BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220C13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 46,537,350 - 46,702,193
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041337, LOC666604, LOC383690
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220C13.bB6Ng01-220C13.g
ACCGA035790GA035791
length1,2091,134
definitionB6Ng01-220C13.b B6Ng01-220C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,700,989 - 46,702,193)(46,537,350 - 46,538,472)
sequence
gaattcccaaactaatacttcaatattgcttactgttttatgaaataaac
tgcttaaacattttaggcaacagtaatataattactcttcaagatttgta
aggtatgtatgaataaatacccacaccattaatcaaatgaagaatagcat
aaagaaaaaaatcaccagcattttgatgaaaataagaaaatgtaagaaga
tgaggagacagagttttcaagacagataggagagaaatgcagtcacaatt
taaagtttcaataaatgtataggcttaaaattttggatgtgaaaccagag
tagagtttctcaaccttccgaatgctgccaccttcatgttatggtgacta
taacccatagaattatttttgttcctatttcatagctgtaattatgctac
tgttgtgaactgcaatataaatatttgtgtattccaaaggtctgatgttt
cccctgtgaagcaataacactagtcccacaatggttgccaaacataggtt
gagaatcctgagttaatcttagggaaggttgttttgttagaatactcaga
attccttttgtcttagttctgctcttatgacctgaagctgattcaggagg
tgtcccagtcatcattcatgacacttgatgcttctcacctaaagtaaaat
gattgtagacatttgtcatctttgctaactacctctctttacaacaataa
agagaagatttggactaaacaaatgatcatggcaaccaaggaaggagtca
tacatgattagcatcacaatctcaaacatatttgaaaatgtctcaaggga
atgtagtcaatactgacatttatgcctttttatagcttacatgtactttc
aaaagatatggatatattgtatctaatatgaattttctatgtaggtagga
ttatatggatagctactgacttatttggagacgtttagtctgaatttata
caaagagacaatataaaataatgacattctatatattctaagcaatctta
aatcaaatagttacaatctgtacataaatttcatttatttgttagtacca
ttgtagtcagaagaatggtaataagaaactatttttgcttcaataattaa
ccttaataatatattttacatttgataaatatttttaaccctatatttac
acttagtggcttattggatatattttggcctcctgaaggtcaatgcatgg
acccaaaca

gaattctactgtactgaacagaactgaacccaagtcctctttctgtctct
acctcatttcttgttaggtagcccctcttcatgtctgttattgtgaaagt
tggtcatgttctgtcaaatctgtctctaatttgctctcaattagacatca
ttgcttgggattaaaggtgtgtactaaaggcatgtctctgttctacccaa
aggactaaaggtgtgcattagtcagagagaataaaggcatgtgtggcata
tttgcattccaactagaatgtgcctttgaatgtgatgccttgccagagca
gccatgttgctgaattaaaatctctctataccacacacacacacacacac
acacacacacaccacagagatgcacacacgcagacatacacacagagaga
cagacagacaaatgtacacaaagatacaacattgttctaattactgaaag
tcatgctacatccctcttgtcattgcatgtttcttagtttgatatgctcc
ctgaaatgttttactcaaatcttcatttatgaaatacattttcagtcagt
aggctagatatcctatgaattttacaaatactttgtatggatactattat
ttcacctctcctattagattttagaagcataatttctatgtatatatttg
ttttatactgtcagtattctaaaaatctctagttcattttccacaaggcc
atatctcaaaacacttgggtgtgcttgcttcctttcaattccatggagtc
aagttggactgattgaccatgctcatgaatactctccaagagcctgaact
gccctctgaaaagtactaatagagtgctgttcccaatggctgaatgagat
aaatgcaccgtttgaagttgttcataatttaccaggagtcaatctgctgc
taggagtcttatttaccttgtagtcagagcatataatttatctacaaaga
aatgaatgggcaaatttgactatgagtttcaaactctgacttctgtaata
ttttctcctcatttcctttcttctaatgttgtggtaaccctgtttcctat
taaatgtaaaaggataaagttctcatggattctgccttgtaactaagaaa
atcaaacatatggcaattattaacttcattttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_46700989_46702193
seq2: B6Ng01-220C13.b_48_1256 (reverse)

seq1  TGTTTGGGGTCATTGCATTGACC-TCAGGAAGGCAAAAATA-ATCCAATA  48
      ||||| |||||  |||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  TGTTT-GGGTCCATGCATTGACCTTCAGG-AGGCCAAAATATATCCAATA  48

seq1  AAGCACTTATGTGT-AATATAGGTTTAAAATAATTTATACAAATGT-AAA  96
      |  ||| || |||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||| |||
seq2  AGCCAC-TAAGTGTAAATATAGGGTTAAAAATATTTAT-CAAATGTAAAA  96

seq1  TATATAATTAAGG-TAATTATTTGAAGCAAAAATAGTTTC-TATTA-CAT  143
      ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TATATTATTAAGGTTAATTA-TTGAAGCAAAAATAGTTTCTTATTACCAT  145

seq1  --CTCTGACTACAATGGTACTAAC-AATAAATGAAATTTATGTACAGATT  190
         ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGACTACAATGGTACTAACAAATAAATGAAATTTATGTACAGATT  195

seq1  GTAACTTATTTGATTTAAGATTGCTTAGAATATATAGAATGTCATTATTT  240
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAC-TATTTGATTTAAGATTGCTTAGAATATATAGAATGTCATTATTT  244

seq1  TATATTGTCTCTTTGTATAAATTCAGACTAAACGTCTCCAAATAAGTCAG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGTCTCTTTGTATAAATTCAGACTAAACGTCTCCAAATAAGTCAG  294

seq1  TAGCTATCCATATAATCCTACCTACATAGAAAATTCATATTAGATACAAT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATCCATATAATCCTACCTACATAGAAAATTCATATTAGATACAAT  344

seq1  ATATCCATATCTTTTGAAAGTACATGTAAGCTATAAAAAGGCATAAATGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATATCTTTTGAAAGTACATGTAAGCTATAAAAAGGCATAAATGT  394

seq1  CAGTATTGACTACATTCCCTTGAGACATTTTCAAATATGTTTGAGATTGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTGACTACATTCCCTTGAGACATTTTCAAATATGTTTGAGATTGT  444

seq1  GATGCTAATCATGTATGACTCCTTCCTTGGTTGCCATGATCATTTGTTTA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAATCATGTATGACTCCTTCCTTGGTTGCCATGATCATTTGTTTA  494

seq1  GTCCAAATCTTCTCTTTATTGTTGTAAAGAGAGGTAGTTAGCAAAGATGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAATCTTCTCTTTATTGTTGTAAAGAGAGGTAGTTAGCAAAGATGA  544

seq1  CAAATGTCTACAATCATTTTACTTTAGGTGAGAAGCATCAAGTGTCATGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCTACAATCATTTTACTTTAGGTGAGAAGCATCAAGTGTCATGA  594

seq1  ATGATGACTGGGACACCTCCTGAATCAGCTTCAGGTCATAAGAGCAGAAC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACTGGGACACCTCCTGAATCAGCTTCAGGTCATAAGAGCAGAAC  644

seq1  TAAGACAAAAGGAATTCTGAGTATTCTAACAAAACAACCTTCCCTAAGAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAAAAGGAATTCTGAGTATTCTAACAAAACAACCTTCCCTAAGAT  694

seq1  TAACTCAGGATTCTCAACCTATGTTTGGCAACCATTGTGGGACTAGTGTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAGGATTCTCAACCTATGTTTGGCAACCATTGTGGGACTAGTGTT  744

seq1  ATTGCTTCACAGGGGAAACATCAGACCTTTGGAATACACAAATATTTATA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTCACAGGGGAAACATCAGACCTTTGGAATACACAAATATTTATA  794

seq1  TTGCAGTTCACAACAGTAGCATAATTACAGCTATGAAATAGGAACAAAAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTTCACAACAGTAGCATAATTACAGCTATGAAATAGGAACAAAAA  844

seq1  TAATTCTATGGGTTATAGTCACCATAACATGAAGGTGGCAGCATTCGGAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTATGGGTTATAGTCACCATAACATGAAGGTGGCAGCATTCGGAA  894

seq1  GGTTGAGAAACTCTACTCTGGTTTCACATCCAAAATTTTAAGCCTATACA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGAAACTCTACTCTGGTTTCACATCCAAAATTTTAAGCCTATACA  944

seq1  TTTATTGAAACTTTAAATTGTGACTGCATTTCTCTCCTATCTGTCTTGAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAAACTTTAAATTGTGACTGCATTTCTCTCCTATCTGTCTTGAA  994

seq1  AACTCTGTCTCCTCATCTTCTTACATTTTCTTATTTTCATCAAAATGCTG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGTCTCCTCATCTTCTTACATTTTCTTATTTTCATCAAAATGCTG  1044

seq1  GTGATTTTTTTCTTTATGCTATTCTTCATTTGATTAATGGTGTGGGTATT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTTTTTCTTTATGCTATTCTTCATTTGATTAATGGTGTGGGTATT  1094

seq1  TATTCATACATACCTTACAAATCTTGAAGAGTAATTATATTACTGTTGCC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATACATACCTTACAAATCTTGAAGAGTAATTATATTACTGTTGCC  1144

seq1  TAAAATGTTTAAGCAGTTTATTTCATAAAACAGTAAGCAATATTGAAGTA  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTTTAAGCAGTTTATTTCATAAAACAGTAAGCAATATTGAAGTA  1194

seq1  TTAGTTTGGGAATTC  1205
      |||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGGGAATTC  1209


seq1: chr2_46537350_46538472
seq2: B6Ng01-220C13.g_64_1197

seq1  GAATTCTACTGTACTGAACAGAACTGAACCCAAGTCCTCTTTCTGTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTGTACTGAACAGAACTGAACCCAAGTCCTCTTTCTGTCTCT  50

seq1  ACCTCATTTCTTGTTAGGTAGCCCCTCTTCATGTCTGTTATTGTGAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATTTCTTGTTAGGTAGCCCCTCTTCATGTCTGTTATTGTGAAAGT  100

seq1  TGGTCATGTTCTGTCAAATCTGTCTCTAATTTGCTCTCAATTAGACATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGTTCTGTCAAATCTGTCTCTAATTTGCTCTCAATTAGACATCA  150

seq1  TTGCTTGGGATTAAAGGTGTGTACTAAAGGCATGTCTCTGTTCTACCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGGGATTAAAGGTGTGTACTAAAGGCATGTCTCTGTTCTACCCAA  200

seq1  AGGACTAAAGGTGTGCATTAGTCAGAGAGAATAAAGGCATGTGTGGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTAAAGGTGTGCATTAGTCAGAGAGAATAAAGGCATGTGTGGCATA  250

seq1  TTTGCATTCCAACTAGAATGTGCCTTTGAATGTGATGCCTTGCCAGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTCCAACTAGAATGTGCCTTTGAATGTGATGCCTTGCCAGAGCA  300

seq1  GCCATGTTGCTGAATTAAAATCTCTCTATACCACACACACACACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTGCTGAATTAAAATCTCTCTATACCACACACACACACACACAC  350

seq1  ACACACACACACCACAGAGATGCACACACGCAGACATACACACAGAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACCACAGAGATGCACACACGCAGACATACACACAGAGAGA  400

seq1  CAGACAGACAAATGTACACAAAGATACAACATTGTTCTAATTACTGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGACAAATGTACACAAAGATACAACATTGTTCTAATTACTGAAAG  450

seq1  TCATGCTACATCCCTCTTGTCATTGCATGTTTCTTAGTTTGATATGCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTACATCCCTCTTGTCATTGCATGTTTCTTAGTTTGATATGCTCC  500

seq1  CTGAAATGTTTTACTCAAATCTTCATTTATGAAATACATTTTCAGTCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATGTTTTACTCAAATCTTCATTTATGAAATACATTTTCAGTCAGT  550

seq1  AGGCTAGATATCCTATGAATTTTACAAATACTTTGTATGGATACTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGATATCCTATGAATTTTACAAATACTTTGTATGGATACTATTAT  600

seq1  TTCACCTCTCCTATTAGATTTTAGAAGCATAATTTCTATGTATATATTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTCTCCTATTAGATTTTAGAAGCATAATTTCTATGTATATATTTG  650

seq1  TTTTATACTGTCAGTATTCTAAAAATCTCTAGTTCATTTTCCACAAGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACTGTCAGTATTCTAAAAATCTCTAGTTCATTTTCCACAAGGCC  700

seq1  ATATCTCAAAACACTTGGGTGTGCTTGCTTCCTTTCAATTCCATGGAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCAAAACACTTGGGTGTGCTTGCTTCCTTTCAATTCCATGGAGTC  750

seq1  AAGTTGGACTGATTGACCATGCTCATGAATACTCTCCAAGAGCCTGAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGACTGATTGACCATGCTCATGAATACTCTCCAAGAGCCTGAACT  800

seq1  GCCCTCTGAAAAGTACTAATAGAGTGCTGTTCCCAATGGCTGAATGAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTGAAAAGTACTAATAGAGTGCTGTTCCCAATGGCTGAATGAGAT  850

seq1  AAATGCACCG-TTGAAGTTGTTCATAATTTACCAGGAGTCAATCTGCTGC  899
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACCGTTTGAAGTTGTTCATAATTTACCAGGAGTCAATCTGCTGC  900

seq1  TAGGAGTCTTATTTACCTTGTAGTCAGAGCATATAATTTATCTACAAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGTCTTATTTACCTTGTAGTCAGAGCATATAATTTATCTACAAAGA  950

seq1  AATGAATGGGC-AATTTGACTATTGAGTTTCAAACTCTGACTTCTGT-AT  997
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATGAATGGGCAAATTTGACTA-TGAGTTTCAAACTCTGACTTCTGTAAT  999

seq1  ATTTTCTCCTCATTTCCTTTCTTCTATTGGTTGTTGGTAA-CCTGTTTTC  1046
      |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||| |
seq2  ATTTTCTCCTCATTTCCTTTCTTCTAAT-GTTG-TGGTAACCCTGTTTCC  1047

seq1  TATTTAAATGTAAAAAGATAA--GTCTCATGGATTCTGCTTTGTAAACTA  1094
      || |||||||||||| |||||   ||||||||||||||| |||| |||||
seq2  TA-TTAAATGTAAAAGGATAAAGTTCTCATGGATTCTGCCTTGT-AACTA  1095

seq1  AG-AAATC-AACATATG--CATTATT------ATTTTAT  1123
      || ||||| ||||||||   ||||||      |||||||
seq2  AGAAAATCAAACATATGGCAATTATTAACTTCATTTTAT  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |