BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180O09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 54,735,496 - 54,863,503
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGalnt13
Upstream geneRprm, LOC666913, LOC626563, LOC100041792, LOC100042878
Downstream geneLOC666936, Kcnj3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180O09.bB6Ng01-180O09.g
ACCGA007211GA007212
length1,2241,179
definitionB6Ng01-180O09.b B6Ng01-180O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,862,260 - 54,863,503)(54,735,496 - 54,736,666)
sequence
gaattctctagtcattttttttaaacttaaggttatgattgggaaggtta
attcaattgctaattatattcaactactgattatgacttgcttaattgaa
aaatatgtctactcttaaatccaataaaacaaacacatagtaacatattt
gctaagagtattttgggactatagtaaatgaaaaatagcacctctagaaa
gactgttttctttgtttttttattaaacctatttcaaatgaatgcaattg
agaattaaaaggaaatttcagcaactaaattgagttttgtattacatata
tgaattaaagggtgttgaattagattatttaggagtttgtaaaatgacat
tcagttttatgttttttttataaatggaacagattttcatttaaaaggca
ctccatgaaaaacagcatttttacacagagtagaacttgcttgtatgtga
catagagaataaaagttatgattacaaaatagattgtatatcaaaaagag
aagattggaaaatgaccagaaactaaaaacagagtagtaagacagctaaa
aagtgcatggaaaaaagaaagcagaataccaaggaaaaagcaacaacaca
tagctccagccatggctgtatatacgaatgggatctacagtcaagagact
tatctagaaagtaaggcagttttcaatagttttcttaggacaatcctgta
gtccttataagtctcagatcttgtcgacaacaaatgaagcaaaatagtta
ttctctatcatgatggattatcagttagagggtttgtatactctccatac
tctctgaagactgtgcttgggcagtattttgtgatggagcctccatttta
acaagcaactatacttggggacagattaggtggaaccatgcaacgtcaca
aaatgttgggataacttctgttcgttcaatttacattctcagcagcagat
ttggggagggaggctagcttgcaaaattccctgcacaaagctacactcta
tagtatatatgagttgatagtccattcattattcaaaccacaacatgcta
ccattcccatatcacaggacatggtcatatactctggttttcttttttcc
tccctcaacttgtgttttatattccttctttgcccttggcttctcatcct
ggataataaaaagcatcatatacactggaacaatctatctagggatcctt
ggcaatttccttggccaaatggta

gaattctctcaaagggttttataggaatacataaatgttagcacatatat
tttcagacaattaaagaaggagataagtcactattgactttgtaaaacta
gcatttctctgatgaagtaaaccacaacaatatttaactacaaaccaatg
tcccttgtgagcatagatttaaaaaaaataatctaacacgattttaagtt
aatctctaatgtgataaatattacacctaagtgaaattaatcacagagat
gcaatattggtttaatgtttaaaaatcaatataaatatccacattaacaa
atgaaaaaagaaaaatgaattgatcaaaggaatggatttgaaaagggttt
taacagatagcagattgctctgtttttagggaagacaaaggaacaaagtc
tttgaataattgagttagtaaaaaaattgatagaagggtcacagtgtgta
gaagagttaatggagattgaatataaaatctatatacttttagcgataaa
aatgtaatgcaggagttggggatatttcttggtgattgaatcttcattcg
aacaagtttgagggcaagatccagataaactcatataactatcatttagg
catggcagcctatccattcaaattctagcaagcagagataaatgagcaac
aaagaaatactagtcatgtctttaaactccacgtttgaccaggaaacctt
actaacttcaatacataaagtggaataggaagagaggatgattattaaca
tcttgagttaatcttgagtgtgtggttattaacaccaaccttgagtctat
acacaaattcagtctctccctctccctgctccctctctctctcacacaca
cacatacagacatacatatacacacatgcatgtgtcctcatatacatgca
cacatgtgcacttcatacacacaaaaacaggagaaacccgagaatggaac
actatcctcacaccagcaagatgaggaaaagatgaagttggcatttttta
ccaggtctactaaatttgtagtgaagcctttgtaatgcaatagcatttaa
aacaatcaagcgaaacaaacagaagcaaagtttagaactgttattgtaga
ttattctaaaaactccccacagaaatttaataaacatgttaaaaaatggc
aataatacctctgccagttccacggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54862260_54863503
seq2: B6Ng01-180O09.b_46_1269 (reverse)

seq1  TACCA-TTGGCAAAGGAAA-TGCCAA-GATACCTAGGATAGATTGTTCAT  47
      ||||| ||||| ||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||  
seq2  TACCATTTGGCCAAGGAAATTGCCAAGGATCCCTA-GATAGATTGTTCCA  49

seq1  GTGGTTATTATTGATTGCTTTTTTATAAATATACAAAGAGAAGGAGAAGC  97
      |||  ||| |     ||||||||    | ||| |    || | |||||||
seq2  GTGTATATGA-----TGCTTTTT----ATTATCC----AGGATGAGAAGC  86

seq1  --AAGGCAAAG-AGGAATATAAAACACACAGTTTGAGGAG--AAAAAGAA  142
        | ||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||  ||||||||
seq2  CAAGGGCAAAGAAGGAATATAAAACACA-AGTTGAGGGAGGAAAAAAGAA  135

seq1  AACCAGGAAGTAATATTGGACCCATGTCCTGTGGATATGGGAATGGTAGC  192
      ||||||  ||| ||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AACCAG--AGT-ATAT--GA-CCATGTCCTGT-GATATGGGAATGGTAGC  178

seq1  ATGGTTGTGGTTTGAAT-ATGAATGGACTATCAACTCATATATACCTTAT  241
      || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  AT-GTTGTGGTTTGAATAATGAATGGACTATCAACTCATATATAC--TAT  225

seq1  AGGAGTGTAGCTTTGTGCAGGGAATTTTGCCAAGCTAGCCTCCCTCCCCA  291
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  A-GAGTGTAGCTTTGTGCAGGGAATTTTG-CAAGCTAGCCTCCCTCCCCA  273

seq1  AATCTGCCTGCTGAGAATGTAAAATTGAACGAACAGAAGTTATCCCAACA  341
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTG-CTGCTGAGAATGT-AAATTGAACGAACAGAAGTTATCCCAACA  321

seq1  TTTTGTGACGTTGCATGGTTCCACCTAATCTGTCCCCAAGTATAGTTGCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGACGTTGCATGGTTCCACCTAATCTGTCCCCAAGTATAGTTGCT  371

seq1  TGTTAAAATGGAGGCTCCATCACAAAATACTGCCCAAGCACAGTCTTCAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAATGGAGGCTCCATCACAAAATACTGCCCAAGCACAGTCTTCAG  421

seq1  AGAGTATGGAGAGTATACAAACCCTCTAACTGATAATCCATCATGATAGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATGGAGAGTATACAAACCCTCTAACTGATAATCCATCATGATAGA  471

seq1  GAATAACTATTTTGCTTCATTTGTTGTCGACAAGATCTGAGACTTATAAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACTATTTTGCTTCATTTGTTGTCGACAAGATCTGAGACTTATAAG  521

seq1  GACTACAGGATTGTCCTAAGAAAACTATTGAAAACTGCCTTACTTTCTAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAGGATTGTCCTAAGAAAACTATTGAAAACTGCCTTACTTTCTAG  571

seq1  ATAAGTCTCTTGACTGTAGATCCCATTCGTATATACAGCCATGGCTGGAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCTCTTGACTGTAGATCCCATTCGTATATACAGCCATGGCTGGAG  621

seq1  CTATGTGTTGTTGCTTTTTCCTTGGTATTCTGCTTTCTTTTTTCCATGCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGTTGTTGCTTTTTCCTTGGTATTCTGCTTTCTTTTTTCCATGCA  671

seq1  CTTTTTAGCTGTCTTACTACTCTGTTTTTAGTTTCTGGTCATTTTCCAAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAGCTGTCTTACTACTCTGTTTTTAGTTTCTGGTCATTTTCCAAT  721

seq1  CTTCTCTTTTTGATATACAATCTATTTTGTAATCATAACTTTTATTCTCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTTTTGATATACAATCTATTTTGTAATCATAACTTTTATTCTCT  771

seq1  ATGTCACATACAAGCAAGTTCTACTCTGTGTAAAAATGCTGTTTTTCATG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACATACAAGCAAGTTCTACTCTGTGTAAAAATGCTGTTTTTCATG  821

seq1  GAGTGCCTTTTAAATGAAAATCTGTTCCATTTATAAAAAAAACATAAAAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCCTTTTAAATGAAAATCTGTTCCATTTATAAAAAAAACATAAAAC  871

seq1  TGAATGTCATTTTACAAACTCCTAAATAATCTAATTCAACACCCTTTAAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCATTTTACAAACTCCTAAATAATCTAATTCAACACCCTTTAAT  921

seq1  TCATATATGTAATACAAAACTCAATTTAGTTGCTGAAATTTCCTTTTAAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATGTAATACAAAACTCAATTTAGTTGCTGAAATTTCCTTTTAAT  971

seq1  TCTCAATTGCATTCATTTGAAATAGGTTTAATAAAAAAACAAAGAAAACA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTGCATTCATTTGAAATAGGTTTAATAAAAAAACAAAGAAAACA  1021

seq1  GTCTTTCTAGAGGTGCTATTTTTCATTTACTATAGTCCCAAAATACTCTT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTAGAGGTGCTATTTTTCATTTACTATAGTCCCAAAATACTCTT  1071

seq1  AGCAAATATGTTACTATGTGTTTGTTTTATTGGATTTAAGAGTAGACATA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATATGTTACTATGTGTTTGTTTTATTGGATTTAAGAGTAGACATA  1121

seq1  TTTTTCAATTAAGCAAGTCATAATCAGTAGTTGAATATAATTAGCAATTG  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAATTAAGCAAGTCATAATCAGTAGTTGAATATAATTAGCAATTG  1171

seq1  AATTAACCTTCCCAATCATAACCTTAAGTTTAAAAAAAATGACTAGAGAA  1241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACCTTCCCAATCATAACCTTAAGTTTAAAAAAAATGACTAGAGAA  1221

seq1  TTC  1244
      |||
seq2  TTC  1224


seq1: chr2_54735496_54736666
seq2: B6Ng01-180O09.g_68_1246

seq1  GAATTCTCTCAAAGGGTTTTATAGGAATACATAAATGTTAGCACATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCAAAGGGTTTTATAGGAATACATAAATGTTAGCACATATAT  50

seq1  TTTCAGACAATTAAAGAAGGAGATAAGTCACTATTGACTTTGTAAAACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGACAATTAAAGAAGGAGATAAGTCACTATTGACTTTGTAAAACTA  100

seq1  GCATTTCTCTGATGAAGTAAACCACAACAATATTTAACTACAAACCAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTCTGATGAAGTAAACCACAACAATATTTAACTACAAACCAATG  150

seq1  TCCCTTGTGAGCATAGATTTAAAAAAAATAATCTAACACGATTTTAAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGTGAGCATAGATTTAAAAAAAATAATCTAACACGATTTTAAGTT  200

seq1  AATCTCTAATGTGATAAATATTACACCTAAGTGAAATTAATCACAGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTAATGTGATAAATATTACACCTAAGTGAAATTAATCACAGAGAT  250

seq1  GCAATATTGGTTTAATGTTTAAAAATCAATATAAATATCCACATTAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATTGGTTTAATGTTTAAAAATCAATATAAATATCCACATTAACAA  300

seq1  ATGAAAAAAGAAAAATGAATTGATCAAAGGAATGGATTTGAAAAGGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAAGAAAAATGAATTGATCAAAGGAATGGATTTGAAAAGGGTTT  350

seq1  TAACAGATAGCAGATTGCTCTGTTTTTAGGGAAGACAAAGGAACAAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGATAGCAGATTGCTCTGTTTTTAGGGAAGACAAAGGAACAAAGTC  400

seq1  TTTGAATAATTGAGTTAGTAAAAAAATTGATAGAAGGGTCACAGTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAATTGAGTTAGTAAAAAAATTGATAGAAGGGTCACAGTGTGTA  450

seq1  GAAGAGTTAATGGAGATTGAATATAAAATCTATATACTTTTAGCGATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTTAATGGAGATTGAATATAAAATCTATATACTTTTAGCGATAAA  500

seq1  AATGTAATGCAGGAGTTGGGGATATTTCTTGGTGATTGAATCTTCATTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAATGCAGGAGTTGGGGATATTTCTTGGTGATTGAATCTTCATTCG  550

seq1  AACAAGTTTGAGGGCAAGATCCAGATAAACTCATATAACTATCATTTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTTTGAGGGCAAGATCCAGATAAACTCATATAACTATCATTTAGG  600

seq1  CATGGCAGCCTATCCATTCAAATTCTAGCAAGCAGAGATAAATGAGCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGCCTATCCATTCAAATTCTAGCAAGCAGAGATAAATGAGCAAC  650

seq1  AAAGAAATACTAGTCATGTCTTTAAACTCCACGTTTGACCAGGAAACCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATACTAGTCATGTCTTTAAACTCCACGTTTGACCAGGAAACCTT  700

seq1  ACTAACTTCAATACATAAAGTGGAATAGGAAGAGAGGATGATTATTAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTTCAATACATAAAGTGGAATAGGAAGAGAGGATGATTATTAACA  750

seq1  TCTTGAGTTAATCTTGAGTGTGTGGTTATTAACACCAACCTTGAGTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGTTAATCTTGAGTGTGTGGTTATTAACACCAACCTTGAGTCTAT  800

seq1  ACACAAATTCAGTCTCTCCCTCTCCCTGCTCCCTCTCTCTCTCACACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATTCAGTCTCTCCCTCTCCCTGCTCCCTCTCTCTCTCACACACA  850

seq1  CACATACAGACATACATATACACACATGCATGTGTCCTCATATACATGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAGACATACATATACACACATGCATGTGTCCTCATATACATGCA  900

seq1  CACATGTGCACTTCATACACACAAAAACAGGAGAAACACGAG-ATGGAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CACATGTGCACTTCATACACACAAAAACAGGAGAAACCCGAGAATGGAAC  950

seq1  ACTAT-CTCACA-CAGCAGGATGAGGAAAAGATGAAGTTGGCA-TTTTTA  996
      ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTATCCTCACACCAGCAAGATGAGGAAAAGATGAAGTTGGCATTTTTTA  1000

seq1  CCAGGTCTACTTAAATTTGTAGTGAAGCTTTTGTAATGCAATAGCATTTA  1046
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCTAC-TAAATTTGTAGTGAAGCCTTTGTAATGCAATAGCATTTA  1049

seq1  AAACAATCAAAGCGAAACAAACAGGAAGGCAAAAGTTTAGAACTGTTATT  1096
      |||||||| |||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||
seq2  AAACAATC-AAGCGAAACAAACA-GAAG--CAAAGTTTAGAACTGTTATT  1095

seq1  GTAGATTA-TCTAAAAACT-CCCACAG-AATTTA--TAACATGTTAAAAT  1141
      |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||||| 
seq2  GTAGATTATTCTAAAAACTCCCCACAGAAATTTAATAAACATGTTAAAAA  1145

seq1  AT-GCAATAATA-CTCTG-CAATTCCAC-GTGGG  1171
      || ||||||||| ||||| || |||||| |||||
seq2  ATGGCAATAATACCTCTGCCAGTTCCACGGTGGG  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |