BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175O19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 139,469,964 - 139,665,452
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043792, 5430433G21Rik, Tasp1
Upstream geneLOC628103, C130053K05Rik
Downstream geneLOC672103, LOC269365, Esf1, 2310003L22Rik, Sel1l2, 2900006F19Rik, Flrt3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175O19.bB6Ng01-175O19.g
ACCGA003600GA003601
length1,0961,154
definitionB6Ng01-175O19.b B6Ng01-175O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,664,370 - 139,665,452)(139,469,964 - 139,471,111)
sequence
gaattcaatccccagagccacgttagggtggataagcaggatgagtacaa
aagttgccctctgacctccctccatatgtgtgctgtggctcacctcatcc
tccccacaccaacagtactttattactgttgttattatttttaaaatgtg
acttcattaaggatataaagtttgtttagcctggagaacagtttcaatga
accaaatttatgttgcccaagtagcagagtagaaaacatagaagagaagc
ttaacttgtgtttaaatgagttgttattctataaacatacatattgttcc
aggttatattttgaaagttaatgtggccctatcattatatgaggaaaaat
agaagttcttggacttgacaatttaaaaataaagcagatttaacaagaca
tgacaaagtggtagaggaagggaatatctttatctccagaaggacgtggt
aatgaaaaagtgggcttgtcaactacccacatcttagcaagctagaatac
tgcattccagaagaaaaacacatgcaaactagtttgtcttggtgttttcc
aaatgtctcctgctgttgaattcatgtgtatttaacagcagtaacaaccc
aacagatgcatgaggcatacagcctctacttgatcatgactttggttacc
agtgcctctagtcctctgtggaacacctaggtccaagagaggacaactaa
aaaaataaagggatagatgaagtcagatgatactagttccgtatttcata
tcaatcttgggaaatatatttaatttttattgagagtctgcaacttcagt
atcataattatttcattttatataacatcctcaaaataaagcattcttat
tactgtaatcaaacccattaaaatataaaacttaggaagttttaaatata
aaatttgcaattatcattcaagcacccttgccttcctgtgcccttccgct
caccgtttgttaaagcattctttattcactttacatatactgagctcctg
tttgatgcaaggctatcctttcagtgccaatgaaggaaaaccagtgtaca
ggctgaactagcttcccctgtctttcataaggggcttacattccag

gaattcacaggaaataggtttcaatttaaaactctacctaataaaaggag
agcaaaaaaggagcatgcaagccaaaaaaaaaaatgctctagacaactac
aatcagattttcacttatttttatgtgtgagctaagttgcccaagccagc
ctaacattgactctataaagtcaggatggcccttaacttgccctcttcct
gcctcaactttctaaatagctgaaattactggcttctggcatcatgctta
gatttttaacatgaatatgtctttcttttttaaaaaaaaaatcacttaca
aatattccaataaatacttccaagctaaaagaagacacagtagccaagaa
accaagagtagaattcagtaacaggcaatgatccctcagaataatcatat
atagttttttaaagggggtgaggctctattttgctccaaatggaattcta
atttggtatccctggttgtaaatcctcatgatacttcaggtccatggtat
ttctaacctgtgggtctaccaactctgatgccttggtcctagcgtgaatg
acttaggctcccattccagtatatggaaaagaaaaagtagaagagacagc
tagttatccctgcctgatggctgacttaactctgacactggacacattta
gagagagtaaaaaaaatcctgattccatggtctaaaaggtaatcctccag
tacctaaagatccagctatttttccaatattgccgctagacccactttca
cctacttatatgaaaaatgaaggcctgtaagtcctctccattttacagag
gccacacctaatctgttacccaaagctgcacacccagacattcatcccat
ctttccatttcattacccttggatatgttcagagttcctcagaatgctat
agttctgatcacagtttccaaggtaattatctcttgtgcatgcttacaac
aaagacaccttagaaatcttgagtggagaggaggaggtgacactgcatct
gtgtgtcctgttgaccagatccatgagcatgttctgtctgactcaatatg
ctcctgggatatgaaaagagaaggctgataaatcttctcaacctctgtga
atctcccccctggccttcgatggtccaacctcactgcaggacaactctcc
tggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_139664370_139665452
seq2: B6Ng01-175O19.b_46_1141 (reverse)

seq1  CTGGAATGTAAGCCC--TATG-AGGACAGGG--AGCTTG-TCAGCCTGTA  44
      |||||||||||||||  |||| | |||||||  |||| | ||||||||||
seq2  CTGGAATGTAAGCCCCTTATGAAAGACAGGGGAAGCTAGTTCAGCCTGTA  50

seq1  CACTG--TTTCC-TCATTGGCACCTGAAGGATAGCC-TGCATCAAACAGG  90
      |||||  ||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||
seq2  CACTGGTTTTCCTTCATTGGCACTGAAAGGATAGCCTTGCATCAAACAGG  100

seq1  AGCTCAGTATATGTTAAGTGAATAAAGAATGCTTTAACAAACGGTGAGCG  140
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTATATGTAAAGTGAATAAAGAATGCTTTAACAAACGGTGAGCG  150

seq1  G-AGGGCACAGG-AGGCAAGGGTGCTTGAATGATAATTGCAAATTTTATA  188
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCACAGGAAGGCAAGGGTGCTTGAATGATAATTGCAAATTTTATA  200

seq1  TTTAAAACTTCCTAAGTTTTATATTTTAATGGGTTTGATTACAGTAATAA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTTCCTAAGTTTTATATTTTAATGGGTTTGATTACAGTAATAA  250

seq1  GAATGCTTTATTTTGAGGATGTTATAT-AAATGAAATAATTATGATACTG  287
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTTTATTTTGAGGATGTTATATAAAATGAAATAATTATGATACTG  300

seq1  AAGTTGCAGACTCTCAATAAAAATTAAATATATTTCCCAAGATTGATATG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCAGACTCTCAATAAAAATTAAATATATTTCCCAAGATTGATATG  350

seq1  AAATACGGAACTAGTATCATCTGACTTCATCTATCCCTTTATTTTTTTAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACGGAACTAGTATCATCTGACTTCATCTATCCCTTTATTTTTTTAG  400

seq1  TTGTCCTCTCTTGGACCTAGGTGTTCCACAGAGGACTAGAGGCACTGGTA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTCTCTTGGACCTAGGTGTTCCACAGAGGACTAGAGGCACTGGTA  450

seq1  ACCAAAGTCATGATCAAGTAGAGGCTGTATGCCTCATGCATCTGTTGGGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGTCATGATCAAGTAGAGGCTGTATGCCTCATGCATCTGTTGGGT  500

seq1  TGTTACTGCTGTTAAATACACATGAATTCAACAGCAGGAGACATTTGGAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTGCTGTTAAATACACATGAATTCAACAGCAGGAGACATTTGGAA  550

seq1  AACACCAAGACAAACTAGTTTGCATGTGTTTTTCTTCTGGAATGCAGTAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAAGACAAACTAGTTTGCATGTGTTTTTCTTCTGGAATGCAGTAT  600

seq1  TCTAGCTTGCTAAGATGTGGGTAGTTGACAAGCCCACTTTTTCATTACCA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTTGCTAAGATGTGGGTAGTTGACAAGCCCACTTTTTCATTACCA  650

seq1  CGTCCTTCTGGAGATAAAGATATTCCCTTCCTCTACCACTTTGTCATGTC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTTCTGGAGATAAAGATATTCCCTTCCTCTACCACTTTGTCATGTC  700

seq1  TTGTTAAATCTGCTTTATTTTTAAATTGTCAAGTCCAAGAACTTCTATTT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAATCTGCTTTATTTTTAAATTGTCAAGTCCAAGAACTTCTATTT  750

seq1  TTCCTCATATAATGATAGGGCCACATTAACTTTCAAAATATAACCTGGAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCATATAATGATAGGGCCACATTAACTTTCAAAATATAACCTGGAA  800

seq1  CAATATGTATGTTTATAGAATAACAACTCATTTAAACACAAGTTAAGCTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGTATGTTTATAGAATAACAACTCATTTAAACACAAGTTAAGCTT  850

seq1  CTCTTCTATGTTTTCTACTCTGCTACTTGGGCAACATAAATTTGGTTCAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTATGTTTTCTACTCTGCTACTTGGGCAACATAAATTTGGTTCAT  900

seq1  TGAAACTGTTCTCCAGGCTAAACAAACTTTATATCCTTAATGAAGTCACA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGTTCTCCAGGCTAAACAAACTTTATATCCTTAATGAAGTCACA  950

seq1  TTTTAAAAATAATAACAACAGTAATAAAGTACTGTTGGTGTGGGGAGGAT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAATAATAACAACAGTAATAAAGTACTGTTGGTGTGGGGAGGAT  1000

seq1  GAGGTGAGCCACAGCACACATATGGAGGGAGGTCAGAGGGCAACTTTTGT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGCCACAGCACACATATGGAGGGAGGTCAGAGGGCAACTTTTGT  1050

seq1  ACTCATCCTGCTTATCCACCCTAACGTGGCTCTGGGGATTGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCCTGCTTATCCACCCTAACGTGGCTCTGGGGATTGAATTC  1096


seq1: chr2_139469964_139471111
seq2: B6Ng01-175O19.g_62_1215

seq1  GAATTCACAGGAAATAGGTTTCAATTTAAAACTCTACCTAATAAAAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGAAATAGGTTTCAATTTAAAACTCTACCTAATAAAAGGAG  50

seq1  AGCAAAAAAGGAGCATGCAAGCCAAAAAAAAAAATGCTCTAGACAACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAAAGGAGCATGCAAGCCAAAAAAAAAAATGCTCTAGACAACTAC  100

seq1  AATCAGATTTTCACTTATTTTTATGTGTGAGCTAAGTTGCCCAAGCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGATTTTCACTTATTTTTATGTGTGAGCTAAGTTGCCCAAGCCAGC  150

seq1  CTAACATTGACTCTATAAAGTCAGGATGGCCCTTAACTTGCCCTCTTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATTGACTCTATAAAGTCAGGATGGCCCTTAACTTGCCCTCTTCCT  200

seq1  GCCTCAACTTTCTAAATAGCTGAAATTACTGGCTTCTGGCATCATGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAACTTTCTAAATAGCTGAAATTACTGGCTTCTGGCATCATGCTTA  250

seq1  GATTTTTAACATGAATATGTCTTTCTTTTTTAAAAAAAAAATCACTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTAACATGAATATGTCTTTCTTTTTTAAAAAAAAAATCACTTACA  300

seq1  AATATTCCAATAAATACTTCCAAGCTAAAAGAAGACACAGTAGCCAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCCAATAAATACTTCCAAGCTAAAAGAAGACACAGTAGCCAAGAA  350

seq1  ACCAAGAGTAGAATTCAGTAACAGGCAATGATCCCTCAGAATAATCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAGTAGAATTCAGTAACAGGCAATGATCCCTCAGAATAATCATAT  400

seq1  ATAGTTTTTTAAAGGGGGTGAGGCTCTATTTTGCTCCAAATGGAATTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTTTTAAAGGGGGTGAGGCTCTATTTTGCTCCAAATGGAATTCTA  450

seq1  ATTTGGTATCCCTGGTTGTAAATCCTCATGATACTTCAGGTCCATGGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTATCCCTGGTTGTAAATCCTCATGATACTTCAGGTCCATGGTAT  500

seq1  TTCTAACCTGTGGGTCTACCAACTCTGATGCCTTGGTCCTAGCGTGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACCTGTGGGTCTACCAACTCTGATGCCTTGGTCCTAGCGTGAATG  550

seq1  ACTTAGGCTCCCATTCCAGTATATGGAAAAGAAAAAGTAGAAGAGACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGCTCCCATTCCAGTATATGGAAAAGAAAAAGTAGAAGAGACAGC  600

seq1  TAGTTATCCCTGCCTGATGGCTGACTTAACTCTGACACTGGACACATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATCCCTGCCTGATGGCTGACTTAACTCTGACACTGGACACATTTA  650

seq1  GAGAGAGTAAAAAAAATCCTGATTCCATGGTCTAAAAGGTAATCCTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGTAAAAAAAATCCTGATTCCATGGTCTAAAAGGTAATCCTCCAG  700

seq1  TACCTAAAGATCCAGCTATTTTTCCAATATTGCCGCTAGACCCAC-TTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TACCTAAAGATCCAGCTATTTTTCCAATATTGCCGCTAGACCCACTTTCA  750

seq1  CCTACTTATATGAAAAATGAAGGCCTGTAAGTCCTCTCCA-TTTACAGAG  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCTACTTATATGAAAAATGAAGGCCTGTAAGTCCTCTCCATTTTACAGAG  800

seq1  GCCACACCTAATCTGTTACCCAAAGCTGCACACCCAGACATTCATCCCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACCTAATCTGTTACCCAAAGCTGCACACCCAGACATTCATCCCAT  850

seq1  CTTTCCATTTCATTACCCTTGGATATGTTCAGAGTTCCTCAGAAATGCTA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTTCCATTTCATTACCCTTGGATATGTTCAGAGTTCCTCAG-AATGCTA  899

seq1  TAGTTCTGATCACAGTTTCCAAGGTAATTATCTCTTGTGCATGCTTACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTGATCACAGTTTCCAAGGTAATTATCTCTTGTGCATGCTTACAA  949

seq1  CAAAGACACCTTAGAAAATCTTGAGTGGAGAGGAGGAGGTGACACTGCAT  998
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACACCTTAG-AAATCTTGAGTGGAGAGGAGGAGGTGACACTGCAT  998

seq1  CTGTTGTGTCCTGGTGACCAGATCCATGAGCATGTTCTGTCTGGC-CCAT  1047
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
seq2  CTG-TGTGTCCTGTTGACCAGATCCATGAGCATGTTCTGTCTGACTCAAT  1047

seq1  ATGCTCCTTGGGATATGAAAAGAGA--GGTGAT-AATCTTCTC-ACCTCT  1093
      ||||||| |||||||||||||||||  | |||| ||||||||| ||||||
seq2  ATGCTCC-TGGGATATGAAAAGAGAAGGCTGATAAATCTTCTCAACCTCT  1096

seq1  GTG-ATCTTCCCCCTGCCTTTCAGATTGTCACACCTCACTGCAGGACA--  1140
      ||| |||| ||||||| | ||| ||| |||  ||||||||||||||||  
seq2  GTGAATCTCCCCCCTGGCCTTC-GATGGTCCAACCTCACTGCAGGACAAC  1145

seq1  -CTCCTGGG  1148
       ||||||||
seq2  TCTCCTGGG  1154


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |