BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169H18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,070,648 - 108,186,280
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcna4
Downstream geneLOC100043078, LOC668790, LOC623003, LOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169H18.bB6Ng01-169H18.g
ACCDH960452DH960453
length1,1601,129
definitionDH960452|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169H18, 5' end.DH960453|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,185,104 - 108,186,280)(108,070,648 - 108,071,799)
sequence
gaattctgcactgagttagaaagggcaatttgaaaattcatgtggaacaa
caaaaaacctaggatagtaaaaactattctcaacaataaatgaatctctg
tgggaatcatcatgcccgacctcaagctatactaaagagcaattgtgata
aaaactgcatggtactggtataatgacagacaagtagaacaatggaacag
aattgaagacccagagatgaacccacacacctatggtcacttgatctttg
acaagggagctaaaaccatccagtggataaaagacagcattttcaacaaa
tggtgctggcacaactggtggttatcatgtagaagaatgcaaattgatcc
attcttatctccttgtacaaagctcaagtctaagtggatctaagaactcc
acataaaactagagacattgaaatttatagaggagaaagtgcggaaaatc
cttgaagatatgggcacagggggaaaatttctaagtgtttacatgcttat
aagtcatctttgtttcctatctagcaattgcacagcctcatctactctct
ttccactattatttgtttctaaatcatatataagccttcctcctataaaa
taaactcatctatcatttgcttgttcttcctttgttttgttttttatttg
tttttgtttgtttgtcttatagattttttcttttcctacccatgcctttt
attattgagactattttgactccatcctcgatgccctcaagatcaacttg
gctaattaaggcagaagttattagatctgatggtacacgtatctcccata
attctaaattcaagacaacaaactatttctacatgtagagttttatggcc
tttgtagttatgttgtctataccgtgactctaaaagctaagcagaagctt
gttccttgtcctgcacaacctgtgaccatttccacttctcatttctgaga
ccacatatgtttcatttattatggagtgcttacttctgaataatggggaa
agtatacattctagaggagtatacatcctagaaagagagatggaaagcaa
aatataagagacggcaatcagtttcagcaacagcattattgtgcagtcag
cttgtgatgcagcagagactttgttcaacctcacatcagcagcatgacat
ctgactgata
gaattctgacattccttcaaaagtccaattcagtagcaaaatcaaaattg
tcacagccccagggaaacattttttttcaagtagtaggtcatgatgtaat
ggtgctcataaaattattttgattgagaaccaccatcaaaagcagaatag
aagtaagtgtctattaaatagtgtatatgatgtggctatcagcaaaattc
taaaaaacttgcatttcacacacacctacatactgcactaatgtgccagc
atatgtatgggctacatgtagggaaaattaacctattggctttggcagag
aagtagaagaacaatattatgtggggcttagggtagaatactcactagtt
agtattctggaaggcagtgtggtctgatagacagtacaggttaactaagg
ctgtttggatcatgagacataaaaagaatgctaagattcaagtcatggag
aagaaaagcagacacccccattctagcttgagatatgaataccttggtgg
tttcttaaattttatgtatttctaaaagtcatacattcactttcttttac
aaaatagcaggcatgtatctttgcctgtgccagttagtataccttccaac
acaagacgatttcaaatttctctaagccaatgctttgaaaactgggattg
aagctatacagagtgatgactacaaaatacactgacatgtcaagactgac
aactctgactcaccagttttaaaattgatctagtccgtggagcgaacagc
tgcatagtgaaaaatagaaagcccaagtcaggtgctagtaacaaaatcgt
gtgttcccatcaaagggcagcaattcttccttggttagtctatgcagatt
cccaggccactccttgaaaccagagctctggacaaccctaagtcaatata
cacaaaccaagcaatatgcatgtgtggaaaattaggctggcaaccaaaga
tatcctttcaaaatagcaaacacctaagcggacattatagatttgggtag
tcacaaatagaaactttactttggatcatgaaaaaagtctaaatctatca
tagaagttaaagaaatcttttatccatgacctaatataatattagtatgg
atgaaggtacgatcagcatgcagaacttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_108185104_108186280
seq2: B6Ng01-169H18.b_45_1204 (reverse)

seq1  TATCAGTGCTAGGTATGTCATGGCTGCTTGATGTGAAGTGTGACACAGTT  50
      |||||||   ||  ||||||| ||||| |||||||| ||   ||| ||| 
seq2  TATCAGT--CAG--ATGTCAT-GCTGC-TGATGTGAGGTTGAACAAAGT-  43

seq1  CCTACTGCTGCATCACCAAGGCTGACTGCACATAATTGCTGTTGGCCTGA  100
       || ||||||||||||  | ||||||||||||  | ||||||||  ||||
seq2  -CT-CTGCTGCATCAC--AAGCTGACTGCACAATAATGCTGTTG--CTGA  87

seq1  AACTGATTTGCCGTCTCTTATATTTTGCTTTCCATCTCTCTTTCTAGGAT  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGA-TTGCCGTCTCTTATATTTTGCTTTCCATCTCTCTTTCTAGGAT  136

seq1  GTATACTTCCTCTAGAATGTATACTTTCCCCATTATTCAGAAGTAAGCAC  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAC-TCCTCTAGAATGTATACTTTCCCCATTATTCAGAAGTAAGCAC  185

seq1  TCCATAATAAATGAAACATATGTGGTTCTCAGAAATGAGAAGTGGAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAATAAATGAAACATATGTGG-TCTCAGAAATGAGAAGTGGAAATG  234

seq1  GTCACAGGTTGTGCAGGACAAGGAACAAGCCTTCTGCTTAGCTTTTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGTTGTGCAGGACAAGGAACAAG-CTTCTGCTTAGCTTTTAGAG  283

seq1  TCACGGTATAGACAACATAACTACAAAGGCCATAAAACTCTACATGTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGTATAGACAACATAACTACAAAGGCCATAAAACTCTACATGTAGA  333

seq1  AATAGTTTGTTGTCTTGAATTTAGAATTATGGGAGATACGTGTACCATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTGTTGTCTTGAATTTAGAATTATGGGAGATACGTGTACCATCA  383

seq1  GATCTAATAACTTCTGCCTTAATTAGCCAAGTTGATCTTGAGGGCATCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAATAACTTCTGCCTTAATTAGCCAAGTTGATCTTGAGGGCATCGA  433

seq1  GGATGGAGTCAAAATAGTCTCAATAATAAAAGGCATGGGTAGGAAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGTCAAAATAGTCTCAATAATAAAAGGCATGGGTAGGAAAAGAA  483

seq1  AAAATCTATAAGACAAACAAACAAAAACAAATAAAAAACAAAACAAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTATAAGACAAACAAACAAAAACAAATAAAAAACAAAACAAAGGA  533

seq1  AGAACAAGCAAATGATAGATGAGTTTATTTTATAGGAGGAAGGCTTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGCAAATGATAGATGAGTTTATTTTATAGGAGGAAGGCTTATAT  583

seq1  ATGATTTAGAAACAAATAATAGTGGAAAGAGAGTAGATGAGGCTGTGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTAGAAACAAATAATAGTGGAAAGAGAGTAGATGAGGCTGTGCAA  633

seq1  TTGCTAGATAGGAAACAAAGATGACTTATAAGCATGTAAACACTTAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGATAGGAAACAAAGATGACTTATAAGCATGTAAACACTTAGAAA  683

seq1  TTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGATTTTCCGCACTTTCTCCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGATTTTCCGCACTTTCTCCTCTA  733

seq1  TAAATTTCAATGTCTCTAGTTTTATGTGGAGTTCTTAGATCCACTTAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTCAATGTCTCTAGTTTTATGTGGAGTTCTTAGATCCACTTAGAC  783

seq1  TTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGATCAATTTGCATTCTTCTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGATCAATTTGCATTCTTCTACA  833

seq1  TGATAACCACCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACCACCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTA  883

seq1  TCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTG  933

seq1  TGTGGGTTCATCTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTGTTCTACTTGTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTTCATCTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTGTTCTACTTGTCT  983

seq1  GTCATTATACCAGTACCATGCAGTTTTTATCACAATTGCTCTTTAGTATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTATACCAGTACCATGCAGTTTTTATCACAATTGCTCTTTAGTATA  1033

seq1  GCTTGAGGTCGGGCATGATGATTCCCACAGAGATTCATTTATTGTTGAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGGTCGGGCATGATGATTCCCACAGAGATTCATTTATTGTTGAGA  1083

seq1  ATAGTTTTTACTATCCTAGGTTTTTTGTTGTTCCACATGAATTTTCAAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTTTACTATCCTAGGTTTTTTGTTGTTCCACATGAATTTTCAAAT  1133

seq1  TGCCCTTTCTAACTCAGTGCAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTCTAACTCAGTGCAGAATTC  1160

seq1: chr2_108070648_108071799
seq2: B6Ng01-169H18.g_67_1195

seq1  GAATTCTGACATTCCTTCAAAAGTCCAATTCAGTAGCAAAATCAAAATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACATTCCTTCAAAAGTCCAATTCAGTAGCAAAATCAAAATTG  50

seq1  TCACAGCCCCAGGGAAACATTTTTTTTCAAGTAGTAGGTCATGATGTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCCCCAGGGAAACATTTTTTTTCAAGTAGTAGGTCATGATGTAAT  100

seq1  GGTGCTCATAAAATTATTTTGATTGAGAACCACCATCAAAAGCAGAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCATAAAATTATTTTGATTGAGAACCACCATCAAAAGCAGAATAG  150

seq1  AAGTAAGTGTCTATTAAATAGTGTATATGATGTGGCTATCAGCAAAATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTGTCTATTAAATAGTGTATATGATGTGGCTATCAGCAAAATTC  200

seq1  TAAAAAACTTGCATTTCACACACACCTACATACTGCACTAATGTGCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAACTTGCATTTCACACACACCTACATACTGCACTAATGTGCCAGC  250

seq1  ATATGTATGGGCTACATGTAGGGAAAATTAACCTATTGGCTTTGGCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGGGCTACATGTAGGGAAAATTAACCTATTGGCTTTGGCAGAG  300

seq1  AAGTAGAAGAACAATATTATGTGGGGCTTAGGGTAGAATACTCACTAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAGAACAATATTATGTGGGGCTTAGGGTAGAATACTCACTAGTT  350

seq1  AGTATTCTGGAAGGCAGTGTGGTCTGATAGACAGTACAGGTTAACTAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCTGGAAGGCAGTGTGGTCTGATAGACAGTACAGGTTAACTAAGG  400

seq1  CTGTTTGGATCATGAGACATAAAAAGAATGCTAAGATTCAAGTCATGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGATCATGAGACATAAAAAGAATGCTAAGATTCAAGTCATGGAG  450

seq1  AAGAAAAGCAGACACCCCCATTCTAGCTTGAGATATGAATACCTTGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGCAGACACCCCCATTCTAGCTTGAGATATGAATACCTTGGTGG  500

seq1  TTTCTTAAATTTTATGTATTTCTAAAAGTCATACATTCACTTTCTTTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAAATTTTATGTATTTCTAAAAGTCATACATTCACTTTCTTTTAC  550

seq1  AAAATAGCAGGCATGTATCTTTGCCTGTGCCAGTTAGTATACCTTCCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCAGGCATGTATCTTTGCCTGTGCCAGTTAGTATACCTTCCAAC  600

seq1  ACAAGACGATTTCAAATTTCTCTAAGCCAATGCTTTGAAAACTGGGATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACGATTTCAAATTTCTCTAAGCCAATGCTTTGAAAACTGGGATTG  650

seq1  AAGCTATACAGAGTGATGACTACAAAATACACTGACATGTCAAGACTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATACAGAGTGATGACTACAAAATACACTGACATGTCAAGACTGAC  700

seq1  AACTCTGACTCACCAGTTTTAAAATTGATCTAGTCCGTGGAGCGAACAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGACTCACCAGTTTTAAAATTGATCTAGTCCGTGGAGCGAACAGC  750

seq1  TGCATAGTGAAAAATAGAAAGCCCAAGTCAGGTGCTAGTAACAAAATCGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGTGAAAAATAGAAAGCCCAAGTCAGGTGCTAGTAACAAAATCGT  800

seq1  GTGTTCCCATCAAAGGGCAGCAATTCTTCCTTGGTTAGTCTATGCAGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCCATCAAAGGGCAGCAATTCTTCCTTGGTTAGTCTATGCAGATT  850

seq1  CCCAGGCCACTCCTTGAAACCAGAGCTCTGGACAACCCTAAGTCAATATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCCACTCCTTGAAACCAGAGCTCTGGACAACCCTAAGTCAATATA  900

seq1  CACAAACCAAGCAATATGCATGTGTGGAAAAATTAGGCTGGCAACCAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACCAAGCAATATGCATGTGTGG-AAAATTAGGCTGGCAACCAAAG  949

seq1  ATATCCTTTCAAAATAGGCAAAACACCTAAGCGGACAATTTTATTAGATT  1000
      |||||||||||||||||   |||||||||||||||||   ||| ||||||
seq2  ATATCCTTTCAAAATAG--CAAACACCTAAGCGGACA---TTA-TAGATT  993

seq1  TGGGTAAGTCACAAATAGAAAACTTTACTTTGGATTCATGAGAGACAGGT  1050
      ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||  || | | ||
seq2  TGGGT-AGTCACAAATAG-AAACTTTACTTTGGA-TCAT--GAAAAAAGT  1038

seq1  CTTAAATCTATCATAGAAGTTAAAAGAAATCTTTTATCCCATGACCCTTA  1100
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |
seq2  C-TAAATCTATCATAGAAGTT-AAAGAAATCTTTTAT-CCATGA-CCTAA  1084

seq1  AATAATAATAATTAGTATGAAATGAAAGTACGATCAGCAATTGCAGGACT  1150
       |||||    |||||||||  ||||| ||||||||||||  ||||| |||
seq2  TATAAT----ATTAGTATG-GATGAAGGTACGATCAGCA--TGCAGAACT  1127

seq1  TG  1152
      ||
seq2  TG  1129