BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209J01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 52,615,140 - 52,694,814
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpia-ps2_635.1, Rbm43, LOC100041634, Nmi, Tnfaip6, Rif1, Neb, LOC100041670, Arl5a, Cacnb4, OTTMUSG00000012638, Stam2
Downstream geneFmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209J01.bB6Ng01-209J01.g
ACCGA028149GA028150
length1,063945
definitionB6Ng01-209J01.b B6Ng01-209J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,693,776 - 52,694,814)(52,615,140 - 52,616,072)
sequence
gaattcactcagtccagggacaatgaacctttagggatgctcgtcctggg
gcctttgggacgccgctgcaggtacaggcacttgctgccaagcctggcga
cctaagttcaaaccctgaaacccacaccatgggagaagaaaattaattcc
acaagttgtcttctgatctccacatattcgtagtcacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacactgaatgtaaaaaaagaaaagt
agtcaagatccaaaaatattgcaagtcctattacctttgatcattaagga
ccatactcaaatgagtttaggagggcacaagtcacacataaaacataggt
caactacaagcgagatgtactatctaaccaaatttatccagcataaagga
aagctagaactcctccttgtctaccaggaccctctgctgtgtgtcttccc
taactctgagataatccaacacagccctgaactgcttaacaatggaaata
cctgactcgagagatggcttggtgattaagagcactgatagctcttccag
atgaccaaagttgggttcctgacagttccaggctatttaacacccttttc
tgactccacagtgccaagtgccaggcatgcacctcatacacaaataaaaa
tacatatgcagacaaaatgccatatatatatatatatgtatatatatata
catacatatatatatgaaaataaaaatattttaatgatgaggatagattc
tgaaaactgtatcagaaagtgatttcatcagtgaaatgtttttaataaag
attcatttatttatttatttattcacttaatcttttcatatgagtacact
gaagctgtcttccagacacacattagaataggacccctgatcccactatg
ggattgggttgtgagcccaccatgtggtttactgggaatttgaaactcca
ggacctcctgggcagaagtagtcagttgttctttaaccgctgagcccatc
tctcctccagcctccccaatcagtggaaatcttaatccgccatggtgcta
gggatgacctagt
gaattccattcagatgaggagagtgacatatgcaaacactagaagaggaa
acgtaggggaacgtgtgggggatgtccgggtatagtctcagtatagacca
atgatattttggtacagacccatttgaagctgggcaccaacgaataccca
caatcccagcactcaacagagataataataactgcgtaataattgcaggt
ctgaagtcaacttgagctatgtagtgagcccgtttcacaagcacaaaaat
aagtatatgatgcatgggcaatgaagaagaaaatagtaattcttggtaat
tggtttttgtaaaatataagctaagtaaagaatgaacagaaatgatttta
aaaagtgactgttaaaagagtcagcaacgattaaattcagtaaattgtat
gtgtgcatatgtttatctatgccttttttctttataagacagtctttatg
tgtagccctggatgtagtggaactctctctctctctctgtagaccaggct
agacgtgaactcagagttctgcctgcctatgcttctagaatgctagagca
aaggtacgcactaccactgcctggcttttctatgctttaaaggaatttac
tgttaaagtcctaaagacctcctgtcacaggactcctgaaagagctggtt
tgatttaattcaatacgtttttactgccagtgaaattaaagaaacgataa
aatggactagcttaattttttacttcacagtttatttaaaactggtcttg
ttcactgtcatactacaatctgcccagtgggtggcaacattgtctcaccc
cagaatcagcttctctagaaaacaaagaaacagtaacaacaaattttcag
gcttagacctaattttagccaaaattaacaacatcactttatctacctta
cgaaacctaggttgagtattacaacttttgtaatatgcccaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_52693776_52694814
seq2: B6Ng01-209J01.b_41_1103 (reverse)

seq1  ACTA-GTCAT-CCTAGCA-CATG--CGAATAAGATTT-CACTGA-TGGGG  43
      |||| ||||| ||||||| ||||   || |||||||| |||||| |||||
seq2  ACTAGGTCATCCCTAGCACCATGGCGGATTAAGATTTCCACTGATTGGGG  50

seq1  A-GCTGGA-GAGAGAT-GGCTCAGCGGTT-AAGAAC-ACTGACTAC-TCT  87
      | |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||
seq2  AGGCTGGAGGAGAGATGGGCTCAGCGGTTAAAGAACAACTGACTACTTCT  100

seq1  GCC--AGAGGTCCT-GAGTT--CAATTCCCAGT-AACCACATGGT-GGCT  130
      |||   |||||||| |||||   |||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GCCCAGGAGGTCCTGGAGTTTCAAATTCCCAGTAAACCACATGGTGGGCT  150

seq1  CACAACC--AT-CCATAGTGGGATCAGGGGTCCTATTCTAATGTGTGTCT  177
      |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCAATCCCATAGTGGGATCAGGGGTCCTATTCTAATGTGTGTCT  200

seq1  -GAAGACAGCTTCAGTGTACTCATATGAAAAGATTAAGTGAATAAATAAA  226
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACAGCTTCAGTGTACTCATATGAAAAGATTAAGTGAATAAATAAA  250

seq1  TAAATAAATGAATCTTTATTAAAAACATTTCACTGATGAAATCACTTTCT  276
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATGAATCTTTATTAAAAACATTTCACTGATGAAATCACTTTCT  300

seq1  GATACAGTTTTCAGAATCTATCCTCATCATTAAAATATTTTTATTTTCAT  326
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTTTTCAGAATCTATCCTCATCATTAAAATATTTTTATTTTCAT  350

seq1  ATATATATGTATGTATATATATATACATATATATATATATATGGCATTTT  376
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGTATGTATATATATATACATATATATATATATATGGCATTTT  400

seq1  GTCTGCATATGTATTTTTATTTGTGTATGAGGTGCATGCCTGGCACTTGG  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCATATGTATTTTTATTTGTGTATGAGGTGCATGCCTGGCACTTGG  450

seq1  CACTGTGGAGTCAGAAAAGGGTGTTAAATAGCCTGGAACTGTCAGGAACC  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGAGTCAGAAAAGGGTGTTAAATAGCCTGGAACTGTCAGGAACC  500

seq1  CAACTTTGGTCATCTGGAAGAGCTATCAGTGCTCTTAATCACCAAGCCAT  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTGGTCATCTGGAAGAGCTATCAGTGCTCTTAATCACCAAGCCAT  550

seq1  CTCTCGAGTCAGGTATTTCCATTGTTAAGCAGTTCAGGGCTGTGTTGGAT  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGAGTCAGGTATTTCCATTGTTAAGCAGTTCAGGGCTGTGTTGGAT  600

seq1  TATCTCAGAGTTAGGGAAGACACACAGCAGAGGGTCCTGGTAGACAAGGA  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGAGTTAGGGAAGACACACAGCAGAGGGTCCTGGTAGACAAGGA  650

seq1  GGAGTTCTAGCTTTCCTTTATGCTGGATAAATTTGGTTAGATAGTACATC  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCTAGCTTTCCTTTATGCTGGATAAATTTGGTTAGATAGTACATC  700

seq1  TCGCTTGTAGTTGACCTATGTTTTATGTGTGACTTGTGCCCTCCTAAACT  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTGTAGTTGACCTATGTTTTATGTGTGACTTGTGCCCTCCTAAACT  750

seq1  CATTTGAGTATGGTCCTTAATGATCAAAGGTAATAGGACTTGCAATATTT  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGTATGGTCCTTAATGATCAAAGGTAATAGGACTTGCAATATTT  800

seq1  TTGGATCTTGACTACTTTTCTTTTTTTACATTCAGTGTGTGTGTGTGTGT  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCTTGACTACTTTTCTTTTTTTACATTCAGTGTGTGTGTGTGTGT  850

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTACGAATATGTGGAGATCA  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTACGAATATGTGGAGATCA  900

seq1  GAAGACAACTTGTGGAATTAATTTTCTTCTCCCATGGTGTGGGTTTCAGG  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAACTTGTGGAATTAATTTTCTTCTCCCATGGTGTGGGTTTCAGG  950

seq1  GTTTGAACTTAGGTCGCCAGGCTTGGCAGCAAGTGCCTGTACCTGCAGCG  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAACTTAGGTCGCCAGGCTTGGCAGCAAGTGCCTGTACCTGCAGCG  1000

seq1  GCGTCCCAAAGGCCCCAGGACGAGCATCCCTAAAGGTTCATTGTCCCTGG  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCCCAAAGGCCCCAGGACGAGCATCCCTAAAGGTTCATTGTCCCTGG  1050

seq1  ACTGAGTGAATTC  1039
      |||||||||||||
seq2  ACTGAGTGAATTC  1063

seq1: chr2_52615140_52616072
seq2: B6Ng01-209J01.g_66_1009

seq1  GAATTCCATTCAGATGAGGAGAGTGACATATGCAAACACTAGAAGAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCAGATGAGGAGAGTGACATATGCAAACACTAGAAGAGGAA  50

seq1  ACGTAGGGGAACGTGTGGGGAATGTCCGGGTATAGTCTCAGTATAGACCA  100
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGGGGAACGTGTGGGGGATGTCCGGGTATAGTCTCAGTATAGACCA  100

seq1  ATGATATTTTGGTACAGACCCATTTGAAGCTGGGCACCAACGAATACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTTTGGTACAGACCCATTTGAAGCTGGGCACCAACGAATACCCA  150

seq1  CAATCCCAGCACTCAACAGAGATAATAATAACTGCGTAATAATTGCAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCAGCACTCAACAGAGATAATAATAACTGCGTAATAATTGCAGGT  200

seq1  CTGAAGTCAACTTGAGCTATGTAGTGAGCCCGTTTCACAAGCACAAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTCAACTTGAGCTATGTAGTGAGCCCGTTTCACAAGCACAAAAAT  250

seq1  AAGTATATGATGCATGGGCAATGAAGAAGAAAATAGTAATTCTTGGTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATGATGCATGGGCAATGAAGAAGAAAATAGTAATTCTTGGTAAT  300

seq1  TGGTTTTTGTAAAATATAAGCTAAGTAAAGAATGAACAGAAATGATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTGTAAAATATAAGCTAAGTAAAGAATGAACAGAAATGATTTTA  350

seq1  AAAAGTGACTGTTAAAAGAGTCAGCAACGATTAAATTCAGTAAATTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGACTGTTAAAAGAGTCAGCAACGATTAAATTCAGTAAATTGTAT  400

seq1  GTGTGCATATGTTTATCTATGCCTTTTTTCTTTATAAGACAGTCTTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATATGTTTATCTATGCCTTTTTTCTTTATAAGACAGTCTTTATG  450

seq1  TGTAGCCCTGGATGTAGTGGAACTCTCTCTCTCTCTCTGTAGACCAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCTGGATGTAGTGGAACTCTCTCTCTCTCTCTGTAGACCAGGCT  500

seq1  AGACGTGAACTCAGAGTTCTGCCTGCCTATGCTTCTAGAATGCTAGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGAACTCAGAGTTCTGCCTGCCTATGCTTCTAGAATGCTAGAGCA  550

seq1  AAGGTACGCACTACCACTGCCTGGCTTTTCTATGCTTTAAAGGAATTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACGCACTACCACTGCCTGGCTTTTCTATGCTTTAAAGGAATTTAC  600

seq1  TGTTAAAGTCCTAAAGACCTCCTGTCACAGGACTCCTGAAAGAGCTGG-T  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTTAAAGTCCTAAAGACCTCCTGTCACAGGACTCCTGAAAGAGCTGGTT  650

seq1  TGATTTAATTCAATACGTTTTTACTGCCAGTGAAATTAAAG-AACGATAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGATTTAATTCAATACGTTTTTACTGCCAGTGAAATTAAAGAAACGATAA  700

seq1  AATGGACTAGCTTAA-TTTTTACTTCACAGTTTATTTAAAACTGGTCTTG  747
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTAGCTTAATTTTTTACTTCACAGTTTATTTAAAACTGGTCTTG  750

seq1  TTCACTGTCATACTACAATCTGCCCAGTGGGTGGCAACATTGTCTCACCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGTCATACTACAATCTGCCCAGTGGGTGGCAACATTGTCTCACCC  800

seq1  CAGAATCAGCTTCTCTAGAAAACAAAGAAACAGTAA-AACAAA-TTTCAG  845
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  CAGAATCAGCTTCTCTAGAAAACAAAGAAACAGTAACAACAAATTTTCAG  850

seq1  GC-TAGACCTAA-TTTAGCCAAAATTAACAACATCACTTTATCTACCTTA  893
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGACCTAATTTTAGCCAAAATTAACAACATCACTTTATCTACCTTA  900

seq1  CGAAACC-AGG-TGAGTAATAC-ACCATTGTAATATG-CCAACC  933
      ||||||| ||| |||||| ||| ||  |||||||||| ||||||
seq2  CGAAACCTAGGTTGAGTATTACAACTTTTGTAATATGCCCAACC  944