BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210J22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 98,239,757 - 98,390,059
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLrrc4c, LOC621146, LOC664974
Downstream geneLOC100042886, LOC621386
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210J22.bB6Ng01-210J22.g
ACCGA028915GA028916
length1,1631,124
definitionB6Ng01-210J22.b B6Ng01-210J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,239,757 - 98,240,946)(98,388,920 - 98,390,059)
sequence
gaattcctcaaaggcaaaatgtgaatatactcagcatattaatggcttac
caatcttgttttgtgagatatttagcaatttcagatgaattcataagtga
ctttatttgaaaactttgggcatcacatttttaagcatactgaataaaaa
acctgggcatacatacagatgttgaacttcagtataaatattccacattt
taacaatgccttcagggctatagtaatacctggaggtctataaacccaaa
ttaatcttgttatgttttctgcttcaacatgtaaaagtcacatattactg
agaattctaatacctgatttataagtatgattaaatgaaccatatataga
tttggatgaaaatagaaggaaatacaaaatgaaacaattttggctatttt
acctttttatgacatgtatgttaaagaaaaattttatagtgcatttgaat
atgtatggcattatgccactatctcactatattatacttgtgtttttaaa
tcagttaaatatttaggcctataacaaaattatgcccaatctctagtgtt
atgttatagaagtgtactcatatagtatgcaaaatatcatgggaaaagga
attaataagagcagcctttatatttgataaacaaggaggaatatgagtac
tttaagagagttcatatgaaatctagggctaccacatcagaaagaataat
atgtctgtctggaagatcctctaagaccaaatctctttgggtcctttgct
tgtaaatctttagaaaccattgctggggcacaaacataagtcaaagccta
ggaagtactttaagtgtttcatttattaatatgaatatcacattgcatat
gaggtttagaaagcttaaattacttttagttattagaatggagagtaaga
aatgaggataaactgcatccccacaacaccacaccttttttctcaatcag
ctcacttgtataagtgtgattacctactcattatgtggctaaattgagac
ctaaacagtcacataaataaattgactgagtcactagattagttcaaata
tcatgtagtctgtacagacaagtccacagacatgagaagcacagcctgct
atataatcgacgtgagacggatataaatttaactcatgaagatgatttcc
ttagataattatg

gaattcaaagcatcttctttcacttagtcacacttgtagatataacagta
attagagcatttctggtttaataaaaaaaggtaagtctaaatgctagatt
gaaaggtgctgttcagacacccttgttattacagattttatttgaccttt
aaaatgaactattcaatttcttgcaatataaaactatgtagactattttc
cagcattactagacttatttcattaactgaagcgacgtgttaaaattact
acattattaacagatttttcaaagattttttttaaaatccatattaaatt
tatttctatcgtaatctaattttattaatgtggtatagttttaatcttaa
ttcaagctttgtaaaaaatatcttatgtcacacaattaattttatactat
acaagtcatggaatgcataatcttaatgcataaaaaaatcgagacccaag
tccacaattttaaataactctctattacttaagattttaaagaaaaacgg
caaaatactgctgttagacaaggagccagaagtctggagcaatgactacc
tctttcgttgaagcaccctgtcttgttttgctcttcctgggattaattgt
catttgctcctatccagtgtaaagaaaagtgacatagtttgctttcagac
aatgttgaggtttggtctattggtatgtgctgtaatgttaaattctatac
taaagatctaggtctatgaatgacttacattgaaaagattttgttgtgca
aatcttttcccttgatttaatactattgcttaaataaaattggccacagt
caattactgtagggattggacgtaggtgagtttggagtgacgttttttgg
ggacatagaagggagagatggagaggaaagaaagggaaagggaggaagct
gcctttgaaaggaagatagaccatgagcacatgttcaagacaaaggagca
aatatccagagtatactactaggaggtagcagagtagcacttagaaagta
gtagtaggtatttctcaggaaatgccagtcaataattacatagttattct
atttttgtaactagttgagagataaagcttaactgttgtgtgctacagat
agtgcttggatactcaaaacgagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_98239757_98240946
seq2: B6Ng01-210J22.b_47_1209

seq1  GAATTCCTCAAAGGCAAAATGTGAATATACTCAGCATATTAATGGCTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAAGGCAAAATGTGAATATACTCAGCATATTAATGGCTTAC  50

seq1  CAATCTTGTTTTGTGAGATATTTAGCAATTTCAGATGAATTCATAAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTGTTTTGTGAGATATTTAGCAATTTCAGATGAATTCATAAGTGA  100

seq1  CTTTATTTGAAAACTTTGGGCATCACATTTTTAAGCATACTGAATAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTGAAAACTTTGGGCATCACATTTTTAAGCATACTGAATAAAAA  150

seq1  ACCTGGGCATACATACAGATGTTGAACTTCAGTATAAATATTCCACATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGCATACATACAGATGTTGAACTTCAGTATAAATATTCCACATTT  200

seq1  TAACAATGCCTTCAGGGCTATAGTAATACCTGGAGGTCTATAAACCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGCCTTCAGGGCTATAGTAATACCTGGAGGTCTATAAACCCAAA  250

seq1  TTAATCTTGTTATGTTTTCTGCTTCAACATGTAAAAGTCACATATTACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTGTTATGTTTTCTGCTTCAACATGTAAAAGTCACATATTACTG  300

seq1  AGAATTCTAATACCTGATTTATAAGTATGATTAAATGAACCATATATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCTAATACCTGATTTATAAGTATGATTAAATGAACCATATATAGA  350

seq1  TTTGGATGAAAATAGAAGGAAATACAAAATGAAACAATTTTGGCTATTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGAAAATAGAAGGAAATACAAAATGAAACAATTTTGGCTATTTT  400

seq1  ACCTTTTTATGACATGTATGTTAAAGAAAAATTTTATAGTGCATTTGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTATGACATGTATGTTAAAGAAAAATTTTATAGTGCATTTGAAT  450

seq1  ATGTATGGCATTATGCCACTATCTCACTATATTATACTTGTGTTTTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGGCATTATGCCACTATCTCACTATATTATACTTGTGTTTTTAAA  500

seq1  TCAGTTAAATATTTAGGCCTATAACAAAATTATGCCCAATCTCTAGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAAATATTTAGGCCTATAACAAAATTATGCCCAATCTCTAGTGTT  550

seq1  ATGTTATAGAAGTGTACTCATATAGTATGCAAAATATCATGGGAAAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATAGAAGTGTACTCATATAGTATGCAAAATATCATGGGAAAAGGA  600

seq1  ATTAATAAGAGCAGCCTTTATATTTGATAAACAAGGAGGAATATGAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAAGAGCAGCCTTTATATTTGATAAACAAGGAGGAATATGAGTAC  650

seq1  TTTAAGAGAGTTCATATGAAATCTAGGGCTACCACATCAGAAAGAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAGAGTTCATATGAAATCTAGGGCTACCACATCAGAAAGAATAAT  700

seq1  ATGTCTGTCTGGAAGATCCTCTAAGACCAAATCTCTTTGGGTCCTTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTCTGGAAGATCCTCTAAGACCAAATCTCTTTGGGTCCTTTGCT  750

seq1  TGTAAATCTTTAGAAACCATTGCTGGGGCACAAACATAAGTCAAAGCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCTTTAGAAACCATTGCTGGGGCACAAACATAAGTCAAAGCCTA  800

seq1  GGAAGTACTTTAAGTGTTTCATTTATTAATATGAATATCACATTGCATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTACTTTAAGTGTTTCATTTATTAATATGAATATCACATTGCATAT  850

seq1  GAGGTTTAGAAGGCTTAAATTACTTTTAGTTATTAGAATGGAGAGTAAGA  900
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTAGAAAGCTTAAATTACTTTTAGTTATTAGAATGGAGAGTAAGA  900

seq1  AATGAGGATAAACTGCATCCCCACAACACCACACCCTTTTTTCTCAATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATGAGGATAAACTGCATCCCCACAACACCACA-CCTTTTTTCTCAATCA  949

seq1  GCTCACTTGTATAAGTGTGATTACCTACTCAATTATGTGGCTAAATTGGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  GCTCACTTGTATAAGTGTGATTACCTACTC-ATTATGTGGCTAAATT-GA  997

seq1  GACCTAAACAGTTCACATAAATAAAATTGAACTGAGTCACTAGATTTAGT  1050
      ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||
seq2  GACCTAAACAG-TCACATAAAT-AAATTG-ACTGAGTCACTAGA-TTAGT  1043

seq1  TCAAAATATCCATTGTAGTCTGTACAGACAAAGGTCACAGGACATGAAGA  1100
      || |||||||   |||||||||||||||| |||  |||| |||||||   
seq2  TC-AAATATC--ATGTAGTCTGTACAGAC-AAGTCCACA-GACATGA--G  1086

seq1  AAGCACCAGCTGCTATATTAAAATCAGACGTGAAGACAGAATATAAAATA  1150
      ||||||   |||||||||   |||| |||||| |||| | |||| |||| 
seq2  AAGCACAGCCTGCTATAT---AATC-GACGTG-AGAC-GGATAT-AAATT  1129

seq1  TAACTCCATGAAAAAAATAGATATTCTTTAGATAATTATG  1190
      ||||| |||||| |  ||     ||| |||||||||||||
seq2  TAACT-CATGAAGATGAT-----TTCCTTAGATAATTATG  1163


seq1: chr2_98388920_98390059
seq2: B6Ng01-210J22.g_65_1188 (reverse)

seq1  GCTCTGTTTTGGAGTATTCAAGACACTATCTTGTAGCACAACCAATTTAA  50
      |||| ||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||    | ||||
seq2  GCTC-GTTTT-GAGTATCCAAG-CACTATC-TGTAGCACACAACAGTTAA  46

seq1  GC-TTATCTCTC-ACTAGTTTACAAAAAATAAGAATTAAACTATGGTTAT  98
      || ||||||||| ||||| |||||||||   |||||  |||||||  || 
seq2  GCTTTATCTCTCAACTAG-TTACAAAAA--TAGAAT--AACTATG--TAA  89

seq1  TTTATTTGACTTTGACAATTTCTGAGAAATACCCTACTAACCTACTTTTC  148
      ||   |||||  || || || |||||||||| |||||||  |||| ||||
seq2  TT--ATTGAC--TGGCATTTCCTGAGAAATA-CCTACTA--CTAC-TTTC  131

seq1  TAAGTGCTACTCTTGCTACCTCCCTAGTAGTATACTCTGGATATTTGCT-  197
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAGTGCTACTC-TGCTACCT-CCTAGTAGTATACTCTGGATATTTGCTC  179

seq1  CTTTGTCTTGGACATGTGCTCATGGTCTATCTTCCTT--CAAGGCAGCTT  245
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  CTTTGTCTTGAACATGTGCTCATGGTCTATCTTCCTTTCAAAGGCAGCTT  229

seq1  CCTCCCTTTCCCTTTCTTTCCTCTCCATCTCTCCCTTCTATGTCCCCAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTTCCCTTTCTTTCCTCTCCATCTCTCCCTTCTATGTCCCCAAA  279

seq1  AAACGTCACTCCAAACTCACCTACGTCCAATCCCTACAGTAATTGACTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTCACTCCAAACTCACCTACGTCCAATCCCTACAGTAATTGACTGT  329

seq1  GGCCAATTTTATTTAAGCAATAGTATTAAATCAAGGGAAAAGATTTGCAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATTTTATTTAAGCAATAGTATTAAATCAAGGGAAAAGATTTGCAC  379

seq1  AACAAAATCTTTTCAATGTAAGTCATTCATAGACCTAGATCTTTAGTATA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATCTTTTCAATGTAAGTCATTCATAGACCTAGATCTTTAGTATA  429

seq1  GAATTTAACATTACAGCACATACCAATAGACCAAACCTCAACATTGTCTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAACATTACAGCACATACCAATAGACCAAACCTCAACATTGTCTG  479

seq1  AAAGCAAACTATGTCACTTTTCTTTACACTGGATAGGAGCAAATGACAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAACTATGTCACTTTTCTTTACACTGGATAGGAGCAAATGACAAT  529

seq1  TAATCCCAGGAAGAGCAAAACAAGACAGGGTGCTTCAACGAAAGAGGTAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGGAAGAGCAAAACAAGACAGGGTGCTTCAACGAAAGAGGTAG  579

seq1  TCATTGCTCCAGACTTCTGGCTCCTTGTCTAACAGCAGTATTTTGCCGTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCTCCAGACTTCTGGCTCCTTGTCTAACAGCAGTATTTTGCCGTT  629

seq1  TTTCTTTAAAATCTTAAGTAATAGAGAGTTATTTAAAATTGTGGACTTGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAAAATCTTAAGTAATAGAGAGTTATTTAAAATTGTGGACTTGG  679

seq1  GTCTCGATTTTTTTATGCATTAAGATTATGCATTCCATGACTTGTATAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCGATTTTTTTATGCATTAAGATTATGCATTCCATGACTTGTATAGT  729

seq1  ATAAAATTAATTGTGTGACATAAGATATTTTTTACAAAGCTTGAATTAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTAATTGTGTGACATAAGATATTTTTTACAAAGCTTGAATTAAG  779

seq1  ATTAAAACTATACCACATTAATAAAATTAGATTACGATAGAAATAAATTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACTATACCACATTAATAAAATTAGATTACGATAGAAATAAATTT  829

seq1  AATATGGATTTTAAAAAAAATCTTTGAAAAATCTGTTAATAATGTAGTAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGATTTTAAAAAAAATCTTTGAAAAATCTGTTAATAATGTAGTAA  879

seq1  TTTTAACACGTCGCTTCAGTTAATGAAATAAGTCTAGTAATGCTGGAAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACACGTCGCTTCAGTTAATGAAATAAGTCTAGTAATGCTGGAAAA  929

seq1  TAGTCTACATAGTTTTATATTGCAAGAAATTGAATAGTTCATTTTAAAGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTACATAGTTTTATATTGCAAGAAATTGAATAGTTCATTTTAAAGG  979

seq1  TCAAATAAAATCTGTAATAACAAGGGTGTCTGAACAGCACCTTTCAATCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAAAATCTGTAATAACAAGGGTGTCTGAACAGCACCTTTCAATCT  1029

seq1  AGCATTTAGACTTACCTTTTTTTATTAAACCAGAAATGCTCTAATTACTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTAGACTTACCTTTTTTTATTAAACCAGAAATGCTCTAATTACTG  1079

seq1  TTATATCTACAAGTGTGACTAAGTGAAAGAAGATGCTTTGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTACAAGTGTGACTAAGTGAAAGAAGATGCTTTGAATTC  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |