BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221M05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,610,537 - 104,658,322
singlet/doubletdoublet
Overlap geneQser1, LOC100042995, 2310047K21Rik
Upstream geneCaprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, D430041D05Rik, LOC100043349, Hipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7
Downstream geneLOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391, Pax6, Elp4, LOC100043394
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221M05.bB6Ng01-221M05.g
ACCGA036965GA036966
length1,008916
definitionB6Ng01-221M05.b B6Ng01-221M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,610,537 - 104,611,539)(104,657,411 - 104,658,322)
sequence
gaattcacatctccagttacccatactttgtttgtttgtttttcagacat
ggtttctctatgtaacagccctggctgtcctggaactcgatttgtagatc
aggatggtcttgaactcacagatatccacctgcctctgcctcccaagggc
tgggattaaatgcatgtgccaccatgcctggcatggcacacacttgtagt
cctagcactgggaaggtcgagacaggaggatccttggagacttgctggcc
agccattcttgctcagtcattaggctccaggttcaaatggaagagcctgt
ctcagaaaagaaaaaggtgatgaggaatgaaggaaggcactggacagcaa
cctctggcttacacacactctcgggcgccaacacacacatatgcaagcat
acctaagcacagacatagacaaagacattctaaatgagtcggattgtggt
gatgcacactgtaatgcctgcagtagtaggtaagactgggaggtcaagag
ttaaaggttatcaacagcaacacacaagtaggctagcctggtatgcataa
cacattcatagaagagcttgttttgttctgttgatgcagggttttgcact
tagcaagtcttcaaaagcattaacctcccaagtgctgagattataagtat
tggactcactttatagaccaggctaaccttgaactcagagatcctcatgc
ctctgcctcccaagtgctgggattaaaggggtgagtcaccacatccaact
ctattttctacacttaaaattattacagggggctggtgagatggctcagt
tgggtaagagcacccgactgttttttcgaaggtccagagtttcaaatccc
agcaaccacatggtggctcacagccatctgtaacgagatctgactccctc
ttctggagtgtctgaagacagctacagtgtactacatataataaataaat
aaatcttaaaaaaaattatttacagattttcgagtggcatggtattaatt
tttaaatg
gaattcatttgccatttaccactactttcttttcttcgccaccgggggac
ctttctgcaacagttacaggggcatagggtttttcactataaacagcata
caaacaaaagaaggaaagcgccaggaggaaaacatactctcacaacaaaa
tcagtctcggaggggatgggggatctaatggcaggtattacagaagttta
gatagtcaccagagatagagagtatcagctctattaggtcttccgttacg
cctgtctgattggcttaaacctttgtgctagtctttatcttgagagatct
ctttgctaagcacgtgataggtgttaagccaatattgattttttttaaaa
ggagagatagtcattaaatctaagcttcacggttagttttaactttcaac
ttatggatcacaagccaaacgattcatatgatccctgaatttcattactc
ataaggagaaacagttcgggtaggcacgacctcaaagtcatcaaattact
cacaccacacagcttagaagtccgataaggcaatgtttgggtagagtctt
gcagagattaaacatcttgagcagagagccccaacaaagtgcatagtgag
ttcgaatgtattgtaattaaagtcatccagatggtagttggactaatcaa
tgatgaggcggtatttatcttgggatagaagattctgaactccagagtaa
gaaaatccccaaggtggggggtggggacagttaataagtgccccttggga
aaggctcattcagctagagctgcaaatttcgtttgaatttgaatcaattt
gaatagaaatctccccccaggaagcaggaaccagattcttctaagcccag
caaacttttgggcagaagcgagtactgcaaagcaacagttcccttgtctg
tggtttggggcgcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104610537_104611539
seq2: B6Ng01-221M05.b_42_1049

seq1  GAATTCAGATCTCCAGTTACCCATACTTTGTTTGTTTGTTTTTCAGACAT  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTCCAGTTACCCATACTTTGTTTGTTTGTTTTTCAGACAT  50

seq1  GGTTTCTCTATGTAACAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCGATTTGTAGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCTATGTAACAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCGATTTGTAGATC  100

seq1  AGGATGGTCTTGAACTCACAGATATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGTCTTGAACTCACAGATATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGGGC  150

seq1  TGGGATTAAATGCATGTGCCACCATGCCTGGCATGGCACACACTTGTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAATGCATGTGCCACCATGCCTGGCATGGCACACACTTGTAGT  200

seq1  CCTAGCACTGGGAAGGTCGAGACAGGAGGATCCTTGGAGACTTGCTGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCACTGGGAAGGTCGAGACAGGAGGATCCTTGGAGACTTGCTGGCC  250

seq1  AGCCATTCTTGCTCAGTCATTAGGCTCCAGGTTCAAATGGAAGAGCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTCTTGCTCAGTCATTAGGCTCCAGGTTCAAATGGAAGAGCCTGT  300

seq1  CTCAGAAAAGAAAAAGGTGATGAGGAATGAAGGAAGGCACTGGACAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAAAGAAAAAGGTGATGAGGAATGAAGGAAGGCACTGGACAGCAA  350

seq1  CCTCTGGCTTACACACACTCTCGGGCGCCAACACACACATATGCAAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGCTTACACACACTCTCGGGCGCCAACACACACATATGCAAGCAT  400

seq1  ACCTAAGCACAGACATAGACAAAGACATTCTAAATGAGTCGGATTGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGCACAGACATAGACAAAGACATTCTAAATGAGTCGGATTGTGGT  450

seq1  GATGCACACTGTAATGCCTGCAGTAGTAGGTAAGACTGGGAGGTCAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACACTGTAATGCCTGCAGTAGTAGGTAAGACTGGGAGGTCAAGAG  500

seq1  TTAAAGGTTATCAACAGCAACACACAAGTAGGCTAGCCTGGTATGCATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTTATCAACAGCAACACACAAGTAGGCTAGCCTGGTATGCATAA  550

seq1  CACATTCATAGAAGAGCTTGTTTTGTTCTGTTGATGCAGGGTTTTGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCATAGAAGAGCTTGTTTTGTTCTGTTGATGCAGGGTTTTGCACT  600

seq1  TAGCAAGTCTTCAAAAGCATTAACCTCCCAAGTGCTGAGATTATAAGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGTCTTCAAAAGCATTAACCTCCCAAGTGCTGAGATTATAAGTAT  650

seq1  TGGACTCACTTTATAGACCAGGCTAACCTTGAACTCAGAGATCCTCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCACTTTATAGACCAGGCTAACCTTGAACTCAGAGATCCTCATGC  700

seq1  CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGAGTCACCACATCCAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGAGTCACCACATCCAACT  750

seq1  CTA-TTTCTACACTTAAAATTATTACAGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAG-  798
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTATTTTCTACACTTAAAATTATTACAGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGT  800

seq1  TGGGTAAGAGCACCCGACTGTTCTTCCGAAGGTCCAGAG-TTCAAATCCC  847
      |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGGTAAGAGCACCCGACTGTTTTTTCGAAGGTCCAGAGTTTCAAATCCC  850

seq1  AGCAACCACATGGTGGCTCACAGCCATCTGTAACGAGATCTGACTCCCTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCACATGGTGGCTCACAGCCATCTGTAACGAGATCTGACTCCCTC  900

seq1  TTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAA  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTAC-TACATATAATAAATAAA  949

seq1  TAAATCTTAAAAAAAATTA-TTACAGA-TTTCGAGTGACAT-GTATTAAT  994
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||
seq2  TAAATCTTAAAAAAAATTATTTACAGATTTTCGAGTGGCATGGTATTAAT  999

seq1  TTTTAAATG  1003
      |||||||||
seq2  TTTTAAATG  1008

seq1: chr2_104657411_104658322
seq2: B6Ng01-221M05.g_65_980 (reverse)

seq1  TCTGCGCCCCAAACCACAGACAAGGG-ACTGTTGCTTTGCAGTACTCGCT  49
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCGCCCCAAACCACAGACAAGGGAACTGTTGCTTTGCAGTACTCGCT  50

seq1  TCCTGCCC-AAAGTTTGCTGGGCTTAG-AGGATCTGGTTCCTGCTTCCT-  96
      | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| 
seq2  T-CTGCCCAAAAGTTTGCTGGGCTTAGAAGAATCTGGTTCCTGCTTCCTG  99

seq1  GGGGGAGATTTCTATTCAAATTGATTCAAATTCAAACGAATTTTGCAGCC  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GGGGGAGATTTCTATTCAAATTGATTCAAATTCAAACGAAATTTGCAGCT  149

seq1  CTAGCTGAATGGGCCTTTCCC-AGGGGCACTTATTAACTGTCCCCACCCC  195
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGAATGAGCCTTTCCCAAGGGGCACTTATTAACTGTCCCCACCCC  199

seq1  CCACCTTGGGGATTTTCTTACTCTGGAGTTCAGAATCTTCTATCCCAAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGGGGATTTTCTTACTCTGGAGTTCAGAATCTTCTATCCCAAGA  249

seq1  TAAATACCGCCTCATCATTGATTAGTCCAACTACCATCTGGATGACTTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACCGCCTCATCATTGATTAGTCCAACTACCATCTGGATGACTTTA  299

seq1  ATTACAATACATTCGAACTCACTATGCACTTTGTTGGGGCTCTCTGCTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAATACATTCGAACTCACTATGCACTTTGTTGGGGCTCTCTGCTCA  349

seq1  AGATGTTTAATCTCTGCAAGACTCTACCCAAACATTGCCTTATCGGACTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTAATCTCTGCAAGACTCTACCCAAACATTGCCTTATCGGACTT  399

seq1  CTAAGCTGTGTGGTGTGAGTAATTTGATGACTTTGAGGTCGTGCCTACCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTGTGTGGTGTGAGTAATTTGATGACTTTGAGGTCGTGCCTACCC  449

seq1  GAACTGTTTCTCCTTATGAGTAATGAAATTCAGGGATCATATGAATCGTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTTTCTCCTTATGAGTAATGAAATTCAGGGATCATATGAATCGTT  499

seq1  TGGCTTGTGATCCATAAGTTGAAAGTTAAAACTAACCGTGAAGCTTAGAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTGATCCATAAGTTGAAAGTTAAAACTAACCGTGAAGCTTAGAT  549

seq1  TTAATGACTATCTCTCCTTTTAAAAAAAATCAATATTGGCTTAACACCTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGACTATCTCTCCTTTTAAAAAAAATCAATATTGGCTTAACACCTA  599

seq1  TCACGTGCTTAGCAAAGAGATCTCTCAAGATAAAGACTAGCACAAAGGTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTGCTTAGCAAAGAGATCTCTCAAGATAAAGACTAGCACAAAGGTT  649

seq1  TAAGCCAATCAGACAGGCGTAACGGAAGACCTAATAGAGCTGATACTCTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAATCAGACAGGCGTAACGGAAGACCTAATAGAGCTGATACTCTC  699

seq1  TATCTCTGGTGACTATCTAAACTTCTGTAATACCTGCCATTAGATCTGCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TATCTCTGGTGACTATCTAAACTTCTGTAATACCTGCCATTAGATCCCCC  749

seq1  ATCCCCTCCGAGACTGATTTTGTTCTGAGACTATGTTTTCCTCCTGGCGC  795
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTCCGAGACTGATTTTGTTGTGAGAGTATGTTTTCCTCCTGGCGC  799

seq1  CTTCATTCTTTTGTTTCTATGCTGTTTTTAGTGAAAAACCTTCTGCACCT  845
       ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| |||
seq2  TTTCCTTCTTTTGTTTGTATGCTGTTTATAGTGAAAAACCCTATGCCCCT  849

seq1  GTGACTCTTGCAGCCTGGTCCCCCGGTGGGGAAGAAAAGAAAGTAGTGGT  895
      || ||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGTTGCAGAAAGGTCCCCCGGTGGCGAAGAAAAGAAAGTAGTGGT  899

seq1  AATTTACAAATGAATTC  912
      || |  |||||||||||
seq2  AAATGGCAAATGAATTC  916