BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184A13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 93,176,007 - 93,373,895
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC639658, Cd82
Upstream genePhf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775, LOC100043205, Chst1, Syt13, LOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789
Downstream geneAlx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695, Alkbh3, Hsd17b12, E530001K10Rik, Ttc17, Itpa-ps1, Api5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184A13.bB6Ng01-184A13.g
ACCGA009511GA009512
length8771,100
definitionB6Ng01-184A13.b B6Ng01-184A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,176,007 - 93,176,884)(93,372,822 - 93,373,895)
sequence
gaattccaccccagaaccaactaagtagatggaaagaagattgggccggc
tgtacatctcacgtccagttaggacagtggatctaactccaggcctccgt
ttccttctgcctccttgagaacgttagtctgactgggcccaaggatgacg
gctgcctgcttaagtgctttctttaaatcagcacttattttatattttgt
tttacttaaacgagtttgtttttaaacagtgatatgttctaccacggcca
taaatggaagagcagtgtcggattgctataaatagaaggatatcataaaa
caaatacagtgcgaataaaatggtgtcattaaactccaacaacggatctt
cagtcataataaaagaaagtgtaacaagatgccgctggctgctttggcta
agaagggctgagcatcgcagggctcactcccacttggagtccagtgagcg
ccaaaaaggtcactaaagacacattagcaaccagcgtgggacaccgcaca
ccaggaaacatgatacctgtatagcagagacagaaaagtgccttttttct
cccccaaaatggggaccctggaagtttagtcccatgagacataagaccac
attttgatgctgggagagctagtctcctattcatagaacaatcttagtct
tagtgtttccacatgcaaagttgagcaaacaacctgtagggtcccttcaa
ctgttctgtcgggaaaccaagaaagttccccaaatggtggcttatcatga
ggtttcaggcaggcaatgaagtattccaaggggatggagtggggagggga
gaaagacagcccagggtgaaatggaaggggccagtagctctgaccaatgt
gatgcctggttagcacagacccagatg
gaattctctttttgaagacattttagtttttgaggacagggcctcatcca
gtcaaggctggcatcaaactcgctgtgctgctgagaatggttttgaactt
ctggtcatcttgcttggactccatgccgggagcgcccacaggcattgcca
aggctgctttaggccatgctataggtcaatcacatgctaggcaagcgctc
ctccaactcagccactcatcccatccctacctgtcaccctgtcccattcc
cttgtggataggtgctgccaaaaagcctaggactgctttcctgtagggcc
ttgtgattttcagatgtcgggtggatgctaatctgataaaggcagggact
gccaagatgctgaggagcgcaggtcatggctagatgctaagaggagcctt
tgtccgagactgtggccagctggaggccaggtcaccagggggagtggtca
aaaggaggctcttcaacatcaaggaggaggctctgctgggacagcacagc
ctgaaagaaaccaaagaaaaatgcaagcaagaagcgagaaaactctggaa
gccatgggaacagcactgacagctggagagatgacggcttggtggctaag
agcacttgctatgcaagggtgaggacccatgtagaaagccaggtgagacc
tcagagtcgctagggctgactaccagccttgatctaccctgtcccaaagg
aaagaggcagagagggagagaccaggacactcagtgtcctcctttgtcat
ctttgcatgtcctcaaacaggtgtgtgtgcccatacttacatgtacacac
acacacacacacacacacacacacacacacagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagatgctcactctaagcagtaatgacagaatgga
agtcctcctccactgcccttgtacctttctctactagcccagtagaaaaa
aaggcaggagaagtgtccaaaaatgggggccagggttccaccactgttac
caaggcaaaggaagaaggaagggacaaccatgggctgaatgcccttggaa
tttaacaggactttgaagaatcttcaaagagagccacaaggcttagtctg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_93176007_93176884
seq2: B6Ng01-184A13.b_42_918

seq1  GAATTCCACCCCAGAACCAACTAAGTAGATGGAAAGAAGATTGGGCCGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCCAGAACCAACTAAGTAGATGGAAAGAAGATTGGGCCGGC  50

seq1  TGTACATCTCACGTCCAGTTAGGACAGTGGATCTAACTCCAGGCCTCCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCTCACGTCCAGTTAGGACAGTGGATCTAACTCCAGGCCTCCGT  100

seq1  TTCCTTCTGCCTCCTTGAGAACGTTAGTCTGACTGGGCCCAAGGATGACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTGCCTCCTTGAGAACGTTAGTCTGACTGGGCCCAAGGATGACG  150

seq1  GCTGCCTGCTTAAGTGCTTTCTTTAAATCAGCACTTATTTTATATTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTGCTTAAGTGCTTTCTTTAAATCAGCACTTATTTTATATTTTGT  200

seq1  TTTACTTAAACGAGTTTGTTTTTAAACAGTGATATGTTCTACCACGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTAAACGAGTTTGTTTTTAAACAGTGATATGTTCTACCACGGCCA  250

seq1  TAAATGGAAGAGCAGTGTCGGATTGCTATAAATAGAAGGATATCATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGAAGAGCAGTGTCGGATTGCTATAAATAGAAGGATATCATAAAA  300

seq1  CAAATACAGTGCGAATAAAATGGTGTCATTAAACTCCAACAACGGATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACAGTGCGAATAAAATGGTGTCATTAAACTCCAACAACGGATCTT  350

seq1  CAGTCATAATAAAAGAAAGTGTAACAAGATGCCGCTGGCTGCTTTGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATAATAAAAGAAAGTGTAACAAGATGCCGCTGGCTGCTTTGGCTA  400

seq1  AGAAGGGCTGAGCATCGCAGGGCTCACTCCCACTTGGAGTCCAGTGAGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCTGAGCATCGCAGGGCTCACTCCCACTTGGAGTCCAGTGAGCG  450

seq1  CCAAAAAGGTCACTAAAGACACATTAGCAACCAGCGTGGGACACCGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAGGTCACTAAAGACACATTAGCAACCAGCGTGGGACACCGCACA  500

seq1  CCAGGAAACATGATACCTGTATAGCAGAGACAGAAAAGTGCCTTTTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAACATGATACCTGTATAGCAGAGACAGAAAAGTGCCTTTTTTCT  550

seq1  CCCCCAAAATGGGGACCCTGGAAGTTTAGTCCCATGAGACATAAGACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAAAATGGGGACCCTGGAAGTTTAGTCCCATGAGACATAAGACCAC  600

seq1  ATTTTGATGCTGGGAGAGCTAGTCTCCTATTCATAGAACAATCTTAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGATGCTGGGAGAGCTAGTCTCCTATTCATAGAACAATCTTAGTCT  650

seq1  TAGTGTTTCCACATGCAAAGTTGAGCAAACAACCTGTAGGGTCCCTTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTTCCACATGCAAAGTTGAGCAAACAACCTGTAGGGTCCCTTCAA  700

seq1  CTGTTCTGTCGGGAAACCAAGAAAGTTCCCCAAATGGTGGCTTATCATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTGTCGGGAAACCAAGAAAGTTCCCCAAATGGTGGCTTATCATGA  750

seq1  GGTTTCAGGCAGGCAATGAAGTATTCCAAGGGGATGGAGTGGGGAGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAGGCAGGCAATGAAGTATTCCAAGGGGATGGAGTGGGGAGGGGA  800

seq1  GAAAGACAGCCCAGGGGTGAAATGGAA-GGGCCAGCTAGCTCTGACCAAG  849
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| 
seq2  GAAAGACAGCCCA-GGGTGAAATGGAAGGGGCCAG-TAGCTCTGACCAAT  848

seq1  GAGATGCCAGGTTAGCACAGACCCAGAAG  878
      | |||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GTGATGCCTGGTTAGCACAGACCCAGATG  877

seq1: chr2_93372822_93373895
seq2: B6Ng01-184A13.g_66_1165 (reverse)

seq1  CAGACT-AGC--TGTGGCTC---TTGAAGAT--CTCAAAGTCCTGTGAAA  42
      |||||| |||  ||||||||   ||||||||   |||||||||||| |||
seq2  CAGACTAAGCCTTGTGGCTCTCTTTGAAGATTCTTCAAAGTCCTGTTAAA  50

seq1  -TCCA--GGCA-TCAG-CCAT-GTTGTCCCCTCC-TCT--CCTTGCC-TG  82
       ||||  |||| |||| |||| |||||||| ||| |||  | ||||| ||
seq2  TTCCAAGGGCATTCAGCCCATGGTTGTCCCTTCCTTCTTCCTTTGCCTTG  100

seq1  GT-ACAGTGGTGGAA-CCTGG-CCCCATTTTTGGACAC-TCTCCTGCC--  126
      || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||  
seq2  GTAACAGTGGTGGAACCCTGGCCCCCATTTTTGGACACTTCTCCTGCCTT  150

seq1  TTTTTCTACT-GGCTAGTAGAGGAAGGTACAAGGGCAGTGGAGAGGGACT  175
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||
seq2  TTTTTCTACTGGGCTAGTAGAGAAAGGTACAAGGGCAGTGGAGGAGGACT  200

seq1  T-CATTCTGTCATTACTGCTTAGAGTGAGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCT  224
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCTGTCATTACTGCTTAGAGTGAGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCT  250

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  274
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  300

seq1  GTGTGTACATGTAAGTATGGGCACACACACCTGTTTGAGGACATGCAAAG  324
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACATGTAAGTATGGGCACACACACCTGTTTGAGGACATGCAAAG  350

seq1  ATGACAAAGGAGGACACTGAGTGTCCTGGTCTCTCCCTCTCTGCCTCTTT  374
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAAGGAGGACACTGAGTGTCCTGGTCTCTCCCTCTCTGCCTCTTT  400

seq1  CCTTTGGGACAGGGTAGATCAAGGCTGGTAGTCAGCCCTAGCGACTCTGA  424
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGACAGGGTAGATCAAGGCTGGTAGTCAGCCCTAGCGACTCTGA  450

seq1  GGTCTCACCTGGCTTTCTACATGGGTCCTCACCCTTGCATAGCAAGTGCT  474
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCACCTGGCTTTCTACATGGGTCCTCACCCTTGCATAGCAAGTGCT  500

seq1  CTTAGCCACCAAGCCGTCATCTCTCCAGCTGTCAGTGCTGTTCCCATGGC  524
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCACCAAGCCGTCATCTCTCCAGCTGTCAGTGCTGTTCCCATGGC  550

seq1  TTCCAGAGTTTTCTCGCTTCTTGCTTGCATTTTTCTTTGGTTTCTTTCAG  574
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGTTTTCTCGCTTCTTGCTTGCATTTTTCTTTGGTTTCTTTCAG  600

seq1  GCTGTGCTGTCCCAGCAGAGCCTCCTCCTTGATGTTGAAGAGCCTCCTTT  624
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTGTCCCAGCAGAGCCTCCTCCTTGATGTTGAAGAGCCTCCTTT  650

seq1  TGACCACTCCCCCTGGTGACCTGGCCTCCAGCTGGCCACAGTCTCGGACA  674
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACTCCCCCTGGTGACCTGGCCTCCAGCTGGCCACAGTCTCGGACA  700

seq1  AAGGCTCCTCTTAGCATCTAGCCATGACCTGCGCTCCTCAGCATCTTGGC  724
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCCTCTTAGCATCTAGCCATGACCTGCGCTCCTCAGCATCTTGGC  750

seq1  AGTCCCTGCCTTTATCAGATTAGCATCCACCCGACATCTGAAAATCACAA  774
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTGCCTTTATCAGATTAGCATCCACCCGACATCTGAAAATCACAA  800

seq1  GGCCCTACAGGAAAGCAGTCCTAGGCTTTTTGGCAGCACCTATCCACAAG  824
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTACAGGAAAGCAGTCCTAGGCTTTTTGGCAGCACCTATCCACAAG  850

seq1  GGAATGGGACAGGGTGACAGGTAGGGATGGGATGAGTGGCTGAGTTGGAG  874
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGGACAGGGTGACAGGTAGGGATGGGATGAGTGGCTGAGTTGGAG  900

seq1  GAGCGCTTGCCTAGCATGTGATTGACCTATAGCATGGCCTAAAGCAGCCT  924
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGCTTGCCTAGCATGTGATTGACCTATAGCATGGCCTAAAGCAGCCT  950

seq1  TGGCAATGCCTGTGGGCGCTCCCGGCATGGAGTCCAAGCAAGATGACCAG  974
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATGCCTGTGGGCGCTCCCGGCATGGAGTCCAAGCAAGATGACCAG  1000

seq1  AAGTTCAAAACCATTCTCAGCAGCACAGCGAGTTTGATGCCAGCCTTGAC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAAAACCATTCTCAGCAGCACAGCGAGTTTGATGCCAGCCTTGAC  1050

seq1  TGGATGAGGCCCTGTCCTCAAAAACTAAAATGTCTTCAAAAAGAGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAGGCCCTGTCCTCAAAAACTAAAATGTCTTCAAAAAGAGAATTC  1100