BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178H09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 97,353,351 - 97,538,572
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc4c
Upstream geneLOC100043267
Downstream geneLOC621146, LOC664974, LOC100042886
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178H09.bB6Ng01-178H09.g
ACCGA005442GA005443
length1,0091,130
definitionB6Ng01-178H09.b B6Ng01-178H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,537,981 - 97,538,572)(97,353,351 - 97,354,497)
sequence
gaattccataattccaaatcaactcaagccacttgtacatgctctctctt
aattgtgttgaacaatgaaaaggaatacattccaaactacaactatatgt
gaaattaagggtagattatccttaatctttcctttggttctatttatgct
accaatgcattatagctttgatactacaaacatattctgaacattattag
aaaacttttagaatgagaaatatttacaaacattttacataaaaaagaga
tgtagcaaaggtctctattttctataaagctataaatcaatgaagagcaa
cagtctcaaagcacctttgtttttttaacaaactttttaaaaattagata
ttttatttatttacatttcaaatgtatccactttccctgtttcccctctg
aacaccccctatcccctccttctccacctgctcaacaacctacccactca
tcttcaaggccctgaaattcccctacacggggtaatagagccttcatagg
accaagggcctctcctcccattgaagtctgtgtaggccatccactgctac
atatgcagctggagccatgattcccaccataatgtactcttcggctgatg
gtatagcccctgggagctctggggatactggtaagttcatattgtttttc
ctcctatggggctgcaaaccacttcgcctccttgggtcctttctctagct
ccttcattggggaccatgtgctcagttcaatggctggctgcaagcatcta
cctctgtatttgtcaggaactggtggagcctctcaggagacagctataac
aggcttctatcaccaagcacttgttgcatcctcaaaagtttctgggttag
gtaactctatatgggatggatccttaggtggggcagtctctggatggtca
ttcctttcagtctctgcttcacactttgtctctgtaactctttccatggg
tatttttgttcccttttctagaagatcgaattatccacatttgatcttct
tctctgagt

gaattcaatatccagatctgtggacaacagaaagataaagatactgggcc
tggcttaagcatttgaaaccccaaagcccacctcaattgttatatttcct
ccaataagggcatacatgccacagctcctatctcctgtcaagttgaacta
attcctaatacataaatgttcaaacatataagcctatgggggccatttct
attcagagcagcacacgcatgtcactttcaacattgatgatagatactgt
ttgatagataaatttgttttaaaggtgctttcaagctgttggctatttac
agcaagtggttatcattgcacattcatgtgcgcataaatgattctgtgtt
agaggaatgaaaaaatacataatttatgattgtgaaggtatgcattagtt
tttgttgtaaaggctggctacataggaaatctgaggcaaattcgattgct
cccattgttatcttaaagtaaatttgaatttaaatagcattgtaagttga
ttagtgtcttctaatgtagcatgatcaaatcaagatactattattttcat
tgttttggatattaagacttctatgttctaaaaatcttccatagcttctc
ctctagctatttttaaaatgaataaaatagaacgttgggaccatctcatt
ctttgagttggcctggagttgagctcacataggcttcctataattcttgg
aaatcctcctgcttcagccttaaattacaaatataaatgtgtgctaccat
gacccgtgaacagataggacaacctgtacttttgtagactcggtgagcca
aactgtcttcactgttgtcagagaagctattgagaaggaaacctgatttc
tgggagtaggaaacacagtagtttcccaagaatttaattaacaaaatgaa
atgagtgtcttatacatcttagatacatcaggcaggtcttttgatatgtc
catgagacagcaggatgtaatttttaaagatccatgtgtaagtcattaaa
atgagaaaaatgaagcctcgagtagatagttgaaataaaactattaagat
gagaagcttcgtctctgatgactaaagataacgaacactccactggagaa
atagattacctcatctctggggagcactgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_97537981_97538572
seq2: B6Ng01-178H09.b_46_637 (reverse)

seq1  GAAGAGTACATTATGGTGGGAATCATGGCTCCAGCTGCATATGTAGCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTACATTATGGTGGGAATCATGGCTCCAGCTGCATATGTAGCAGT  50

seq1  GGATGGCCTACACAGACTTCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCCTACACAGACTTCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTATGAA  100

seq1  GGCTCTATTACCCCGTGTAGGGGAATTTCAGGGCCTTGAAGATGAGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTATTACCCCGTGTAGGGGAATTTCAGGGCCTTGAAGATGAGTGGG  150

seq1  TAGGTTGTTGAGCAGGTGGAGAAGGAGGGGATAGGGGGTGTTCAGAGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGTTGAGCAGGTGGAGAAGGAGGGGATAGGGGGTGTTCAGAGGGG  200

seq1  AAACAGGGAAAGTGGATACATTTGAAATGTAAATAAATAAAATATCTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGGAAAGTGGATACATTTGAAATGTAAATAAATAAAATATCTAAT  250

seq1  TTTTAAAAAGTTTGTTAAAAAAACAAAGGTGCTTTGAGACTGTTGCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAGTTTGTTAAAAAAACAAAGGTGCTTTGAGACTGTTGCTCTT  300

seq1  CATTGATTTATAGCTTTATAGAAAATAGAGACCTTTGCTACATCTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATTTATAGCTTTATAGAAAATAGAGACCTTTGCTACATCTCTTTT  350

seq1  TTATGTAAAATGTTTGTAAATATTTCTCATTCTAAAAGTTTTCTAATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAAATGTTTGTAAATATTTCTCATTCTAAAAGTTTTCTAATAAT  400

seq1  GTTCAGAATATGTTTGTAGTATCAAAGCTATAATGCATTGGTAGCATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAATATGTTTGTAGTATCAAAGCTATAATGCATTGGTAGCATAAA  450

seq1  TAGAACCAAAGGAAAGATTAAGGATAATCTACCCTTAATTTCACATATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCAAAGGAAAGATTAAGGATAATCTACCCTTAATTTCACATATAG  500

seq1  TTGTAGTTTGGAATGTATTCCTTTTCATTGTTCAACACAATTAAGAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTTGGAATGTATTCCTTTTCATTGTTCAACACAATTAAGAGAGA  550

seq1  GCATGTACAAGTGGCTTGAGTTGATTTGGAATTATGGAATTC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTACAAGTGGCTTGAGTTGATTTGGAATTATGGAATTC  592


seq1: chr2_97353351_97354497
seq2: B6Ng01-178H09.g_61_1190

seq1  GAATTCAATATCCAGATCTGTGGACAACAGAAAGATAAAGATACTGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATCCAGATCTGTGGACAACAGAAAGATAAAGATACTGGGCC  50

seq1  TGGCTTAAGCATTTGAAACCCCAAAGCCCACCTCAATTGTTATATTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTAAGCATTTGAAACCCCAAAGCCCACCTCAATTGTTATATTTCCT  100

seq1  CCAATAAGGGCATACATGCCACAGCTCCTATCTCCTGTCAAGTTGAACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAAGGGCATACATGCCACAGCTCCTATCTCCTGTCAAGTTGAACTA  150

seq1  ATTCCTAATACATAAATGTTCAAACATATAAGCCTATGGGGGCCATTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAATACATAAATGTTCAAACATATAAGCCTATGGGGGCCATTTCT  200

seq1  ATTCAGAGCAGCACACGCATGTCACTTTCAACATTGATGATAGATACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGCAGCACACGCATGTCACTTTCAACATTGATGATAGATACTGT  250

seq1  TTGATAGATAAATTTGTTTTAAAGGTGCTTTCAAGCTGTTGGCTATTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGATAAATTTGTTTTAAAGGTGCTTTCAAGCTGTTGGCTATTTAC  300

seq1  AGCAAGTGGTTATCATTGCACATTCATGTGCGCATAAATGATTCTGTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGGTTATCATTGCACATTCATGTGCGCATAAATGATTCTGTGTT  350

seq1  AGAGGAATGAAAAAATACATAATTTATGATTGTGAAGGTATGCATTAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAATGAAAAAATACATAATTTATGATTGTGAAGGTATGCATTAGTT  400

seq1  TTTGTTGTAAAGGCTGGCTACATAGGAAATCTGAGGCAAATTCGATTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTAAAGGCTGGCTACATAGGAAATCTGAGGCAAATTCGATTGCT  450

seq1  CCCATTGTTATCTTAAAGTAAATTTGAATTTAAATAGCATTGTAAGTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGTTATCTTAAAGTAAATTTGAATTTAAATAGCATTGTAAGTTGA  500

seq1  TTAGTGTCTTCTAATGTAGCATGATCAAATCAAGATACTATTATTTTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTCTTCTAATGTAGCATGATCAAATCAAGATACTATTATTTTCAT  550

seq1  TGTTTTGGATATTAAGACTTCTATGTTCTAAAAATCTTCCATAGCTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGGATATTAAGACTTCTATGTTCTAAAAATCTTCCATAGCTTCTC  600

seq1  CTCTAGCTATTTTTAAAATGAATAAAATAGAACGTTGGGACCATCTCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTATTTTTAAAATGAATAAAATAGAACGTTGGGACCATCTCATT  650

seq1  CTTTGAGTTGGCCTGGAGTTGAGCTCACATAGGCTTCCTATAATTCTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGTTGGCCTGGAGTTGAGCTCACATAGGCTTCCTATAATTCTTGG  700

seq1  AAATCCTCCTGCTTCAGCCTTAAATTACAAATATAAATGTGTGCTACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTCCTGCTTCAGCCTTAAATTACAAATATAAATGTGTGCTACCAT  750

seq1  GACCCGTGAACAGATAGGACAACCTGTACTTTTGTAGACTCGGTGAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGTGAACAGATAGGACAACCTGTACTTTTGTAGACTCGGTGAGCCA  800

seq1  AACTGTCTTCACTGTTGTCAGAGAAGCTATTGAGAAGGAAACCTGATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTTCACTGTTGTCAGAGAAGCTATTGAGAAGGAAACCTGATTTC  850

seq1  TGGGAGTAGGAAACACAGTAGTTTCCCAAGAATTTAATTAACAAAATGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTAGGAAACACAGTAGTTTCCCAAGAATTTAATTAACAAAATGAA  900

seq1  ATGAGTGTCTTATACATCTTAGATACATCAGGCAGGTCTTTTGATATGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTCTTATACATCTTAGATACATCAGGCAGGTCTTTTGATATGTC  950

seq1  CATGAGACAGCAGGGATGTAATTTTTAAAGATCCATGTGTAAGTTCATTA  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CATGAGACAGCA-GGATGTAATTTTTAAAGATCCATGTGTAAG-TCATT-  997

seq1  AAAATGAGAAAAATGAAAGCCTCGAGTAGATAAGGTTGAAATAAAACTAT  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGAAAAATG-AAGCCTCGAGTAGATA--GTTGAAATAAAACTAT  1044

seq1  TTAGAATGGAGAAAGCTTTCCGTCTCTTGAATGACTAAAAGATAAACGAA  1100
      | |||   ||| ||||||  |||||||   |||||| |||||| ||||||
seq2  TAAGA--TGAG-AAGCTT--CGTCTCT--GATGACT-AAAGAT-AACGAA  1085

seq1  CACTCCACCTTGAGAAATAGTATTA-CTCATCTCTTGTGGAGCACTGG  1147
      ||||||| || ||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||
seq2  CACTCCA-CTGGAGAAATAG-ATTACCTCATCTC-TGGGGAGCACTGG  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |