BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212A19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 168,989,517 - 169,183,558
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAdnp, Dpm1, Mocs3, LOC100043908, Kcng1, LOC668952, Nfatc2, Atp9a, Sall4, Zfp64, LOC100043909
Downstream geneEG668954, Tshz2, LOC100043737, LOC100043910, Zfp217, Silg111, LOC100043739, Bcas1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212A19.bB6Ng01-212A19.g
ACCGA029947GA029948
length1,1741,119
definitionB6Ng01-212A19.b B6Ng01-212A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,182,389 - 169,183,558)(168,989,517 - 168,990,612)
sequence
gaattctgaagcccagatttcactcagagccttgccctgcagctgcccaa
attttagatacattgagatgcaatggattctaacacctccttagtagttg
tagctcaaaactgttcatggcagacaaccaggtacccttcttgaccaagc
agaatgtgaataaaccatctgtagctgtgacagcgtgattttccatagct
cactgaatcagacctcgtatgaactgtacaccaaaggaagtgacttcttg
catgggatcattatttgtacaccaggggagtgttgagggacacctgccat
gagaaatcatctcagacgagttggcctgcttgcccagtcatcagacaata
attggccagcaggactccttgtctggtcaaggccactccagggtagagat
aatgaaaccagaccattcgaaaagggaaggctgactcttcagttctggca
ttgttaacggagcttgtcaacagctcaactaatagtgacatcggcccaca
ggaaacaagacagaagagtaacagccaatggcagccctgtttggactgct
tctgacgtgccagtgaacaaaggaagggttcccacgcattagctcattaa
ggctgttcgcatactgccctcgtttccacctgggaagaaccgaagctcgc
aacagacaaaggacgcgtgtccagcccagcagggaagtatgaattcagaa
ttcaaagctgcttccatctttgttcctagcaatgtctcacactcagccca
tgtttgtaccacatatgccatttcccccatgactacataacaaatataat
aaatagagcagatacattcctcctaattagtgttctctcttttgcttact
aaccttacctatacagaaatattatgtggagaccatgaactcggaccatc
aagaagcctttgctttcactagaagaccatctaaggtgcacccggatggc
cacctgaggtatgtcctggtatagagagaatagtgctaacaaactccaca
ctgcccttgcccagtaaagcatcttagcctaagactgctcttgggttgaa
taattagaaagccatggaggaagcctgcacttgacctttgttccaggcca
agaagaaagaactctaaagagcgtctgtgggaagtcaggccttgtcccca
tgttttctctatctgatctccttt
gaattctcttcgagtttacgaacccaagtccccacatggaaagccagcac
actgcaagctgcttccctctggtgtcaggtggaggctgaggaggggagaa
gggagacattagtgtctggccctcgggagcatggagggtatagctgaacg
gttcctaacctttctcttgccctgagggctgttctttaacctcacgactc
tcccaaggccaaggctattaaattctatgccccgcagagaatgccagggc
atctcccccttcgcggtattcaagaagtgggatcaggtaagatatgggtc
attcttgcctacagctatgctttgtttgcgtgacacagtagttaaaaatt
ttcgtagtttaaaaattaactccagggctggaatgatgacttattttgtg
tcatgcttgtccaacaagcttgaggaccagagttcaagcccctggaccca
cataacaaagtcaggcctatcttcacaatgcccacactgggaaggcagag
gcaggaccatcccgagggcttgcttgccagccagcatctggtccacttgc
tctgagccagtgagaaatcctgttacaaaaagaagaaagacacctcacaa
ggaagaacatgtgacgtggtcttttggtctgcacatgtgtgtacacacgt
gcatgcacacaggatcacgatgttcactgtgggagcacgtgtacttgcac
acacatgcgcacatatattgagacttgccagtttattctatatgccaggg
cttagaaagccagggtatttggatatctacatgaagagtagaaattcatg
gcttcttctggaaatctgaaagctgtcattttagagccacagctgcccct
gtcaacaagtgactatggaaaatgtacccacatttctgaaagcacagtca
ccgtggcgcccaatcaatcttgcgcccagcgcagtctgctttctcatggc
ttttcacagctggacccattcgtagacagccagggattggaccgcctgga
cctcctgtgtttatgggttatcggtggcctatgaacgtaaattgctgtaa
tggctctagattaccatcctttaaattcaaccagcagcctgctctttagt
ttcccgaactttccttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_169182389_169183558
seq2: B6Ng01-212A19.b_38_1211 (reverse)

seq1  AAAGGAGATTCAGATAGGAGAAACATGGGGACAAGCCTGGAACTCCCACA  50
      |||||||| ||||||||   ||||||||||||||| |  ||  |||||||
seq2  AAAGGAGA-TCAGATAGAGAAAACATGGGGACAAGGCCTGACTTCCCACA  49

seq1  GACGCTCTTT--GGGTCTTTCTTCTTGGCCTGGGACAAAAGTCAAGTGCA  98
      ||||||||||   | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GACGCTCTTTAGAGTTCTTTCTTCTTGGCCTGGAACAAAGGTCAAGTGCA  99

seq1  -GCTTCCTCCATGGCTTTCTTATTTATCAACCCAAGAGCAGTCTTAGGCT  147
       ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCTCCATGGCTTTCTAATTATTCAACCCAAGAGCAGTCTTAGGCT  149

seq1  -AGATGCTTTACTGGGCAA-GGCAGTGTGGAGTTTGTTAGCACTATTCTC  195
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTTTACTGGGCAAGGGCAGTGTGGAGTTTGTTAGCACTATTCTC  199

seq1  TCTATACCAGGACATACCTCAGGTGGCCATCCGGGTGCACCTTAGATGGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACCAGGACATACCTCAGGTGGCCATCCGGGTGCACCTTAGATGGT  249

seq1  CTTCTAGTGAAAGCAAAGGCTTCTTGATGGTCCGAGTTCATGGTCTCCAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGTGAAAGCAAAGGCTTCTTGATGGTCCGAGTTCATGGTCTCCAC  299

seq1  ATAATATTTCTGTATAGGTAAGGTTAGTAAGCAAAAGAGAGAACACTAAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTTCTGTATAGGTAAGGTTAGTAAGCAAAAGAGAGAACACTAAT  349

seq1  TAGGAGGAATGTATCTGCTCTATTTATTATATTTGTTATGTAGTCATGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGAATGTATCTGCTCTATTTATTATATTTGTTATGTAGTCATGGG  399

seq1  GGAAATGGCATATGTGGTACAAACATGGGCTGAGTGTGAGACATTGCTAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGCATATGTGGTACAAACATGGGCTGAGTGTGAGACATTGCTAG  449

seq1  GAACAAAGATGGAAGCAGCTTTGAATTCTGAATTCATACTTCCCTGCTGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGATGGAAGCAGCTTTGAATTCTGAATTCATACTTCCCTGCTGG  499

seq1  GCTGGACACGCGTCCTTTGTCTGTTGCGAGCTTCGGTTCTTCCCAGGTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACACGCGTCCTTTGTCTGTTGCGAGCTTCGGTTCTTCCCAGGTGG  549

seq1  AAACGAGGGCAGTATGCGAACAGCCTTAATGAGCTAATGCGTGGGAACCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGAGGGCAGTATGCGAACAGCCTTAATGAGCTAATGCGTGGGAACCC  599

seq1  TTCCTTTGTTCACTGGCACGTCAGAAGCAGTCCAAACAGGGCTGCCATTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGTTCACTGGCACGTCAGAAGCAGTCCAAACAGGGCTGCCATTG  649

seq1  GCTGTTACTCTTCTGTCTTGTTTCCTGTGGGCCGATGTCACTATTAGTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTACTCTTCTGTCTTGTTTCCTGTGGGCCGATGTCACTATTAGTTG  699

seq1  AGCTGTTGACAAGCTCCGTTAACAATGCCAGAACTGAAGAGTCAGCCTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTGACAAGCTCCGTTAACAATGCCAGAACTGAAGAGTCAGCCTTC  749

seq1  CCTTTTCGAATGGTCTGGTTTCATTATCTCTACCCTGGAGTGGCCTTGAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCGAATGGTCTGGTTTCATTATCTCTACCCTGGAGTGGCCTTGAC  799

seq1  CAGACAAGGAGTCCTGCTGGCCAATTATTGTCTGATGACTGGGCAAGCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAGGAGTCCTGCTGGCCAATTATTGTCTGATGACTGGGCAAGCAG  849

seq1  GCCAACTCGTCTGAGATGATTTCTCATGGCAGGTGTCCCTCAACACTCCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTCGTCTGAGATGATTTCTCATGGCAGGTGTCCCTCAACACTCCC  899

seq1  CTGGTGTACAAATAATGATCCCATGCAAGAAGTCACTTCCTTTGGTGTAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTACAAATAATGATCCCATGCAAGAAGTCACTTCCTTTGGTGTAC  949

seq1  AGTTCATACGAGGTCTGATTCAGTGAGCTATGGAAAATCACGCTGTCACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATACGAGGTCTGATTCAGTGAGCTATGGAAAATCACGCTGTCACA  999

seq1  GCTACAGATGGTTTATTCACATTCTGCTTGGTCAAGAAGGGTACCTGGTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGATGGTTTATTCACATTCTGCTTGGTCAAGAAGGGTACCTGGTT  1049

seq1  GTCTGCCATGAACAGTTTTGAGCTACAACTACTAAGGAGGTGTTAGAATC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCATGAACAGTTTTGAGCTACAACTACTAAGGAGGTGTTAGAATC  1099

seq1  CATTGCATCTCAATGTATCTAAAATTTGGGCAGCTGCAGGGCAAGGCTCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCATCTCAATGTATCTAAAATTTGGGCAGCTGCAGGGCAAGGCTCT  1149

seq1  GAGTGAAATCTGGGCTTCAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAATCTGGGCTTCAGAATTC  1174

seq1: chr2_168989517_168990612
seq2: B6Ng01-212A19.g_64_1182

seq1  GAATTCTCTTCGAGTTTACGAACCCAAGTCCCCACATGGAAAGCCAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCGAGTTTACGAACCCAAGTCCCCACATGGAAAGCCAGCAC  50

seq1  ACTGCAAGCTGCTTCCCTCTGGTGTCAGGTGGAGGCTGAGGAGGGGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAAGCTGCTTCCCTCTGGTGTCAGGTGGAGGCTGAGGAGGGGAGAA  100

seq1  GGGAGACATTAGTGTCTGGCCCTCGGGAGCATGGAGGGTATAGCTGAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACATTAGTGTCTGGCCCTCGGGAGCATGGAGGGTATAGCTGAACG  150

seq1  GTTCCTAACCTTTCTCTTGCCCTGAGGGCTGTTCTTTAACCTCACGACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTAACCTTTCTCTTGCCCTGAGGGCTGTTCTTTAACCTCACGACTC  200

seq1  TCCCAAGGCCAAGGCTATTAAATTCTATGCCCCGCAGAGAATGCCAGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGGCCAAGGCTATTAAATTCTATGCCCCGCAGAGAATGCCAGGGC  250

seq1  ATCTCCCCCTTCGCGGTATTCAAGAAGTGGGATCAGGTAAGATATGGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCCTTCGCGGTATTCAAGAAGTGGGATCAGGTAAGATATGGGTC  300

seq1  ATTCTTGCCTACAGCTATGCTTTGTTTGCGTGACACAGTAGTTAAAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGCCTACAGCTATGCTTTGTTTGCGTGACACAGTAGTTAAAAATT  350

seq1  TTCGTAGTTTAAAAATTAACTCCAGGGCTGGAATGATGACTTATTTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTAGTTTAAAAATTAACTCCAGGGCTGGAATGATGACTTATTTTGTG  400

seq1  TCATGCTTGTCCAACAAGCTTGAGGACCAGAGTTCAAGCCCCTGGACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTGTCCAACAAGCTTGAGGACCAGAGTTCAAGCCCCTGGACCCA  450

seq1  CATAACAAAGTCAGGCCTATCTTCACAATGCCCACACTGGGAAGGCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACAAAGTCAGGCCTATCTTCACAATGCCCACACTGGGAAGGCAGAG  500

seq1  GCAGGACCATCCCGAGGGCTTGCTTGCCAGCCAGCATCTGGTCCACTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACCATCCCGAGGGCTTGCTTGCCAGCCAGCATCTGGTCCACTTGC  550

seq1  TCTGAGCCAGTGAGAAATCCTGTTACAAAAAGAAGAAAGACACCTCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCAGTGAGAAATCCTGTTACAAAAAGAAGAAAGACACCTCACAA  600

seq1  GGAAGAACATGTGACGTGGTCTTTTGGTCTGCACATGTGTGTACACACGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACATGTGACGTGGTCTTTTGGTCTGCACATGTGTGTACACACGT  650

seq1  GCATGCACACAGGATCACGATGTTCACTGTGGGAGCACGTGTACTTGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACACAGGATCACGATGTTCACTGTGGGAGCACGTGTACTTGCAC  700

seq1  ACACATGCGCACATATATTGAGACTTGCCAGTTTATTCTATATGCCAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCGCACATATATTGAGACTTGCCAGTTTATTCTATATGCCAGGG  750

seq1  CTTAG-AAGCCAGGGTATTTGGATATCTACATGAAGAGTAG-AATTCATG  798
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTAGAAAGCCAGGGTATTTGGATATCTACATGAAGAGTAGAAATTCATG  800

seq1  GCTTCTTCTGG-AATCTGAAAGCTGTCATTTTAGAGCCACAGCTG-CCCT  846
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTTCTTCTGGAAATCTGAAAGCTGTCATTTTAGAGCCACAGCTGCCCCT  850

seq1  G-CCACAAGTGACTATGGAAAATGTACCCACATTTCTGAAAGCACAGTCA  895
      | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACAAGTGACTATGGAAAATGTACCCACATTTCTGAAAGCACAGTCA  900

seq1  CCGTGGCGCCC-ATCAATC-TGCGCCCAGCGCAGTCTGCTTTC-CATGGC  942
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCGTGGCGCCCAATCAATCTTGCGCCCAGCGCAGTCTGCTTTCTCATGGC  950

seq1  TTTTCACAGCT-GACCCA-TCGTAGACAGCCA-GGAATGGA-CGCCT-GA  987
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| ||
seq2  TTTTCACAGCTGGACCCATTCGTAGACAGCCAGGGATTGGACCGCCTGGA  1000

seq1  CCT-CTGTGTTTATGG--TATCGGTGG-CTATG-ACGTAAATTGCTGTAA  1032
      ||| ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||| |
seq2  CCTCCTGTGTTTATGGGTTATCGGTGGCCTATGAACGTAAATTGCTGT-A  1049

seq1  ATGGCTC-AGA-TACCAT-CTTTAATTTCAA-CAGCAGCCTGCTCTTTAG  1078
      ||||||| ||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTAGATTACCATCCTTTAAATTCAACCAGCAGCCTGCTCTTTAG  1099

seq1  -TTCCCG-ACTTTCCCTTTT  1096
       |||||| ||||||| ||||
seq2  TTTCCCGAACTTTCCTTTTT  1119