BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216C06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,447,915 - 38,585,732
singlet/doubletdoublet
Overlap genePsmb7, LOC674251, Nr5a1, Nr6a1
Upstream geneStrbp, LOC639491, Dennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6
Downstream geneOlfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l, Golga1, A930041I02Rik, LOC100042584, Ppp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216C06.bB6Ng01-216C06.g
ACCGA032907GA032908
length1,2351,214
definitionB6Ng01-216C06.b B6Ng01-216C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,584,500 - 38,585,732)(38,447,915 - 38,449,122)
sequence
gaattcacattccagtaacactctacacagtaattgtactgtatacgggg
gaagattggtagcaacttcttagaggaggaaaatgtgtactggacctcaa
acgcttggtagactttacatgctgaatgctttattcatctcctatccatt
gtacataaggatagatatacatatgtatgtacatgcatgcatacgtgtgt
acagtaagacagaatagtaagaacacagggacaatggagatgataggtgt
caggctcctgacaacctctgcttcaaagatgctctgaagggttattgaat
aagctgttagccaccacactcgttggttcctgttttgtgccaccatatat
atcctttattaagagcttagcactcttaaggtccaggcaaagggctagcc
tttgcatactttcccttttctatcttactttcccttatccagatcttagt
ttctccacattagaaaaagaaaaatctttgttataactatatttaacaat
gtctcattttttataaatctgatgccaccgccgcacccccccccccattc
cctgggtgatttttgtttttgttttcagatatcaggggtctgaccagtgc
ctcacagctggaacaactgaacaagcggtattggtacatttgtcaggatt
tcactgaatataaatacacacatcagccaaaccgctttcctgatcttatg
atgtgcttgccagagatccgatacatcgcaggtaatattctggatccagg
cttccaaccttcctagcttctccaagcctgtgaagggattgagatgagca
gtgttcatagggtatttactctaggccatcaccaactgcagacagtacct
tttgtcctcagataagttctattctaagaggaagagaaactggcatctcc
aggctcctgtgctgtgcagggggtgtggatgacgagagcagcctgtgtct
tgtgtcttgaactacatatattgctcagaagtaattttattcaaacaatt
ttttaaagatttatttatttattttaggtatgtgagtacaacttgtcact
gtctcaagaacacacagaagagggcatgatcccatacgtggtgcttctta
gaaattgactcagacttctagaaaagagcagtcaagtgtctctttaacac
tgagtcaatctctctgacctcagacgttacctaaccgttgaaatggattt
attgtgcaaatatatggccaattttcacaaagaca
gaattcacctcacagaatcatctaatcaggaactgtttctgaacagtccc
acaaaagccttaccagaaacaaggaaaggtggtatacaggagatgctagt
ggagactgctcccacacagaaagcaaaacccaatcaccggcttaacaaat
gcaacctcattccaactctgtttattaaccaaccttagatgtgcatgtgc
acgctcgctgggagtgccctgcttgctccccagctcggggcttccgacct
tctcccccttctcttttctccacttaactaccgcctttgtctgttcttgt
ccctttagctagtgctctgagcaagacacatgggacagaaaaaaataacc
aacaggcagcacttagcaccacagatcttaattcccaagggaggatgacg
ctgagagcatggaaatatatgagctgttgttacacatgcctgtctagtct
gtattcattcacctggacaggaggtgctgcagagtgcaggtgactctccc
tctgctttgtaaacatttgcacatggaagtaaatcccagcaaaagcacat
ttcaaaaagtacaaagaatttgaaatgtattatgtataatttgatccact
tgtagaatcatcatgtatacagacgtgtaaaggctttgacaaattgagga
gacatttaatgctgcttcaccaattcaagagaagatgattctttaaggac
tcctcccccttgaccccacccccaccccccagttatgaaatggaaaactt
cacactgagtacctaccataacatgttaaatacagaatcaggcacatgga
taatctctatccagttttattacaatccccaaacacctacggaggctcat
actaatcagaatgtatggccgagagggagccccaaggccacacagctagc
aaacagttaaatagtaaagcaggtttgtggtagccacaaaccgtatcagc
taagtaaccttcttggcctctgggctctcactacttggggacgcacggct
gtgttaagtttaaggatagtgcaatttctgtctggcttgccaaaaagcag
ctcttatgctgttcacctagagagccaggggagcctggtgcttccctaac
acccttcagaactactggaatgaagctttcgcctctcttactttgccaca
agaaatattgttcccaagttcctgttcaggaatgcagattacgagtggca
tacctctctcagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_38584500_38585732
seq2: B6Ng01-216C06.b_47_1280 (reverse)

seq1  GTCTT--TGAAAATTGG-CATATAATT-CACATATAAAATTCATTATCTA  46
      |||||  |||||||||| |||||| || |||| || |||| |||| || |
seq2  GTCTTTGTGAAAATTGGCCATATATTTGCACA-AT-AAATCCATT-TC-A  46

seq1  AAAGTTAAAAGTGTACAGCTGAGGGTCAGAGAGA-TGACTCAGTGGTTAA  95
      |  |||   ||   ||  |||| ||||||||||| |||||||||| | ||
seq2  ACGGTT---AGGTAACGTCTGA-GGTCAGAGAGATTGACTCAGTGTTAAA  92

seq1  GAG-CAC-TGACTGCTC--TTCTAGAAGTCCTGAGTTCAATTTCTAGAAA  141
      ||| ||| |||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||  ||
seq2  GAGACACTTGACTGCTCTTTTCTAGAAGT-CTGAG-TCAATTTCTAAGAA  140

seq1  CCACACGGTAATGGGATCCAATGCCCTCTTCTGGTGTG-TCTGAAGACAG  190
       |||   || ||||||||  |||||||||||| ||||| |||  ||||||
seq2  GCACCACGT-ATGGGATC--ATGCCCTCTTCT-GTGTGTTCTTGAGACAG  186

seq1  TGACA--GTGTACTCACATACCTAAAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAA  238
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGTTGTACTCACATACCTAAAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAA  236

seq1  TTGTTTGAATAAAATTACTTCTGAGCAATATATGTAGTTCAAGACAC-AG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGTTTGAATAAAATTACTTCTGAGCAATATATGTAGTTCAAGACACAAG  286

seq1  ACACAGGCTGCTCTCGTCATCCACACCCCCTGCACAGCACAGGAGCCTGG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGCTGCTCTCGTCATCCACACCCCCTGCACAGCACAGGAGCCTGG  336

seq1  AGATGCCAGTTTCTCTTCCTCTTAGAATAGAACTTATCTGAGGAC-AAAG  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGATGCCAGTTTCTCTTCCTCTTAGAATAGAACTTATCTGAGGACAAAAG  386

seq1  GTACTGTCTGCAGTTGGTGATGGCCTAGAGTAAATACCCTATGAACACTG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTCTGCAGTTGGTGATGGCCTAGAGTAAATACCCTATGAACACTG  436

seq1  CTCATCTCAATCCCTTCACAGGCTTGGAGAAGCTAGGAAGGTTGGAAGCC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCAATCCCTTCACAGGCTTGGAGAAGCTAGGAAGGTTGGAAGCC  486

seq1  TGGATCCAGAATATTACCTGCGATGTATCGGATCTCTGGCAAGCACATCA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCAGAATATTACCTGCGATGTATCGGATCTCTGGCAAGCACATCA  536

seq1  TAAGATCAGGAAAGCGGTTTGGCTGATGTGTGTATTTATATTCAGTGAAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCAGGAAAGCGGTTTGGCTGATGTGTGTATTTATATTCAGTGAAA  586

seq1  TCCTGACAAATGTACCAATACCGCTTGTTCAGTTGTTCCAGCTGTGAGGC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACAAATGTACCAATACCGCTTGTTCAGTTGTTCCAGCTGTGAGGC  636

seq1  ACTGGTCAGACCCCTGATATCTGAAAACAAAAACAAAAATCACCCAGGGA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCAGACCCCTGATATCTGAAAACAAAAACAAAAATCACCCAGGGA  686

seq1  AT-GGGGGGGGGGTGCGGCGGTGGCATCAGATTTATAAAAAATGAGACAT  735
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGGGGGGGTGCGGCGGTGGCATCAGATTTATAAAAAATGAGACAT  736

seq1  TGTTAAATATAGTTATAACAAAGATTTTTCTTTTTCTAATGTGGAGAAAC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAATATAGTTATAACAAAGATTTTTCTTTTTCTAATGTGGAGAAAC  786

seq1  TAAGATCTGGATAAGGGAAAGTAAGATAGAAAAGGGAAAGTATGCAAAGG  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCTGGATAAGGGAAAGTAAGATAGAAAAGGGAAAGTATGCAAAGG  836

seq1  CTAGCCCTTTGCCTGGACCTTAAGAGTGCTAAGCTCTTAATAAAGGATAT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCTTTGCCTGGACCTTAAGAGTGCTAAGCTCTTAATAAAGGATAT  886

seq1  ATATGGTGGCACAAAACAGGAACCAACGAGTGTGGTGGCTAACAGCTTAT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTGGCACAAAACAGGAACCAACGAGTGTGGTGGCTAACAGCTTAT  936

seq1  TCAATAACCCTTCAGAGCATCTTTGAAGCAGAGGTTGTCAGGAGCCTGAC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAACCCTTCAGAGCATCTTTGAAGCAGAGGTTGTCAGGAGCCTGAC  986

seq1  ACCTATCATCTCCATTGTCCCTGTGTTCTTACTATTCTGTCTTACTGTAC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCATCTCCATTGTCCCTGTGTTCTTACTATTCTGTCTTACTGTAC  1036

seq1  ACACGTATGCATGCATGTACATACATATGTATATCTATCCTTATGTACAA  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTATGCATGCATGTACATACATATGTATATCTATCCTTATGTACAA  1086

seq1  TGGATAGGAGATGAATAAAGCATTCAGCATGTAAAGTCTACCAAGCGTTT  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGGAGATGAATAAAGCATTCAGCATGTAAAGTCTACCAAGCGTTT  1136

seq1  GAGGTCCAGTACACATTTTCCTCCTCTAAGAAGTTGCTACCAATCTTCCC  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCAGTACACATTTTCCTCCTCTAAGAAGTTGCTACCAATCTTCCC  1186

seq1  CCGTATACAGTACAATTACTGTGTAGAGTGTTACTGGAATGTGAATTC  1233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATACAGTACAATTACTGTGTAGAGTGTTACTGGAATGTGAATTC  1234

seq1: chr2_38447915_38449122
seq2: B6Ng01-216C06.g_64_1277

seq1  GAATTCACCTCACAGAATCATCTAATCAGGAACTGTTTCTGAACAGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTCACAGAATCATCTAATCAGGAACTGTTTCTGAACAGTCCC  50

seq1  ACAAAAGCCTTACCAGAAACAAGGAAAGGTGGTATACAGGAGATGCTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCCTTACCAGAAACAAGGAAAGGTGGTATACAGGAGATGCTAGT  100

seq1  GGAGACTGCTCCCACACAGAAAGCAAAACCCAATCACCGGCTTAACAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTGCTCCCACACAGAAAGCAAAACCCAATCACCGGCTTAACAAAT  150

seq1  GCAACCTCATTCCAACTCTGTTTATTAACCAACCTTAGATGTGCATGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCTCATTCCAACTCTGTTTATTAACCAACCTTAGATGTGCATGTGC  200

seq1  ACGCTCGCTGGGAGTGCCCTGCTTGCTCCCCAGCTCGGGGCTTCCGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCGCTGGGAGTGCCCTGCTTGCTCCCCAGCTCGGGGCTTCCGACCT  250

seq1  TCTCCCCCTTCTCTTTTCTCCACTTAACTACCGCCTTTGTCTGTTCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCCTTCTCTTTTCTCCACTTAACTACCGCCTTTGTCTGTTCTTGT  300

seq1  CCCTTTAGCTAGTGCTCTGAGCAAGACACATGGGACAGAAAAAAATAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAGCTAGTGCTCTGAGCAAGACACATGGGACAGAAAAAAATAACC  350

seq1  AACAGGCAGCACTTAGCACCACAGATCTTAATTCCCAAGGGAGGATGACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAGCACTTAGCACCACAGATCTTAATTCCCAAGGGAGGATGACG  400

seq1  CTGAGAGCATGGAAATATATGAGCTGTTGTTACACATGCCTGTCTAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCATGGAAATATATGAGCTGTTGTTACACATGCCTGTCTAGTCT  450

seq1  GTATTCATTCACCTGGACAGGAGGTGCTGCAGAGTGCAGGTGACTCTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCATTCACCTGGACAGGAGGTGCTGCAGAGTGCAGGTGACTCTCCC  500

seq1  TCTGCTTTGTAAACATTTGCACATGGAAGTAAATCCCAGCAAAAGCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTGTAAACATTTGCACATGGAAGTAAATCCCAGCAAAAGCACAT  550

seq1  TTCAAAAAGTACAAAGAATTTGAAATGTATTATGTATAATTTGATCCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAAGTACAAAGAATTTGAAATGTATTATGTATAATTTGATCCACT  600

seq1  TGTAGAATCATCATGTATACAGACGTGTAAAGGCTTTGACAAATTGAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAATCATCATGTATACAGACGTGTAAAGGCTTTGACAAATTGAGGA  650

seq1  GACATTTAATGCTGCTTCACCAATTCAAGAGAAGATGATTCTTTAAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTAATGCTGCTTCACCAATTCAAGAGAAGATGATTCTTTAAGGAC  700

seq1  TCCTCCCCCTTGACCCCACCCCCACCCCCCAGTTATGAAATGGAAAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCCTTGACCCCACCCCCACCCCCCAGTTATGAAATGGAAAACTT  750

seq1  CACACTGAGTACCTACCATAACATGTTAAATACAGAATCAGGCACATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAGTACCTACCATAACATGTTAAATACAGAATCAGGCACATGGA  800

seq1  TAATCTCTATCCAGTTTTATTACAATCCCCAAACACCTACGGAGGCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCTATCCAGTTTTATTACAATCCCCAAACACCTACGGAGGCTCAT  850

seq1  ACTAATCAGAATGTATGGCCGAGAGGGAGCCCCAAGGCCACACAGCTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATCAGAATGTATGGCCGAGAGGGAGCCCCAAGGCCACACAGCTAGC  900

seq1  AAACAG-TAAATAGTAAAGCAGGTTTGTGGTAGCCACAAACCGTATCAGC  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTAAATAGTAAAGCAGGTTTGTGGTAGCCACAAACCGTATCAGC  950

seq1  TAAGTAACCTTCTTGGGCTCTGGGCTCTTCACTACTTGGGGACGCCACGG  999
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TAAGTAACCTTCTTGGCCTCTGGGCTC-TCACTACTTGGGGACG-CACGG  998

seq1  CTGTGTTAAGTTTAAGGATAGGTGCCAATTTCTGTCTGGCTTGCCAAAAA  1049
      |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTAAGTTTAAGGATA-GTG-CAATTTCTGTCTGGCTTGCCAAAAA  1046

seq1  GCAGCTCCTATGGCTG-TCA-CTAGAGAG-CAGGGGAGCCTTGTGCTTTC  1096
      ||||||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| |||| |||
seq2  GCAGCTCTTAT-GCTGTTCACCTAGAGAGCCAGGGGAGCCTGGTGC-TTC  1094

seq1  CCTAACACCC-TCAG-ACTACCTG-ATGAAGGCCTTTCGCCTCTC-TACT  1142
      |||||||||| |||| |||||  | ||||||  |||||||||||| ||||
seq2  CCTAACACCCTTCAGAACTACTGGAATGAAG--CTTTCGCCTCTCTTACT  1142

seq1  TTG-CACAAG--ATAATGTTCCCACAATGTCCTG-TCAGGAATGC-CAGT  1187
      ||| ||||||  ||| ||||||  |||  ||||| ||||||||||  | |
seq2  TTGCCACAAGAAATATTGTTCC--CAAGTTCCTGTTCAGGAATGCAGATT  1190

seq1  ATCAGTGGCATACCT---TCAGGA  1208
      |  ||||||||||||   ||||||
seq2  ACGAGTGGCATACCTCTCTCAGGA  1214