BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211H24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 30,282,505 - 30,445,515
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp2r4, Ier5l
Upstream geneCrsp8, Rapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, Spna2, LOC665532, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat
Downstream geneCstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20, Fnbp1, Gpr107, Freq, LOC622345, LOC670182, LOC665700, BC034076, Ass1, Fubp3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211H24.bB6Ng01-211H24.g
ACCGA029553GA029554
length1,022968
definitionB6Ng01-211H24.b B6Ng01-211H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,444,498 - 30,445,515)(30,282,505 - 30,283,469)
sequence
gaattctgatccccatgagcctagcacattacaggaagtcgccaaggcac
actcagctggtctcttccactaaccctatcacagatctctggggtcaggg
cagaaaggccctgggcagtggacattcctatctactgtggccttaacgtt
caaagcaggcatgggctataggcagtgctgatgggtcatcatggagggac
aagctctgaggtgcaaatgtgcaaatgaggcccagagatgggcatcctgt
ccagggccacacctctagtgaggcagagcaggcttagcactagaatctaa
ccagctgtgtgtctgctcttctgagaaaaggatctctttacctttctcag
ggaagggtttcattgccagtgaagggggcacgcggagaaagaagaaaaga
gggatagagaggcaagactcaggcaccatccatcgagacaaggaatctca
gggaacggctgctgacaaggcatagctccgggctagctccttagcaagga
cagccagagcatctggatatgcaggacccctcccaggctgtacatattgg
gaagttccccattgggtaatcagaggggcttttgccaggaaggggggtat
aggtgctggactgtcctcaagagcagatgtctgctctggcctccagcatc
agggttgtgcaatcaaagccaaggaaccacaggctgcttccctgcagtcc
atggccatggccatggccacggccaccagggagtccagctgagatccagc
caaggacccagggagagaggatcttgactagtgggtcttgcctacctgga
acccaggttctgggctccgcagctgcgtgggaacctctgtgctcctagag
actgtgaggcaggctgggccacctcaccctaagcgagtttgtttgtgtgg
agctgtcagaccagttcagagtgtcacaggccagacatccacagctggga
ggaggaacagagccaagggctgagggtcctggccagagctccttactttc
cagcagggtgggggggtggggg
gaattcttaggaagggacttgagcctagctctagccaggcactaatgcta
ggtctgcagctgccacgcaggcacaagggcttgtgtgacacaagccatat
gacacaagcctatgccacagccatatgccttacttcattgagtaggaagt
cacaggagcgtgtccctctttcacaagcctgctctctgacatttgcagat
ggctctcacgaccttttctgagtagtcaccaggttaagcaccttagtctc
tttggctcaaaggctgtgtggatagagtcctttcgccatctctgagcttc
tcggtctcagcactgttgacatttgggaagagttgagtcttgtagggggc
agtccttgaatggtaagctctacccactaaatgtcaccagacactatacc
ttcctatctgagaactgttccttatctagctctatctattttgtgtgtga
cacaccttttacactctatggcacacttttatacgcagtggctctgctct
ggacaagggcctgggtctggcttgtgtgggaaaatgtttgtgcttgatcc
cctttgcctgctggaggctgtcccataggctggtaggagggtcccattgt
gtaactcaccccctctagatgccaaatgtctgctttcatggttcattatg
ggtgctccagcaccccatagactggatgaggaggaagaagatgggaaaga
agaaatgaagacaaaagatggaatggaggcacttgctctcagaaactgct
tccctggggccctgcatccctgtgggttttcctccctgtgctagggtaac
ctgcggcccaacaggaagaaagtgcagttggaagtgggactggtagtcca
ggagacctgtcggtaggcaggaaacagctcatgctggaagcagaggttct
gcactaaagctacctttcctgacctgggacctagctggaagatgatcctg
gggaaaggaagtggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_30444498_30445515
seq2: B6Ng01-211H24.b_46_1067 (reverse)

seq1  CCCCCA--CCCCCACCCTGCTGGAAAGTAAGGAGCTCTGGCCAGGACCCT  48
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACCCCCCCACCCTGCTGGAAAGTAAGGAGCTCTGGCCAGGACCCT  50

seq1  CAGCCCTTGGCTCTGTTCCTCCT-CCAGCTGTGGATGTCTGGCCTGTGAC  97
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTTGGCTCTGTTCCTCCTCCCAGCTGTGGATGTCTGGCCTGTGAC  100

seq1  ACTCTGAACTGGTCTGACAGCTCCACACAAACAAACTCGCTTAGGGTGAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAACTGGTCTGACAGCTCCACACAAACAAACTCGCTTAGGGTGAG  150

seq1  GTGG-CCAGCCTGCCTCACAGTCTCTAGGAGCACAGAGGTTCCCACGCAG  196
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCAGCCTGCCTCACAGTCTCTAGGAGCACAGAGGTTCCCACGCAG  200

seq1  CTGCGGAGCCCAGAACCTGGGTTCCAGGTAGGCAAGACCCACTAGTCAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGAGCCCAGAACCTGGGTTCCAGGTAGGCAAGACCCACTAGTCAAG  250

seq1  ATCCTCTCTCCCTGGGTCCTTGGCTGGATCTCAGCTGGACTCCCTGGTGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCTCCCTGGGTCCTTGGCTGGATCTCAGCTGGACTCCCTGGTGG  300

seq1  CCGTGGCCATGGCCATGGCCATGGACTGCAGGGAAGCAGCCTGTGGTTCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGCCATGGCCATGGCCATGGACTGCAGGGAAGCAGCCTGTGGTTCC  350

seq1  TTGGCTTTGATTGCACAACCCTGATGCTGGAGGCCAGAGCAGACATCTGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTGATTGCACAACCCTGATGCTGGAGGCCAGAGCAGACATCTGC  400

seq1  TCTTGAGGACAGTCCAGCACCTATACCCCCCTTCCTGGCAAAAGCCCCTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGACAGTCCAGCACCTATACCCCCCTTCCTGGCAAAAGCCCCTC  450

seq1  TGATTACCCAATGGGGAACTTCCCAATATGTACAGCCTGGGAGGGGTCCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACCCAATGGGGAACTTCCCAATATGTACAGCCTGGGAGGGGTCCT  500

seq1  GCATATCCAGATGCTCTGGCTGTCCTTGCTAAGGAGCTAGCCCGGAGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATCCAGATGCTCTGGCTGTCCTTGCTAAGGAGCTAGCCCGGAGCTA  550

seq1  TGCCTTGTCAGCAGCCGTTCCCTGAGATTCCTTGTCTCGATGGATGGTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGTCAGCAGCCGTTCCCTGAGATTCCTTGTCTCGATGGATGGTGC  600

seq1  CTGAGTCTTGCCTCTCTATCCCTCTTTTCTTCTTTCTCCGCGTGCCCCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCTTGCCTCTCTATCCCTCTTTTCTTCTTTCTCCGCGTGCCCCCT  650

seq1  TCACTGGCAATGAAACCCTTCCCTGAGAAAGGTAAAGAGATCCTTTTCTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGCAATGAAACCCTTCCCTGAGAAAGGTAAAGAGATCCTTTTCTC  700

seq1  AGAAGAGCAGACACACAGCTGGTTAGATTCTAGTGCTAAGCCTGCTCTGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGCAGACACACAGCTGGTTAGATTCTAGTGCTAAGCCTGCTCTGC  750

seq1  CTCACTAGAGGTGTGGCCCTGGACAGGATGCCCATCTCTGGGCCTCATTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTAGAGGTGTGGCCCTGGACAGGATGCCCATCTCTGGGCCTCATTT  800

seq1  GCACATTTGCACCTCAGAGCTTGTCCCTCCATGATGACCCATCAGCACTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTTGCACCTCAGAGCTTGTCCCTCCATGATGACCCATCAGCACTG  850

seq1  CCTATAGCCCATGCCTGCTTTGAACGTTAAGGCCACAGTAGATAGGAATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGCCCATGCCTGCTTTGAACGTTAAGGCCACAGTAGATAGGAATG  900

seq1  TCCACTGCCCAGGGCCTTTCTGCCCTGACCCCAGAGATCTGTGATAGGGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGCCCAGGGCCTTTCTGCCCTGACCCCAGAGATCTGTGATAGGGT  950

seq1  TAGTGGAAGAGACCAGCTGAGTGTGCCTTGGCGACTTCCTGTAATGTGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGAAGAGACCAGCTGAGTGTGCCTTGGCGACTTCCTGTAATGTGCT  1000

seq1  AGGCTCATGGGGATCAGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATGGGGATCAGAATTC  1022

seq1: chr2_30282505_30283469
seq2: B6Ng01-211H24.g_64_1031

seq1  GAATTCTTAGGAAGGGACTTGAGCCTAGCTCTAGCCAGGCACTAATGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGGAAGGGACTTGAGCCTAGCTCTAGCCAGGCACTAATGCTA  50

seq1  GGTCTGCAGCTGCCACGCAGGCACAAGGGCTTGTGTGACACAAGCCATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGCAGCTGCCACGCAGGCACAAGGGCTTGTGTGACACAAGCCATAT  100

seq1  GACACAAGCCTATGCCACAGCCATATGCCTTACTTCATTGAGTAGGAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAAGCCTATGCCACAGCCATATGCCTTACTTCATTGAGTAGGAAGT  150

seq1  CACAGGAGCGTGTCCCTCTTTCACAAGCCTGCTCTCTGACATTTGCAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAGCGTGTCCCTCTTTCACAAGCCTGCTCTCTGACATTTGCAGAT  200

seq1  GGCTCTCACGACCTTTTCTGAGTAGTCACCAGGTTAAGCACCTTAGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCACGACCTTTTCTGAGTAGTCACCAGGTTAAGCACCTTAGTCTC  250

seq1  TTTGGCTCAAAGGCTGTGTGGATAGAGTCCTTTCGCCATCTCTGAGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTCAAAGGCTGTGTGGATAGAGTCCTTTCGCCATCTCTGAGCTTC  300

seq1  TCGGTCTCAGCACTGTTGACATTTGGGAAGAGTTGAGTCTTGTAGGGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCTCAGCACTGTTGACATTTGGGAAGAGTTGAGTCTTGTAGGGGGC  350

seq1  AGTCCTTGAATGGTAAGCTCTACCCACTAAATGTCACCAGACACTATACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTGAATGGTAAGCTCTACCCACTAAATGTCACCAGACACTATACC  400

seq1  TTCCTATCTGAGAACTGTTCCTTATCTAGCTCTATCTATTTTGTGTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATCTGAGAACTGTTCCTTATCTAGCTCTATCTATTTTGTGTGTGA  450

seq1  CACACCTTTTACACTCTATGGCACACTTTTATACGCAGTGGCTCTGCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTTTTACACTCTATGGCACACTTTTATACGCAGTGGCTCTGCTCT  500

seq1  GGACAAGGGCCTGGGTCTGGCTTGTGTGGGAAAATGTTTGTGCTTGATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGGGCCTGGGTCTGGCTTGTGTGGGAAAATGTTTGTGCTTGATCC  550

seq1  CCTTTGCCTGCTGGAGGCTGTCCCATAGGCTGGTAGGAGGGTCCCATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTGCTGGAGGCTGTCCCATAGGCTGGTAGGAGGGTCCCATTGT  600

seq1  GTAACTCACCCCCTCTAGATGCCAAATGTCTGCTTTCATGGTTCATTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCACCCCCTCTAGATGCCAAATGTCTGCTTTCATGGTTCATTATG  650

seq1  GGTGCTCCAGCACCCCATAGACTGGATGAGGAGGAAGAAGATGGGAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCAGCACCCCATAGACTGGATGAGGAGGAAGAAGATGGGAAAGA  700

seq1  AGAAATGAAGACAAAAGATGGAATGGAGGCACTTGCTCTCAGAAACTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGAAGACAAAAGATGGAATGGAGGCACTTGCTCTCAGAAACTGCT  750

seq1  TCCCTGGGGCCCTGCATCCCTGTGGGTTTTCCTCCCTGTGCTAGGGTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGGGCCCTGCATCCCTGTGGGTTTTCCTCCCTGTGCTAGGGTAAC  800

seq1  CTGCGGCCCAACAGGAAGAAAGTGCAGTTGGAAGTGGGACTGGTAGTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGCCCAACAGGAAGAAAGTGCAGTTGGAAGTGGGACTGGTAGTCCA  850

seq1  GGAGACCTGTCGGTAGGCAGGAAACAGCTCATGCTGGAAGCAGAGGTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCTGTCGGTAGGCAGGAAACAGCTCATGCTGGAAGCAGAGGTTCT  900

seq1  GCACTAAAGCTACC-TTCCTGACCTGGGACCTAGCTGGAAGATGAT-CTG  948
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCACTAAAGCTACCTTTCCTGACCTGGGACCTAGCTGGAAGATGATCCTG  950

seq1  GGG-AAGGGAGTGGTGGA  965
      ||| |||| |||||||||
seq2  GGGAAAGGAAGTGGTGGA  968