BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181N11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 9,288,176 - 9,441,814
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040710
Upstream genenone
Downstream geneLOC100040548, LOC100040566, Gata3, LOC100040768, 4930412O13Rik, Taf3, Atp5c1, Kin, Itih2, Itih5, Sfmbt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181N11.bB6Ng01-181N11.g
ACCGA007892GA007893
length1,168618
definitionB6Ng01-181N11.b B6Ng01-181N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,288,176 - 9,289,341)(9,441,196 - 9,441,814)
sequence
gaattctgcccccctctcctgtgtgtgtgtatgtctgcatgtgtgtatat
acatgttatatgcattgagatgtgtgcatgtctattcatgacgatatgtg
ggtacaatcatccatgagtgtatatactgaggccacaggtcaacatcaga
cacttttctctattgctctccatattatatttttagacagaatctctcat
tgaacctagggttcaccagtttggctaatttggctggacattaatggcct
gagatctaccacagcaatgaggtatctgctccttacttagtcatctcagg
gatgggtggacgcatagataagtatgttctttacagaagaataggagagc
tatcagaatgagtaaaactcacgcctaaactaactaatggtacttctgtt
ctgagcctacctgtgggtctcttaaccaaagcatttgctttcaagtgatt
attgggataaaaactattgagagagtagacaaatgccccccccccaccac
aaatgtcttcctttcttttcctgacttaaaatcaaacactgctaccttcc
agaattttatgtaaaatataagaaaagtgatgggcattattatgaagcca
agttttattaaatcagtttgggacaggattttctacacgtctatactaac
tgtgcaatggtgtatgattttgttctactgcttcaaagtatcttaaatac
tgacagtattcatgccccacttctctttcttattcatgttctccttggct
catcccaatccctaaggggcagagatagtgaccacaagaagaaaaagaat
aaaatttgatagagacaaaatatatgaaataaaagtgaaaacataataag
gtgacttgaaattcacattagaaatttacgacatgttttaagccactctg
agaccattaaagtgtgtgctttattgatgacttactgatgaatggaattg
gggttataccactgatacagatgtgtttgggttgtggagatatatatttt
ttctcaagaacataatgaagtaagtggttttcaagtggatggtcttgcca
actgtctctctcaagtttagttactttcttgtatgggtgggataacgctg
tccttcctgaacagtccatggctattcagaaagttacctcatatatggac
tacgaaggaatcagctct

gaattcagtacatacctttcagaagtagagatggattctttttttttttt
tttccatcctgccaaacaagaatggatagctgtatgctttttactttctt
aagaagaaggggctggcaagatggctcagtgggtagagtgctttctgctc
aagcaggaaaccctttctgtctccaacacccacatgaaaagtcaagcgag
tgatgtatacctgtttctccagtgctgggaagcagaggcaggaggatccc
tggagtttgctggcagcttagacaaataggggagtcccaggagtctgtct
taaaaataaggtaggcggtgggtctctgcatctgtttccatcagagaaga
gggagaaggaatggagggaagagctctatgaggggagggaggactgggaa
gagcaggagggctgatattggaatataaagtgaataagttaattaattaa
tgaaaaactaaggtaggggttgttgtgagatggggcctgctgtcaaggct
gagcagctgacttctgtccctaggtgtcctatgatggcaggagagaactg
agtcccccagttgtcctctaactgccatgtgtcacgcccatagcctcccc
acctactcacacccacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_9288176_9289341
seq2: B6Ng01-181N11.b_47_1214

seq1  GAATTCTGCCCCCCTCTCCTGTGTGTGTGTATGTCTGCATGTGTGTATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCCCCTCTCCTGTGTGTGTGTATGTCTGCATGTGTGTATAT  50

seq1  ACATGTTATATGCATTGAGATGTGTGCATGTCTATTCATGACGATATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTATATGCATTGAGATGTGTGCATGTCTATTCATGACGATATGTG  100

seq1  GGTACAATCATCCATGAGTGTATATACTGAGGCCACAGGTCAACATCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAATCATCCATGAGTGTATATACTGAGGCCACAGGTCAACATCAGA  150

seq1  CACTTTTCTCTATTGCTCTCCATATTATATTTTTAGACAGAATCTCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTCTCTATTGCTCTCCATATTATATTTTTAGACAGAATCTCTCAT  200

seq1  TGAACCTAGGGTTCACCAGTTTGGCTAATTTGGCTGGACATTAATGGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTAGGGTTCACCAGTTTGGCTAATTTGGCTGGACATTAATGGCCT  250

seq1  GAGATCTACCACAGCAATGAGGTATCTGCTCCTTACTTAGTCATCTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTACCACAGCAATGAGGTATCTGCTCCTTACTTAGTCATCTCAGG  300

seq1  GATGGGTGGACGCATAGATAAGTATGTTCTTTACAGAAGAATAGGAGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTGGACGCATAGATAAGTATGTTCTTTACAGAAGAATAGGAGAGC  350

seq1  TATCAGAATGAGTAAAACTCACGCCTAAACTAACTAATGGTACTTCTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAATGAGTAAAACTCACGCCTAAACTAACTAATGGTACTTCTGTT  400

seq1  CTGAGCCTACCTGTGGGTCTCTTAACCAAAGCATTTGCTTTCAAGTGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTACCTGTGGGTCTCTTAACCAAAGCATTTGCTTTCAAGTGATT  450

seq1  ATTGGGATAAAAACTATTGAGAGAGTAGACAAATGCCCCCCCCCCACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGATAAAAACTATTGAGAGAGTAGACAAATGCCCCCCCCCCACCAC  500

seq1  AAATGTCTTCCTTTCTTTTCCTGACTTAAAATCAAACACTGCTACCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTCCTTTCTTTTCCTGACTTAAAATCAAACACTGCTACCTTCC  550

seq1  AGAATTTTATGTAAAATATAAGAAAAGTGATGGGCATTATTATGAAGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTTATGTAAAATATAAGAAAAGTGATGGGCATTATTATGAAGCCA  600

seq1  AGTTTTATTAAATCAGTTTGGGACAGGATTTTCTACACGTCTATACTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATTAAATCAGTTTGGGACAGGATTTTCTACACGTCTATACTAAC  650

seq1  TGTGCAATGGTGTATGATTTTGTTCTACTGCTTCAAAGTATCTTAAATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATGGTGTATGATTTTGTTCTACTGCTTCAAAGTATCTTAAATAC  700

seq1  TGACAGTATTCATGCCCCACTTCTCTTTCTTATTCATGTTCTCCTTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTATTCATGCCCCACTTCTCTTTCTTATTCATGTTCTCCTTGGCT  750

seq1  CATCCCAATCCCTAAGGGGCAGAGATAGTGACCACAAGAAGAAAAAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAATCCCTAAGGGGCAGAGATAGTGACCACAAGAAGAAAAAGAAT  800

seq1  AAAATTTGATAGAGACAAAATATATGAAATAAAAGTGAAAACATAATAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGATAGAGACAAAATATATGAAATAAAAGTGAAAACATAATAAG  850

seq1  GTGACTTGAAATTCACATTAGAAA-TTACGACAATGTTTAAGCCACTCTG  899
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||
seq2  GTGACTTGAAATTCACATTAGAAATTTACGACATGTTTTAAGCCACTCTG  900

seq1  AGACCATTAAAGTGTGTGC-TTATTGATGACTTACTGATGAATGGAATTG  948
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATTAAAGTGTGTGCTTTATTGATGACTTACTGATGAATGGAATTG  950

seq1  GGGTTATACACCTGATACAAGATGTGTTT-GGTTGTTGAGATATATATTT  997
      |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GGGTTATACCACTGATAC-AGATGTGTTTGGGTTGTGGAGATATATATTT  999

seq1  TTTCT-AAGAACATAATGAAGT-AGTGTTTTTCAAGT-GATAGTCTTGCA  1044
      ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||| 
seq2  TTTCTCAAGAACATAATGAAGTAAGTGGTTTTCAAGTGGATGGTCTTGCC  1049

seq1  AACTGTCTCCTCTCCAGGTTTTAGTTTTACTTCCTGGTATGGGTGTGATA  1094
      |||||||| ||||| ||  |||||  |||||| || ||||||||| ||| 
seq2  AACTGTCT-CTCTCAAG--TTTAG--TTACTTTCTTGTATGGGTGGGAT-  1093

seq1  AAGGCTG-CCTTTCTGAACAGTCCATGCCTATTTAAGAAATTACCTCATT  1143
      || |||| |||| |||||||||||||| ||||| |  || ||||||||| 
seq2  AACGCTGTCCTTCCTGAACAGTCCATGGCTATTCAGAAAGTTACCTCATA  1143

seq1  CATGGACTCAGA--GGATCAGCTCT  1166
       |||||||  ||  | |||||||||
seq2  TATGGACTACGAAGGAATCAGCTCT  1168


seq1: chr2_9441196_9441814
seq2: B6Ng01-181N11.g_66_683 (reverse)

seq1  CTGTGGGTGTGAGTAGGTGGGTGAGGCTATGGGCGTGACACATGGCAGTT  50
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTGTGAGTAGGTGGG-GAGGCTATGGGCGTGACACATGGCAGTT  49

seq1  AGAGGACAACTGGGGGACTCAGTTCTCTCCTGCCATCATAGGACACCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACAACTGGGGGACTCAGTTCTCTCCTGCCATCATAGGACACCTAG  99

seq1  GGACAGAAGTCAGCTGCTCAGCCTTGACAGCAGGCCCCATCTCACAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAAGTCAGCTGCTCAGCCTTGACAGCAGGCCCCATCTCACAACAA  149

seq1  CCCCTACCTTAGTTTTTCATTAATTAATTAACTTATTCACTTTATATTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACCTTAGTTTTTCATTAATTAATTAACTTATTCACTTTATATTCC  199

seq1  AATATCAGCCCTCCTGCTCTTCCCAGTCCTCCCTCCCCTCATAGAGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAGCCCTCCTGCTCTTCCCAGTCCTCCCTCCCCTCATAGAGCTCT  249

seq1  TCCCTCCATTCCTTCTCCCTCTTCTCTGATGGAAACAGATGCAGAGACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCATTCCTTCTCCCTCTTCTCTGATGGAAACAGATGCAGAGACCC  299

seq1  ACCGCCTACCTTATTTTTAAGACAGACTCCTGGGACTCCCCTATTTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCCTACCTTATTTTTAAGACAGACTCCTGGGACTCCCCTATTTGTCT  349

seq1  AAGCTGCCAGCAAACTCCAGGGATCCTCCTGCCTCTGCTTCCCAGCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCCAGCAAACTCCAGGGATCCTCCTGCCTCTGCTTCCCAGCACTG  399

seq1  GAGAAACAGGTATACATCACTCGCTTGACTTTTCATGTGGGTGTTGGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACAGGTATACATCACTCGCTTGACTTTTCATGTGGGTGTTGGAGA  449

seq1  CAGAAAGGGTTTCCTGCTTGAGCAGAAAGCACTCTACCCACTGAGCCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGGTTTCCTGCTTGAGCAGAAAGCACTCTACCCACTGAGCCATC  499

seq1  TTGCCAGCCCCTTCTTCTTAAGAAAGTAAAAAGCATACAGCTATCCATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGCCCCTTCTTCTTAAGAAAGTAAAAAGCATACAGCTATCCATTC  549

seq1  TTGTTTGGCAGGATGGAAAAAAAAAAAAAAAGAATCCATCTCTACTTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGCAGGATGGAAAAAAAAAAAAAAAGAATCCATCTCTACTTCTG  599

seq1  AAAGGTATGTACTGAATTC  619
      |||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTATGTACTGAATTC  618


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |