BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171M21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 67,579,934 - 67,727,160
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneScn7a, LOC383707, LOC100039540, Gm1322, Cmya3, LOC621171
Downstream geneLOC227995, B3galt1, Stk39, LOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171M21.bB6Ng01-171M21.g
ACCGA000589GA000590
length1,014505
definitionB6Ng01-171M21.b B6Ng01-171M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,726,154 - 67,727,160)(67,579,934 - 67,580,444)
sequence
gaattcactgaagtagaagtgaggtcagcgtattctaagcgaaaaaagtc
ttccagagtcaggtaaatattttatcagtgcttggctcacctcacagcat
acttcctagatcaaaagaacttacccaaagagatgttatttggaacatca
tttaatacagactcttggcaacttcagttttgataaagaatattctaatt
tatcatttaatcttagaatgaatatcgcccccctcccctttggtgtgaca
gacaattccaaatacaggtctctttcatccagcttcatatagtgcgtact
tgtcctggtagggtctttggggtttgacatcaagggagtgtggaatggag
gtattagccacacacagggacgagttcactttttcctgatttgtatgcta
gttaaattatgtcttttgatcaacaatggcagcaggcgacttttgtgtct
ggatctggggaatgagacatcacttatacacagatggctcaatgaaagct
tgtgtgtccttcaaaaacttgcaaaaaaaaaaaaaaagacagcagagatt
ttagttactgcaaggttatttgatatgcaaccacataagtaggagggaag
ctgatctgaggtagtatagtccatctgccccttgttcgtgtgtcagtgta
agtggacaatgattgcttaatgcataatttgtggattaagttaagttata
acaatataggaaaaagtgatagtctgtcaattaactaaaaacttactatg
aatgaatatttttaaggatactcagacaaatcccttttcttgatgtgtat
ctattttgggatcgattacaaatataatgtatattaatttctgtaatcat
agaaaatcaagtatctcatatcaagcatagtgccaattgtgatcttgcaa
atatttagtttgcaaactaactgttctagtggctaatgctacataaagtg
acgagttaagttagagccctcatctcctctttattctcaatgatgtgtca
tgggcttataatga

tcttcaacttagctaccaggtcagaattttcctgtaaaaactcatagaag
ttcatacaatgaccatctaaacttaaaggaagatatagtccttgtagcta
tgaacatgattcacacagctggatgatttctaagaactgagacaagtgcc
ccaagatctttataaaagaaaatgtttgtctaatgcagtagttctcaaca
tgtgggtcacctaatagtattagaaaatacagatatttacattactattc
atagaagtaatcaaattacagttatgaggtagcaacaaaaataattttat
gtccaccactacatgaggaactgttggatcacagcattagaaaggttgag
aaccactgctttaacacacacctaagtaagggatcaaatcttcaatagat
atatgacctttccttcctatgtcaattccttctttccctcttgtccaccc
tccatctcttccttcctcccttcccttctcttcccttcccttaccttccc
ttacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_67726154_67727160
seq2: B6Ng01-171M21.b_41_1054 (reverse)

seq1  TCATTAT-AGCCCATGACACATCATTGAG-ATAAAGA-GAGATGAGGGCT  47
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TCATTATAAGCCCATGACACATCATTGAGAATAAAGAGGAGATGAGGGCT  50

seq1  CTAACTTAAACTCGTCACTGTATGTAGCATTAG-CACTAAGAACAGTTAG  96
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  CTAACTT-AACTCGTCACTTTATGTAGCATTAGCCACT-AGAACAGTTAG  98

seq1  TTTGCAAACTAAATATTTGC-AGATCACAATTGGCACTATGCTTGATATG  145
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAACTAAATATTTGCAAGATCACAATTGGCACTATGCTTGATATG  148

seq1  AGATACCTGATTTTCTATGATTACAG-AATTAATATACATTATATTTGTA  194
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTTGATTTTCTATGATTACAGAAATTAATATACATTATATTTGTA  198

seq1  ATCGAT-CCAAAATAGATACACATCAAGAAA--GGATTTGTCTGAGTATC  241
      |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  ATCGATCCCAAAATAGATACACATCAAGAAAAGGGATTTGTCTGAGTATC  248

seq1  CTTAAAATTATTCATTCATAGTAAGTTTTTAGTTAATTGACAGACTATCA  291
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAATATTCATTCATAGTAAGTTTTTAGTTAATTGACAGACTATCA  298

seq1  CTTTTTCCTATATTGTTATAACTTAACTTAATCCACAAATTATGCATTAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCCTATATTGTTATAACTTAACTTAATCCACAAATTATGCATTAA  348

seq1  GCAATCATTGTCCACTTACACTGACACACGAACAAGGGGCAGATGGACTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCATTGTCCACTTACACTGACACACGAACAAGGGGCAGATGGACTA  398

seq1  TACTACCTCAGATCAGCTTCCCTCCTACTTATGTGGTTGCATATCAAATA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACCTCAGATCAGCTTCCCTCCTACTTATGTGGTTGCATATCAAATA  448

seq1  ACCTTGCAGTAACTAAAATCTCTGCTGTCTTTTTTTTTTTTTTTGCAAGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCAGTAACTAAAATCTCTGCTGTCTTTTTTTTTTTTTTTGCAAGT  498

seq1  TTTTGAAGGACACACAAGCTTTCATTGAGCCATCTGTGTATAAGTGATGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGGACACACAAGCTTTCATTGAGCCATCTGTGTATAAGTGATGT  548

seq1  CTCATTCCCCAGATCCAGACACAAAAGTCGCCTGCTGCCATTGTTGATCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCCCCAGATCCAGACACAAAAGTCGCCTGCTGCCATTGTTGATCA  598

seq1  AAAGACATAATTTAACTAGCATACAAATCAGGAAAAAGTGAACTCGTCCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACATAATTTAACTAGCATACAAATCAGGAAAAAGTGAACTCGTCCC  648

seq1  TGTGTGTGGCTAATACCTCCATTCCACACTCCCTTGATGTCAAACCCCAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGCTAATACCTCCATTCCACACTCCCTTGATGTCAAACCCCAA  698

seq1  AGACCCTACCAGGACAAGTACGCACTATATGAAGCTGGATGAAAGAGACC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTACCAGGACAAGTACGCACTATATGAAGCTGGATGAAAGAGACC  748

seq1  TGTATTTGGAATTGTCTGTCACACCAAAGGGGAGGGGGGCGATATTCATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTGGAATTGTCTGTCACACCAAAGGGGAGGGGGGCGATATTCATT  798

seq1  CTAAGATTAAATGATAAATTAGAATATTCTTTATCAAAACTGAAGTTGCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATTAAATGATAAATTAGAATATTCTTTATCAAAACTGAAGTTGCC  848

seq1  AAGAGTCTGTATTAAATGATGTTCCAAATAACATCTCTTTGGGTAAGTTC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCTGTATTAAATGATGTTCCAAATAACATCTCTTTGGGTAAGTTC  898

seq1  TTTTGATCTAGGAAGTATGCTGTGAGGTGAGCCAAGCACTGATAAAATAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATCTAGGAAGTATGCTGTGAGGTGAGCCAAGCACTGATAAAATAT  948

seq1  TTACCTGACTCTGGAAGACTTTTTTCGCTTAGAATACGCTGACCTCACTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGACTCTGGAAGACTTTTTTCGCTTAGAATACGCTGACCTCACTT  998

seq1  CTACTTCAGTGAATTC  1007
      ||||||||||||||||
seq2  CTACTTCAGTGAATTC  1014


seq1: chr2_67579934_67580444
seq2: B6Ng01-171M21.g_68_578

seq1  GAATTCTCTTCAACTTAGCTACCAGGTCAGAATTTTCCTGTAAAAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCAACTTAGCTACCAGGTCAGAATTTTCCTGTAAAAACTCA  50

seq1  TAGAAGTTCATACAATGACCATCTAAACTTAAAGGAAGATATAGTCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTCATACAATGACCATCTAAACTTAAAGGAAGATATAGTCCTTG  100

seq1  TAGCTATGAACATGATTCACACAGCTGGATGATTTCTAAGAACTGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATGAACATGATTCACACAGCTGGATGATTTCTAAGAACTGAGACA  150

seq1  AGTGCCCCAAGATCTTTATAAAAGAAAATGTTTGTCTAATGCAGTAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCCAAGATCTTTATAAAAGAAAATGTTTGTCTAATGCAGTAGTTC  200

seq1  TCAACATGTGGGTCACCTAATAGTATTAGAAAATACAGATATTTACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATGTGGGTCACCTAATAGTATTAGAAAATACAGATATTTACATTA  250

seq1  CTATTCATAGAAGTAATCAAATTACAGTTATGAGGTAGCAACAAAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCATAGAAGTAATCAAATTACAGTTATGAGGTAGCAACAAAAATAA  300

seq1  TTTTATGTCCACCACTACATGAGGAACTGTTGGATCACAGCATTAGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTCCACCACTACATGAGGAACTGTTGGATCACAGCATTAGAAAG  350

seq1  GTTGAGAACCACTGCTTTAACACACACCTAAGTAAGGGATCAAATCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAACCACTGCTTTAACACACACCTAAGTAAGGGATCAAATCTTCA  400

seq1  ATAGATATATGACCTTTCCTTCCTATGTCAATTCCTTCTTTCCCTCTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATATGACCTTTCCTTCCTATGTCAATTCCTTCTTTCCCTCTTGT  450

seq1  CCACCCTCCATCTCTTCCTTCCTCCCTTCCCTTCTCTTCCCTTCCCTTCC  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCACCCTCCATCTCTTCCTTCCTCCCTTCCCTTCTCTTCCCTTCCCTTAC  500

seq1  CTTCCCTTCCC  511
      |||||||| ||
seq2  CTTCCCTTACC  511


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |