BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198G09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 56,253,409 - 56,349,148
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnj3
Downstream geneLOC227920, Nr4a2, LOC100041900, LOC100042910, Gpd2, LOC271788
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198G09.bB6Ng01-198G09.g
ACCGA020006GA020007
length9981,177
definitionB6Ng01-198G09.b B6Ng01-198G09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,253,409 - 56,254,405)(56,347,993 - 56,349,148)
sequence
gaattcactctgtagaccaggttgaccttgcactcaaagatctttctgct
tctgcctcctgagtgatgagattaaaggtgtgggctaacaccacccagag
ttgtctagaatttttgaacattgtgatcatgtatgatccttctacagttt
cctaaatgaaagtatacttttacacttttacacacttaaacttctaatta
atggtataaggttagtgtgaaaaaattaatttgctatatacagttatgaa
aaaatacagtaccatatatatgattataaaggatttctaagtataaacaa
agtattactactgtactttcagtaaagatcagcataaaatattaatgttg
taagattcaaatatactataacataaatcacctgtttaaataattttaat
ggaaattatactattaactgtaaaatttaaaagatttttagatgaactat
atttttaacacaatcttttcaaatgtaaagataaacttacagcttttctt
ttctttttcttaattattttattcatttacatttcaaatgatatccctct
tcccaattactcctccacaaacccccatcccatctgccttcttccccctt
gccttcgcctctatgagggagttccctcatctacccacccactcctgccc
cactgctccagcatctccctacactggggcatcaaacctccaccagacca
aggacctcctctcccactgataaggtcatcctctgccatggattcctcca
agtaaactctttgtttggtggtttagtcactgggaggtctgagtggtcca
gctgattggtgttgctcttcctatgaggttgtaatccccttcaactcctt
cagtccctctcctggcgattccaatttggtccccaggctccgtccaatag
ttgggccgtgagtatctaatctgtattggtcaaatgctggtagaaccctc
tcaggggacagccacaccagactcctgtcagtaagtgcttctgggcat

gaattcctctggcaaaactaaagattagtccaccagagacaagtaatgtg
gacttaatttgtatgtgataattggaatccccaatgtgactatatttggg
catggagactttaaagagatcattaagattgaataatataacaagagtaa
aaccttgatctgatctgataggattagtgtccttataaatgaatatccac
cagagccacatgcatgcatagaaaagctatacatttatgtagtgagaagg
cagctatctgtgagtcacagggtcctgtcttaggaccaccttgatttaca
cttccagcctctgaaactgcactaaattatttttttttaacccatgcagt
ctgtattttcttgtacagcagcagtggaagactacatgtataagtaaatg
tgttttctctttgaaacttgctgtgtcttttacctctaagttagagttca
tgccactgagttcctacttaaagattgttttatctcttcgaaaactgctc
tgattgtctcatgctcagtggtacataatttcattcaggccaggaaattt
tattagggatagaaactctaacgtgtagctgtgatatgtcattgggcaaa
aatgtgtgcctagcacttccaaatcaagtgaacattcagtcctgtctaca
gtggtgatagaggaaatgagtccctctgtaaatctgaggaggttcttaag
aaatgtcacctctacatagggaagatggggaagtcaataataggactcag
aaggccatgtttaactgggattctcatgaacaagaacttttattttcatg
ttacttaaatgaaaacatcccatatttcatcatcagtgaattgtgaattg
cctagtgtgggtgaatacttagtcatcagagaatgggcattacttgagaa
aggattaggaggtgttgcttttcttagaagaagtgtgaccctggaaggtg
ggcttttgattttccaagaccccagcatggtgcactgtttggtttccttt
ccttctgctggggaacccaattgtagaccttcctaaaatatttctccagc
caccaatatctgcctgtgttattcactgtgtttcctctgcctataaattg
taatggaacctataaccttctgaatggttaactcacgcctcaactagttt
tctttataaagttgctttgaccatggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_56253409_56254405
seq2: B6Ng01-198G09.b_48_1045

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGTTGACCTTGCACTCAAAGATCTTTCTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGTTGACCTTGCACTCAAAGATCTTTCTGCT  50

seq1  TCTGCCTCCTGAGTGATGAGATTAAAGGTGTGGGCTAACACCACCCAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCTGAGTGATGAGATTAAAGGTGTGGGCTAACACCACCCAGAG  100

seq1  TTGTCTAGAATTTTTGAACATTGTGATCATGTATGATCCTTCTACAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAGAATTTTTGAACATTGTGATCATGTATGATCCTTCTACAGTTT  150

seq1  CCTAAATGAAAGTATACTTTTACACTTTTACACACTTAAACTTCTAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATGAAAGTATACTTTTACACTTTTACACACTTAAACTTCTAATTA  200

seq1  ATGGTATAAGGTTAGTGTGAAAAAATTAATTTGCTATATACAGTTATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATAAGGTTAGTGTGAAAAAATTAATTTGCTATATACAGTTATGAA  250

seq1  AAAATACAGTACCATATATATGATTATAAAGGATTTCTAAGTATAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAGTACCATATATATGATTATAAAGGATTTCTAAGTATAAACAA  300

seq1  AGTATTACTACTGTACTTTCAGTAAAGATCAGCATAAAATATTAATGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTACTACTGTACTTTCAGTAAAGATCAGCATAAAATATTAATGTTG  350

seq1  TAAGATTCAAATATACTATAACATAAATCACCTGTTTAAATAATTTTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTCAAATATACTATAACATAAATCACCTGTTTAAATAATTTTAAT  400

seq1  GGAAATTATACTATTAACTGTAAAATTTAAAAGATTTTTAGATGAACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTATACTATTAACTGTAAAATTTAAAAGATTTTTAGATGAACTAT  450

seq1  ATTTTTAACACAATCTTTTCAAATGTAAAGATAAACTTACAGCTTTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAACACAATCTTTTCAAATGTAAAGATAAACTTACAGCTTTTCTT  500

seq1  TTCTTTTTCTTAATTATTTTATTCATTTACATTTCAAATGATATCCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCTTAATTATTTTATTCATTTACATTTCAAATGATATCCCTCT  550

seq1  TCCCAATTACTCCTCCACAAACCCCCATCCCATCTGCCTTCTTCCCCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATTACTCCTCCACAAACCCCCATCCCATCTGCCTTCTTCCCCCTT  600

seq1  GCCTTCGCCTCTATGAGGGAGTTCCCTCATCTACCCACCCACTCCTGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCGCCTCTATGAGGGAGTTCCCTCATCTACCCACCCACTCCTGCCC  650

seq1  CACTGCTCCAGCATCTCCCTACACTGGGGCATCAAACCTCCACCAGACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCCAGCATCTCCCTACACTGGGGCATCAAACCTCCACCAGACCA  700

seq1  AGGACCTCCTCTCCCACTGATAAGGTCATCCTCTGCCATGGATTCCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTCCTCTCCCACTGATAAGGTCATCCTCTGCCATGGATTCCTCCA  750

seq1  AGTAAACTCTTTGTTTGGTGGTTTAGTCACTGGGAGGTCTGAGTGGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACTCTTTGTTTGGTGGTTTAGTCACTGGGAGGTCTGAGTGGTCCA  800

seq1  GCTGATTGGTGTTGCTCTTCCTATGAGGTTGTAATCCCCTTCAACTCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTGGTGTTGCTCTTCCTATGAGGTTGTAATCCCCTTCAACTCCTT  850

seq1  CAGTCCCTCTCCTGGCGATTCCAATTTGGTCCCCAGGCTCCGTCCAATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTCTCCTGGCGATTCCAATTTGGTCCCCAGGCTCCGTCCAATAG  900

seq1  TT-GGCCGTGAGTATCTAAATCTGTATTGGTCAAATGCTGGTAGAA-CCT  948
      || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGGGCCGTGAGTATCT-AATCTGTATTGGTCAAATGCTGGTAGAACCCT  949

seq1  CTCAGGGGACAGCCACACCAGACTCCTGTCAGTAAGTGCTTCTGGGCAT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGGACAGCCACACCAGACTCCTGTCAGTAAGTGCTTCTGGGCAT  998


seq1: chr2_56347993_56349148
seq2: B6Ng01-198G09.g_65_1241 (reverse)

seq1  GCCATGGTCAAGGCAACCTTTATAAAAGAAAACATTTAGTTGAGGCGT-A  49
      ||||||||||| |||| |||||| |||||||||   |||||||||||| |
seq2  GCCATGGTCAAAGCAA-CTTTAT-AAAGAAAAC---TAGTTGAGGCGTGA  45

seq1  GTTACCATTTCAGA--GGTATAG--TTCATTACAA-TTATA-GCAGAG--  91
      |||| |  ||||||  | |||||  | |||||||| ||||| ||||||  
seq2  GTTAACCATTCAGAAGGTTATAGGTTCCATTACAATTTATAGGCAGAGGA  95

seq1  AACACAGTGA--TACACAGGCAGATA-TGGT-GCTGGAGAAATATTTTAG  137
      ||||||||||   ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  AACACAGTGAATAACACAGGCAGATATTGGTGGCTGGAGAAATATTTTAG  145

seq1  --AGGTCTACATTTGGTTTCCCAAGCAGAAGGAA--GAAACC-AACAGTG  182
        ||||||||| |||| ||||| |||||||||||  |||||| |||||||
seq2  GAAGGTCTACAATTGGGTTCCCCAGCAGAAGGAAAGGAAACCAAACAGTG  195

seq1  CACCATGCTGGGGTCTT-GAAAATC-AAAGCCCACC-TCCAGGGTCACAC  229
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  CACCATGCTGGGGTCTTGGAAAATCAAAAGCCCACCTTCCAGGGTCACAC  245

seq1  TTCTTCTAAG-AAAGCAACACCTCCTAATCC-TTCTCAAGTAATG-CCAT  276
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TTCTTCTAAGAAAAGCAACACCTCCTAATCCTTTCTCAAGTAATGCCCAT  295

seq1  TCTCTGATGACTAAGTATTCA-CCACACTAGGCAATTCACAATTCACTGA  325
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGATGACTAAGTATTCACCCACACTAGGCAATTCACAATTCACTGA  345

seq1  TGATGAAATATGGGATGTTTTCATTTAAGTAACATGAAAAT-AAAGTTCT  374
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGATGAAATATGGGATGTTTTCATTTAAGTAACATGAAAATAAAAGTTCT  395

seq1  TGTTCATGAGAATCCCAGTTAAACATGGCCTTCTGAGTCCTATTATTGAC  424
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATGAGAATCCCAGTTAAACATGGCCTTCTGAGTCCTATTATTGAC  445

seq1  TTCCCCATCTTCCCTATGTAGAGGTGACATTTCTTAAGAACCTCCTCAGA  474
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCATCTTCCCTATGTAGAGGTGACATTTCTTAAGAACCTCCTCAGA  495

seq1  TTTACAGAGGGACTCATTTCCTCTATCACCACTGTAGACAGGACTGAATG  524
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGAGGGACTCATTTCCTCTATCACCACTGTAGACAGGACTGAATG  545

seq1  TTCACTTGATTTGGAAGTGCTAGGCACACATTTTTGCCCAATGACATATC  574
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGATTTGGAAGTGCTAGGCACACATTTTTGCCCAATGACATATC  595

seq1  ACAGCTACACGTTAGAGTTTCTATCCCTAATAAAATTTCCTGGCCTGAAT  624
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACACGTTAGAGTTTCTATCCCTAATAAAATTTCCTGGCCTGAAT  645

seq1  GAAATTATGTACCACTGAGCATGAGACAATCAGAGCAGTTTTCGAAGAGA  674
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATGTACCACTGAGCATGAGACAATCAGAGCAGTTTTCGAAGAGA  695

seq1  TAAAACAATCTTTAAGTAGGAACTCAGTGGCATGAACTCTAACTTAGAGG  724
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAATCTTTAAGTAGGAACTCAGTGGCATGAACTCTAACTTAGAGG  745

seq1  TAAAAGACACAGCAAGTTTCAAAGAGAAAACACATTTACTTATACATGTA  774
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACACAGCAAGTTTCAAAGAGAAAACACATTTACTTATACATGTA  795

seq1  GTCTTCCACTGCTGCTGTACAAGAAAATACAGACTGCATGGGTTAAAAAA  824
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCACTGCTGCTGTACAAGAAAATACAGACTGCATGGGTTAAAAAA  845

seq1  AAATAATTTAGTGCAGTTTCAGAGGCTGGAAGTGTAAATCAAGGTGGTCC  874
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTAGTGCAGTTTCAGAGGCTGGAAGTGTAAATCAAGGTGGTCC  895

seq1  TAAGACAGGACCCTGTGACTCACAGATAGCTGCCTTCTCACTACATAAAT  924
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAGGACCCTGTGACTCACAGATAGCTGCCTTCTCACTACATAAAT  945

seq1  GTATAGCTTTTCTATGCATGCATGTGGCTCTGGTGGATATTCATTTATAA  974
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCTTTTCTATGCATGCATGTGGCTCTGGTGGATATTCATTTATAA  995

seq1  GGACACTAATCCTATCAGATCAGATCAAGGTTTTACTCTTGTTATATTAT  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTAATCCTATCAGATCAGATCAAGGTTTTACTCTTGTTATATTAT  1045

seq1  TCAATCTTAATGATCTCTTTAAAGTCTCCATGCCCAAATATAGTCACATT  1074
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTAATGATCTCTTTAAAGTCTCCATGCCCAAATATAGTCACATT  1095

seq1  GGGGATTCCAATTATCACATACAAATTAAGTCCACATTACTTGTCTCTGG  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTCCAATTATCACATACAAATTAAGTCCACATTACTTGTCTCTGG  1145

seq1  TGGACTAATCTTTAGTTTTGCCAGAGGAATTC  1156
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTAATCTTTAGTTTTGCCAGAGGAATTC  1177


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |