BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220L04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 100,502,696 - 100,697,688
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668702, LOC100042907, LOC241572, LOC668705
Downstream geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1, LOC100042930, Traf6, 2600010E01Rik, LOC100043302
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220L04.bB6Ng01-220L04.g
ACCGA036191GA036192
length1,1001,132
definitionB6Ng01-220L04.b B6Ng01-220L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,502,696 - 100,503,619)(100,696,573 - 100,697,688)
sequence
gaattctcaatagaaaaagcttaaatggatgagaagtacttaaagaaata
ttcatagtcattagtatcagggatgtgcaaatcaaaatgactatgagatt
ctatcttacaccagtcagaatggctaaaatcaaaatctcaagtgaaaaca
catactgacaagaacgctcctcagttgcttgtggaagtgaaaacttgtac
aaccactttgaaaatcaatttgacaattctcaagaaaagtaggaattgtt
ctacctcaagatccagccataccattcctgggcatgtacccaaaagattc
cccactataccatagagacactggttccactatatacatagaagctttat
ttataatagccagaaaatggaaacaacctaaatgtccctcaactgaagaa
tggattaagaaatgtgttacgtgtacataatggaatactatctggctatt
aaaaatataaacatcataaattttgcaggcaaatggatggaatgtgagcc
tatcatcctgagttcaatatcccagacccaaaagaacatgcatggtatgt
actcacttataagtggattttagccataaagtagaagatagccatgttat
attccacagacacaaagaaactaaattagaaggaaaattcaacagtagaa
acttgaatcttacttaaaagggagaataaaatatatttaaattttaagaa
tggcttatctttcattgcatttaaagataagtaagtatttcttggcaact
attacaaacaaccatacttcttgacacactggaagcagataactgttaat
cacttcagagaattttctttaagatttggtgtgtcttatgagtcaacaca
taatggaataaaatgattaagtatttctcaagtcaaagcttcaaaggaaa
taggtataatgtcacgatgtcacaagtaatggatgttaatataatagata
agccttcagcatatcctatgattattaaagcctatattttaaaatacatt
aaaaatagaatctctagtgagaaaaaaatacgaaatacataagcaaccta
aagccaaaacgactcacaaaacaagccaaaagcccaccaacaacaaacaa


gaattcaaatggccagaaattctgtgtttggaagaaagcaatgctgagca
tggataaattgccattatgggatctttggttacactgctctattaattta
atagcagactctgactttattacagtaaataacacattcattaaaatatt
taagcactcatgagtgaagaaaagcggcatccgaaactctctttactagt
acaactaatgaaagtgcttgaatcacttcagtgaatcaaagaaatctggt
aggtggtttgaaggctgtctcattgtttcagtctttgacattcatagcct
ccatacctagatcagaggccaaataaagaccgccatttatttgagtgtga
aaaaaaatctgcacaagtgattacaaactaatgtgagtgtccctgaagaa
gtttgttatgggatggcttaggttaacccagcacagggaaattcagagca
gtctttcattcatgtcacaagagaaagaatggtttttgagcaaggagctg
aaatgcaaatgctttatgaatgtcaggtaaggtctaatagtttccacagg
aaattttgttcaggattctaagtccatggactcaagaccatctgctgtag
tcaaggatatttctggtattcccacaatgctggccattatggttggttaa
ttaaaatattccagagggaggtggatttatcaaatgagacattcatcttt
agctaattgttaatcactcttggaggtcttttagtggaaatagtgatgtt
agcattgatgtaggtacaatccacagtgagatatgtgcagctgagggtac
ttggggtcatggcagtgatctgacctatcagagatgtctgatggcagtgg
taatggatacaggacagatgtgagtgaaataacatttttgtattcatagg
gcttgatgatccttaaattaatcacaagggttcagtagagagggaaagaa
taggtcttatttcgactacattcattcacttctgtaagaagcatttatga
gctgttatgtgccaggcactgaggcatgatgcccatcttgctgctcatct
tcttggagaacttcagatgcagttcaggcccttctctcttggtggtgtgg
ttataggcagatttccatgcctggctagtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_100502696_100503619
seq2: B6Ng01-220L04.b_227_1143

seq1  GAAGTGAAAACTTGTACAACCACTTTGAAAATCAATTTGACAATTCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAAAACTTGTACAACCACTTTGAAAATCAATTTGACAATTCTCAA  50

seq1  GAAAAGTAGGAATTGTTCTACCTCAAGATCCAGCCATACCATTCCTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTAGGAATTGTTCTACCTCAAGATCCAGCCATACCATTCCTGGGC  100

seq1  ATGTACCCAAAAGATTCCCCACTATACCATAGAGACACTGGTTCCACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACCCAAAAGATTCCCCACTATACCATAGAGACACTGGTTCCACTAT  150

seq1  ATACATAGAAGCTTTATTTATAATAGCCAGAAAATGGAAACAACCTAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGAAGCTTTATTTATAATAGCCAGAAAATGGAAACAACCTAAAT  200

seq1  GTCCCTCAACTGAAGAATGGATTAAGAAATGTGTTACGTGTACATAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCAACTGAAGAATGGATTAAGAAATGTGTTACGTGTACATAATGG  250

seq1  AATACTATCTGGCTATTAAAAATATAAACATCATAAATTTTGCAGGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTATCTGGCTATTAAAAATATAAACATCATAAATTTTGCAGGCAAA  300

seq1  TGGATGGAATGTGAGCCTATCATCCTGAGTTCAATATCCCAGACCCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGAATGTGAGCCTATCATCCTGAGTTCAATATCCCAGACCCAAAA  350

seq1  GAACATGCATGGTATGTACTCACTTATAAGTGGATTTTAGCCATAAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCATGGTATGTACTCACTTATAAGTGGATTTTAGCCATAAAGTA  400

seq1  GAAGATAGCCATGTTATATTCCACAGACACAAAGAAACTAAATTAGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAGCCATGTTATATTCCACAGACACAAAGAAACTAAATTAGAAGG  450

seq1  AAAATTCAACAGTAGAAACTTGAATCTTACTTAAAAGGGAGAATAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCAACAGTAGAAACTTGAATCTTACTTAAAAGGGAGAATAAAATA  500

seq1  TATTTAAATTTTAAGAATGGCTTATCTTTCATTGCATTTAAAGATAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAATTTTAAGAATGGCTTATCTTTCATTGCATTTAAAGATAAGTA  550

seq1  AGTATTTCTTGGCAACTATTACAAACAACCATACTTCTTGACACACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTCTTGGCAACTATTACAAACAACCATACTTCTTGACACACTGGA  600

seq1  AGCAGATAACTGTTAATCACTTCAGAGAATTTTCTTTAAGATTTGGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATAACTGTTAATCACTTCAGAGAATTTTCTTTAAGATTTGGTGTG  650

seq1  TCTTATGAGTCAACACATAATGGAATAAAATGATTAAGTATTTCTCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGAGTCAACACATAATGGAATAAAATGATTAAGTATTTCTCAAGT  700

seq1  CAAAGCTTCAAAGGAAATAGGTATAATGTCACGATGTCACAAGTAATGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTCAAAGGAAATAGGTATAATGTCACGATGTCACAAGTAATGGA  750

seq1  TGTTAAATATAATAGATAAG-CTTCAGCATATCCTATGATTATTAAAGCC  799
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTT-AATATAATAGATAAGCCTTCAGCATATCCTATGATTATTAAAGCC  799

seq1  TATAATTTAAAATACATTAAAAATAGAATCTTCTAGTGAGAAAAAAATAA  849
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TATATTTTAAAATACATTAAAAATAGAATC-TCTAGTGAGAAAAAAAT-A  847

seq1  CGAAATACATAAGCAAAACCTAAAAGCCAAAAACGACTCAACAAAAACAA  899
      ||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||   |
seq2  CGAAATACATAAGC--AACCT-AAAGCC-AAAACGACTC-ACAAAA--CA  890

seq1  AGCCAAAAGCCCACCAACA--AAACAA  924
      |||||||||||||||||||  ||||||
seq2  AGCCAAAAGCCCACCAACAACAAACAA  917


seq1: chr2_100696573_100697688
seq2: B6Ng01-220L04.g_66_1197 (reverse)

seq1  CACACTAGC--AGCAGGGAAA-CTGCCTATAACCACA----CACAAGAGA  43
      |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||    ||  |||||
seq2  CACACTAGCCAGGCATGGAAATCTGCCTATAACCACACCACCAAGAGAGA  50

seq1  AGG--CTTGACTGCATCTGAAG-TCTCAAGGAAGATGAGCAGCAAGATGG  90
      |||  ||  ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTGAACTGCATCTGAAGTTCTCCAAGAAGATGAGCAGCAAGATGG  100

seq1  GCATCATGCCTCAGTGCCTGGCACATAACAGCTCATAAATGCTTCTTACA  140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATGCCTCAGTGCCTGGCACATAACAGCTCATAAATGCTTCTTACA  150

seq1  GAAGTGAATGAATGTAGTCGAAAT-AGACCTATTCTTT-CCTCTCTACTG  188
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAGTGAATGAATGTAGTCGAAATAAGACCTATTCTTTCCCTCTCTACTG  200

seq1  AA-CCTTGTGATTAA-TTAAGGATCATCAAGCCCTATGAATAC-AAAATG  235
      || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACCCTTGTGATTAATTTAAGGATCATCAAGCCCTATGAATACAAAAATG  250

seq1  TTATTTCACTCACATCTGTCCTGTATCCATTACCACTGCCATCAGACATC  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCACTCACATCTGTCCTGTATCCATTACCACTGCCATCAGACATC  300

seq1  TCTGATAGGTCAGATCACTGCCATGA-CCCAAGTACCCTCAGCTGCACAT  334
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAGGTCAGATCACTGCCATGACCCCAAGTACCCTCAGCTGCACAT  350

seq1  ATCTCACTGTGGATTGTACCTACATCAATGCTAACATCACTATTTCCACT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACTGTGGATTGTACCTACATCAATGCTAACATCACTATTTCCACT  400

seq1  AAAAGACCTCCAAGAGTGATTAACAATTAGCTAAAGATGAATGTCTCATT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACCTCCAAGAGTGATTAACAATTAGCTAAAGATGAATGTCTCATT  450

seq1  TGATAAATCCACCTCCCTCTGGAATATTTTAATTAACCAACCATAATGGC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATCCACCTCCCTCTGGAATATTTTAATTAACCAACCATAATGGC  500

seq1  CAGCATTGTGGGAATACCAGAAATATCCTTGACTACAGCAGATGGTCTTG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTGTGGGAATACCAGAAATATCCTTGACTACAGCAGATGGTCTTG  550

seq1  AGTCCATGGACTTAGAATCCTGAACAAAATTTCCTGTGGAAACTATTAGA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATGGACTTAGAATCCTGAACAAAATTTCCTGTGGAAACTATTAGA  600

seq1  CCTTACCTGACATTCATAAAGCATTTGCATTTCAGCTCCTTGCTCAAAAA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCTGACATTCATAAAGCATTTGCATTTCAGCTCCTTGCTCAAAAA  650

seq1  CCATTCTTTCTCTTGTGACATGAATGAAAGACTGCTCTGAATTTCCCTGT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTTCTCTTGTGACATGAATGAAAGACTGCTCTGAATTTCCCTGT  700

seq1  GCTGGGTTAACCTAAGCCATCCCATAACAAACTTCTTCAGGGACACTCAC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTTAACCTAAGCCATCCCATAACAAACTTCTTCAGGGACACTCAC  750

seq1  ATTAGTTTGTAATCACTTGTGCAGATTTTTTTTCACACTCAAATAAATGG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTTGTAATCACTTGTGCAGATTTTTTTTCACACTCAAATAAATGG  800

seq1  CGGTCTTTATTTGGCCTCTGATCTAGGTATGGAGGCTATGAATGTCAAAG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCTTTATTTGGCCTCTGATCTAGGTATGGAGGCTATGAATGTCAAAG  850

seq1  ACTGAAACAATGAGACAGCCTTCAAACCACCTACCAGATTTCTTTGATTC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAACAATGAGACAGCCTTCAAACCACCTACCAGATTTCTTTGATTC  900

seq1  ACTGAAGTGATTCAAGCACTTTCATTAGTTGTACTAGTAAAGAGAGTTTC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTGATTCAAGCACTTTCATTAGTTGTACTAGTAAAGAGAGTTTC  950

seq1  GGATGCCGCTTTTCTTCACTCATGAGTGCTTAAATATTTTAATGAATGTG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCGCTTTTCTTCACTCATGAGTGCTTAAATATTTTAATGAATGTG  1000

seq1  TTATTTACTGTAATAAAGTCAGAGTCTGCTATTAAATTAATAGAGCAGTG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTACTGTAATAAAGTCAGAGTCTGCTATTAAATTAATAGAGCAGTG  1050

seq1  TAACCAAAGATCCCATAATGGCAATTTATCCATGCTCAGCATTGCTTTCT  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAAGATCCCATAATGGCAATTTATCCATGCTCAGCATTGCTTTCT  1100

seq1  TCCAAACACAGAATTTCTGGCCATTTGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACACAGAATTTCTGGCCATTTGAATTC  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |