BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182P05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 170,821,477 - 170,986,246
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043910, Zfp217, Silg111, LOC100043739, Bcas1, LOC228916, Cyp24a1, Pfdn4, 4930470P17Rik, Dok5, LOC668955
Downstream geneLOC100043743, LOC100043744, Cbln4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182P05.bB6Ng01-182P05.g
ACCGA008704GA008705
length897998
definitionB6Ng01-182P05.b B6Ng01-182P05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,821,477 - 170,822,372)(170,985,253 - 170,986,246)
sequence
gaattctgtgatcatcaaatgtactgaaggcatttatggcttgccgggtt
ctcaaaaacagtctctggagaactcgcagtgcagagtttctcttggtggg
ggggtaaggctactttcgtttgtttatttgtttatttatgtcattcttcc
ctgatcactctgtatactggttgattttactacttccaaaagagaacatt
taacatcgctaattccagggttttcacttcatggtttcctgttcatagag
tgtagggtttgaagtgattctgaggatagctctccttagctgacttacaa
acctcacaaccacatttgctgccaggtggatgctggtcgtgtgacacagg
gccctgcctggactccattcttagccttcctgattggctcctggaggaag
tggccattcacttggtccaacgagactcagaaacccagaattattatatt
ttttctgtaacaattggctagaggtacgggagcagagacagtgaactaga
gcaactcccaagagcctccacgggagcagaaggtacatgaacaccagaac
ataaacaccagaacatgaatgccagagaaacagaaggtcagtttgaggga
agggtagtcaaaaacaccttaccttagcattaaagttcttcagagggtcc
gagatggctcagcagatattggggcttgtagccaagacttacaggccagc
gttcaatcccaggaattcatacagtagaaagagagaactgatccaagctt
ttctttgacctccacacatatgaaaccccattccaataataattaggtaa
taacacccaccccccagcccgagtttgggtgatatgatagtaatcttagg
gttaaggtttgtccttggcctggggtgcccggggatggggtgtgtgg

gaattcctaggaatggtcagccaatcagtaagcaataacaaaaaaatcct
cactaaccaaccacaacaagaaaagcaagtagcgtggaacaccaaaggag
aggacagcctggaggtgggctctccaagatagtgtcgcctgactgagcac
aagctccaccaatccacagtcaccaggtggcttcccggagtaaagaggca
accaggaagttcagaccatggcatgtttgttcacaagaaaggctgaaaca
aaggtggagtcaggatggtgagccagagcaatgggctacaggaagatact
gcagggagtctcttctgtacttctggagccgggcatatcagcctctgggt
gtgtgcgtttagctgtgtacatagaggtcttattgggataagttatttat
atattctctctgtatatattttgttatagaaaacaatgcatatatatata
tatatatatatatatatatatttataaatgtgtatatatataagtaaata
tataagcaagtaaataaataaataaataaataaataagcaagcatataga
acaggaaacacaatcttgcccacaccttagaaacttctggtctgatttct
aatgtcccacccattctcatgaatcaatactaattttgctgatattaaat
tgattatattgtttcttgcatttttttctgccttaacataatggctaaga
ggtcgggctcgggtttccagctctttgagacttcatataaatggactcat
cctcagtgctgttctatgtctggtttgcttttatgaagacaatcatacaa
gctcagcaccatcgtagacatgtggccaccttgcttccccattttgatgg
tatgtaccttcaatctgtgagtttttagttgtccttaattctgtgtgagt
ctctgtctgtctaggtgggtattttggggctgcagatgggttgttcctct
cctaggtcctactgtgaacattgctgactttagcatccttctaggcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_170821477_170822372
seq2: B6Ng01-182P05.b_48_944

seq1  GAATTCTGTGATCATCAAATGTACTGAAGGCATTTATGGCTTGCCGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGATCATCAAATGTACTGAAGGCATTTATGGCTTGCCGGGTT  50

seq1  CTCAAAAACAGTCTCTGGAGAACTCGCAGTGCAGAGTTTCTCTTGGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAACAGTCTCTGGAGAACTCGCAGTGCAGAGTTTCTCTTGGTGGG  100

seq1  GGGGTAAGGCTACTTTCGTTTGTTTATTTGTTTATTTATGTCATTCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAGGCTACTTTCGTTTGTTTATTTGTTTATTTATGTCATTCTTCC  150

seq1  CTGATCACTCTGTATACTGGTTGATTTTACTACTTCCAAAAGAGAACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCACTCTGTATACTGGTTGATTTTACTACTTCCAAAAGAGAACATT  200

seq1  TAACATCGCTAATTCCAGGGTTTTCACTTCATGGTTTCCTGTTCATAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCGCTAATTCCAGGGTTTTCACTTCATGGTTTCCTGTTCATAGAG  250

seq1  TGTAGGGTTTGAAGTGATTCTGAGGATAGCTCTCCTTAGCTGACTTACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGTTTGAAGTGATTCTGAGGATAGCTCTCCTTAGCTGACTTACAA  300

seq1  ACCTCACAACCACATTTGCTGCCAGGTGGATGCTGGTCGTGTGACACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACAACCACATTTGCTGCCAGGTGGATGCTGGTCGTGTGACACAGG  350

seq1  GCCCTGCCTGGACTCCATTCTTAGCCTTCCTGATTGGCTCCTGGAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTGGACTCCATTCTTAGCCTTCCTGATTGGCTCCTGGAGGAAG  400

seq1  TGGCCATTCACTTGGTCCAACGAGACTCAGAAACCCAGAATTATTATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTCACTTGGTCCAACGAGACTCAGAAACCCAGAATTATTATATT  450

seq1  TTTTCTGTAACAATTGGCTAGAGGTACGGGAGCAGAGACAGTGAACTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTAACAATTGGCTAGAGGTACGGGAGCAGAGACAGTGAACTAGA  500

seq1  GCAACTCCCAAGAGCCTCCACGGGAGCAGAAGGTACATGAACACCAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCCCAAGAGCCTCCACGGGAGCAGAAGGTACATGAACACCAGAAC  550

seq1  ATAAACACCAGAACATGAATGCCAGAGAAACAGAAGGTCAGTTTGAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACCAGAACATGAATGCCAGAGAAACAGAAGGTCAGTTTGAGGGA  600

seq1  AGGGTAGTCAAAAACACCTTACCTTAGCATTAAAGTTCTTCAGAGGGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAGTCAAAAACACCTTACCTTAGCATTAAAGTTCTTCAGAGGGTCC  650

seq1  GAGATGGCTCAGCAGATATTGGGGCTTGTAGCCAAGACTTACAGGCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCTCAGCAGATATTGGGGCTTGTAGCCAAGACTTACAGGCCAGC  700

seq1  GTTCAATCCCAGGAATTCATACAGTAGAAAGAGAGAACTGATCCAAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATCCCAGGAATTCATACAGTAGAAAGAGAGAACTGATCCAAGCTT  750

seq1  TTCTTTGACCTCCACACATATGAAACCCCATTCCAATAATAATTAGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGACCTCCACACATATGAAACCCCATTCCAATAATAATTAGGTAA  800

seq1  TAACACCCACCCCCCAGCCCGAGTTT-GGTGATATGATAGTAATCTTAGG  849
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACCCACCCCCCAGCCCGAGTTTGGGTGATATGATAGTAATCTTAGG  850

seq1  GTTAAGGTTTTGTCGTTGGCCTGGGGTGCCCGGGGATGGGGTG-GTGG  896
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTAAGG-TTTGTCCTTGGCCTGGGGTGCCCGGGGATGGGGTGTGTGG  897


seq1: chr2_170985253_170986246
seq2: B6Ng01-182P05.g_61_1058 (reverse)

seq1  ATGCCTAGAAGGATGCTAATATCAGCAATGTTCACAGTA-GACCTA-GAG  48
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  ATGCCTAGAAGGATGCTAAAGTCAGCAATGTTCACAGTAGGACCTAGGAG  50

seq1  A-GAACAACCCAATCTGCAG-CCCAAAATACCAACACTAGACAGACAGAG  96
      | ||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  AGGAACAACCC-ATCTGCAGCCCCAAAATACCCAC-CTAGACAGACAGAG  98

seq1  ACTCACAACAGAA-TAAGGACAACTAAAAACTCACAGATTTGAGGTACAT  145
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  ACTCAC-ACAGAATTAAGGACAACTAAAAACTCACAGATTGAAGGTACAT  147

seq1  A-CATCAAAATGGGGAAGCAAGGTGGCCACATGTCTACGATGGTGCTGAG  194
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAAAATGGGGAAGCAAGGTGGCCACATGTCTACGATGGTGCTGAG  197

seq1  CTTGTATGATTGTCTTCATAAAAGCAAACCAGACATAGAACAGCACTGAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGATTGTCTTCATAAAAGCAAACCAGACATAGAACAGCACTGAG  247

seq1  GATGAGTCCATTTATATGAAGTCTC-AAGAGCTGGAAACCCGAGCCCGAC  293
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTCCATTTATATGAAGTCTCAAAGAGCTGGAAACCCGAGCCCGAC  297

seq1  CTCTTAGCCATTATGTTAAGGCAGAAAAAAATGCAAGAAACAATATAATC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCCATTATGTTAAGGCAGAAAAAAATGCAAGAAACAATATAATC  347

seq1  AATTTAATATCAGCAAAATTAGTATTGATTCATGAGAATGGGTGGGACAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAATATCAGCAAAATTAGTATTGATTCATGAGAATGGGTGGGACAT  397

seq1  TAGAAATCAGACCAGAAGTTTCTAAGGTGTGGGCAAGATTGTGTTTCCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCAGACCAGAAGTTTCTAAGGTGTGGGCAAGATTGTGTTTCCTG  447

seq1  TTCTATATGCTTGCTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACTTGCTTAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATATGCTTGCTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACTTGCTTAT  497

seq1  ATATTTACTTATATATATACACATTTATAAATATATATATATATATATAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTACTTATATATATACACATTTATAAATATATATATATATATATAT  547

seq1  ATATATATATATGCATTGTTTTCTATAACAAAATATATACAGAGAGAATA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATGCATTGTTTTCTATAACAAAATATATACAGAGAGAATA  597

seq1  TATAAATAACTTATCCCAATAAGACCTCTATGTACACAGCTAAACGCACA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAACTTATCCCAATAAGACCTCTATGTACACAGCTAAACGCACA  647

seq1  CACCCAGAGGCTGATATGCCCGGCTCCAGAAGTACAGAAGAGACTCCCTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGAGGCTGATATGCCCGGCTCCAGAAGTACAGAAGAGACTCCCTG  697

seq1  CAGTATCTTCCTGTAGCCCATTGCTCTGGCTCACCATCCTGACTCCACCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCTTCCTGTAGCCCATTGCTCTGGCTCACCATCCTGACTCCACCT  747

seq1  TTGTTTCAGCCTTTCTTGTGAACAAACATGCCATGGTCTGAACTTCCTGG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCAGCCTTTCTTGTGAACAAACATGCCATGGTCTGAACTTCCTGG  797

seq1  TTGCCTCTTTACTCCGGGAAGCCACCTGGTGACTGTGGATTGGTGGAGCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTTTACTCCGGGAAGCCACCTGGTGACTGTGGATTGGTGGAGCT  847

seq1  TGTGCTCAGTCAGGCGACACTATCTTGGAGAGCCCACCTCCAGGCTGTCC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCAGTCAGGCGACACTATCTTGGAGAGCCCACCTCCAGGCTGTCC  897

seq1  TCTCCTTTGGTGTTCCACGCTACTTGCTTTTCTTGTTGTGGTTGGTTAGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTGGTGTTCCACGCTACTTGCTTTTCTTGTTGTGGTTGGTTAGT  947

seq1  GAGGATTTTTTTGTTATTGCTTACTGATTGGCTGACCATTCCTAGGAATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTTTTTTGTTATTGCTTACTGATTGGCTGACCATTCCTAGGAATT  997

seq1  C  994
      |
seq2  C  998


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |