BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217E01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 81,978,944 - 82,074,075
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp804a
Upstream geneLOC100040704
Downstream geneLOC100041308, A130030D18Rik, EG624362, LOC433550, LOC269292, LOC433440, Fsip2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217E01.bB6Ng01-217E01.g
ACCGA033716GA033717
length1,2211,097
definitionB6Ng01-217E01.b B6Ng01-217E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,978,944 - 81,980,168)(82,072,960 - 82,074,075)
sequence
gaattcataaattcacaaagtttgcaatagaatacctgcacattacagag
aaaaagatggtgattagggaaaaaaaaaaagctgaacagagacctggctg
cacgactgctacttggctgtctgtaagagggtaaacaagattccctctca
cttgacctgtggaacaaatataggctgaaatgtctgttatgaatggcatt
taggcacaaggattcagtacagatgatgagttcccatgcttatttacatc
tgtaaataacatcctcttatagatatacacccaaattttactttcagttt
tctaacacttctttctgactatgattagaataacttaggggaggaagcac
agaagacctacccagaataaaatgattgcttagactgcataaggttctgg
gtttgatctcttaacattgccaaaacaagaatgatgagttatataccctt
tcacaatgtaactagagttccatgaaacacatcttcggtattattatgtc
atagcagtttcagtgaatacacttttaggctttaaaaaaaatgttggaca
tagattggatttggactgatgaaaaactagaaaaaaaatatatcgttggc
tcttcactgaatttgcttcacatagctcctggcacttaatagacattgaa
aaatgcatggttaatgagcatacacattctagcagatgctcagatataat
ttcatgtcaacaggacttatgctgaagagtgtagcaattttgtgaagaag
cccatcaaaatctatgattctgatcagatatgcgtcttacacattgagaa
ctgtgttgaatttaaatcattactgttaaaaaaacagcattagacatata
attttaattgcagtggaaaaataactactgagaacaatgatacagtataa
cttcaaaactgctaaatctttatttatattaggaataaactatatacctt
gccaacatgtatgaatataattattagtggccgtccatgaagttgcttga
gatgtccatatgacttctcaaatgttatggctattttttgtacagctaat
actttgcaagaatttaataaatgtccttatatcatcttcattacttctaa
tgatatgttagtgactttatatagaatctcattatggtgatggtccagtt
agaggtcactttggaatgtgtttacagttgggtcacaccttactagctat
tccggattgctgatctcaatt

gaattcaaatgattggttaagtgtttcagcatgtgctgtttcctattaag
ttatttgatacttctgaagtttaaaagttttaaaagactgaaaatgaatc
ttactgatctagagttcttggtgaatctatatgaataatcaaaataatgt
tttgcaaagtatgcaatttgaatgaataaatagtatgatttcatggttta
aatctgtgtatttgtggtagctttagagtcaatacataggatatagtgta
gtggaatcagctttcctagtggttgagtcaatgctcaaatggttttctgc
agagatttcttttttattccatctccaaattttagaaagtttagagaaat
agattaatatttcaagaaaatataatctttcaaaaatttcaatattagac
ttgaaaaatgattgttattttaaataataaaaatagtaaacaacatgtac
attatttttataggctcagagacttagaatttgaatgtgctaattcattt
tgtcatatttttaaactattttattagattattttatttattaacattcc
aaatgttgccctccttctggtcccccctaccataatttttcactgtacac
tctcatcccatttgcctatgagagggttcttccccatcaattcacctacc
ctcccactcactctcccacccaccctcacactcactctcacctcccagca
tcctccttccctggggcaccattattaaaatattagaaatgtacattata
aatgtttctttaatttataactgaaaatatcacaactcagaaatttaact
aactagagggagaaaactgaaatgaccagcaagtctcaccactcagatac
aactacttctccaaggtcaatgcagtctctgcatctgcctcctcctcact
cttttcctatctgtactgtcctactacagagtaaagatacatagtttggt
tgagtttaagttgtaaactgaggtaaataacaacagtttgatgctttttt
ttttcattgaatatgagcgaagtaaggatcaatcttatcatgtcacaaat
acagaaggagcatgaattggaaaggaagcaggatttatatagtagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_81978944_81980168
seq2: B6Ng01-217E01.b_42_1262

seq1  GAATTCATAAATTCACAAAGTTTGCAATAGAATACCTGCACATTACAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAATTCACAAAGTTTGCAATAGAATACCTGCACATTACAGAG  50

seq1  AAAAAGATGGTGATTAGGGAAAAAAAAAAAGCTGAACAGAGACCTGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGATGGTGATTAGGGAAAAAAAAAAAGCTGAACAGAGACCTGGCTG  100

seq1  CACGACTGCTACTTGGCTGTCTGTAAGAGGGTAAACAAGATTCCCTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACTGCTACTTGGCTGTCTGTAAGAGGGTAAACAAGATTCCCTCTCA  150

seq1  CTTGACCTGTGGAACAAATATAGGCTGAAATGTCTGTTATGAATGGCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCTGTGGAACAAATATAGGCTGAAATGTCTGTTATGAATGGCATT  200

seq1  TAGGCACAAGGATTCAGTACAGATGATGAGTTCCCATGCTTATTTACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACAAGGATTCAGTACAGATGATGAGTTCCCATGCTTATTTACATC  250

seq1  TGTAAATAACATCCTCTTATAGATATACACCCAAATTTTACTTTCAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATAACATCCTCTTATAGATATACACCCAAATTTTACTTTCAGTTT  300

seq1  TCTAACACTTCTTTCTGACTATGATTAGAATAACTTAGGGGAGGAAGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACACTTCTTTCTGACTATGATTAGAATAACTTAGGGGAGGAAGCAC  350

seq1  AGAAGACCTACCCAGAATAAAATGATTGCTTAGACTGCATAAGGTTCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCTACCCAGAATAAAATGATTGCTTAGACTGCATAAGGTTCTGG  400

seq1  GTTTGATCTCTTAACATTGCCAAAACAAGAATGATGAGTTATATACCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATCTCTTAACATTGCCAAAACAAGAATGATGAGTTATATACCCTT  450

seq1  TCACAATGTAACTAGAGTTCCATGAAACACATCTTCGGTATTATTATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATGTAACTAGAGTTCCATGAAACACATCTTCGGTATTATTATGTC  500

seq1  ATAGCAGTTTCAGTGAATACACTTTTAGGCTTTAAAAAAAATGTTGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGTTTCAGTGAATACACTTTTAGGCTTTAAAAAAAATGTTGGACA  550

seq1  TAGATTGGATTTGGACTGATGAAAAACTAGAAAAAAAATATATCGTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGGATTTGGACTGATGAAAAACTAGAAAAAAAATATATCGTTGGC  600

seq1  TCTTCACTGAATTTGCTTCACATAGCTCCTGGCACTTAATAGACATTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACTGAATTTGCTTCACATAGCTCCTGGCACTTAATAGACATTGAA  650

seq1  AAATGCATGGTTAATGAGCATACACATTCTAGCAGATGCTCAGATATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATGGTTAATGAGCATACACATTCTAGCAGATGCTCAGATATAAT  700

seq1  TTCATGTCAACAGGACTTATGCTGAAGAGTGTAGCAATTTTGTGAAGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTCAACAGGACTTATGCTGAAGAGTGTAGCAATTTTGTGAAGAAG  750

seq1  CCCATCAAAATCTATGATTCTGATCAGATATGCGTCTTACACATTGAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAAAATCTATGATTCTGATCAGATATGCGTCTTACACATTGAGAA  800

seq1  CTGTGTTGAATTTAAATCATTACTGTTAAAAAAAACAGCATTAGACATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGAATTTAAATCATTACTGTT-AAAAAAACAGCATTAGACATAT  849

seq1  AATTTTAATTGCAGTGGAAAAATAACTACTGAGAACAATGATACAGTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAATTGCAGTGGAAAAATAACTACTGAGAACAATGATACAGTATA  899

seq1  ACTTCAAAACTGCTAAATCTTTATTTATATTAGGAATAAAACTATATACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTTCAAAACTGCTAAATCTTTATTTATATTAGGAAT-AAACTATATACC  948

seq1  TTGCCAACATGTATGAATATAATTATTAGTGGCCGTCCATGAAGTTGCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAACATGTATGAATATAATTATTAGTGGCCGTCCATGAAGTTGCTT  998

seq1  GAGATGTCCATATGACTTCTCAAATGTTATTGCTA-TTTTTGTACAGCTA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  GAGATGTCCATATGACTTCTCAAATGTTATGGCTATTTTTTGTACAGCTA  1048

seq1  ATACTTTGCAAGAATTTTAATAAATGTC--TATATCATCTCAATTAC-TC  1096
      |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||  ||||| ||
seq2  ATACTTTGCAAGAA-TTTAATAAATGTCCTTATATCATCTTCATTACTTC  1097

seq1  T-ATGATATGTAAGTGAC-TAATATAGAATCTTCAATTTATGGTTGATGG  1144
      | ||||||||| |||||| | |||||||||| |||  |||||| ||||||
seq2  TAATGATATGTTAGTGACTTTATATAGAATC-TCA--TTATGG-TGATGG  1143

seq1  GCCAG-TAGA-GTCATTTTGAAATGTG-TTACAGTTTGGGTCACACATCT  1191
       |||| |||| |||| |||| |||||| |||||| |||||||||||  ||
seq2  TCCAGTTAGAGGTCACTTTGGAATGTGTTTACAG-TTGGGTCACAC--CT  1190

seq1  TACATAAGTCATATCTGGATTTGCTGATCT-AATT  1225
      |||   ||  || || ||| |||||||||| ||||
seq2  TAC--TAGCTAT-TCCGGA-TTGCTGATCTCAATT  1221


seq1: chr2_82072960_82074075
seq2: B6Ng01-217E01.g_64_1160 (reverse)

seq1  ATCTACCTATATAAATCCTGCTCTCTTTCAAATTCATGGCCTCCTTTTCT  50
      ||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||||| |  
seq2  ATCTA-CTATATAAATCCTGCTTCCTTTCCAATTCATG--CTCCTTCT--  45

seq1  TTAATATTTGTGACATGATTAAGATTTGATTCCTTACTTCGCTTCATATC  100
          |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||| 
seq2  ---GTATTTGTGACATGA-TAAGA-TTGA-TCCTTACTTCGC-TCATATT  88

seq1  AAATTGAAAAAAAAAAGCATTCAAAACTGTTTGTTATTTACCTCAGTTTA  150
       || ||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAA-TGAAAAAAAAAAGCAT--CAAACTG-TTGTTATTTACCTCAGTTTA  134

seq1  CAACCTTAAACTCAACCAAACTATGTATCTTTTACTCTGTAGTAGGACAG  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAA-CTTAAACTCAACCAAACTATGTATC-TTTACTCTGTAGTAGGACAG  182

seq1  TACAGATAGGAAAAGAGTGAGGAGGGAGGCAGATGCAGAGACTGCATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATAGGAAAAGAGTGAGGA-GGAGGCAGATGCAGAGACTGCATTGA  231

seq1  CCTTGGAGAAGTAGTTGTATCTGAGTGGTGAGACTTGCTGGTCATTTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAGAAGTAGTTGTATCTGAGTGGTGAGACTTGCTGGTCATTTCAG  281

seq1  TTTTCTCCCTCTAGTTAGTTAAATTTCTGAGTTGTGATATTTTCAGTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCTCTAGTTAGTTAAATTTCTGAGTTGTGATATTTTCAGTTAT  331

seq1  AAATTAAAGAAACATTTATAATGTACATTTCTAATATTTTAATAATGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAGAAACATTTATAATGTACATTTCTAATATTTTAATAATGGTG  381

seq1  CCCCAGGGAAGGAGGATGCTGGGAGGTGAGAGTGAGTGTGAGGGTGGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGAAGGAGGATGCTGGGAGGTGAGAGTGAGTGTGAGGGTGGGTG  431

seq1  GGAGAGTGAGTGGGAGGGTAGGTGAATTGATGGGGAAGAACCCTCTCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTGAGTGGGAGGGTAGGTGAATTGATGGGGAAGAACCCTCTCATA  481

seq1  GGCAAATGGGATGAGAGTGTACAGTGAAAAATTATGGTAGGGGGGACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATGGGATGAGAGTGTACAGTGAAAAATTATGGTAGGGGGGACCAG  531

seq1  AAGGAGGGCAACATTTGGAATGTTAATAAATAAAATAATCTAATAAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGCAACATTTGGAATGTTAATAAATAAAATAATCTAATAAAATA  581

seq1  GTTTAAAAATATGACAAAATGAATTAGCACATTCAAATTCTAAGTCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAATATGACAAAATGAATTAGCACATTCAAATTCTAAGTCTCTG  631

seq1  AGCCTATAAAAATAATGTACATGTTGTTTACTATTTTTATTATTTAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATAAAAATAATGTACATGTTGTTTACTATTTTTATTATTTAAAAT  681

seq1  AACAATCATTTTTCAAGTCTAATATTGAAATTTTTGAAAGATTATATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCATTTTTCAAGTCTAATATTGAAATTTTTGAAAGATTATATTTT  731

seq1  CTTGAAATATTAATCTATTTCTCTAAACTTTCTAAAATTTGGAGATGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATATTAATCTATTTCTCTAAACTTTCTAAAATTTGGAGATGGAA  781

seq1  TAAAAAAGAAATCTCTGCAGAAAACCATTTGAGCATTGACTCAACCACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGAAATCTCTGCAGAAAACCATTTGAGCATTGACTCAACCACTA  831

seq1  GGAAAGCTGATTCCACTACACTATATCCTATGTATTGACTCTAAAGCTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCTGATTCCACTACACTATATCCTATGTATTGACTCTAAAGCTAC  881

seq1  CACAAATACACAGATTTAAACCATGAAATCATACTATTTATTCATTCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATACACAGATTTAAACCATGAAATCATACTATTTATTCATTCAAA  931

seq1  TTGCATACTTTGCAAAACATTATTTTGATTATTCATATAGATTCACCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATACTTTGCAAAACATTATTTTGATTATTCATATAGATTCACCAAG  981

seq1  AACTCTAGATCAGTAAGATTCATTTTCAGTCTTTTAAAACTTTTAAACTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAGATCAGTAAGATTCATTTTCAGTCTTTTAAAACTTTTAAACTT  1031

seq1  CAGAAGTATCAAATAACTTAATAGGAAACAGCACATGCTGAAACACTTAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTATCAAATAACTTAATAGGAAACAGCACATGCTGAAACACTTAA  1081

seq1  CCAATCATTTGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  CCAATCATTTGAATTC  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |