BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198G24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 97,275,384 - 97,399,445
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc4c
Upstream geneLOC100043267
Downstream geneLOC621146, LOC664974
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198G24.bB6Ng01-198G24.g
ACCGA020036GA020037
length1,1411,177
definitionB6Ng01-198G24.b B6Ng01-198G24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,398,294 - 97,399,445)(97,275,384 - 97,276,539)
sequence
gaattccagaaaacaggactaatttgcttctaaccccgccccctttttta
ccactaggacttatccttttgtcatatcacagtcatgttattaaatatca
atgctgaacattcaccaaaatttatcatcctgtcctttaaacttaattcc
caaagactctcatgtcttgtatagcattacttaaatcataaatttgatac
attttatattgttaatttgtcttttaggactcttgtcctaaagctgaaaa
ctctaggtttggaaacagtttttcataatagaataagcttgaatcaatag
catacaattcctagaatcttcataatgagggttggctttttttctttgcc
tctttcaccatgttctcatctattgtgactcaaaaacacttgctgttgtg
acaaggccagtaaaagagactttcacactaagcaactgagtaggaattgg
gtggacacacacatagatttatgtgatacaagcacaggtgtacatgtgtg
tgaagaaataaagagaaaaatgaggaggaggaagtaaaagggtaaggagg
aagaaagagagggaggtctatcaattgatcttgattcaattccacctata
gactctaaagacagaatcattatactggcctatacttgctagactcagtc
ttgaaattttaacatggtacatggaaattcttatcatacatatttttaag
tttccaaacagttatttcaaaacattattaagatttctgctaacaatatg
agctcttatacttagaactatctgacttgtattggtcctttgaggtaatc
agtatctgggcttactctggaaacaatttgagggagatggtctataaggg
cagtacctgagcaacttctctcagaaggcatcagcttgattacaacacaa
gggtctccagagtggaatgggtttagggaagttctcttaaggatgcaatt
tgtctataaaatagctgattcataagtgtatcttccactcactcacattt
aatgtctcattccctaaccatgagagcatgatcatcaccagaaatgcatc
agtagaggcaagctaggccagaaggggattctgattggattctcttcctt
gcaccataaaattctacaatgcacagctcacatagttgtgg

gaattccactattgaacaattgtttccttttcacccgaatttcaaggtta
aagaccttgaaagatagtagttgatgcagtcattcaaattgagtcaaatc
agatcaaaatatgtgcaaagcaattcaaattctctgaagttttggctgct
ttggcttatatggagggtgtttacagtaagggtttacatttcatattaat
gggaagagtttattgctttttgcttatgtagttttatactgtttttcttt
attttgccttttacaactaatatagcttaggctagtcttattagacagct
gagataatcttgagctgctaatcttccagcttctacacccaaagcaagaa
taaaaggtgtatatcattatgcccagcttgtattagagtaatataacaat
aataattcaaaatggtgatataagttgcagcaagggaggtatctcatatg
actcagaatatcagcctttttgtgtgcttttattcactttacatcccaat
tgcagctgcagttcctcttgtcctcccagtctgatgcttgcaaatcactc
cccttactacccactcctttgttcctcagagaaggcaaacatcgccttac
gtatcactccaccctggcatatctagtctcagtaggcctaagcacacatc
ctctctcactcagtatttttttagaactaaatagggaggttggaaagtta
ggatcccttgtccaattctcttcctttgcctatagcacaagaagcataac
tgagataaagaagagataaatgaattcaatggctttgaaaaggaatgcca
tacaaaagaatacagcattattttgtagaaaaaacaatctcacttcacat
gtgctgtgtttggaacggtagccgctgggaaagctgaggtgaggagaaaa
tcacctgctaaaggctcagtcactccacatcgcgttttcagctgagagtg
ctttaaaacaatacactttgaggaagcaagctattttgcagttatgttta
ttacattgatcctatttacttcttattctggtggagggggaagatttccg
gtcagagttgtcatttgttgtcaataagcacccacttcatcattcaatgc
aatgatttattgaacattaaggccacaagcaattagaccgggggttaacg
agttaaataaatgttccttttcgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_97398294_97399445
seq2: B6Ng01-198G24.b_44_1184 (reverse)

seq1  CCACAAAGATTATGTGAGCTGTGCATTGTAGGAAATTTTATTGGGTGC-A  49
      |||||   | |||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| |
seq2  CCACA---ACTATGTGAGCTGTGCATTGTAG--AATTTTAT--GGTGCAA  43

seq1  GGAAGAGAATCAATTCAGAATCCCCCTTCCTGCCTAGCTTTGCCTCTAAC  99
      ||||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||| |||||||| ||
seq2  GGAAGAGAATCCAATCAGAAT-CCCCTTCTGGCCTAGC-TTGCCTCT-AC  90

seq1  TGATGCCATTTCTTGGTGATTGATTCATGCTCTCATGGTTAGGGAATGAG  149
      ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATG-CATTTC-TGGTGA-TGA-TCATGCTCTCATGGTTAGGGAATGAG  136

seq1  ACATT-AATGTGAGTGAGTGG-AGATACACTTATGAATCAGCTATTTTAT  197
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAATGTGAGTGAGTGGAAGATACACTTATGAATCAGCTATTTTAT  186

seq1  AGACAAATTGCATCCTTAAGAGAACTTCCCT-AACCCATTCCACTCTGGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATTGCATCCTTAAGAGAACTTCCCTAAACCCATTCCACTCTGGA  236

seq1  GACCCTTGTGTTGTAATCAAGCTGATGCCTTCTGAGAGAAGTTGCTCAGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTGTGTTGTAATCAAGCTGATGCCTTCTGAGAGAAGTTGCTCAGG  286

seq1  TACTGCCCTTATAGACCATCTCCCTCAAATTGTTTCCAGAGTAAGCCCAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCCTTATAGACCATCTCCCTCAAATTGTTTCCAGAGTAAGCCCAG  336

seq1  ATACTGATTACCTCAAAGGACCAAATACAAGTCAGATAGTTCTAAGTATA  396
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGATTACCTCAAAGGACC-AATACAAGTCAGATAGTTCTAAGTATA  385

seq1  AGAGCTCATATTGTTAGCAGAAATCTTAATAATGTTTTGAAATAACTGTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCATATTGTTAGCAGAAATCTTAATAATGTTTTGAAATAACTGTT  435

seq1  TGGAAACTTAAAAATATGTATGATAAGAATTTCCATGTACCATGTTAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTTAAAAATATGTATGATAAGAATTTCCATGTACCATGTTAAAA  485

seq1  TTTCAAGACTGAGTCTAGCAAGTATAGGCCAGTATAATGATTCTGTCTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGACTGAGTCTAGCAAGTATAGGCCAGTATAATGATTCTGTCTTT  535

seq1  AGAGTCTATAGGTGGAATTGAATCAAGATCAATTGATAGACCTCCCTCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTATAGGTGGAATTGAATCAAGATCAATTGATAGACCTCCCTCTC  585

seq1  TTTCTTCCTCCTTACCCTTTTACTTCCTCCTCCTCATTTTTCTCTTTATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTCCTTACCCTTTTACTTCCTCCTCCTCATTTTTCTCTTTATT  635

seq1  TCTTCACACACATGTACACCTGTGCTTGTATCACATAAATCTATGTGTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACACACATGTACACCTGTGCTTGTATCACATAAATCTATGTGTGT  685

seq1  GTCCACCCAATTCCTACTCAGTTGCTTAGTGTGAAAGTCTCTTTTACTGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCCAATTCCTACTCAGTTGCTTAGTGTGAAAGTCTCTTTTACTGG  735

seq1  CCTTGTCACAACAGCAAGTGTTTTTGAGTCACAATAGATGAGAACATGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCACAACAGCAAGTGTTTTTGAGTCACAATAGATGAGAACATGGT  785

seq1  GAAAGAGGCAAAGAAAAAAAGCCAACCCTCATTATGAAGATTCTAGGAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGCAAAGAAAAAAAGCCAACCCTCATTATGAAGATTCTAGGAAT  835

seq1  TGTATGCTATTGATTCAAGCTTATTCTATTATGAAAAACTGTTTCCAAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCTATTGATTCAAGCTTATTCTATTATGAAAAACTGTTTCCAAAC  885

seq1  CTAGAGTTTTCAGCTTTAGGACAAGAGTCCTAAAAGACAAATTAACAATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTTTTCAGCTTTAGGACAAGAGTCCTAAAAGACAAATTAACAATA  935

seq1  TAAAATGTATCAAATTTATGATTTAAGTAATGCTATACAAGACATGAGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTATCAAATTTATGATTTAAGTAATGCTATACAAGACATGAGAG  985

seq1  TCTTTGGGAATTAAGTTTAAAGGACAGGATGATAAATTTTGGTGAATGTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGGAATTAAGTTTAAAGGACAGGATGATAAATTTTGGTGAATGTT  1035

seq1  CAGCATTGATATTTAATAACATGACTGTGATATGACAAAAGGATAAGTCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTGATATTTAATAACATGACTGTGATATGACAAAAGGATAAGTCC  1085

seq1  TAGTGGTAAAAAAGGGGGCGGGGTTAGAAGCAAATTAGTCCTGTTTTCTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTAAAAAAGGGGGCGGGGTTAGAAGCAAATTAGTCCTGTTTTCTG  1135

seq1  GAATTC  1152
      ||||||
seq2  GAATTC  1141


seq1: chr2_97275384_97276539
seq2: B6Ng01-198G24.g_66_1242

seq1  GAATTCCACTATTGAACAATTGTTTCCTTTTCACCCGAATTTCAAGGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTATTGAACAATTGTTTCCTTTTCACCCGAATTTCAAGGTTA  50

seq1  AAGACCTTGAAAGATAGTAGTTGATGCAGTCATTCAAATTGAGTCAAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTTGAAAGATAGTAGTTGATGCAGTCATTCAAATTGAGTCAAATC  100

seq1  AGATCAAAATATGTGCAAAGCAATTCAAATTCTCTGAAGTTTTGGCTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAAATATGTGCAAAGCAATTCAAATTCTCTGAAGTTTTGGCTGCT  150

seq1  TTGGCTTATATGGAGGGTGTTTACAGTAAGGGTTTACATTTCATATTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTATATGGAGGGTGTTTACAGTAAGGGTTTACATTTCATATTAAT  200

seq1  GGGAAGAGTTTATTGCTTTTTGCTTATGTAGTTTTATACTGTTTTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAGTTTATTGCTTTTTGCTTATGTAGTTTTATACTGTTTTTCTTT  250

seq1  ATTTTGCCTTTTACAACTAATATAGCTTAGGCTAGTCTTATTAGACAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCCTTTTACAACTAATATAGCTTAGGCTAGTCTTATTAGACAGCT  300

seq1  GAGATAATCTTGAGCTGCTAATCTTCCAGCTTCTACACCCAAAGCAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATCTTGAGCTGCTAATCTTCCAGCTTCTACACCCAAAGCAAGAA  350

seq1  TAAAAGGTGTATATCATTATGCCCAGCTTGTATTAGAGTAATATAACAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGTGTATATCATTATGCCCAGCTTGTATTAGAGTAATATAACAAT  400

seq1  AATAATTCAAAATGGTGATATAAGTTGCAGCAAGGGAGGTATCTCATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTCAAAATGGTGATATAAGTTGCAGCAAGGGAGGTATCTCATATG  450

seq1  ACTCAGAATATCAGCCTTTTTGTGTGCTTTTATTCACTTTACATCCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAATATCAGCCTTTTTGTGTGCTTTTATTCACTTTACATCCCAAT  500

seq1  TGCAGCTGCAGTTCCTCTTGTCCTCCCAGTCTGATGCTTGCAAATCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCAGTTCCTCTTGTCCTCCCAGTCTGATGCTTGCAAATCACTC  550

seq1  CCCTTACTACCCACTCCTTTGTTCCTCAGAGAAGGCAAACATCGCCTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACTACCCACTCCTTTGTTCCTCAGAGAAGGCAAACATCGCCTTAC  600

seq1  GTATCACTCCACCCTGGCATATCTAGTCTCAGTAGGCCTAAGCACACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCACTCCACCCTGGCATATCTAGTCTCAGTAGGCCTAAGCACACATC  650

seq1  CTCTCTCACTCAGTATTTTTTTAGAACTAAATAGGGAGGTTGGAAAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCACTCAGTATTTTTTTAGAACTAAATAGGGAGGTTGGAAAGTTA  700

seq1  GGATCCCTTGTCCAATTCTCTTCCTTTGCCTATAGCACAAGAAGCATAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCTTGTCCAATTCTCTTCCTTTGCCTATAGCACAAGAAGCATAAC  750

seq1  TGAGATAAAGAAGAGATAAATGAATTCAATGGCTTTGAAAAGGAATGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAAAGAAGAGATAAATGAATTCAATGGCTTTGAAAAGGAATGCCA  800

seq1  TACAAAAGAATACAGCATTATTTTGTAGAAAAAACAATCTCACTTCACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGAATACAGCATTATTTTGTAGAAAAAACAATCTCACTTCACAT  850

seq1  GTGCTGTGTTTGGAACGGTAGCCGCTGGGAAAGCTGAGGTGAGGAGAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGTTTGGAACGGTAGCCGCTGGGAAAGCTGAGGTGAGGAGAAAA  900

seq1  TCACCTGCT-AAGGCTCAGTCACTCCACATCGCG-TTTCAGCTGAGAGTG  948
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCACCTGCTAAAGGCTCAGTCACTCCACATCGCGTTTTCAGCTGAGAGTG  950

seq1  CTTAAAAACAATACAC-TTGAGGAAGCAAGCTA-TTTGCAGTTATGTTTA  996
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAACAATACACTTTGAGGAAGCAAGCTATTTTGCAGTTATGTTTA  1000

seq1  -TACA-TGATCCTATTTAC-TCT--ATCTG--TGAGGGG--AGATTTTCC  1037
       |||| ||||||||||||| |||   ||||   ||||||  |||||| | 
seq2  TTACATTGATCCTATTTACTTCTTATTCTGGTGGAGGGGGAAGATTTCCG  1050

seq1  GTCAGAGTTGTCA-TTGTTGTCATTAAGCACCCACTCATTCATTCAATGC  1086
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||||||
seq2  GTCAGAGTTGTCATTTGTTGTCAATAAGCACCCACTTCATCATTCAATGC  1100

seq1  -ATG-TTTATTGAACATT-AGGCCAC-AGC-ATTAGACACGGGGGTTACG  1131
       ||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||  
seq2  AATGATTTATTGAACATTAAGGCCACAAGCAATTAGAC-CGGGGGTTAAC  1149

seq1  GAG-TAAATAAATG-TCCTTTTC-TGTG  1156
      ||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  GAGTTAAATAAATGTTCCTTTTCGTGTG  1177


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |