BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192G22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 138,122,572 - 138,282,368
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBtbd3
Downstream geneLOC628103
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192G22.bB6Ng01-192G22.g
ACCGA015674GA015675
length1,0921,078
definitionB6Ng01-192G22.b B6Ng01-192G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,122,572 - 138,123,681)(138,281,314 - 138,282,368)
sequence
gaattcttagttaagcttacaaactatcatatgctcggctgagcaaaaca
tgccttataactccattttgaccattctttgtaacagcctagaggtcagg
ttcaagtttcaaattcttggccccgcagtgctctgtacctaggaatgtgg
ttaagggatcctgggcccatgtgccgagcttgtagccattttgtttctgc
ctagaagaacagacgtcatgttactcattcatggtttccactacccatac
gttgagattggtccactatagcccaagaacaatctctgccacctatgtga
gaacatcctggtgctatgacctgcccttaagaggaaagtaactcgatgcc
attgggactcagaaaacggagtccacataccacctgctgcggaggtttga
cacatgggttctaggtggtcatgcttccctgattaagaggcttagaggca
ctgtggggaaaatgttgttccgttctcttttgttactcttaaaggctaag
tgttcatcaggcttgttatcaagcctcatagacttcttattttataccta
ataattatagcctttgtttttctctttttcaatagatatgcatctttctt
gctaccaaggtatagtggataatttcatgtatcaatttgagtagcctaag
ggatacccagatacgtgataaaattttatttctaggtacatctgtgagag
tatttctggaaggaattattatcattgaaccaatagatcaaattgtaaaa
taaaactaaataaacaataacattaaaaatctgacccactatccaccctc
actaatatggatcagttaatacactgaaagctctaaaaagaataaagggg
aggggaagggcaaacctctctccttgagttaagatgcccacattcttctg
tccttgacactctatccatggtcatgtcatccttactgccagtatcctca
ggcattcatatgtgtccataagtacttatacagtggccccatctctaagc
cttagacttgactgattatactagtgctttatggctccagctactttttg
actctatattacatgaatcaatttcacattagccctctgttc

gaattcaaacaaggcagtaacctggaggtaggagctgatgatgcagaggc
tatggagaggtgccaatttctgctttgttcatcatggcttgctcatcctg
cattcttatagaacccaggaccaccaacccagggatgggaccctccacaa
tggtctgggccctcccccatcaatcagtaattaagaaactgccatacagc
tggaacttttggaggcattttctcagttgagcttctttcttttgagatga
ctctagcttgtatcaagttgatttaaaactagccaagagatccatttcta
ttactcccatgttcattatccatgttgccactaagtaatgtggagcagga
agttcagcccaaaggcacgttattaaagtgaccctcaatgagctaagaaa
atggaaaatattccttcctgttgtatcagctttgcaagtactttgaatgt
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagtttc
cgtatgtacatatatgagtatatgtatatatcactgggatgttttctttc
ataaaaatttatacatgtggcttttgtctgcaaaaacctaaatacactgt
agtagaaggaagcagagtgaccaagcttttgaggggaaacaggtgagtat
gggaggatttgggggttaagtctttgtgaatttttatacaatatacctgg
atcatactctcttcccatttccctcctggtctacctttctaccattgcac
ttttttccacacaaaatcagacagacagacagacagacagacagacacca
agtccagttttgtgttgtacatatactctttgggagtatgggccaaactc
ccacaggataatccctttaaagaaaactgagtttctttccccacctcaat
tgtaggaagccgccctcacattttggcaattacaatgatggcgcatgaca
gctgtgttcctaagttggtaaactatatctggcacacgtgcatggtgcaa
gtttcccgccatgtgttcttgcctttttctcgtgaaggacaactggatct
gatgggctgcactctatcaagtctaacg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_138122572_138123681
seq2: B6Ng01-192G22.b_44_1135

seq1  GAATTCTTAGTTAAGCTTACAAACTATCATATGCTCGGCTGAGCAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGTTAAGCTTACAAACTATCATATGCTCGGCTGAGCAAAACA  50

seq1  TGCCTTATAACTCCATTTTGACCATTCTTTGTAACAGCCTAGAGGTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTATAACTCCATTTTGACCATTCTTTGTAACAGCCTAGAGGTCAGG  100

seq1  TTCAAGTTTCAAATTCTTGGCCCCGCAGTGCTCTGTACCTAGGAATGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTTCAAATTCTTGGCCCCGCAGTGCTCTGTACCTAGGAATGTGG  150

seq1  TTAAGGGATCCTGGGCCCATGTGCCGAGCTTGTAGCCATTTTGTTTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGATCCTGGGCCCATGTGCCGAGCTTGTAGCCATTTTGTTTCTGC  200

seq1  CTAGAAGAACAGACGTCATGTTACTCATTCATGGTTTCCACTACCCATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGAACAGACGTCATGTTACTCATTCATGGTTTCCACTACCCATAC  250

seq1  GTTGAGATTGGTCCACTATAGCCCAAGAACAATCTCTGCCACCTATGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGATTGGTCCACTATAGCCCAAGAACAATCTCTGCCACCTATGTGA  300

seq1  GAACATCCTGGTGCTATGACCTGCCCTTAAGAGGAAAGTAACTCGATGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCCTGGTGCTATGACCTGCCCTTAAGAGGAAAGTAACTCGATGCC  350

seq1  ATTGGGACTCAGAAAACGGAGTCCACATACCACCTGCTGCGGAGGTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGACTCAGAAAACGGAGTCCACATACCACCTGCTGCGGAGGTTTGA  400

seq1  CACATGGGTTCTAGGTGGTCATGCTTCCCTGATTAAGAGGCTTAGAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGGTTCTAGGTGGTCATGCTTCCCTGATTAAGAGGCTTAGAGGCA  450

seq1  CTGTGGGGAAAATGTTGTTCCGTTCTCTTTTGTTACTCTTAAAGGCTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGGAAAATGTTGTTCCGTTCTCTTTTGTTACTCTTAAAGGCTAAG  500

seq1  TGTTCATCAGGCTTGTTATCAAGCCTCATAGACTTCTTATTTTATACCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATCAGGCTTGTTATCAAGCCTCATAGACTTCTTATTTTATACCTA  550

seq1  ATAATTATAGCCTTTGTTTTTCTCTTTTTCAATAGATATGCATCTTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATAGCCTTTGTTTTTCTCTTTTTCAATAGATATGCATCTTTCTT  600

seq1  GCTACCAAGGTATAGTGGATAATTTCATGTATCAATTTGAGTAGCCTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCAAGGTATAGTGGATAATTTCATGTATCAATTTGAGTAGCCTAAG  650

seq1  GGATACCCAGATACGTGATAAAATTTTATTTCTAGGTACATCTGTGAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACCCAGATACGTGATAAAATTTTATTTCTAGGTACATCTGTGAGAG  700

seq1  TATTTCTGGAAGGAATTATTATCATTGAACCAATAGATCAAATTGTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGGAAGGAATTATTATCATTGAACCAATAGATCAAATTGTAAAA  750

seq1  TAAAACTAAATAAACAATAACATTAAAAATCTGACCCACTATCCACCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTAAATAAACAATAACATTAAAAATCTGACCCACTATCCACCCTC  800

seq1  ACTAATATGGATCAGTTAATACACTGAAAGCTCTAAAAAGAATAAAGGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATATGGATCAGTTAATACACTGAAAGCTCTAAAAAGAATAAAGGGG  850

seq1  AGGGGAAGGGCAAAACCTCTCTCCTTGAGTTAAGATGCCCACATTCTTCT  900
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAGGGC-AAACCTCTCTCCTTGAGTTAAGATGCCCACATTCTTCT  899

seq1  GTCCTTGACCACTCTATCCATGGTCATGTCATCCTTACTGCCAGTATCCT  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGA-CACTCTATCCATGGTCATGTCATCCTTACTGCCAGTATCCT  948

seq1  CAGGCATTCATATTGTGTCCATAAGGTACTTATAACAGTGGCCCCATCTT  1000
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
seq2  CAGGCATTCATA-TGTGTCCATAA-GTACTTAT-ACAGTGGCCCCATC-T  994

seq1  CTAAGCCTTAAGACCTGGACTGAATTATACTAGTGGCTTTATTGGCCTCC  1050
      ||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||||||  | ||||
seq2  CTAAGCCTT-AGA-CTTGACTG-ATTATACTAGT-GCTTTAT--GGCTCC  1038

seq1  AGCTTACTTTTTGACTTCTAATATTACATGATTCAATTTCAACAATAAGC  1100
      ||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||   || |||
seq2  AGC-TACTTTTTGAC-TCT-ATATTACATGAATCAATTTCA--CATTAGC  1083

seq1  CCTCTTGTTC  1110
      |||| |||||
seq2  CCTC-TGTTC  1092


seq1: chr2_138281314_138282368
seq2: B6Ng01-192G22.g_66_1143 (reverse)

seq1  CGTTAGACTTGATAGACTGCAGCCCATC-GGCCCAGTTGT-CATCACGAG  48
      |||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| | |||||||
seq2  CGTTAGACTTGATAGAGTGCAGCCCATCAGATCCAGTTGTCCTTCACGAG  50

seq1  --AAAGGC-AGAACACATGGCGGGAAAACTGC-CCCTGCACGTGTG-CAG  93
        |||||| ||||||||||||||||||  ||| || |||||||||| |||
seq2  AAAAAGGCAAGAACACATGGCGGGAAACTTGCACCATGCACGTGTGCCAG  100

seq1  ATTATGTTTACC-ACTTA-GAACACAGCTGTCA-GCGCCATC-TTGTAAT  139
      ||   ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  ATATAGTTTACCAACTTAGGAACACAGCTGTCATGCGCCATCATTGTAAT  150

seq1  GGC--AAATGTGAGGGCGGCTTCCTACAA-TGAGGTGGGGAA--GAACTC  184
       ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||
seq2  TGCCAAAATGTGAGGGCGGCTTCCTACAATTGAGGTGGGGAAAGAAACTC  200

seq1  AGTTTTCTTT-AAGGGATTATCCTGTGGGAGTTT-GACCATACT-CCAAA  231
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||
seq2  AGTTTTCTTTAAAGGGATTATCCTGTGGGAGTTTGGCCCATACTCCCAAA  250

seq1  GAGTATATGTACAACAC-AAACTGGACTTGGTGTCTGTCTGTCTGTCTGT  280
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATATGTACAACACAAAACTGGACTTGGTGTCTGTCTGTCTGTCTGT  300

seq1  CTGTCTGTCTGATTTTGTGTGG-AAAAAGTGCAATGGTAGAAAGGTAGAC  329
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTGATTTTGTGTGGAAAAAAGTGCAATGGTAGAAAGGTAGAC  350

seq1  CAGGAGGG-AATGGGAAGAGAGTATGATCCAGGTATATTGTAT-AAAATT  377
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGGAGGGAAATGGGAAGAGAGTATGATCCAGGTATATTGTATAAAAATT  400

seq1  CACAAAGACTTAACCCCCAAATCCTCCCATACTCACCTGTTTCCCCTCAA  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGACTTAACCCCCAAATCCTCCCATACTCACCTGTTTCCCCTCAA  450

seq1  AAGCTTGGTCACTCTGCTTCCTTCTACTACAGTGTATTTAGGTTTTTGCA  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGGTCACTCTGCTTCCTTCTACTACAGTGTATTTAGGTTTTTGCA  500

seq1  GACAAAAGCCACATGTATAAATTTTTATGAAAGAAAACATCCCAGTGATA  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAGCCACATGTATAAATTTTTATGAAAGAAAACATCCCAGTGATA  550

seq1  TATACATATACTCATATATGTACATACGGAAACTCTGTGTGTGTGTGTGT  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATATACTCATATATGTACATACGGAAACTCTGTGTGTGTGTGTGT  600

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATTCAAAGTACTTGCAAAGC  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATTCAAAGTACTTGCAAAGC  650

seq1  TGATACAACAGGAAGGAATATTTTCCATTTTCTTAGCTCATTGAGGGTCA  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAACAGGAAGGAATATTTTCCATTTTCTTAGCTCATTGAGGGTCA  700

seq1  CTTTAATAACGTGCCTTTGGGCTGAACTTCCTGCTCCACATTACTTAGTG  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATAACGTGCCTTTGGGCTGAACTTCCTGCTCCACATTACTTAGTG  750

seq1  GCAACATGGATAATGAACATGGGAGTAATAGAAATGGATCTCTTGGCTAG  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATGGATAATGAACATGGGAGTAATAGAAATGGATCTCTTGGCTAG  800

seq1  TTTTAAATCAACTTGATACAAGCTAGAGTCATCTCAAAAGAAAGAAGCTC  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATCAACTTGATACAAGCTAGAGTCATCTCAAAAGAAAGAAGCTC  850

seq1  AACTGAGAAAATGCCTCCAAAAGTTCCAGCTGTATGGCAGTTTCTTAATT  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGAAAATGCCTCCAAAAGTTCCAGCTGTATGGCAGTTTCTTAATT  900

seq1  ACTGATTGATGGGGGAGGGCCCAGACCATTGTGGAGGGTCCCATCCCTGG  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTGATGGGGGAGGGCCCAGACCATTGTGGAGGGTCCCATCCCTGG  950

seq1  GTTGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAATGCAGGATGAGCAAGCCATGATGA  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAATGCAGGATGAGCAAGCCATGATGA  1000

seq1  ACAAAGCAGAAATTGGCACCTCTCCATAGCCTCTGCATCATCAGCTCCTA  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCAGAAATTGGCACCTCTCCATAGCCTCTGCATCATCAGCTCCTA  1050

seq1  CCTCCAGGTTACTGCCTTGTTTGAATTC  1055
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGTTACTGCCTTGTTTGAATTC  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |