BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212G03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 170,077,679 - 170,228,247
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSilg111, LOC100043739, Bcas1
Upstream geneEG668954, Tshz2, LOC100043737, LOC100043910, Zfp217
Downstream geneLOC228916, Cyp24a1, Pfdn4, 4930470P17Rik, Dok5, LOC668955, LOC100043743
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212G03.bB6Ng01-212G03.g
ACCGA030192GA030193
length4331,025
definitionB6Ng01-212G03.b B6Ng01-212G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,077,679 - 170,078,117)(170,227,222 - 170,228,247)
sequence
ttggatatatcagagaataggagagaatctcagtacacaaaggcatgatg
gtaaatggtgtccaccactgagtattgcttcaggaagtggggtgccgagc
agaaggagagtgggggaccaaggagagcatccatgagtaaccaaaggcac
agggaaagagtttagccattttctaagtccgggcccttgagagttagttc
tcaactgcaacccagcacatttcttatgcaaagtgtgggggtgaatagaa
cagagctgtgaggaccaaaatcccagatgcatcagctgtctacactgtta
cactgttctgggctgggagctgggagtagagtttagtcgtggaggtagag
aacacatttatgaggtcagtgctctagggcttgttcccaaagtgaaagga
cagttgtgaggtggggttaaggggagggaagaa

gaattcttagatctctctcagaaaacatggcagaggagagtgcaaacgca
cacacatataaatgtgtgtgtatatatatatatatatatgttatatataa
tatacatataaatatgtaatatatattaaatggcagaggaaagtggaaac
aaacaaatatacatacatgcatacatacatatgtacgtatgtacatgtgc
acgtgcatgtgtgcatgcatgtgtgtctttgtattttacgtgtctgggcg
tttgtctgtgtaccatgagcatgtgtcaccctcagagccggaagagggtg
tcagatccctgccgctgtagttactggagtttgtgagctgctgtgtgggt
gcaaaggactcttaactgctgagccatctctccagcccttagacttttac
attttaagatttatttgatttccacttgagatctgatcatttcccagata
ggagcatggctatctctaggaaatttgtttcaaccctgtgtgatgacaac
acaattaaaaaaaattttttttcagtacacttgtctttcaaatgacccag
tttaaagttaattatttactgaggcactggacaacattttatccataacg
ttattgactttctactgatggcattccgggctttgtgtatgctacataag
cacactgcatttgagtgatcaatccccagtccaaggattttttttttttt
ttaattttagcttcctttgcaagaggaaagtttagaattgagaaaaaccc
actaggttgtaactctccaccacagcctcatgtacccacttgcccaccat
gaaagggcagtggaaataattgaaattagtagtagtaatttctttcccat
gatggctcagtagatgtacgctttcctcatttgttaatcctctatgtttt
ctctattttaggtgttttttttttaatttaagaggggattgtgaaagggc
aatgcaatatagaaaatattgcatcctcagcacacgcttctcaagtgctg
agattaacagcgtgaactgccaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_170077679_170078117
seq2: B6Ng01-212G03.b_41_479

seq1  GAATTCTTGGATATATCAGAGAATAGGAGAGAATCTCAGTACACAAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGATATATCAGAGAATAGGAGAGAATCTCAGTACACAAAGGC  50

seq1  ATGATGGTAAATGGTGTCCACCACTGAGTATTGCTTCAGGAAGTGGGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGTAAATGGTGTCCACCACTGAGTATTGCTTCAGGAAGTGGGGTG  100

seq1  CCGAGCAGAAGGAGAGTGGGGGACCAAGGAGAGCATCCATGAGTAACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGCAGAAGGAGAGTGGGGGACCAAGGAGAGCATCCATGAGTAACCAA  150

seq1  AGGCACAGGGAAAGAGTTTAGCCATTTTCTAAGTCCGGGCCCTTGAGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGGGAAAGAGTTTAGCCATTTTCTAAGTCCGGGCCCTTGAGAGT  200

seq1  TAGTTCTCAACTGCAACCCAGCACATTTCTTATGCAAAGTGTGGGGGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTCAACTGCAACCCAGCACATTTCTTATGCAAAGTGTGGGGGTGA  250

seq1  ATAGAACAGAGCTGTGAGGACCAAAATCCCAGATGCATCAGCTGTCTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACAGAGCTGTGAGGACCAAAATCCCAGATGCATCAGCTGTCTACA  300

seq1  CTGTTACACTGTTCTGGGCTGGGAGCTGGGAGTAGAGTTTAGTCGTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACACTGTTCTGGGCTGGGAGCTGGGAGTAGAGTTTAGTCGTGGAG  350

seq1  GTAGAGAACACATTTATGAGGTCAGTGCTCTAGGGCTTGTTCCCAAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAACACATTTATGAGGTCAGTGCTCTAGGGCTTGTTCCCAAAGTG  400

seq1  AAAGGACAGTTGTGAGGTGGGGTTAAGGGGAGGGAAGAA  439
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACAGTTGTGAGGTGGGGTTAAGGGGAGGGAAGAA  439


seq1: chr2_170227222_170228247
seq2: B6Ng01-212G03.g_66_1090 (reverse)

seq1  GCTTGGCAGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTGAGAAGCG-GTGCTGGA  49
      ||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GCTTGGCAGTTCACGCTGTTAATCTCAGCACTTGAGAAGCGTGTGCT-GA  49

seq1  GGATTGCAATA-TTTCTATATTGCAATGCCCTTTCACAATCCCCTCTTAA  98
      ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGA-TGCAATATTTTCTATATTGCATTGCCCTTTCACAATCCCCTCTTAA  98

seq1  ATTAAAAAAAAAACACCTAAAAATAGAGAAAACATAGAGGAATAAACAAA  148
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  ATTAAAAAAAAAACACCT-AAAATAGAGAAAACATAGAGG-ATTAACAAA  146

seq1  TGAGGAAAGCGTACATCTACTGAGCCATCATGGGAAAGAAATTACTACTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAAGCGTACATCTACTGAGCCATCATGGGAAAGAAATTACTACTA  196

seq1  CTAATTTCAA-TATTTCCACTGCCCTTTCATGGTGGGCAAGTGGGTACAT  247
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTCAATTATTTCCACTGCCCTTTCATGGTGGGCAAGTGGGTACAT  246

seq1  GAGGCTGTGGTGGAGAGTTACAACCTAGTGGGTTTTTCTCAATTCTAAAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTGGTGGAGAGTTACAACCTAGTGGGTTTTTCTCAATTCTAAAC  296

seq1  TTTCCTCTTGCAAAGGAAGCTAAAATTAAAAAAAAAAAAAAATCCTTGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTTGCAAAGGAAGCTAAAATTAAAAAAAAAAAAAAATCCTTGGA  346

seq1  CTGGGGATTGATCACTCAAATGCAGTGTGCTTATGTAGCATACACAAAGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGATTGATCACTCAAATGCAGTGTGCTTATGTAGCATACACAAAGC  396

seq1  CCGGAATGCCATCAGTAGAAAGTCAATAACGTTATGGATAAAATGTTGTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAATGCCATCAGTAGAAAGTCAATAACGTTATGGATAAAATGTTGTC  446

seq1  CAGTGCCTCAGTAAATAATTAACTTTAAACTGGGTCATTTGAAAGACAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTCAGTAAATAATTAACTTTAAACTGGGTCATTTGAAAGACAAG  496

seq1  TGTACTGAAAAAAAATTTTTTTTAATTGTGTTGTCATCACACAGGGTTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGAAAAAAAATTTTTTTTAATTGTGTTGTCATCACACAGGGTTGA  546

seq1  AACAAATTTCCTAGAGATAGCCATGCTCCTATCTGGGAAATGATCAGATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTTCCTAGAGATAGCCATGCTCCTATCTGGGAAATGATCAGATC  596

seq1  TCAAGTGGAAATCAAATAAATCTTAAAATGTAAAAGTCTAAGGGCTGGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGGAAATCAAATAAATCTTAAAATGTAAAAGTCTAAGGGCTGGAG  646

seq1  AGATGGCTCAGCAGTTAAGAGTCCTTTGCACCCACACAGCAGCTCACAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCAGCAGTTAAGAGTCCTTTGCACCCACACAGCAGCTCACAAA  696

seq1  CTCCAGTAACTACAGCGGCAGGGATCTGACACCCTCTTCCGGCTCTGAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTAACTACAGCGGCAGGGATCTGACACCCTCTTCCGGCTCTGAGG  746

seq1  GTGACACATGCTCATGGTACACAGACAAACGCCCAGACACGTAAAATACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACATGCTCATGGTACACAGACAAACGCCCAGACACGTAAAATACA  796

seq1  AAGACACACATGCATGCACACATGCACGTGCACATGTACATACGTACATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACACATGCATGCACACATGCACGTGCACATGTACATACGTACATA  846

seq1  TGTATGTATGCATGTATGTATATTTGTTTGTTTCCACTTTCCTCTGCCAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGCATGTATGTATATTTGTTTGTTTCCACTTTCCTCTGCCAT  896

seq1  TTAATATATATTACATATTTATATGTATATTATATATAACATATATATAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATATATTACATATTTATATGTATATTATATATAACATATATATAT  946

seq1  ATATATATACACACACATTTATATGTGTGTGCGTTTGCACTCTCCTCTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATACACACACATTTATATGTGTGTGCGTTTGCACTCTCCTCTGC  996

seq1  CATGTTTTCTGAGAGAGATCTAAGAATTC  1026
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTGAGAGAGATCTAAGAATTC  1025


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |