccttaagggagtttctttatgctgataaaatattt
gtagatcatgatgttatatcccaatggtcacaccagttacaaaaataatc
tcctacaacaatcataactagtttgtaaaaaacttgagaaaattcaaatg
aactatgttctggagaatgcattgtaccaatattagctttttgttctgaa
aataactgatctaagatgctcctattaggagaaccgagataaatggagat
tacctgtactatttatggactttccgtcttcttaactgtttcaaatttat
agtataatgtttttttttaggtataaccaacttagaatgtcccattctag
ctactgattcaaattgcttcttcaaatattctttacatttcagaatgttc
taggattctagctacctaaccacctct
gaattcataacttcctataatgcacaggccattgatccatcttggctctg
atgttcttcagtgaaagggaggggaaatttttatggcaaataggtaaatg
tcacaagtctagtctcttactgtttgagtattaccacaatcacaaatcag
aaagctttaaatactcaaaagtgggaagaagaagtctacttgctcaggtt
tatctgaattggtacttgatcttctatccccaaatactcctgcctttctg
gctccttctttttctcagtgaaaatgcaccacccactggaaaaggaagac
acaagcatttatgtctatggtgtcaaaggagagtgagactaacaggatca
gccatccaatcagagtctcagggtgaaagcatggttccaccctgaggaag
tgctaacagggtaatgtaagttccatagtatagagatctgacataatatc
tacctgagcagcaacacaggtgctagcaaagacatttgcttgcaacagag
tttttggaaaagaagtaaattttaacaggttacaaaaccctgggggcaaa
acccattcctaacaaatgtaaagttggaaagtagacatttgtttgaagct
gatttaaaattatttaccttttaaaattgcaggtaggactcctccagtcc
tttttaaagatataccagtagctttaaagattgtaatatagtcacttaag
ttatgatgatagaagaaatcatggttatattcagcctataacctaggaag
aaacagagggtctttaaggtggcccaagcctagcttcatgccctctatca
tctgtgttgtaagatcctttgttttgatcacatgctccaccaagttgtca
gtggggcaaagcgaactgtgagtgacactctgagagtgtgcatatatttg
aatagcctgactatccagagcaacaatttgtaaggggactctaaagtagc
ttgagttctgatgatttcctttactgaagacaaaggtagaaggaggaggc
ctttctccgcttggagcttttgaggtctttaagggtggatcctctggtat
tcttggttgaattacttataaggtatggatcctctggttctcacttataa
aacgaaagattctgtcagcagggtttggaagcttccaaatggcaaattag
gattccatttgttaactagcccttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_109669036_109670235
seq2: B6Ng01-168A11.b_48_1224 (reverse)

seq1  AGAGGTTGGGTTAGTGTAGCTAGAATACACTATGAACATATCTGAAATTG  50
      ||||||  |||||| |||||||||||   ||| |||||| ||||||| ||
seq2  AGAGGT--GGTTAG-GTAGCTAGAAT--CCTA-GAACAT-TCTGAAA-TG  42

seq1  TAAAAGAATAATTTTTGAAG-AGCAATTTTGAAATCAAGTAGGCTAAAGA  99
      | ||||||||   ||||||| ||||||||   |||| |||| |||  |||
seq2  T-AAAGAATA---TTTGAAGAAGCAATTT--GAATC-AGTA-GCT--AGA  82

seq1  ATGGGACATTCTTAAGTTTGTTATAACTTAAAAAAAAACAATTATAACTT  149
      ||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||   |
seq2  ATGGGACATTC-TAAGTTGGTTAT-ACCTAAAAAAAAAC-ATTATA--CT  127

seq1  ATAAATTTGAAACAGTTTAAGAAGACGGAAAGTCCATAAATAGTACAGGT  199
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTGAAACAG-TTAAGAAGACGGAAAGTCCATAAATAGTACAGGT  176

seq1  AATCTCCATTTATCTCGGTTCTCCTAATAGGAGCATCTTAGATCAGTTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCATTTATCTCGGTTCTCCTAATAGGAGCATCTTAGATCAGTTAT  226

seq1  TTTCAGAACAAAAAGCTAATATTGGTACAATGCATTCTCCAGAACATAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAACAAAAAGCTAATATTGGTACAATGCATTCTCCAGAACATAGT  276

seq1  TCATTTGAATTTTCTCAAGTTTTTTACAAACTAGTTATGATTGTTGTAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAATTTTCTCAAGTTTTTTACAAACTAGTTATGATTGTTGTAGG  326

seq1  AGATTATTTTTGTAACTGGTGTGACCATTGGGATATAACATCATGATCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATTTTTGTAACTGGTGTGACCATTGGGATATAACATCATGATCTA  376

seq1  CAAATATTTTATCAGCATAAAGAAACTCCCTTAAGGTACATGACTTCATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTTTATCAGCATAAAGAAACTCCCTTAAGGTACATGACTTCATT  426

seq1  TCTTCAGGATAAACACTCAGTAGAGATACTGGATATGTGACATGCTTTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGGATAAACACTCAGTAGAGATACTGGATATGTGACATGCTTTTT  476

seq1  GTGTTGAACTTGAAAAAAGAAACTGTCAATCTGCTTTTCAATGTGCTAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAACTTGAAAAAAGAAACTGTCAATCTGCTTTTCAATGTGCTAAC  526

seq1  ACATTTTACACTCCATGTCAACACTTAGCATTAGCACACAGTCTTTGATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTACACTCCATGTCAACACTTAGCATTAGCACACAGTCTTTGATA  576

seq1  TTTTGGTTGTTTGACTATGTGTGTGATAGCAGAACTTGCAACCTTAATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTGTTTGACTATGTGTGTGATAGCAGAACTTGCAACCTTAATTT  626

seq1  ACATTTCCCCAAAGGACAATTATGGGGAATGGGTTTTAATTTGTTTATTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCCCAAAGGACAATTATGGGGAATGGGTTTTAATTTGTTTATTT  676

seq1  GCCATTTGATCCCTGACATTGAAAAATTAGAAAAAAGAGTTGAGCAGAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTGATCCCTGACATTGAAAAATTAGAAAAAAGAGTTGAGCAGAAG  726

seq1  GATGTGGCTAGTCATTGTGTCAGATAACAAGACAAAAACTATGGAAGTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGCTAGTCATTGTGTCAGATAACAAGACAAAAACTATGGAAGTAG  776

seq1  AAATGGTTATAAAATAAGTTAGTTTTTAAAATGTGTTTAAGAAGGGCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTTATAAAATAAGTTAGTTTTTAAAATGTGTTTAAGAAGGGCCTT  826

seq1  GTATAGAGCTTAATATGTCTTCTGAATTTAATGTTATCATGGAATAGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGAGCTTAATATGTCTTCTGAATTTAATGTTATCATGGAATAGCCA  876

seq1  TTAAGAGGCTGATGTCTAGTAGGTTGCAAAGTGAAACTAGAAAGAACTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGGCTGATGTCTAGTAGGTTGCAAAGTGAAACTAGAAAGAACTTA  926

seq1  CATGAAGATGACTTTTAGCTTTCATCCCTTTGTGTGATAGGACTGGAAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGATGACTTTTAGCTTTCATCCCTTTGTGTGATAGGACTGGAAGG  976

seq1  TGAGGCCACTCAACACAAAGAACATGAGAAAACAAAGGAAGCACTAACCG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCACTCAACACAAAGAACATGAGAAAACAAAGGAAGCACTAACCG  1026

seq1  TAAATAAAGGATTCAGATTTTAAACTCAGTTTTAAGATTGTGTGCAGCAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAGGATTCAGATTTTAAACTCAGTTTTAAGATTGTGTGCAGCAT  1076

seq1  CTGGATGGTGGGATCCACTGGACAGGCCCAACAAACAGTAGATTTCTAGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGGTGGGATCCACTGGACAGGCCCAACAAACAGTAGATTTCTAGA  1126

seq1  TAAAAACTATAAAATTGAGAGTTATATTGGGCATAAACAGAGATAGAATT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTATAAAATTGAGAGTTATATTGGGCATAAACAGAGATAGAATT  1176

seq1  C  1200
      |
seq2  C  1177

seq1: chr2_109530380_109531563
seq2: B6Ng01-168A11.g_68_1242

seq1  GAATTCATAACTTCCTATAATGCACAGGCCATTGATCCATCTTGGCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACTTCCTATAATGCACAGGCCATTGATCCATCTTGGCTCTG  50

seq1  ATGTTCTTCAGTGAAAGGGAGGGGAAATTTTTATGGCAAATAGGTAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTCAGTGAAAGGGAGGGGAAATTTTTATGGCAAATAGGTAAATG  100

seq1  TCACAAGTCTAGTCTCTTACTGTTTGAGTATTACCACAATCACAAATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGTCTAGTCTCTTACTGTTTGAGTATTACCACAATCACAAATCAG  150

seq1  AAAGCTTTAAATACTCAAAAGTGGGAAGAAGAAGTCTACTTGCTCAGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTTAAATACTCAAAAGTGGGAAGAAGAAGTCTACTTGCTCAGGTT  200

seq1  TATCTGAATTGGTACTTGATCTTCTATCCCCAAATACTCCTGCCTTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAATTGGTACTTGATCTTCTATCCCCAAATACTCCTGCCTTTCTG  250

seq1  GCTCCTTCTTTTTCTCAGTGAAAATGCACCACCCACTGGAAAAGGAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTCTTTTTCTCAGTGAAAATGCACCACCCACTGGAAAAGGAAGAC  300

seq1  ACAAGCATTTATGTCTATGGTGTCAAAGGAGAGTGAGACTAACAGGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCATTTATGTCTATGGTGTCAAAGGAGAGTGAGACTAACAGGATCA  350

seq1  GCCATCCAATCAGAGTCTCAGGGTGAAAGCATGGTTCCACCCTGAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCAATCAGAGTCTCAGGGTGAAAGCATGGTTCCACCCTGAGGAAG  400

seq1  TGCTAACAGGGTAATGTAAGTTCCATAGTATAGAGATCTGACATAATATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACAGGGTAATGTAAGTTCCATAGTATAGAGATCTGACATAATATC  450

seq1  TACCTGAGCAGCAACACAGGTGCTAGCAAAGACATTTGCTTGCAACAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAGCAGCAACACAGGTGCTAGCAAAGACATTTGCTTGCAACAGAG  500

seq1  TTTTTGGAAAAGAAGTAAATTTTAACAGGTTACAAAACCCTGGGGGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGAAAAGAAGTAAATTTTAACAGGTTACAAAACCCTGGGGGCAAA  550

seq1  ACCCATTCCTAACAAATGTAAAGTTGGAAAGTAGACATTTGTTTGAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTCCTAACAAATGTAAAGTTGGAAAGTAGACATTTGTTTGAAGCT  600

seq1  GATTTAAAATTATTTACCTTTTAAAATTGCAGGTAGGACTCCTCCAGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAAATTATTTACCTTTTAAAATTGCAGGTAGGACTCCTCCAGTCC  650

seq1  TTTTTAAAGATATACCAGTAGCTTTAAAGATTGTAATATAGTCACTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGATATACCAGTAGCTTTAAAGATTGTAATATAGTCACTTAAG  700

seq1  TTATGATGATAGAAGAAATCATGGTTATATTCAGCCTATAACCTAGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATGATAGAAGAAATCATGGTTATATTCAGCCTATAACCTAGGAAG  750

seq1  AAACAGAGGGTCTTTAAGGTGGCCCAAGCCTAGCTTCATGCCCTCTATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGGGTCTTTAAGGTGGCCCAAGCCTAGCTTCATGCCCTCTATCA  800

seq1  TCTGTGTTGTAAGATCCTTTGTTTTGATCACATGCTCCACCAAGTTGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTGTAAGATCCTTTGTTTTGATCACATGCTCCACCAAGTTGTCA  850

seq1  GTGGGGCAAAGCGAACTGTGAGTGACACTCTGAGAGTGTGCATATATTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCAAAGCGAACTGTGAGTGACACTCTGAGAGTGTGCATATATTTG  900

seq1  AATAGCCTGACTATCCAGAGCAACAATTTGTAAGGGGACTCTAAAGTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCTGACTATCCAGAGCAACAATTTGTAAGGGGACTCTAAAGTAGC  950

seq1  TTGAGTTCTGATGATTTCCCTTTACTGAAGGACAAAGGGTAGAAGGAGGA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TTGAGTTCTGATGATTT-CCTTTACTGAA-GACAAA-GGTAGAAGGAGGA  997

seq1  GGCCTTTCT-CGCTT-GAGCTTTTGAGGTCTTTAAGGGTGGAT-CTCTGG  1047
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCCTTTCTCCGCTTGGAGCTTTTGAGGTCTTTAAGGGTGGATCCTCTGG  1047

seq1  TATTCTTGGTTGAATTAC-TATAAGGTATTGAATCTCTGGTTCTTCACTT  1096
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||| ||||||
seq2  TATTCTTGGTTGAATTACTTATAAGGTATGGATCCTCTGGTTC-TCACTT  1096

seq1  ATAAAACAGAAAGATTTCTGTCAGCAGGTTTTGGAAGCTTTCAAATAGCA  1146
      ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  ATAAAAC-GAAAGA-TTCTGTCAGCAGGGTTTGGAAGCTTCCAAATGGCA  1144

seq1  AATATTAGTAATTTCACTTTGTTAACCATCAGCCCTTG  1184
      |  ||||| |  |||  |||||||||    ||||||||
seq2  A--ATTAGGA--TTCCATTTGTTAAC---TAGCCCTTG  1175