BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177H08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 18,464,519 - 18,639,890
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625815, Commd3, Bmi1, EG667477, LOC100041448, BC061194
Upstream geneNebl, LOC100041319, LOC100041047, 1700113O17Rik, A930004D18Rik, 2810030E01Rik, Mllt10, LOC641254, Dnajc1, LOC100041388, LOC623325
Downstream geneLOC667493, LOC100041479, Pip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177H08.bB6Ng01-177H08.g
ACCGA004723GA004724
length1,0481,008
definitionB6Ng01-177H08.b B6Ng01-177H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,638,831 - 18,639,890)(18,464,519 - 18,465,519)
sequence
gaattcagtagatctctttggggagcttctagacctgagacctctacagt
gaaatattatattacagtgggaattccacataggatccaagtcattgaaa
gatagtggagtgtgatccctcaagccaggtcctacctatgaaccatggta
acatctctcagactgggcaatcaagggagatggacaggacatccctgaca
cctccccaccaatgtgtgtgtgtggtcgttccacagagctctgtgaacta
ctcagagagactcagcatagcgtggaacatgtcccctgactcatcagaac
ctacttaacctaattatgaagttttcatcttctgacccaaaacactgagt
tctctcgacacattatatgacaaattaacaacttctaaactccagataca
atgggatggaaatacaaacttttctaaatataagagtttgctttctcagc
ttagtttcctgctgttctatttctatccatatgtccccattaagaaccaa
acataacacagagagtctctgcctgcttctgtgggtttccttcagcatca
tcaggaagtggtcagtccagttgtgtggtacctaggctaacatggacttg
ggagtacacagatttggattctcatacctcccttcacatcaccccaggcc
tcttctctaagtcagcttctctcaagtagagaaagaagcagctaaagggc
agctatagtctaaaggagacaatatatcacagtgactccacgcagagaag
ctgctgttctttgtaacactggaaagccaaaaggcatctttaattctacc
agcttagtaatgcaacatgcgtctcaatagtctacaaccataggaaggct
cactttacagtattggaactgtattatacaactttctccgtttagtattt
tttattcttttaaaatttatgtaattttttttttacttacctcactttac
atccttcccactgccaccgttattatacttactttctgcttacttgagga
cataacactttttgcttgtggcatggatttattaagcggattactata
gaattccacgcgtgagtagaacccacaacaggcagaggcagctcttattt
tttattgatctcagatgagtaaaaccttgaaataacagcatgagcatatg
aggattatatgcattagacaaaaccaggcattttaatagtttctgccaac
tcctcattgatcaatgaggagttgttcccaaggattggttgggaaacaga
ggtcaagagtgagcatgagacaaacacgtgcttttcttcagccaaccatg
tcgaaggttgatgccaggaagatagctcagcatataaaatgttcaatgca
tgaactgaggactcccgtccagaccccctaagcccccaataaatgctggt
ttcagactagacagcattgcagtgagctctgggtttgactgagagaacca
gactcaatggataagatggaagagtgatctagaataattcccaacattga
gcccaggcctccacaagcacacatatgtgcatgcatgtctgtccccacat
agatgcataacacatgcaggaagaaggaaaggaaatattcttcaatctcc
ctcttgataatcatagtggtaagtatccacttgaccctgtgattccacaa
aaagtacagagctcaagaatctgtgggtgaggttgaccaacaaacagcca
tgctaagtctcacaagcaaaaggaacttgggaactagttgtctgatgcta
tatttttttaagagactgtcagagttccagttaatgctctctatctgtaa
cacaaaattgctgaactgacatggtaatagagtgcttacatgtttttacc
aatagacaccaagcccatcttcaggaagaagacggggtgactggccacac
attaacggcagggtacagatgcccaacagacctgccttctggcttcatag
cacaagtccagtgtaaagaacacagagagctcccctgccccacccatgta
tgcaggttaaggaacacaccctaaactgcccctgccctgttcactgcact
gtaaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_18638831_18639890
seq2: B6Ng01-177H08.b_41_1088 (reverse)

seq1  TATAGTAATCCGCTTAATAAAATCTCATGCCACAAAGCAAAAAGTTGTTA  50
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||
seq2  TATAGTAATCCGCTTAAT-AAATC-CATGCCAC-AAGCAAAAAG-TGTTA  46

seq1  TGGTCCCTACAAGGTAATGCAGAAAAGTAAGTATAATAAACGGTGGCAGT  100
      | ||||   ||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  T-GTCC--TCAA-GTAA-GCAG-AAAGTAAGTATAAT-AACGGTGGCAGT  89

seq1  GAGAAGGATGTAAAGTGA-GTAAGTAAAAAAAAAAATTACATTAAATTTT  149
      | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGGAAGGATGTAAAGTGAGGTAAGT-AAAAAAAAAATTACA-TAAATTTT  137

seq1  AAAAAGATAAAAAAATACTAAAACGGAGAAAGTTGTATAATACAGTTCCA  199
       ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAAGAATAAAAAATACT-AAACGGAGAAAGTTGTATAATACAGTTCCA  185

seq1  ATACTGTAAAGTGAGCCTTCCTATGGTTGTAGACTA-TGAGACGCATGTT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATACTGTAAAGTGAGCCTTCCTATGGTTGTAGACTATTGAGACGCATGTT  235

seq1  GCATTACTAAGCTGGTAGAATTAAAGATGCCTTTTGGCTTTCCAGTGTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACTAAGCTGGTAGAATTAAAGATGCCTTTTGGCTTTCCAGTGTTA  285

seq1  CAAAGAACAGCAGCTTCTCTGCGTGGAGTCACTGTGATATATTGTCTCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACAGCAGCTTCTCTGCGTGGAGTCACTGTGATATATTGTCTCCT  335

seq1  TTAGACTATAGCTGCCC-TTAGCTGCTTCTTTCTCTACTTGAGAGAAGCT  397
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTATAGCTGCCCTTTAGCTGCTTCTTTCTCTACTTGAGAGAAGCT  385

seq1  GACTTAGAGAAGAGGCCTGGGGTGATGTGAAGGGAGGTATGAGAATCCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGAGAAGAGGCCTGGGGTGATGTGAAGGGAGGTATGAGAATCCAA  435

seq1  ATCTGTGTACTCCCAAGTCCATGTTAGCCTAGGTACCACACAACTGGACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTACTCCCAAGTCCATGTTAGCCTAGGTACCACACAACTGGACT  485

seq1  GACCACTTCCTGATGATGCTGAAGGAAACCCACAGAAGCAGGCAGAGACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTTCCTGATGATGCTGAAGGAAACCCACAGAAGCAGGCAGAGACT  535

seq1  CTCTGTGTTATGTTTGGTTCTTAATGGGGACATATGGATAGAAATAGAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTTATGTTTGGTTCTTAATGGGGACATATGGATAGAAATAGAAC  585

seq1  AGCAGGAAACTAAGCTGAGAAAGCAAACTCTTATATTTAGAAAAGTTTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAACTAAGCTGAGAAAGCAAACTCTTATATTTAGAAAAGTTTGT  635

seq1  ATTTCCATCCCATTGTATCTGGAGTTTAGAAGTTGTTAATTTGTCATATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATCCCATTGTATCTGGAGTTTAGAAGTTGTTAATTTGTCATATA  685

seq1  ATGTGTCGAGAGAACTCAGTGTTTTGGGTCAGAAGATGAAAACTTCATAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCGAGAGAACTCAGTGTTTTGGGTCAGAAGATGAAAACTTCATAA  735

seq1  TTAGGTTAAGTAGGTTCTGATGAGTCAGGGGACATGTTCCACGCTATGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTAAGTAGGTTCTGATGAGTCAGGGGACATGTTCCACGCTATGCT  785

seq1  GAGTCTCTCTGAGTAGTTCACAGAGCTCTGTGGAACGACCACACACACAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCTCTGAGTAGTTCACAGAGCTCTGTGGAACGACCACACACACAC  835

seq1  ATTGGTGGGGAGGTGTCAGGGATGTCCTGTCCATCTCCCTTGATTGCCCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGGGGAGGTGTCAGGGATGTCCTGTCCATCTCCCTTGATTGCCCA  885

seq1  GTCTGAGAGATGTTACCATGGTTCATAGGTAGGACCTGGCTTGAGGGATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGAGATGTTACCATGGTTCATAGGTAGGACCTGGCTTGAGGGATC  935

seq1  ACACTCCACTATCTTTCAATGACTTGGATCCTATGTGGAATTCCCACTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCACTATCTTTCAATGACTTGGATCCTATGTGGAATTCCCACTGT  985

seq1  AATATAATATTTCACTGTAGAGGTCTCAGGTCTAGAAGCTCCCCAAAGAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATATTTCACTGTAGAGGTCTCAGGTCTAGAAGCTCCCCAAAGAG  1035

seq1  ATCTACTGAATTC  1060
      |||||||||||||
seq2  ATCTACTGAATTC  1048

seq1: chr2_18464519_18465519
seq2: B6Ng01-177H08.g_65_1072

seq1  GAATTCCACGCGTGAGTAGAACCCACAACAGGCAGAGGCAGCTCTTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACGCGTGAGTAGAACCCACAACAGGCAGAGGCAGCTCTTATTT  50

seq1  TTTATTGATCTCAGATGAGTAAAACCTTGAAATAACAGCATGAGCATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGATCTCAGATGAGTAAAACCTTGAAATAACAGCATGAGCATATG  100

seq1  AGGATTATATGCATTAGACAAAACCAGGCATTTTAATAGTTTCTGCCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTATATGCATTAGACAAAACCAGGCATTTTAATAGTTTCTGCCAAC  150

seq1  TCCTCATTGATCAATGAGGAGTTGTTCCCAAGGATTGGTTGGGAAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTGATCAATGAGGAGTTGTTCCCAAGGATTGGTTGGGAAACAGA  200

seq1  GGTCAAGAGTGAGCATGAGACAAACACGTGCTTTTCTTCAGCCAACCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGAGTGAGCATGAGACAAACACGTGCTTTTCTTCAGCCAACCATG  250

seq1  TCGAAGGTTGATGCCAGGAAGATAGCTCAGCATATAAAATGTTCAATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGGTTGATGCCAGGAAGATAGCTCAGCATATAAAATGTTCAATGCA  300

seq1  TGAACTGAGGACTCCCGTCCAGACCCCCTAAGCCCCCAATAAATGCTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGAGGACTCCCGTCCAGACCCCCTAAGCCCCCAATAAATGCTGGT  350

seq1  TTCAGACTAGACAGCATTGCAGTGAGCTCTGGGTTTGACTGAGAGAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTAGACAGCATTGCAGTGAGCTCTGGGTTTGACTGAGAGAACCA  400

seq1  GACTCAATGGATAAGATGGAAGAGTGATCTAGAATAATTCCCAACATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAATGGATAAGATGGAAGAGTGATCTAGAATAATTCCCAACATTGA  450

seq1  GCCCAGGCCTCCACAAGCACACATATGTGCATGCATGTCTGTCCCCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGCCTCCACAAGCACACATATGTGCATGCATGTCTGTCCCCACAT  500

seq1  AGATGCATAACACATGCAGGAAGAAGGAAAGGAAATATTCTTCAATCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATAACACATGCAGGAAGAAGGAAAGGAAATATTCTTCAATCTCC  550

seq1  CTCTTGATAATCATAGTGGTAAGTATCCACTTGACCCTGTGATTCCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGATAATCATAGTGGTAAGTATCCACTTGACCCTGTGATTCCACAA  600

seq1  AAAGTACAGAGCTCAAGAATCTGTGGGTGAGGTTGACCAACAAACAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACAGAGCTCAAGAATCTGTGGGTGAGGTTGACCAACAAACAGCCA  650

seq1  TGCTAAGTCTCACAAGCAAAAGGAACTT-GGAACTAGTTGTCTGATGCTA  699
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTCTCACAAGCAAAAGGAACTTGGGAACTAGTTGTCTGATGCTA  700

seq1  TATTTTTTTAGGAGACTGTCAGAGTTCCAGTTAATGCTTCTCTATCTGTA  749
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATTTTTTTAAGAGACTGTCAGAGTTCCAGTTAATGC-TCTCTATCTGTA  749

seq1  ACACAAAATTGCTGAACTGACATGGT-ATAGAGTGCTTACATG--TTTAC  796
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||
seq2  ACACAAAATTGCTGAACTGACATGGTAATAGAGTGCTTACATGTTTTTAC  799

seq1  CAATAGACAC--AGCCCATC-TCAGGAAGAAGAC-GTGTGACTGG---CA  839
      ||||||||||  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||   ||
seq2  CAATAGACACCAAGCCCATCTTCAGGAAGAAGACGGGGTGACTGGCCACA  849

seq1  CATAACGGGCAGGGGACAGATGCCC-ACAGACCTGCCTTCT-GCCTCATA  887
      ||| |  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||
seq2  CATTAACGGCAGGGTACAGATGCCCAACAGACCTGCCTTCTGGCTTCATA  899

seq1  GCAC-AGTCAGGTTGTAGA-AACACAGAG-GCTCCCCTGCCCCCACCCAA  934
      |||| ||||  | |||| | ||||||||| ||||||||| |||||||| |
seq2  GCACAAGTCCAG-TGTAAAGAACACAGAGAGCTCCCCTG-CCCCACCC-A  946

seq1  TGTAGTGCAGGTAGAGGAACACACCCAGAGACCTGCCCACTGCCCTGTCA  984
      |||| |||||||  ||||||||||||    | |||||| |||||||||  
seq2  TGTA-TGCAGGTTAAGGAACACACCC--TAAACTGCCC-CTGCCCTGT-T  991

seq1  CACTGCACTGGAAAGAC  1001
      |||||||||| ||||||
seq2  CACTGCACTGTAAAGAC  1008