BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209A20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 46,219,703 - 46,320,286
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383690
Upstream geneLOC100042661, LOC100041337, LOC666604
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209A20.bB6Ng01-209A20.g
ACCGA027770GA027771
length9661,109
definitionB6Ng01-209A20.b B6Ng01-209A20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,319,320 - 46,320,286)(46,219,703 - 46,220,829)
sequence
gaattcacacaaactgtatttctccttcaccatgacccatgaggtataaa
ttaaatcaagaactactgtgttgtcagctgtgtcttatatgcaatctgta
aagatccaaatgtatagaaaactgccctttaaattattaatatggcctct
tgaataaatagtattactggaatatataaagggaaatttatctatatcat
tttcagagataaatctactatattaactgtcataaatatgtacttctcat
ttctatgtggatatctatgaaacagattttcattgtacaaagaatcaata
atgactaggtggtttgaactctatgagcccctaggtgatataagcttaca
acttgatgacaagagatctaaagcatgtctcaaatttttaatatgataaa
atatgtaaatcataaaatttaggttatctcaacctagtgtttacaagtaa
aaatcttttggtaaataagtcttatatgtataccttatatgtataagtct
tatatctataccttatatgtataagtcttatatgtataccttatatgtat
aagtcttatatgtataccttatatgtataagtcttatatgtataccttat
atgtataagtcttgtatgtataccttatatgtataagtcttgtatgtata
ccttatatgtataagtcttgtatgtatacgttatatgtataagtcttata
tgtataccttatatgtataagtcttatatgtataccttatatgtataagt
cttatgtgtataccttaggtatcagcattcaaggtggaaaattgggttag
gagggactctgaaaccatggttcagagttttgtttatattgcaaagtact
aaaatttgattcccaacagcctgattagcagactcaactttaggacaggg
ttgtcggggattagatactctctttctgggtgtctgacctccaagaacac
accaacacacacacac

gaattcaaatgccatatagatgagacactttgagacataaatgaattatc
caaatgacaaaggagttttaggtatttgacagaaggtataatgatccctt
gacaacgtgacctggcaattattattatgtcatgttgatacgacaaaata
ttaagaaagctttatataatcttctatataactgtcaactacagattcaa
aaggaataaaagcaacttctgaaagattagtgtagcagctttccacagtt
gaaaagagcattaatgttatagtcaccattcctcagttctaactccatga
ggacagataaaaaagtcaaaattaaatatggcacagaaaattctgagtta
aggatatggggtagcagtctatgttgcatatgactcagatgtgattttgt
agaatggaaagtattgctaagtaataaattcatgttgagtgatacaatga
aactcgtaaactatagacaaaacaacaattctaagagcctttattttagg
aatactattaacaaaggggttaggatttagccatgtctattactttgaca
tcctttatctttctaccactgatgggcgttgaagtggtatgaatatgttt
tgtaaagttttgctaacactagagttggactagtttgttgaagaactgag
cagttcaaatactaaagagtgttgaagactcctcacagaacaattcccaa
ggtcacgatttatgtaaaatcaccactgcaaatattgaaaacagtcaaat
tgtattttctataaaacttaaaaggagacccttcttcccctagttgtttc
acatccttctgaaggctttaaagcataaatttcttgcatgttcctgtagg
atgagccatgcaagatcatttataggaatagagggaaataaaagttgtta
ttgaaaaaggaaaataaaagtcatagagaattaaataattttcatagaat
atcatcttaatattttaattttcttcttcagagcagaaattaagttttaa
aaatctgtttacatactcatccactgataatcagtttgtacctttgattg
tcttgatttctatgttaagtgtctactgttcttatcctacatgaacatca
gtactggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_46319320_46320286
seq2: B6Ng01-209A20.b_35_1000 (reverse)

seq1  GTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTCTTTGGAGGTCAGACAACCAG-AAGA  49
      ||||||||||||| |||||   ||| |||||||||||||| |||| ||||
seq2  GTGTGTGTGTGTTGGTGTG---TTC-TTGGAGGTCAGACACCCAGAAAGA  46

seq1  GAGTATCTAATCCCCGACAA-CCTGTCCTAAAGTTGAGTCTGCTAATCAG  98
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCTAATCCCCGACAACCCTGTCCTAAAGTTGAGTCTGCTAATCAG  96

seq1  GCTGTTGGGAATC-AATTTTAGTACTTTGCAATATAAACAAAACTCTGAA  147
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGGGAATCAAATTTTAGTACTTTGCAATATAAACAAAACTCTGAA  146

seq1  CCATGGTTTCAGAGTCCCTCCTAACCCAATTTTCCACCTTGAATGCTGAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTTTCAGAGTCCCTCCTAACCCAATTTTCCACCTTGAATGCTGAT  196

seq1  ACCTAAGGTATACACATAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAGAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGGTATACACATAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAGAC  246

seq1  TTATACATATAAGGTATACATATAAGACTTATACATATAACGTATACATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATATAAGGTATACATATAAGACTTATACATATAACGTATACATA  296

seq1  CAAGACTTATACATATAAGGTATACATACAAGACTTATACATATAAGGTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTTATACATATAAGGTATACATACAAGACTTATACATATAAGGTA  346

seq1  TACATACAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAGACTTATACATAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAGACTTATACATAT  396

seq1  AAGGTATACATATAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAGACTTAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATACATATAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAGACTTAT  446

seq1  ACATATAAGGTATAGATATAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAGGTATAGATATAAGACTTATACATATAAGGTATACATATAAG  496

seq1  ACTTATTTACCAAAAGATTTTTACTTGTAAACACTAGGTTGAGATAACCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTACCAAAAGATTTTTACTTGTAAACACTAGGTTGAGATAACCT  546

seq1  AAATTTTATGATTTACATATTTTATCATATTAAAAATTTGAGACATGCTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTATGATTTACATATTTTATCATATTAAAAATTTGAGACATGCTT  596

seq1  TAGATCTCTTGTCATCAAGTTGTAAGCTTATATCACCTAGGGGCTCATAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTCTTGTCATCAAGTTGTAAGCTTATATCACCTAGGGGCTCATAG  646

seq1  AGTTCAAACCACCTAGTCATTATTGATTCTTTGTACAATGAAAATCTGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAACCACCTAGTCATTATTGATTCTTTGTACAATGAAAATCTGTT  696

seq1  TCATAGATATCCACATAGAAATGAGAAGTACATATTTATGACAGTTAATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGATATCCACATAGAAATGAGAAGTACATATTTATGACAGTTAATA  746

seq1  TAGTAGATTTATCTCTGAAAATGATATAGATAAATTTCCCTTTATATATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGATTTATCTCTGAAAATGATATAGATAAATTTCCCTTTATATATT  796

seq1  CCAGTAATACTATTTATTCAAGAGGCCATATTAATAATTTAAAGGGCAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATACTATTTATTCAAGAGGCCATATTAATAATTTAAAGGGCAGT  846

seq1  TTTCTATACATTTGGATCTTTACAGATTGCATATAAGACACAGCTGACAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATACATTTGGATCTTTACAGATTGCATATAAGACACAGCTGACAA  896

seq1  CACAGTAGTTCTTGATTTAATTTATACCTCATGGGTCATGGTGAAGGAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAGTTCTTGATTTAATTTATACCTCATGGGTCATGGTGAAGGAGA  946

seq1  AATACAGTTTGTGTGAATTC  967
      ||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGTTTGTGTGAATTC  966


seq1: chr2_46219703_46220829
seq2: B6Ng01-209A20.g_64_1172

seq1  GAATTCAAATGCCATATAGATGAGACACTTTGAGACATAAATGAATTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGCCATATAGATGAGACACTTTGAGACATAAATGAATTATC  50

seq1  CAAATGACAAAGGAGTTTTAGGTATTTGACAGAAGGTATAATGATCCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGACAAAGGAGTTTTAGGTATTTGACAGAAGGTATAATGATCCCTT  100

seq1  GACAACGTGACCTGGCAATTATTATTATGTCATGTTGATACGACAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACGTGACCTGGCAATTATTATTATGTCATGTTGATACGACAAAATA  150

seq1  TTAAGAAAGCTTTATATAATCTTCTATATAACTGTCAACTACAGATTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAAGCTTTATATAATCTTCTATATAACTGTCAACTACAGATTCAA  200

seq1  AAGGAATAAAAGCAACTTCTGAAAGATTAGTGTAGCAGCTTTCCACAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATAAAAGCAACTTCTGAAAGATTAGTGTAGCAGCTTTCCACAGTT  250

seq1  GAAAAGAGCATTAATGTTATAGTCACCATTCCTCAGTTCTAACTCCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGCATTAATGTTATAGTCACCATTCCTCAGTTCTAACTCCATGA  300

seq1  GGACAGATAAAAAAGTCAAAATTAAATATGGCACAGAAAATTCTGAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGATAAAAAAGTCAAAATTAAATATGGCACAGAAAATTCTGAGTTA  350

seq1  AGGATATGGGGTAGCAGTCTATGTTGCATATGACTCAGATGTGATTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATGGGGTAGCAGTCTATGTTGCATATGACTCAGATGTGATTTTGT  400

seq1  AGAATGGAAAGTATTGCTAAGTAATAAATTCATGTTGAGTGATACAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGAAAGTATTGCTAAGTAATAAATTCATGTTGAGTGATACAATGA  450

seq1  AACTCGTAAACTATAGACAAAACAACAATTCTAAGAGCCTTTATTTTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGTAAACTATAGACAAAACAACAATTCTAAGAGCCTTTATTTTAGG  500

seq1  AATACTATTAACAAAGGGGTTAGGATTTAGCCATGTCTATTACTTTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTATTAACAAAGGGGTTAGGATTTAGCCATGTCTATTACTTTGACA  550

seq1  TCCTTTATCTTTCTACCACTGATGGGCGTTGAAGTGGTATGAATATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTATCTTTCTACCACTGATGGGCGTTGAAGTGGTATGAATATGTTT  600

seq1  TGTAAAGTTTTGCTAACACTAGAGTTGGACTAGTTTGTTGAAGAACTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTTTTGCTAACACTAGAGTTGGACTAGTTTGTTGAAGAACTGAG  650

seq1  CAGTTCAAATACTAAAGAGTGTTGAAGACTCCTCACAGAACAATTCCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAAATACTAAAGAGTGTTGAAGACTCCTCACAGAACAATTCCCAA  700

seq1  GGTCACGATTTATGTAAAATCACCACTGCAAATATTGAAAACAGTCAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACGATTTATGTAAAATCACCACTGCAAATATTGAAAACAGTCAAAT  750

seq1  TGTATTTTCTATAAAACTTAAAAGGAGACCCTTCTTCCCCTAGTTGTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTCTATAAAACTTAAAAGGAGACCCTTCTTCCCCTAGTTGTTTC  800

seq1  ACATCCTTCTGAAGGCTTTAAAGCATAAATTTCTTGCATGTTCCTGTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTTCTGAAGGCTTTAAAGCATAAATTTCTTGCATGTTCCTGTAGG  850

seq1  ATGAGCCATGCAAGATCATTTATAGGAATAGAGGGAAATAAAAGTTGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCATGCAAGATCATTTATAGGAATAGAGGGAAATAAAAGTTGTTA  900

seq1  TTGAAAAAGGAAAATAAAAGTCATAGAGAATTAAATAATTTTCATAGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAAGGAAAATAAAAGTCATAGAGAATTAAATAATTTTCATAGAAT  950

seq1  ATCATCTTAAATATTTTAATTTTTCTTCTTCAGAGCAGAAATTAAGTTTT  1000
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTT-AATATTTTAA-TTTTCTTCTTCAGAGCAGAAATTAAGTTTT  998

seq1  AAAAATTCTGTTTACATACTCATCCACTGATTAAATTCAGTTTTGTTACC  1050
      ||||| |||||||||||||||||||||||||   | |||| |||||   |
seq2  AAAAA-TCTGTTTACATACTCATCCACTGAT---AATCAG-TTTGT--AC  1041

seq1  CTTTGATTGTTCTTTGATTTTCTATTGTTAAGTGTCTTAACTG-TCTTAT  1099
      ||||||||||   |||| |||||| ||||||||||||  |||| ||||| 
seq2  CTTTGATTGT--CTTGA-TTTCTA-TGTTAAGTGTCT--ACTGTTCTTA-  1084

seq1  TCTTACAATGAAACCATCAGTACTGGAA  1127
      || ||| |||||  ||||||||||||||
seq2  TCCTAC-ATGAA--CATCAGTACTGGAA  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |