BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214M24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,104,746 - 43,238,358
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLrp1b, LOC100041228
Downstream geneLOC100041245, Kynu, Arhgap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214M24.bB6Ng01-214M24.g
ACCGA031959GA031960
length1,184925
definitionB6Ng01-214M24.b B6Ng01-214M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,237,156 - 43,238,358)(43,104,746 - 43,105,659)
sequence
gaattctcagaatgataatagccccagtttcaattaagtaactacccccc
ccacacacacaccatttaaatgcccatacatgatttttttctttcatatc
cacaataattcatgtactttttgttatatttccttgttgtatatcaagac
caactatatgatccttataagaactaaaaaccaaccccaacctttttatt
gttaaacttcacaaactctggtcaggtaaatatctagagtagattcctat
tgttattttgcctactgagacctgtgctgtacttccagtctatcaaaaca
taaggtaatgttttttgcatgaattaaaacatgggcaatttcttaggaca
aagtggaactaagccactgtactacggacttgagtatcaagttatctatt
tttcatgcatcaacaattcttgcactagtatattcaaatgtcatagtgta
gcaccatataaatgcttctggatgcttttgttacagaggctgatgaagcg
gggcaggcaagcaagtctcttggctcttattgtatttcagatatgatcgg
tctcctttaaaatgtcttctgaaaaatggatcattctgctcctgagatgc
ttaaacccactgttacatcactttttctttattaaaactaatgataaaag
aaaatgatagttctgattgtaatcacggggaatatggggcttacaatgtc
catattcctaggaaagtggtggcactcattatagaacataaagtggagat
ttgcacaaatagatacccatcgggcctaagcctgctgagtttgttccttt
gtgaaaggaaaacagaattgttcctttataaattgtatgaaactgatcat
caaaaaaaaaaaaaaaaacacatctaaaagccatatgcaattaaggattt
aaaagtatttgaagctcctgtgaaagtatcctacccctaaaacatgtaag
cttctgtgacgtaggacttcaatcaaaacattcttcactctaatatctgt
atgcagagtatctgaaagtgatgctcatcagaaggaatttctagagaaac
actgatatagaaatagagagacagtacctccactagaatcaggggctaca
ggtgttctgaactcaagtcattcagtgttgtcagccagtctgtgtgtcat
gcaggaaaatagcctctcatgaacctcagtgata

gaattctaaaacctccaaacctaaagcaaattgttttagaaacatctgac
tcttcaggcctctatgggatagtgtgtggatttattgcaggatagggact
tcaaattatgccctatacctctgtctctatgcagtggtcattcttttctg
tgtctaaggtcattgctgcagtcactttccaaccccttgtttttagaccc
ttctcactggtacagaaattattgagatttctaagtccagactgatgcca
gaaaccacacaataaatttaagtagaggaaaatgtaatgaaaggaatatt
tccaaattgtcacagtcagtaattctgaggatagatggtcagcaagtcta
gaggcgagtcctccagggaggactctcaaaggggttcagagtttatagaa
gaaggtctgggacacatctcactgagctttcctggactaagcaagaccac
agagagtagagtagaacctggatgaaggtcaagttggagagagcagccag
aagaaagagtctgagcaacatggcagacatgtgactgatgcacagggtca
ttatgtaggaacttggagtgggcctagctgtgtgggacagaggtggtctg
ctgatgtaggtaaactgcagctgaagagaggatgtgagaaggagagcaga
ttctgaagtgtgggctggattttacattctgcagtgtggggaaccctaaa
gtgcctcttggtacagtttggcaatgtacattctcacagaactttcaaga
tcagggtctagttttgattttaaattgccatgctaaaggcacactaatca
aaaggcaacttagaggtaggaagggtttacttcagtatgcagttcttata
gtccaggatccagggaagttcaatgaacaacttagttgacataatatcca
tacgcaagtgtgggagaataaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_43237156_43238358
seq2: B6Ng01-214M24.b_47_1230 (reverse)

seq1  TATCACTGAG--TCATGAG-GGCTAATATTTTCTCCTGCATGACAGAGAC  47
      ||||||||||  ||||||| |||||     || |||||||||||  | ||
seq2  TATCACTGAGGTTCATGAGAGGCTA-----TTTTCCTGCATGAC--ACAC  43

seq1  AGACTGGCTGACAACACTGGAAATGACTTGAAGTCCAGGACA-CTGTAGC  96
      |||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||| ||| |||||||
seq2  AGACTGGCTGACAACACTG--AATGACTTG-AGTTCAGAACACCTGTAGC  90

seq1  CCCTGAATCTTAAGTGGA-GTACTGTCTCTCTAATTTTCTATATTCAGTG  145
      |||||| |||  |||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||
seq2  CCCTGATTCT--AGTGGAGGTACTGTCTCTCTA--TTTCTATA-TCAGTG  135

seq1  TTTCTCTAGAAATTTCCCTTCTGATTGAAGCATCACTTTTCAGATACTCT  195
      ||||||||||||||  |||||||||   |||||||| |||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGAAATT--CCTTCTGAT--GAGCATCAC-TTTCAGATACTCT  180

seq1  GCATACAGATATTAGAGTG-AGAATGTTTTTGATTTGAAGTCCTACGTCA  244
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  GCATACAGATATTAGAGTGAAGAATG-TTTTGA-TTGAAGTCCTACGTCA  228

seq1  CAGAAGCTTACATGTTTTAGGGGGTAGGATACTTTTCACAGGAGCTTCAA  294
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTTACATGTTTTA-GGGGTAGGATAC-TTTCACAGGAGCTTCAA  276

seq1  ATACTTTTAAATCCTTAATTGCATATGGCTTTTAGATGTGTTTTTTTTTT  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATACTTTTAAATCCTTAATTGCATATGGCTTTTAGATGTG-TTTTTTTTT  325

seq1  TTTTTTTTGATGATCAGTTTCATACAATTTATAAAGGAACAATTCTGTTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTGATGATCAGTTTCATACAATTTATAAAGGAACAATTCTGTTT  375

seq1  TCCTTTCACAAAGGAACAAACTCAGCAGGCTTAGGCCCGATGGGTATCTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCACAAAGGAACAAACTCAGCAGGCTTAGGCCCGATGGGTATCTA  425

seq1  TTTGTGCAAATCTCCACTTTATGTTCTATAATGAGTGCCACCACTTTCCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCAAATCTCCACTTTATGTTCTATAATGAGTGCCACCACTTTCCT  475

seq1  AGGAATATGGACATTGTAAGCCCCATATTCCCCGTGATTACAATCAGAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATGGACATTGTAAGCCCCATATTCCCCGTGATTACAATCAGAAC  525

seq1  TATCATTTTCTTTTATCATTAGTTTTAATAAAGAAAAAGTGATGTAACAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTTCTTTTATCATTAGTTTTAATAAAGAAAAAGTGATGTAACAG  575

seq1  TGGGTTTAAGCATCTCAGGAGCAGAATGATCCATTTTTCAGAAGACATTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTAAGCATCTCAGGAGCAGAATGATCCATTTTTCAGAAGACATTT  625

seq1  TAAAGGAGACCGATCATATCTGAAATACAATAAGAGCCAAGAGACTTGCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAGACCGATCATATCTGAAATACAATAAGAGCCAAGAGACTTGCT  675

seq1  TGCCTGCCCCGCTTCATCAGCCTCTGTAACAAAAGCATCCAGAAGCATTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCCCGCTTCATCAGCCTCTGTAACAAAAGCATCCAGAAGCATTT  725

seq1  ATATGGTGCTACACTATGACATTTGAATATACTAGTGCAAGAATTGTTGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTGCTACACTATGACATTTGAATATACTAGTGCAAGAATTGTTGA  775

seq1  TGCATGAAAAATAGATAACTTGATACTCAAGTCCGTAGTACAGTGGCTTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAAAAATAGATAACTTGATACTCAAGTCCGTAGTACAGTGGCTTA  825

seq1  GTTCCACTTTGTCCTAAGAAATTGCCCATGTTTTAATTCATGCAAAAAAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACTTTGTCCTAAGAAATTGCCCATGTTTTAATTCATGCAAAAAAC  875

seq1  ATTACCTTATGTTTTGATAGACTGGAAGTACAGCACAGGTCTCAGTAGGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTTATGTTTTGATAGACTGGAAGTACAGCACAGGTCTCAGTAGGC  925

seq1  AAAATAACAATAGGAATCTACTCTAGATATTTACCTGACCAGAGTTTGTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACAATAGGAATCTACTCTAGATATTTACCTGACCAGAGTTTGTG  975

seq1  AAGTTTAACAATAAAAAGGTTGGGGTTGGTTTTTAGTTCTTATAAGGATC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAACAATAAAAAGGTTGGGGTTGGTTTTTAGTTCTTATAAGGATC  1025

seq1  ATATAGTTGGTCTTGATATACAACAAGGAAATATAACAAAAAGTACATGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTTGGTCTTGATATACAACAAGGAAATATAACAAAAAGTACATGA  1075

seq1  ATTATTGTGGATATGAAAGAAAAAAATCATGTATGGGCATTTAAATGGTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTGGATATGAAAGAAAAAAATCATGTATGGGCATTTAAATGGTG  1125

seq1  TGTGTGTGGGGGGGGTAGTTACTTAATTGAAACTGGGGCTATTATCATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGGGGGGGTAGTTACTTAATTGAAACTGGGGCTATTATCATTC  1175

seq1  TGAGAATTC  1203
      |||||||||
seq2  TGAGAATTC  1184


seq1: chr2_43104746_43105659
seq2: B6Ng01-214M24.g_66_990

seq1  GAATTCTAAAACCTCCAAACCTAAAGCAAATTGTTTTAGAAACATCTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAACCTCCAAACCTAAAGCAAATTGTTTTAGAAACATCTGAC  50

seq1  TCTTCAGGCCTCTATGGGATAGTGTGTGGATTTATTGCAGGATAGGGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGGCCTCTATGGGATAGTGTGTGGATTTATTGCAGGATAGGGACT  100

seq1  TCAAATTATGCCCTATACCTCTGTCTCTATGCAGTGGTCATTCTTTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTATGCCCTATACCTCTGTCTCTATGCAGTGGTCATTCTTTTCTG  150

seq1  TGTCTAAGGTCATTGCTGCAGTCACTTTCCAACCCCTTGTTTTTAGACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAGGTCATTGCTGCAGTCACTTTCCAACCCCTTGTTTTTAGACCC  200

seq1  TTCTCACTGGTACAGAAATTATTGAGATTTCTAAGTCCAGACTGATGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACTGGTACAGAAATTATTGAGATTTCTAAGTCCAGACTGATGCCA  250

seq1  GAAACCACACAATAAATTTAAGTAGAGGAAAATGTAATGAAAGGAATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCACACAATAAATTTAAGTAGAGGAAAATGTAATGAAAGGAATATT  300

seq1  TCCAAATTGTCACAGTCAGTAATTCTGAGGATAGATGGTCAGCAAGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATTGTCACAGTCAGTAATTCTGAGGATAGATGGTCAGCAAGTCTA  350

seq1  GAGGCGAGTCCTCCAGGGAGGACTCTCAAAGGGGTTCAGAGTTTATAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGAGTCCTCCAGGGAGGACTCTCAAAGGGGTTCAGAGTTTATAGAA  400

seq1  GAAGGTCTGGGACACATCTCACTGAGCTTTCCTGGACTAAGCAAGACCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCTGGGACACATCTCACTGAGCTTTCCTGGACTAAGCAAGACCAC  450

seq1  AGAGAGTAGAGTAGAACCTGGATGAAGGTCAAGTTGGAGAGAGCAGCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTAGAGTAGAACCTGGATGAAGGTCAAGTTGGAGAGAGCAGCCAG  500

seq1  AAGAAAGAGTCTGAGCAACATGGCAGACATGTGACTGATGCACAGGGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAGTCTGAGCAACATGGCAGACATGTGACTGATGCACAGGGTCA  550

seq1  TTATGTAGGAACTTGGAGTGGGCCTAGCTGTGTGGGACAGAGGTGGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAGGAACTTGGAGTGGGCCTAGCTGTGTGGGACAGAGGTGGTCTG  600

seq1  CTGATGTAGGTAAACTGCAGCTGAAGAGAGGATGTGAGAAGGAGAGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTAGGTAAACTGCAGCTGAAGAGAGGATGTGAGAAGGAGAGCAGA  650

seq1  TTCTGAAGTGTGGGCTGGA-TTTACATTCTGCAGTGTGGGGAACCCTAAA  699
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGTGTGGGCTGGATTTTACATTCTGCAGTGTGGGGAACCCTAAA  700

seq1  GTGCCTC-TGGTACAGTTTGGCAATGTACATTCTCACAGAAC-TTCAAGA  747
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTGCCTCTTGGTACAGTTTGGCAATGTACATTCTCACAGAACTTTCAAGA  750

seq1  TCAGGGTCTAG-TTTGATTTT-AATTGCCATGCTAAAGGCACACTAA-CA  794
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCAGGGTCTAGTTTTGATTTTAAATTGCCATGCTAAAGGCACACTAATCA  800

seq1  AAAGGCAACTTAGA-GTAGGAAGGGTTTACTTCAGTATGCAGTTCTTATA  843
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAACTTAGAGGTAGGAAGGGTTTACTTCAGTATGCAGTTCTTATA  850

seq1  GTCCAGGATCCCAGGGAAG-TCAATGAACAAC-TAG-TGACATAATATCC  890
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  GTCCAGGAT-CCAGGGAAGTTCAATGAACAACTTAGTTGACATAATATCC  899

seq1  ATACGCAAGTGT-GGAG-ATAAATAA  914
      |||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ATACGCAAGTGTGGGAGAATAAATAA  925


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |