BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186H08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 75,109,825 - 75,215,906
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLnp, LOC100040519, Evx2, Hoxd13, Hoxd12, Hoxd11, Hoxd10, Hoxd9, Hoxd8, 1700109F18Rik, Hoxd3, Hoxd4, LOC667804, Hoxd1, Mtx2, LOC667817, A330043C09Rik, LOC667739, LOC545423
Downstream geneLOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1, Pde11a, Cyct, Drbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186H08.bB6Ng01-186H08.g
ACCGA011297GA011298
length5181,073
definitionB6Ng01-186H08.b B6Ng01-186H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,109,825 - 75,110,348)(75,214,835 - 75,215,906)
sequence
tacatgtcaaaaacattgttctcagaagtgtggcacagagagatggacag
ttctgaggcaagatgatgatggtcactgctggcccccttgctgagggtat
agcaaatgaacgaaagagaggccttagctttgagagatacttgatgggag
tgggtgtcaaaggacctattgggttggaaatattggaaggaccagaacca
aaagttcttttcagggctcccatgtctttgatctttctctcctagaagac
agcgcccagaattcttggtttctgaaacagccttctgttttgctttaatg
aggacaaatgagcagctcatgtttctgcttccagtcccaaggagaaaact
aagtatatgacctttgctaagaaatttggctcttcatcctgacactcatc
tctccaaagggttaagtgatttatgtgtcttgggtcaagtctgacttaaa
tggaaggttggagacaatgagagacttacctaccttgctgagtttctttc
cctccggggggggggggg
gaattcaatcttcagtagagatgggaaattgagccctatttttcatagaa
ttattctttacttttgtgtcttctgtggttgagagtgaaccgtcttatca
gctgggccaataagatcattaatggaaaacagtgctgtgcaccagtggct
ctttactccttgatcaatagttatttacttctaaggggtcacagcttggt
taatatagctgaataattttattgatagataacataacaatgaaaaataa
agtttaaaatggaagacgaatgaacacagcactttctccaggcatgaata
ttattatttgaaaaccgtaatagccgctgcaatgttgaaagggcagacaa
caaaagcactgaataattgttctaggaccataatcagacttccattattg
acctctgttaatattccactgtaactgtctgctaaattggttccttgggg
cttgaaatatacagtgatgttatgagttcctatcgtaaattgccacacag
taaagtagcaagtctctgaaatagtgttggccctagtttgatcaatactc
aattcaaagcagtgcaatgggcaactgtttccatagaaacattgatgtca
cagaggttgaacagcggctgttacaacaaatcatttcctttgagcagttg
taattgactatatgtacagtttgctgtcacttgagaccatttacatcaag
caagtaacagaaccacattagttattctaggagtaagagggttagctctt
ccctttgtgaccttacaaatacctaggaggatgtcgccatagaaaccggc
agaataactgatgaacatggggggtccaatgctacctggatgcagtagcc
ttttgggagctgaaaggtagtctgaagtttcccattgctacgttaacaca
ggcacctgctacccatagtagtggcctgactgctttctctcagacacacc
agggatgcagacatcttaattccatttgcacttcatttctgctcttggct
ttaggtttccacaggcgtctggctgctaaggctgcacatgtgcacatttg
ggtaaacctcctcactgctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_75109825_75110348
seq2: B6Ng01-186H08.b_30_553

seq1  GAATTCTACATGTCAAAAACATTGTTCTCAGAAGTGTGGCACAGAGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATGTCAAAAACATTGTTCTCAGAAGTGTGGCACAGAGAGAT  50

seq1  GGACAGTTCTGAGGCAAGATGATGATGGTCACTGCTGGCCCCCTTGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTTCTGAGGCAAGATGATGATGGTCACTGCTGGCCCCCTTGCTGA  100

seq1  GGGTATAGCAAATGAACGAAAGAGAGGCCTTAGCTTTGAGAGATACTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATAGCAAATGAACGAAAGAGAGGCCTTAGCTTTGAGAGATACTTGA  150

seq1  TGGGAGTGGGTGTCAAAGGACCTATTGGGTTGGAAATATTGGAAGGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGGGTGTCAAAGGACCTATTGGGTTGGAAATATTGGAAGGACCA  200

seq1  GAACCAAAAGTTCTTTTCAGGGCTCCCATGTCTTTGATCTTTCTCTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAAAGTTCTTTTCAGGGCTCCCATGTCTTTGATCTTTCTCTCCTA  250

seq1  GAAGACAGCGCCCAGAATTCTTGGTTTCTGAAACAGCCTTCTGTTTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGCGCCCAGAATTCTTGGTTTCTGAAACAGCCTTCTGTTTTGCT  300

seq1  TTAATGAGGACAAATGAGCAGCTCATGTTTCTGCTTCCAGTCCCAAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAGGACAAATGAGCAGCTCATGTTTCTGCTTCCAGTCCCAAGGAG  350

seq1  AAAACTAAGTATATGACCTTTGCTAAGAAATTTGGCTCTTCATCCTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAAGTATATGACCTTTGCTAAGAAATTTGGCTCTTCATCCTGACA  400

seq1  CTCATCTCTCCAAAGGGTTAAGTGATTTATGTGTCTTGGGTCAAGTCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCTCCAAAGGGTTAAGTGATTTATGTGTCTTGGGTCAAGTCTGA  450

seq1  CTTAAATGGAAGGTTGGAGACAATGAGAGACTTACCTACCTTGCTGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGGAAGGTTGGAGACAATGAGAGACTTACCTACCTTGCTGAGTT  500

seq1  TCTTTCCCTCCGGGGGGGGGGGGG  524
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCTCCGGGGGGGGGGGGG  524

seq1: chr2_75214835_75215906
seq2: B6Ng01-186H08.g_62_1134 (reverse)

seq1  AGAGAGCAGTTGAGA-GTTTA-CCAAATGTGCACATGTGCAGCCTTAGCA  48
      ||||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAGTGAGGAGGTTTACCCAAATGTGCACATGTGCAGCCTTAGCA  50

seq1  GCCAGACGCCTGTGGAAACTTAAAGGCAAGGAGCAGGAAATGAAGTGCAA  98
      ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GCCAGACGCCTGTGGAAACCTAAAGCCAA-GAGCA-GAAATGAAGTGCAA  98

seq1  ATGGAATTAAGATGTCTGCAT-CCTGGTGTTGTCTGAGAGAAAGCAGTCA  147
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTAAGATGTCTGCATCCCTGGTG-TGTCTGAGAGAAAGCAGTCA  147

seq1  GGCCACTACTATGGGTAGCAGGTGCCTGTGTTAACGTAGCAATGGGAAAC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTACTATGGGTAGCAGGTGCCTGTGTTAACGTAGCAATGGGAAAC  197

seq1  TTCAGACTACCTTTCAGCTCCCAAAAGGCTACTGCATCCAGGTAGCATTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTACCTTTCAGCTCCCAAAAGGCTACTGCATCCAGGTAGCATTG  247

seq1  GA-CCCCCATGTTCATCAGTTATTCTGCCGGTTTCTATGGCGACATCCTC  296
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCCCATGTTCATCAGTTATTCTGCCGGTTTCTATGGCGACATCCTC  297

seq1  CTAGGTATTTGTAAGGTCACAAAGGGAAGAGCTAACCCTCTTACTCCTAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTATTTGTAAGGTCACAAAGGGAAGAGCTAACCCTCTTACTCCTAG  347

seq1  AATAACTAATGTGGTTCTGTTACTTGCTTGATGTAAATGGTCTCAAGTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTAATGTGGTTCTGTTACTTGCTTGATGTAAATGGTCTCAAGTGA  397

seq1  CAGCAAACTGTACATATAGTCAATTACAACTGCTCAAAGGAAATGATTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAACTGTACATATAGTCAATTACAACTGCTCAAAGGAAATGATTTG  447

seq1  TTGTAACAGCCGCTGTTCAACCTCTGTGACATCAATGTTTCTATGGAAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACAGCCGCTGTTCAACCTCTGTGACATCAATGTTTCTATGGAAAC  497

seq1  AGTTGCCCATTGCACTGCTTTGAATTGAGTATTGATCAAACTAGGGCCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCATTGCACTGCTTTGAATTGAGTATTGATCAAACTAGGGCCAA  547

seq1  CACTATTTCAGAGACTTGCTACTTTACTGTGTGGCAATTTACGATAGGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTTCAGAGACTTGCTACTTTACTGTGTGGCAATTTACGATAGGAA  597

seq1  CTCATAACATCACTGTATATTTCAAGCCCCAAGGAACCAATTTAGCAGAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAACATCACTGTATATTTCAAGCCCCAAGGAACCAATTTAGCAGAC  647

seq1  AGTTACAGTGGAATATTAACAGAGGTCAATAATGGAAGTCTGATTATGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGTGGAATATTAACAGAGGTCAATAATGGAAGTCTGATTATGGT  697

seq1  CCTAGAACAATTATTCAGTGCTTTTGTTGTCTGCCCTTTCAACATTGCAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAACAATTATTCAGTGCTTTTGTTGTCTGCCCTTTCAACATTGCAG  747

seq1  CGGCTATTACGGTTTTCAAATAATAATATTCATGCCTGGAGAAAGTGCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTATTACGGTTTTCAAATAATAATATTCATGCCTGGAGAAAGTGCTG  797

seq1  TGTTCATTCGTCTTCCATTTTAAACTTTATTTTTCATTGTTATGTTATCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATTCGTCTTCCATTTTAAACTTTATTTTTCATTGTTATGTTATCT  847

seq1  ATCAATAAAATTATTCAGCTATATTAACCAAGCTGTGACCCCTTAGAAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATAAAATTATTCAGCTATATTAACCAAGCTGTGACCCCTTAGAAGT  897

seq1  AAATAACTATTGATCAAGGAGTAAAGAGCCACTGGTGCACAGCACTGTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTATTGATCAAGGAGTAAAGAGCCACTGGTGCACAGCACTGTTT  947

seq1  TCCATTAATGATCTTATTGGCCCAGCTGATAAGACGGTTCACTCTCAACC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTAATGATCTTATTGGCCCAGCTGATAAGACGGTTCACTCTCAACC  997

seq1  ACAGAAGACACAAAAGTAAAGAATAATTCTATGAAAAATAGGGCTCAATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGACACAAAAGTAAAGAATAATTCTATGAAAAATAGGGCTCAATT  1047

seq1  TCCCATCTCTACTGAAGATTGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCTCTACTGAAGATTGAATTC  1073