BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176C24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 72,259,312 - 72,383,620
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230120H23Rik, Cdca7
Upstream geneHat1, Metapl1, LOC100040207, Dlx1, Dlx1as, Dlx2, Gm1631, Itga6, Pdk1, Rapgef4, LOC100040270
Downstream geneLOC383712, LOC635960, LOC100039928, 6430710C18Rik, Sp3, Hspe1-ps5, Gtpbp9, LOC620110, Sp9, 1700023B02Rik, Scrn3, Gpr155, Wipf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176C24.bB6Ng01-176C24.g
ACCGA003791GA003792
length1,1371,156
definitionB6Ng01-176C24.b B6Ng01-176C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,382,484 - 72,383,620)(72,259,312 - 72,260,471)
sequence
gaattctgctctctctatcagaatgtgaaggaagttagcattcttatcct
ttctgttcctctcaagatgcctttggatagcaactgctttcctaatcaaa
tggcagagaagctcagggagctcaaagctcagggagctcaagggaaaaac
ctttggacttaaagattctcaagatttttattactcgtcacaaaatggag
ctgtgcctcttgggagcgagtcagatttttcttggccagtttgtaaatct
gctcctttgcttctttccacgtcagcttcagccaggtggggatgctactg
aggtgaggtagctccaacttaggctatttctgagagcatgcctgccaccc
atgatggtgacagtctggcagcaaagagagtattgtcatttataatatga
caatgtctatatttttcatctttttcatgaatggaccatttaactattaa
caaattcctgtgaatgttttttttgccggaaactagacattatacacttt
ctgccatcaacaaatcatgtgtatgaaattgtcaaagaacaaattaaatc
agttttaaaaattcaaatctccttgttatgcctgttgaatagtagcacag
ttgcctatccctaaccaatttcctggaggaaaaaaaaatagttttgaagc
aataaaaaattgtaaagtgatgggcaaaggggagacctctcacacggata
agtacagaatccaaggcaccatgcctgtcttagtcagggtttttattcct
gcacaaacatcatgaccaagaagcagttggggaggaaagggtttattcag
cttacactttccacattgctgttcatcaccaaaggaagtcaggactggaa
ctcaagcaggtcaggaaacaggagctgatgcagaggccatggaaaggatg
ttacttactggcttgcttctcctgcttgctcagcctgctctcttatagaa
tccaagactaccagcccagagatggtcccaccacaagagccctttgatca
ctaattgagaaaatgccttacagatggatctcatggaggcatttcctcaa
ctgagctcttttctgtgataactccagctgtgtcagtggaacacaaaaac
ctagcccagtacatgcttaatcttttaagatgaagga
gaattcatgtcagatacatgagacacgatattgtcgtcagtgattaagaa
tcagagaacaagacaaagtgtgtgactagtcttagatgaggtgacaacag
ccagggccagaaatgatggcttgtttctgtttgtttgtttttgtttgttt
ggttttggttttgttgtatatgcgctaactcatttacgctgtccctaaac
ttgaacaaaacagccagaatgggttgctgtctagttctgacatgccccat
tatgtcaccctatactctaaataaaaagatacttcttcataagcatgctc
tgagtgcaaattacagtatatataagtcttattacctcgacccttaaagg
tagaacctattaaaaaaaaagatagattcaaaaccctcaaaatgccagct
agctgagttctcataaaccttcctttgcaacctttctctataactaaaaa
aactcacaagaaacattgatgtcttgaaatctctccaaaccctttgcttg
atgtgagtttttctctcacaaataaaatgaaaaggatgttctaacaggcg
ccaatgggaataatctatgccaggggttcttttctcaaaactagtagcaa
cttttcctctttgcctttgagaaggactattgggcaaggatacgctaaaa
gtggtattggtcaccttcactgctgtaacaaaacgcctgacagatgacgt
aaggaaagagaggtgcattctggactgtggtttcaggggattttagtcca
tgatgagggactagatcaacaatcagcagttcaattcctaacagggagct
tgtgatagaggctactcaggtcctggtagaccaggaagcaaggggtatca
tgggaacaagaggccaaatagaacccttccaaggtctacttctagtgact
tccttccaccagttagaacccacattctaaacatttccacagctttcaaa
aaataataataataaataaaaccacgaccaactaaggataaaatgttcaa
aacatgagtctttgagtcattccaatgctctgccattctcaaaaactcga
acctaccaccagagatggcaaggtgatttaatgtacaaacagtgaagaga
aaggacctcttctcactgtgagaagtcacttcgttctaggaattccgaat
gaaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_72382484_72383620
seq2: B6Ng01-176C24.b_32_1168 (reverse)

seq1  TCCTTCATCTTAAAGGTTTAGGCATTGTACT-GGCTAG--TTTTGTG-TC  46
      |||||||||||||| | ||| ||| |||||| ||||||  ||||||| ||
seq2  TCCTTCATCTTAAAAGATTAAGCA-TGTACTGGGCTAGGTTTTTGTGTTC  49

seq1  AACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAAAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAA  96
       || |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||
seq2  CAC-TGACACAGCTGGAGTTATCACAGAAAA--GAGC-TCAGTTGAGGAA  95

seq1  ATGCCTCCATGAGATCCATCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATC-AA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGCCTCCATGAGATCCATCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAA  145

seq1  GGGCTCCTTGTGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGATTCTATA  195
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCT-CTTGTGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGATTCTATA  194

seq1  AGAGAGCAGGCTGAGCAAGCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCC-T  244
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAGAGCAGGCTGAGCAAGCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCCTT  244

seq1  TCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGTTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGTTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGT  294

seq1  CCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAAGTGTAAGCTGAATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAAGTGTAAGCTGAATA  344

seq1  AACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATA  394

seq1  AAAACCCTGACTAAGACAGGCATGGTGCCTTGGATTCTGTACTTATCCGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCTGACTAAGACAGGCATGGTGCCTTGGATTCTGTACTTATCCGT  444

seq1  GTGAGAGGTCTCCCCTTTGCCCATCACTTTACAATTTTTTATTGCTTCAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGGTCTCCCCTTTGCCCATCACTTTACAATTTTTTATTGCTTCAA  494

seq1  AACTATTTTTTTTTCCTCCAGGAAATTGGTTAGGGATAGGCAACTGTGCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTTTTTTTCCTCCAGGAAATTGGTTAGGGATAGGCAACTGTGCT  544

seq1  ACTATTCAACAGGCATAACAAGGAGATTTGAATTTTTAAAACTGATTTAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCAACAGGCATAACAAGGAGATTTGAATTTTTAAAACTGATTTAA  594

seq1  TTTGTTCTTTGACAATTTCATACACATGATTTGTTGATGGCAGAAAGTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTTTGACAATTTCATACACATGATTTGTTGATGGCAGAAAGTGT  644

seq1  ATAATGTCTAGTTTCCGGCAAAAAAAACATTCACAGGAATTTGTTAATAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTCTAGTTTCCGGCAAAAAAAACATTCACAGGAATTTGTTAATAG  694

seq1  TTAAATGGTCCATTCATGAAAAAGATGAAAAATATAGACATTGTCATATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGGTCCATTCATGAAAAAGATGAAAAATATAGACATTGTCATATT  744

seq1  ATAAATGACAATACTCTCTTTGCTGCCAGACTGTCACCATCATGGGTGGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGACAATACTCTCTTTGCTGCCAGACTGTCACCATCATGGGTGGC  794

seq1  AGGCATGCTCTCAGAAATAGCCTAAGTTGGAGCTACCTCACCTCAGTAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCTCTCAGAAATAGCCTAAGTTGGAGCTACCTCACCTCAGTAGC  844

seq1  ATCCCCACCTGGCTGAAGCTGACGTGGAAAGAAGCAAAGGAGCAGATTTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCACCTGGCTGAAGCTGACGTGGAAAGAAGCAAAGGAGCAGATTTA  894

seq1  CAAACTGGCCAAGAAAAATCTGACTCGCTCCCAAGAGGCACAGCTCCATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGGCCAAGAAAAATCTGACTCGCTCCCAAGAGGCACAGCTCCATT  944

seq1  TTGTGACGAGTAATAAAAATCTTGAGAATCTTTAAGTCCAAAGGTTTTTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACGAGTAATAAAAATCTTGAGAATCTTTAAGTCCAAAGGTTTTTC  994

seq1  CCTTGAGCTCCCTGAGCTTTGAGCTCCCTGAGCTTCTCTGCCATTTGATT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGCTCCCTGAGCTTTGAGCTCCCTGAGCTTCTCTGCCATTTGATT  1044

seq1  AGGAAAGCAGTTGCTATCCAAAGGCATCTTGAGAGGAACAGAAAGGATAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGCAGTTGCTATCCAAAGGCATCTTGAGAGGAACAGAAAGGATAA  1094

seq1  GAATGCTAACTTCCTTCACATTCTGATAGAGAGAGCAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTAACTTCCTTCACATTCTGATAGAGAGAGCAGAATTC  1137

seq1: chr2_72259312_72260471
seq2: B6Ng01-176C24.g_64_1219

seq1  GAATTCATGTCAGATACATGAGACACGATATTGTCGTCAGTGATTAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTCAGATACATGAGACACGATATTGTCGTCAGTGATTAAGAA  50

seq1  TCAGAGAACAAGACAAAGTGTGTGACTAGTCTTAGATGAGGTGACAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAACAAGACAAAGTGTGTGACTAGTCTTAGATGAGGTGACAACAG  100

seq1  CCAGGGCCAGAAATGATGGCTTGTTTCTGTTTGTTTGTTTTTGTTTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCCAGAAATGATGGCTTGTTTCTGTTTGTTTGTTTTTGTTTGTTT  150

seq1  GGTTTTGGTTTTGTTGTATATGCGCTAACTCATTTACGCTGTCCCTAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGGTTTTGTTGTATATGCGCTAACTCATTTACGCTGTCCCTAAAC  200

seq1  TTGAACAAAACAGCCAGAATGGGTTGCTGTCTAGTTCTGACATGCCCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACAAAACAGCCAGAATGGGTTGCTGTCTAGTTCTGACATGCCCCAT  250

seq1  TATGTCACCCTATACTCTAAATAAAAAGATACTTCTTCATAAGCATGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACCCTATACTCTAAATAAAAAGATACTTCTTCATAAGCATGCTC  300

seq1  TGAGTGCAAATTACAGTATATATAAGTCTTATTACCTCGACCCTTAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCAAATTACAGTATATATAAGTCTTATTACCTCGACCCTTAAAGG  350

seq1  TAGAACCTATTAAAAAAAAAGATAGATTCAAAACCCTCAAAATGCCAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTATTAAAAAAAAAGATAGATTCAAAACCCTCAAAATGCCAGCT  400

seq1  AGCTGAGTTCTCATAAACCTTCCTTTGCAACCTTTCTCTATAACTAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGTTCTCATAAACCTTCCTTTGCAACCTTTCTCTATAACTAAAAA  450

seq1  AACTCACAAGAAACATTGATGTCTTGAAATCTCTCCAAACCCTTTGCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACAAGAAACATTGATGTCTTGAAATCTCTCCAAACCCTTTGCTTG  500

seq1  ATGTGAGTTTTTCTCTCACAAATAAAATGAAAAGGATGTTCTAACAGGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGTTTTTCTCTCACAAATAAAATGAAAAGGATGTTCTAACAGGCG  550

seq1  CCAATGGGAATAATCTATGCCAGGGGTTCTTTTCTCAAAACTAGTAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGGAATAATCTATGCCAGGGGTTCTTTTCTCAAAACTAGTAGCAA  600

seq1  CTTTTCCTCTTTGCCTTTGAGAAGGACTATTGGGCAAGGATACGCTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTCTTTGCCTTTGAGAAGGACTATTGGGCAAGGATACGCTAAAA  650

seq1  GTGGTATTGGTCACCTTCACTGCTGTAACAAAACGCCTGACAGATGACGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATTGGTCACCTTCACTGCTGTAACAAAACGCCTGACAGATGACGT  700

seq1  AAGGAAAGAGAGGTGCATTCTGGACTGTGGTTTCAGGGGATTTTAGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGAGAGGTGCATTCTGGACTGTGGTTTCAGGGGATTTTAGTCCA  750

seq1  TGATGAGGGACTAGATCAACAATCAGCAGTTCAATTCCTAACAGGGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGGGACTAGATCAACAATCAGCAGTTCAATTCCTAACAGGGAGCT  800

seq1  TGTGATAGAGGCTACTCAGGTCCTGGTAGACCAGGAAGCAAGGGGTATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAGAGGCTACTCAGGTCCTGGTAGACCAGGAAGCAAGGGGTATCA  850

seq1  TGGGAACAAGAGGCCAAATAGAA-CCTTCCAAGGTCTACTTCTAGTGACT  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACAAGAGGCCAAATAGAACCCTTCCAAGGTCTACTTCTAGTGACT  900

seq1  TCCTTCCACCAGTTAGAACCCACATTCTAAACA-TTCCACAGCTTTCAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCACCAGTTAGAACCCACATTCTAAACATTTCCACAGCTTTCAAA  950

seq1  AAATAAATAATAAATAAATAAAACCACGACCAACTAAGGATAAAATGTTC  998
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAT-AATAAT-AATAAATAAAACCACGACCAACTAAGGATAAAATGTTC  998

seq1  AAAACATGAGTCTTTGGAGGTCATTCCAAATGCTCTGCCA-TCTCAAAAA  1047
      ||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  AAAACATGAGTCTTTG--AGTCATTCC-AATGCTCTGCCATTCTCAAAAA  1045

seq1  CTCGAAACCTACCAACCAGAGATGGAAAGGTGATTT-ATGTACAAACAGT  1096
      |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCG-AACCTACC-ACCAGAGATGGCAAGGTGATTTAATGTACAAACAGT  1093

seq1  GAGGAGGAAAGACCCTCTCTCACTGTGAGAAGTCAACCTTCGTTCTAGGA  1146
      || ||| || ||||   ||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  GAAGAGAAAGGACCTCTTCTCACTGTGAGAAGTCA--CTTCGTTCTAGGA  1141

seq1  ATTCAG-ATGAAATT  1160
      |||| | ||||||||
seq2  ATTCCGAATGAAATT  1156