BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202P23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 92,843,466 - 92,970,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042784
Upstream geneCreb3l1, Phf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775, LOC100043205, Chst1, Syt13
Downstream geneTrp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695, Alkbh3, Hsd17b12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202P23.bB6Ng01-202P23.g
ACCGA023333GA023334
length1,0631,008
definitionB6Ng01-202P23.b B6Ng01-202P23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,969,725 - 92,970,767)(92,843,466 - 92,844,472)
sequence
gaattcagagattcacctgcccctgtctcctgagtgctaggactaaaggc
atggctaccaccgcctggctccaattttgtaagcctaagaaatcagtgaa
ggtatgtgagaccatagaggaagaagattccgagtgggcagatgtcctta
acaccagggaaggatggtgaccatgccaagaaggaatgcacggagttgct
tggctctgaggctggggcttgctgtctgcaatgtccctggaggcatgcag
gggggcactgcattgcttttttttgttgttgttgctggaataaacactat
agaacttgtagaagaaagagtttgttttggcttacagtctcagagggtta
aaatccataatggcagggcagaggcagcaggcagtagctcacaacttgaa
ccacagcatgaagcagatagatagatagatagatagatagatagatagat
agatagatagacagagtgagtgagtatattgggcatgggagaggctttga
accctcttaagtccactcctaatgatgcacttcctccagcaatgctgaac
ctcctagaccttcacaaactgggaatccatttttcaaatgccagagccca
aggggaacattctcatacaaaccacttcaaggactcagtgggctcagacc
atggtccaggcagagccaatgggcccaaactaaaaggaaaaatgaaagac
aaatgattgcatgcggcaaggatggttcccagagtggaggggacaagggg
cttctatagaagactcctcatactccttgtggtattgcatagaggccagc
agacagctgtatgtgatgcttggcatgaaatcatgctttcttcatacatg
ccatgctcgaaggactggggcagagaactgagcattataatggagaccaa
caccggggcctggagaaaatggttgcaatcaggtaaaagcactggccttc
tcttcccagatggacctagggttcgaatctcagcacccatatggcagctt
cacaactgactaataactccagttccaggggcttcgaaacatccctcacc
acagaacatacat
gaattcatttttaccgccgtcttctccccccaataccccataatgagaaa
gactcggcactgctgttgggaaagtgcatgatcagagctgggaggaagtg
aggaatgagatcagtggaaatggtgcagcatcctgtgcacattctattgg
cccacacgctctagtaagcatcgctatcaggaaggagaaagaggaggcgc
agaagccctgaatgtctccaggggagaccttcgtaagggcattactctcc
tacaagagacattgatgacagcaatgaacacaagagacatgcctggggta
ataacccagagtggcataggccaggccagccaaccactgatggcacatcc
agcatgtccccaccccacttcacatatccctgtgaactaagaacggctct
tgaacctttaaaaaaaagagcgtttttagaatgttttttttaaatgtttt
tcttcacgtaactttacttctatggtttttctacacttatatgaaattca
aatttcgtttgaaatcacatacaatccagatttctagaccctatataaaa
ttttactggaacacactttgcactcactgatccccaggtcatctggggcc
gcaccacaatgggcagcgtgcaggagctgggctagaaaatgagtgcttcg
cggcttctaatgtaaaaaataaagactgattttaacatgtgtataggcca
tgagtatgaggttgtctgaggaggccagaagaaggccctggaactcatgg
agatggagtgatggacagctgtgagctcctgttagactcggtgctgggaa
ctgaattgcggtcttttggaagaacagcaaatgctcctgaatgccaaatc
atctatccaacccactaaagtacttcatgaaaggcttgggctgtacacac
acacacacacacacacactataatacaagcataaatgatatagattgtag
catggggtgatcctaagaacaagatttttggtggtgcctggaggtttggg
gcttgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_92969725_92970767
seq2: B6Ng01-202P23.b_49_1111 (reverse)

seq1  ATGTATG-TCTGT-GTGA-GGATGTCT-GAAG-CCCTGGAACTGGAGTTA  45
      ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTTCTGTGGTGAGGGATGTTTCGAAGCCCCTGGAACTGGAGTTA  50

seq1  -TAGACAGTTGTG-AGCTGCCATGTGGGTGCTGAGATTCGAACCCTAGGT  93
       ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAGTTGTGAAGCTGCCATATGGGTGCTGAGATTCGAACCCTAGGT  100

seq1  -CATCT-GGAAGAGAA-GCCAGTGCTCTTAACTG-TTGC-ACCA-TCTCT  137
       ||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| |||| | |||
seq2  CCATCTGGGAAGAGAAGGCCAGTGCTTTTACCTGATTGCAACCATTTTCT  150

seq1  CCAG--CCCCGTGTT-GTCT-CATTATAATGCTCAGTTCTCTG-CCCAGT  182
      ||||  ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGGCCCCGGTGTTGGTCTCCATTATAATGCTCAGTTCTCTGCCCCAGT  200

seq1  -CTTCGAGCATGGCATGTATGAAG-AAGCATGATTTCATGCCAAGCATCA  230
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCGAGCATGGCATGTATGAAGAAAGCATGATTTCATGCCAAGCATCA  250

seq1  CATACAGCTGTCTGCTGGCCTCTATGCAATACCACAAGGAGTATGAGGAG  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGCTGTCTGCTGGCCTCTATGCAATACCACAAGGAGTATGAGGAG  300

seq1  TCTTCTATAGAAGCCCCTTGTCCCCTCCACTCTGGGAACCATCCTTGCCG  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATAGAAGCCCCTTGTCCCCTCCACTCTGGGAACCATCCTTGCCG  350

seq1  CATGCAATCATTTGTCTTTCATTTTTCCTTTTAGTTTGGGCCCATTGGCT  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATCATTTGTCTTTCATTTTTCCTTTTAGTTTGGGCCCATTGGCT  400

seq1  CTGCCTGGACCATGGTCTGAGCCCACTGAGTCCTTGAAGTGGTTTGTATG  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGGACCATGGTCTGAGCCCACTGAGTCCTTGAAGTGGTTTGTATG  450

seq1  AGAATGTTCCCCTTGGGCTCTGGCATTTGAAAAATGGATTCCCAGTTTGT  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTCCCCTTGGGCTCTGGCATTTGAAAAATGGATTCCCAGTTTGT  500

seq1  GAAGGTCTAGGAGGTTCAGCATTGCTGGAGGAAGTGCATCATTAGGAGTG  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCTAGGAGGTTCAGCATTGCTGGAGGAAGTGCATCATTAGGAGTG  550

seq1  GACTTAAGAGGGTTCAAAGCCTCTCCCATGCCCAATATACTCACTCACTC  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAGAGGGTTCAAAGCCTCTCCCATGCCCAATATACTCACTCACTC  600

seq1  TGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTG  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTG  650

seq1  CTTCATGCTGTGGTTCAAGTTGTGAGCTACTGCCTGCTGCCTCTGCCCTG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGCTGTGGTTCAAGTTGTGAGCTACTGCCTGCTGCCTCTGCCCTG  700

seq1  CCATTATGGATTTTAACCCTCTGAGACTGTAAGCCAAAACAAACTCTTTC  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATGGATTTTAACCCTCTGAGACTGTAAGCCAAAACAAACTCTTTC  750

seq1  TTCTACAAGTTCTATAGTGTTTATTCCAGCAACAACAACAAAAAAAAGCA  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAAGTTCTATAGTGTTTATTCCAGCAACAACAACAAAAAAAAGCA  800

seq1  ATGCAGTGCCCCCCTGCATGCCTCCAGGGACATTGCAGACAGCAAGCCCC  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTGCCCCCCTGCATGCCTCCAGGGACATTGCAGACAGCAAGCCCC  850

seq1  AGCCTCAGAGCCAAGCAACTCCGTGCATTCCTTCTTGGCATGGTCACCAT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGAGCCAAGCAACTCCGTGCATTCCTTCTTGGCATGGTCACCAT  900

seq1  CCTTCCCTGGTGTTAAGGACATCTGCCCACTCGGAATCTTCTTCCTCTAT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTGGTGTTAAGGACATCTGCCCACTCGGAATCTTCTTCCTCTAT  950

seq1  GGTCTCACATACCTTCACTGATTTCTTAGGCTTACAAAATTGGAGCCAGG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCACATACCTTCACTGATTTCTTAGGCTTACAAAATTGGAGCCAGG  1000

seq1  CGGTGGTAGCCATGCCTTTAGTCCTAGCACTCAGGAGACAGGGGCAGGTG  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGTAGCCATGCCTTTAGTCCTAGCACTCAGGAGACAGGGGCAGGTG  1050

seq1  AATCTCTGAATTC  1043
      |||||||||||||
seq2  AATCTCTGAATTC  1063

seq1: chr2_92843466_92844472
seq2: B6Ng01-202P23.g_65_1072

seq1  GAATTCATTTTTACCGCCGTCTTCTCCCCCCAATACCCCATAATGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTACCGCCGTCTTCTCCCCCCAATACCCCATAATGAGAAA  50

seq1  GACTCGGCACTGCTGTTGGGAAAGTGCATGATCAGAGCTGGGAGGAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGGCACTGCTGTTGGGAAAGTGCATGATCAGAGCTGGGAGGAAGTG  100

seq1  AGGAATGAGATCAGTGGAAATGGTGCAGCATCCTGTGCACATTCTATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGAGATCAGTGGAAATGGTGCAGCATCCTGTGCACATTCTATTGG  150

seq1  CCCACACGCTCTAGTAAGCATCGCTATCAGGAAGGAGAAAGAGGAGGCGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACGCTCTAGTAAGCATCGCTATCAGGAAGGAGAAAGAGGAGGCGC  200

seq1  AGAAGCCCTGAATGTCTCCAGGGGAGACCTTCGTAAGGGCATTACTCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCCTGAATGTCTCCAGGGGAGACCTTCGTAAGGGCATTACTCTCC  250

seq1  TACAAGAGACATTGATGACAGCAATGAACACAAGAGACATGCCTGGGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAGACATTGATGACAGCAATGAACACAAGAGACATGCCTGGGGTA  300

seq1  ATAACCCAGAGTGGCATAGGCCAGGCCAGCCAACCACTGATGGCACATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCAGAGTGGCATAGGCCAGGCCAGCCAACCACTGATGGCACATCC  350

seq1  AGCATGTCCCCACCCCACTTCACATATCCCTGTGAACTAAGAACGGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTCCCCACCCCACTTCACATATCCCTGTGAACTAAGAACGGCTCT  400

seq1  TGAACCTTTAAAAAAAAGAGCGTTTTTAGAATGTTTTTTTTAAATGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTTTAAAAAAAAGAGCGTTTTTAGAATGTTTTTTTTAAATGTTTT  450

seq1  TCTTCACGTAACTTTACTTCTATGGTTTTTCTACACTTATATGAAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACGTAACTTTACTTCTATGGTTTTTCTACACTTATATGAAATTCA  500

seq1  AATTTCGTTTGAAATCACATACAATCCAGATTTCTAGACCCTATATAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCGTTTGAAATCACATACAATCCAGATTTCTAGACCCTATATAAAA  550

seq1  TTTTACTGGAACACACTTTGCACTCACTGATCCCCAGGTCATCTGGGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTGGAACACACTTTGCACTCACTGATCCCCAGGTCATCTGGGGCC  600

seq1  GCACCACAATGGGCAGCGTGCAGGAGCTGGGCTAGAAAATGAGTGCTTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACAATGGGCAGCGTGCAGGAGCTGGGCTAGAAAATGAGTGCTTCG  650

seq1  CGGCTTCTAATGTAAAAAATAAAGACTGATTTTAACATGTGTATAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTCTAATGTAAAAAATAAAGACTGATTTTAACATGTGTATAGGCCA  700

seq1  TGAGTATGAGGTTGTCTGAGGAGGCCAGAAGAAGGCCCTGGAACTCAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAGTATGAGGTTGTCTGAGGAGGCCAGAAGAAGGCCCTGGAACTCATGG  750

seq1  AGATGGAGTGATGGACAGCTGTGAGCTCCTGTTAGACTCGGTGCTGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGTGATGGACAGCTGTGAGCTCCTGTTAGACTCGGTGCTGGGAA  800

seq1  CTGAATTGCGGTCTTTTGGAAGAACAGCAAATGCTCCTGAATGCCAAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTGCGGTCTTTTGGAAGAACAGCAAATGCTCCTGAATGCCAAATC  850

seq1  ATCTATCCAACCCACTAAAGTACTTCATGAAAGGCTTGGGCTGTACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCCAACCCACTAAAGTACTTCATGAAAGGCTTGGGCTGTACACAC  900

seq1  ACACACACACACACACAACTATAAATACAAGCATAAATGATATAAGATGT  950
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||
seq2  ACACACACACACACAC-ACTAT-AATACAAGCATAAATGATATAGATTGT  948

seq1  AGCAATGGGTGATCCTAAGAACAAGATTTTTGGT-GTGCTTGGAGGTTTG  999
      ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AGCATGGGGTGATCCTAAGAACAAGATTTTTGGTGGTGCCTGGAGGTTTG  998

seq1  GG--TTGGGG  1007
      ||  ||||||
seq2  GGGCTTGGGG  1008