BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173B09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 118,497,569 - 118,629,951
singlet/doubletdoublet
Overlap genePak6, Gm1337, Plcb2, LOC100043272, A430105I19Rik, Disp2
Upstream geneThbs1, Fsip1, Gpr176, 1700054M17Rik, Eif2ak4, Srp14, LOC668859, Bmf, LOC640461, Bub1b
Downstream geneD2Ertd750e, Ivd, Bahd1, Chst14, LOC677379, Ccdc32, Rpusd2, Casc5, Rad51, 1200015F23Rik, Gchfr, Dnajc17, OTTMUSG00000015762, LOC545640, Zfyve19, Ppp1r14d, Spint1, Rhov, Vps18, LOC100043609, Dll4, Chac1, Inoc1, LOC100043612, Exdl1, 1500003O03Rik, LOC100043307, Oip5, Nusap1, Ndufaf1, LOC625328, LOC100043622, Rtf1, Itpka, Ltk, Rpap1, Tyro3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173B09.bB6Ng01-173B09.g
ACCGA001531GA001532
length614965
definitionB6Ng01-173B09.b B6Ng01-173B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,629,389 - 118,629,951)(118,497,569 - 118,498,524)
sequence
gaattctaggccagtgtcttaggatgctgtgatgaaacaccctgaccaaa
aactacttgggtgtgaaagtgtttatttcaattatacttccatatcacat
catcactgaaggcagtcagggcagggactcaaggtatggtaggaactagg
agacaaaagatgcagaggccatgaaggagcactgttcccacaatgggccc
tccccattactaattaagaaaatgttacagacttgtctatagtccgatct
tatggaggcattttctcagtgaggtgccctcctctcagatgactctagct
tgtgtgacattgatgtaaaagctagctagcacagccagactggatgacgg
gatgagtccttgtctcaaaaaataattgtaaaggccagtgagctggctca
gtgagtagaggcacttgcctacaagcctgctgacctgatacatattatgg
agaattactgccatggtcccgtctccaacacaggttattacatatgtgtt
cccaataaaccataaattaacaaattaagagtaatttttaaaagtaccct
cttgcttgtttttagttgataactaggttttttgtttgttggttggttgg
ttggttggttggtt
gaattcatcatgtctctaaagcaagtgtccttactgtagagatagcttgg
ctccccaggccttcccaggaaggcttagatcatagtccatgtccctggga
agggtgccatggtctgcaaagaggccaatgttcctgaatggcttatctca
ggttaccaggtcccttgggaaggtctggctaattgaaatgaactcccacc
ggcagtttttgtttggagagcagtctagaaaaggttagaatttggggaaa
aggagaaagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagactgttatgtgtgaggccagaatgcctgagttcttgt
cctatcagcaaatgaatggaaggtcccatcaagtgggcacccttagactt
ttccccaacaataactggatgctaggctgagctgggttcttttctaggcc
atagagtggtatacctgtcgaattggttgagtagttgaccttctagaaga
atctgggattctgctctgtgttgtaccacaatgggcttgactgatcttta
tggaaggtgtgtgtatccactgtgtgtgtacactgtgagtgtgtgtgtgt
ggtcttcttactcttttcatccattgtgttcactcagtttggaggtgctg
ggtcccaaggacctctgcaccccaatgcttagaccttatcacttcaccct
cccaagggaagggagcaaaattttcccccactatccacatcaagaaacca
aagctgaggtcatgggaacacccagacagggcaagggaatttgtggtttc
tacagctaagctctgccttgcctcctcctgcagaggaccaaagggttctg
ataaagttagcttccaactcatgctcccgggccctttaaagccaggcaac
tgtgcgctttgtcccattagcgcgtgcatgcaatgggctgtcatggaagg
gatatagctagacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_118629389_118629951
seq2: B6Ng01-173B09.b_95_657 (reverse)

seq1  AACCAACCAACCAACCAACCAACCAACAAACAAAAAACCTAGTTATCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCAACCAACCAACCAACCAACAAACAAAAAACCTAGTTATCAAC  50

seq1  TAAAAACAAGCAAGAGGGTACTTTTAAAAATTACTCTTAATTTGTTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACAAGCAAGAGGGTACTTTTAAAAATTACTCTTAATTTGTTAATT  100

seq1  TATGGTTTATTGGGAACACATATGTAATAACCTGTGTTGGAGACGGGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTTATTGGGAACACATATGTAATAACCTGTGTTGGAGACGGGACC  150

seq1  ATGGCAGTAATTCTCCATAATATGTATCAGGTCAGCAGGCTTGTAGGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTAATTCTCCATAATATGTATCAGGTCAGCAGGCTTGTAGGCAA  200

seq1  GTGCCTCTACTCACTGAGCCAGCTCACTGGCCTTTACAATTATTTTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCTACTCACTGAGCCAGCTCACTGGCCTTTACAATTATTTTTTGA  250

seq1  GACAAGGACTCATCCCGTCATCCAGTCTGGCTGTGCTAGCTAGCTTTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGACTCATCCCGTCATCCAGTCTGGCTGTGCTAGCTAGCTTTTAC  300

seq1  ATCAATGTCACACAAGCTAGAGTCATCTGAGAGGAGGGCACCTCACTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGTCACACAAGCTAGAGTCATCTGAGAGGAGGGCACCTCACTGAG  350

seq1  AAAATGCCTCCATAAGATCGGACTATAGACAAGTCTGTAACATTTTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCCTCCATAAGATCGGACTATAGACAAGTCTGTAACATTTTCTTA  400

seq1  ATTAGTAATGGGGAGGGCCCATTGTGGGAACAGTGCTCCTTCATGGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTAATGGGGAGGGCCCATTGTGGGAACAGTGCTCCTTCATGGCCTC  450

seq1  TGCATCTTTTGTCTCCTAGTTCCTACCATACCTTGAGTCCCTGCCCTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTTTTGTCTCCTAGTTCCTACCATACCTTGAGTCCCTGCCCTGAC  500

seq1  TGCCTTCAGTGATGATGTGATATGGAAGTATAATTGAAATAAACACTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCAGTGATGATGTGATATGGAAGTATAATTGAAATAAACACTTTC  550

seq1  ACACCCAAGTAGT  563
      |||||||||||||
seq2  ACACCCAAGTAGT  563

seq1: chr2_118497569_118498524
seq2: B6Ng01-173B09.g_69_1033

seq1  GAATTCATCATGTCTCTAAAGCAAGTGTCCTTACTGTAGAGATAGCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATGTCTCTAAAGCAAGTGTCCTTACTGTAGAGATAGCTTGG  50

seq1  CTCCCCAGGCCTTCCCAGGAAGGCTTAGATCATAGTCCATGTCCCTGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAGGCCTTCCCAGGAAGGCTTAGATCATAGTCCATGTCCCTGGGA  100

seq1  AGGGTGCCATGGTCTGCAAAGAGGCCAATGTTCCTGAATGGCTTATCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCCATGGTCTGCAAAGAGGCCAATGTTCCTGAATGGCTTATCTCA  150

seq1  GGTTACCAGGTCCCTTGGGAAGGTCTGGCTAATTGAAATGAACTCCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACCAGGTCCCTTGGGAAGGTCTGGCTAATTGAAATGAACTCCCACC  200

seq1  GGCAGTTTTTGTTTGGAGAGCAGTCTAGAAAAGGTTAGAATTTGGGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTTTTGTTTGGAGAGCAGTCTAGAAAAGGTTAGAATTTGGGGAAA  250

seq1  AGGAGAA--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  298
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  300

seq1  GAGAGAGAGAGAGACTGTTATGTGTGAGGCCAGAATGCCTGAGTTCTTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGACTGTTATGTGTGAGGCCAGAATGCCTGAGTTCTTGT  350

seq1  CCTATCAGCAAATGAATGGAAGGTCCCATCAAGTGGGCACCCTTAGACTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCAGCAAATGAATGGAAGGTCCCATCAAGTGGGCACCCTTAGACTT  400

seq1  TTCCCCAACAATAACTGGATGCTAGGCTGAGCTGGGTTCTTTTCTAGGCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAACAATAACTGGATGCTAGGCTGAGCTGGGTTCTTTTCTAGGCC  450

seq1  ATAGAGTGGTATACCTGTCGAATTGGTTGAGTAGTTGACCTTCTAGAAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTGGTATACCTGTCGAATTGGTTGAGTAGTTGACCTTCTAGAAGA  500

seq1  ATCTGGGATTCTGCTCTGTGTTGTACCACAATGGGCTTGACTGATCTTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGATTCTGCTCTGTGTTGTACCACAATGGGCTTGACTGATCTTTA  550

seq1  TGGAAGGTGTGTGTATCCACTGTGTGTGTACACTGTGAGTGTGTGTGTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTGTGTGTATCCACTGTGTGTGTACACTGTGAGTGTGTGTGTGT  600

seq1  GGTCTTCTTACTC-TTTCATCCATTGTGTTCACTCAGTTTGGAGGTGCT-  646
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGTCTTCTTACTCTTTTCATCCATTGTGTTCACTCAGTTTGGAGGTGCTG  650

seq1  GGTCCCAAGGACCTCTGCACCCCAATGCTTAGACCTTATCACTTCACCCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAAGGACCTCTGCACCCCAATGCTTAGACCTTATCACTTCACCCT  700

seq1  CCCAAGGGAAGGGAGC-AAAGTTTCCCCCACTATCCACATCAAGAAACCA  745
      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGGAAGGGAGCAAAATTTTCCCCCACTATCCACATCAAGAAACCA  750

seq1  AAGCTGAGGTCATGGGAACACCCAGACAGGGCAAGGGAATTGGTGGTTTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGCTGAGGTCATGGGAACACCCAGACAGGGCAAGGGAATTTGTGGTTTC  800

seq1  TACAGCTAAGCTCTGCC-TGCCTCCTCCTGCAGGAGGACCAAAGGG-TCT  843
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TACAGCTAAGCTCTGCCTTGCCTCCTCCTGCA-GAGGACCAAAGGGTTCT  849

seq1  GATAAAGTTAGCTTCCAACTCATGCTCCCGGGCCC-TTAGAGCCAGGC-A  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
seq2  GATAAAGTTAGCTTCCAACTCATGCTCCCGGGCCCTTTAAAGCCAGGCAA  899

seq1  CTGTGCGC-TTGTCCCATTAGCGCGTGCATGC-ATGGGCTGTCATGGAAA  939
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  CTGTGCGCTTTGTCCCATTAGCGCGTGCATGCAATGGGCTGTCATGG-AA  948

seq1  GGGAAGTAGCTAGACCA  956
      ||||  |||||||||||
seq2  GGGATATAGCTAGACCA  965