BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169M12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 17,128,493 - 17,260,338
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePlxdc2, 4930515L03Rik, LOC383665
Downstream geneNebl, LOC100041319, LOC100041047, 1700113O17Rik, A930004D18Rik, 2810030E01Rik, Mllt10, LOC641254, Dnajc1, LOC100041388, LOC623325
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169M12.bB6Ng01-169M12.g
ACCDH960665DH960666
length1,1711,091
definitionDH960665|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169M12, 5' end.DH960666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,259,147 - 17,260,338)(17,128,493 - 17,129,595)
sequence
gaattcactcttgcacctgcgtacaggacttgtttactagttaggcacag
cggaggcccgcgccatcttataatggcgattgctcgcggcacacacggct
ctcctcagagattactggcagcacgcatgcgattgctcgcagcacgtacc
ggctctccacatccctccttgtcccttgaagttctctgcagtggcacagc
tgtcatcaccaaagaaagacagctcaggaaaccagtggcctttaatgaat
ctttaagccaggtgaatctagtgaggacagtttgagcaagagtcccgaca
gtgtccagacggcatagttagaaaggcagggtctcattttcttgaagatt
ctgtcactcactgcaagttgagataatgcaaaatcttcaggatactatca
ggtagttgggacatgttttcctgtttcacatttatcacacaggggtaatc
atggtctagaagtacgacccagtcaagtatcatggctacataggcaaagc
caaaattgtccggaggagtcaataggattctgtactgatggatggagttc
ccctttttaagttttagctgatgtgcactgaagtttggtaattttccatt
ggccatgagcatggaaggtattttcttcttgtgtgctattatttttgctt
tggctttgtaagtcagagggcagtcagcttaacctaagaatggttgagtt
cctccttctgtggatgacatcatcttaaaacatcttggcattctggtaca
ttttgagactatgataaagttgaggatgttaggtacttgagctgctgaaa
gagatgagagtaaagggaagggaaatacataccagttcaaatggacagca
gtcagtttctccttatatcagcataattacatatagagttcactagaatc
tgacccaaagtggagaaagcagtggggacagacacagtatgacaacagag
tacaaacctcttcatcaatttcagtcacagtcggacttcacatgttcaat
gtagattcagtgattttatcaaagaagatcttcatgttttttgtgagtat
cttagcagtatatcataactcacaatgagcttgtgttattgcaagctttt
ggtgagcttgatgcatcacccagctgtgacctaaatgactgtttagtcaa
gcccgaaccaagagaagctag
gaattcagtcagtcctaagcagtgtgagaataaagaggccaatgaagtag
atggttgacaagacaagcctctgatttagaatgagtctcaaagaaagagt
tctaagtgaaagaagccagacaccaagagtcattactgtgtaattctgtc
cagaagaggctacttcatggcgatgattgaaacttgagggatggggacct
gttggctttgatttttcaaaacttactttaataaaggttcttacccttca
acctcccttctcacccaccacttaccagaggtagtggaaaataaaagtta
ataggaaatgggatttgtgagcctgttgagaaatggttctttgggggcta
ttccagtgtttgttgtcagcagtccagtcctctagaaaaacaccaacacg
aatcagcagctgcagtccagtcaactcagcaatcgccactcacaaatcag
caaagaaattgcaagcctcagcccaagtccatggaagtggcaagaagcca
ctagaatattacaaagttctttggtaagttcctctctaagaagtcagaac
aagtgaagatcagcaatgtgatttaaggtgaaccaatacaaaagtgtcgt
cagggaagactaccaaagcagagcaaagtgaaacaatgccagagccccgt
cccactatctgtggggtcatatttctattctttctgatcatcatatgtcc
tctcacagtctgcttcagcaagacatcctctgagctgtgtctgcttcagc
aaaacatcttcttacctatttctgctctgacaaaactctgttttacaaga
acccagacattcccagttcagtgaatgagaggtatttctagtggttcctt
tctagaatgggacagtttctgaaatcaacagggtagtggttgtacaacca
ttatgaatactttcacattttaacagaggatgattcatgtttgtaagttc
atatgtagctagtgctcataaatgacatttcagaaatggattatgataca
gaaaacaggtgaaaacacaggagtgattatgactgaagacttcattgagt
catgcccaggactgtggtaaatggtatgactttctgtaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_17259147_17260338
seq2: B6Ng01-169M12.b_49_1219 (reverse)

seq1  CTAGCTTCTCTT-GCTCTGGCTTGACTTAAAAAACAGTCATTTAGGGTCA  49
      |||||||||||| | || |||||||||    ||||||||||||| |||||
seq2  CTAGCTTCTCTTGGTTCGGGCTTGACT----AAACAGTCATTTA-GGTCA  45

seq1  CAGGCCTGGGTGATGCATCATAGCTTCACAATAGCTTTGCAATAGACAAC  99
      |||  ||||||||||||||| ||||   ||| ||| |||||||| || ||
seq2  CAG--CTGGGTGATGCATCA-AGCTCACCAAAAGC-TTGCAATA-AC-AC  89

seq1  AGCCTCCATTTGTGAGTTATGATAATAACTGCCTAGATTACTTCAC-AAA  148
      |  |||   |||||||||||||||   |||||  ||| ||| |||| |||
seq2  AAGCTC--ATTGTGAGTTATGATA--TACTGCTAAGA-TAC-TCACAAAA  133

seq1  AACATGAAGATCTCTTTTGATAAAATCACTGAATCTACATTTGAACATGT  198
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  AACATGAAGATCTTCTTTGATAAAATCACTGAATCTACA-TTGAACATG-  181

seq1  TGAAGTCCGACTGGTGACTGAAATTGATGAAGAGGTTTGTTACCTCTGTT  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TGAAGTCCGACT-GTGACTGAAATTGATGAAGAGGTTTGT--ACTCTGTT  228

seq1  GTCATACTGTGTCTGTCCCCACTGCTTTCTCCACCTTTGGGTCAGATTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTCATACTGTGTCTGTCCCCACTGCTTTCTCCA-CTTTGGGTCAGATTCT  277

seq1  AGTGAACTCTATATGTAATTATGCTGATATAAGGAGAAACTGACCTGCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTGAACTCTATATGTAATTATGCTGATATAAGGAGAAACTGA-CTGCTG  326

seq1  TCCATTTGAACTGGTATGTATTTCCCTTCCC-TTACTCTCATCTCTTTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGAACTGGTATGTATTTCCCTTCCCTTTACTCTCATCTCTTTCA  376

seq1  GCAGCTCAAGTACCTAACATCCTCAACTTTATCATAGTCTCAAAATGTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCAAGTACCTAACATCCTCAACTTTATCATAGTCTCAAAATGTAC  426

seq1  CAGAATGCCAAGATGTTTTAAGATGATGTCATCCACAGAAGGAGGAACTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCCAAGATGTTTTAAGATGATGTCATCCACAGAAGGAGGAACTC  476

seq1  AACCATTCTTAGGTTAAGCTGACTGCCCTCTGACTTACAAAGCCAAAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTCTTAGGTTAAGCTGACTGCCCTCTGACTTACAAAGCCAAAGCA  526

seq1  AAAATAATAGCACACAAGAAGAAAATACCTTCCATGCTCATGGCCAATGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAGCACACAAGAAGAAAATACCTTCCATGCTCATGGCCAATGG  576

seq1  AAAATTACCAAACTTCAGTGCACATCAGCTAAAACTTAAAAAGGGGAACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACCAAACTTCAGTGCACATCAGCTAAAACTTAAAAAGGGGAACT  626

seq1  CCATCCATCAGTACAGAATCCTATTGACTCCTCCGGACAATTTTGGCTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCATCAGTACAGAATCCTATTGACTCCTCCGGACAATTTTGGCTTT  676

seq1  GCCTATGTAGCCATGATACTTGACTGGGTCGTACTTCTAGACCATGATTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGTAGCCATGATACTTGACTGGGTCGTACTTCTAGACCATGATTA  726

seq1  CCCCTGTGTGATAAATGTGAAACAGGAAAACATGTCCCAACTACCTGATA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTGTGATAAATGTGAAACAGGAAAACATGTCCCAACTACCTGATA  776

seq1  GTATCCTGAAGATTTTGCATTATCTCAACTTGCAGTGAGTGACAGAATCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTGAAGATTTTGCATTATCTCAACTTGCAGTGAGTGACAGAATCT  826

seq1  TCAAGAAAATGAGACCCTGCCTTTCTAACTATGCCGTCTGGACACTGTCG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAAATGAGACCCTGCCTTTCTAACTATGCCGTCTGGACACTGTCG  876

seq1  GGACTCTTGCTCAAACTGTCCTCACTAGATTCACCTGGCTTAAAGATTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTTGCTCAAACTGTCCTCACTAGATTCACCTGGCTTAAAGATTCA  926

seq1  TTAAAGGCCACTGGTTTCCTGAGCTGTCTTTCTTTGGTGATGACAGCTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCCACTGGTTTCCTGAGCTGTCTTTCTTTGGTGATGACAGCTGT  976

seq1  GCCACTGCAGAGAACTTCAAGGGACAAGGAGGGATGTGGAGAGCCGGTAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGCAGAGAACTTCAAGGGACAAGGAGGGATGTGGAGAGCCGGTAC  1026

seq1  GTGCTGCGAGCAATCGCATGCGTGCTGCCAGTAATCTCTGAGGAGAGCCG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCGAGCAATCGCATGCGTGCTGCCAGTAATCTCTGAGGAGAGCCG  1076

seq1  TGTGTGCCGCGAGCAATCGCCATTATAAGATGGCGCGGGCCTCCGCTGTG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCCGCGAGCAATCGCCATTATAAGATGGCGCGGGCCTCCGCTGTG  1126

seq1  CCTAACTAGTAAACAAGTCCTGTACGCAGGTGCAAGAGTGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTAGTAAACAAGTCCTGTACGCAGGTGCAAGAGTGAATTC  1171

seq1: chr2_17128493_17129595
seq2: B6Ng01-169M12.g_70_1160

seq1  GAATTCAGTCAGTCCTAAGCAGTGTGAGAATAAAGAGGCCAATGAAGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCAGTCCTAAGCAGTGTGAGAATAAAGAGGCCAATGAAGTAG  50

seq1  ATGGTTGACAAGACAAGCCTCTGATTTAGAATGAGTCTCAAAGAAAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGACAAGACAAGCCTCTGATTTAGAATGAGTCTCAAAGAAAGAGT  100

seq1  TCTAAGTGAAAGAAGCCAGACACCAAGAGTCATTACTGTGTAATTCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGAAAGAAGCCAGACACCAAGAGTCATTACTGTGTAATTCTGTC  150

seq1  CAGAAGAGGCTACTTCATGGCGATGATTGAAACTTGAGGGATGGGGACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGCTACTTCATGGCGATGATTGAAACTTGAGGGATGGGGACCT  200

seq1  GTTGGCTTTGATTTTTCAAAACTTACTTTAATAAAGGTTCTTACCCTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTTTGATTTTTCAAAACTTACTTTAATAAAGGTTCTTACCCTTCA  250

seq1  ACCTCCCTTCTCACCCACCACTTACCAGAGGTAGTGGAAAATAAAAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTTCTCACCCACCACTTACCAGAGGTAGTGGAAAATAAAAGTTA  300

seq1  ATAGGAAATGGGATTTGTGAGCCTGTTGAGAAATGGTTCTTTGGGGGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAATGGGATTTGTGAGCCTGTTGAGAAATGGTTCTTTGGGGGCTA  350

seq1  TTCCAGTGTTTGTTGTCAGCAGTCCAGTCCTCTAGAAAAACACCAACACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGTTTGTTGTCAGCAGTCCAGTCCTCTAGAAAAACACCAACACG  400

seq1  AATCAGCAGCTGCAGTCCAGTCAACTCAGCAATCGCCACTCACAAATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCAGCTGCAGTCCAGTCAACTCAGCAATCGCCACTCACAAATCAG  450

seq1  CAAAGAAATTGCAAGCCTCAGCCCAAGTCCATGGAAGTGGCAAGAAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAATTGCAAGCCTCAGCCCAAGTCCATGGAAGTGGCAAGAAGCCA  500

seq1  CTAGAATATTACAAAGTTCTTTGGTAAGTTCCTCTCTAAGAAGTCAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATATTACAAAGTTCTTTGGTAAGTTCCTCTCTAAGAAGTCAGAAC  550

seq1  AAGTGAAGATCAGCAATGTGATTTAAGGTGAACCAATACAAAAGTGTCGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAGATCAGCAATGTGATTTAAGGTGAACCAATACAAAAGTGTCGT  600

seq1  CAGGGAAGACTACCAAAGCAGAGCAAAGTGAAACAATGCCAGAGCCCCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGACTACCAAAGCAGAGCAAAGTGAAACAATGCCAGAGCCCCGT  650

seq1  CCCACTATCTGTGGGGTCATATTTCTATTCTTTCTGATCATCATATGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTATCTGTGGGGTCATATTTCTATTCTTTCTGATCATCATATGTCC  700

seq1  TCTCACAGTCTGCTTCAGCAAGACATCCTCTGAGCTGTGTCTGCTTCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGTCTGCTTCAGCAAGACATCCTCTGAGCTGTGTCTGCTTCAGC  750

seq1  AAAACATCTTCTTACCTATTTCTGCTCTGACAAAACTCTGTTTTACAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATCTTCTTACCTATTTCTGCTCTGACAAAACTCTGTTTTACAAGA  800

seq1  ACCCAGACATTCCCAGTTCAGTGAATGAGAGGTATTTCTAGTGGTTCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGACATTCCCAGTTCAGTGAATGAGAGGTATTTCTAGTGGTTCCTT  850

seq1  TCTAGAATGGGACAAGTTTCTGAAATCAAACAGGGTAGTGGTTGTACAAC  900
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATGGGAC-AGTTTCTGAAATC-AACAGGGTAGTGGTTGTACAAC  898

seq1  CATTATGAATACTTTCACATTTTAACAGAGGATGATTCATGTTTGTAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGAATACTTTCACATTTTAACAGAGGATGATTCATGTTTGTAAGT  948

seq1  TCATATGTAGCTAGTGCTCCATAAATGACATTTCAAGAAAATGGAATTAT  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||| |||||
seq2  TCATATGTAGCTAGTGCT-CATAAATGACATTTCA--GAAATGG-ATTAT  994

seq1  GAATACAGAAAAACAGGTGATAACACAGAAGTGATTATTGAACTGATAGA  1050
      | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||   ||||| |||
seq2  G-ATACAG-AAAACAGGTGAAAACACAGGAGTGATTAT--GACTGA-AGA  1039

seq1  CTTCAATGAGTCATGCCAAGGACTGT-GTAGATGGGTATGACTTTCCTGT  1099
      ||||| ||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||| ||||
seq2  CTTCATTGAGTCATGCCCAGGACTGTGGTAAAT-GGTATGACTTT-CTGT  1087

seq1  AAAA  1103
      ||||
seq2  AAAA  1091