BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221P20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,770,500 - 143,971,857
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160
Upstream geneSnrpb2, Otor, LOC668915, LOC668916, Pcsk2, Bfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn
Downstream geneEG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1, 1700010M22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221P20.bB6Ng01-221P20.g
ACCGA037133GA037134
length872202
definitionB6Ng01-221P20.b B6Ng01-221P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,770,500 - 143,771,364)(143,971,656 - 143,971,857)
sequence
gaattctaccagaagttggctatgatgatgttacttctgagaatatcagt
ttctggaaagcagccatgacttggatagtcatggtcttactacagagctg
cctaggtccctggcagcttcatctctgtagcccattggagaatgaacccg
ccaaggatttagaaccattttgaaataatacagtttgggctgccactgga
agaagggacactctgtgtgacaggatgttcaggggagccagggttcctgg
gacatggtagggcagctgaccagggtacctggaaagctcctggctagtcc
ttccgtagccagcacggagggaaagcagttctaactaggcagcttgactt
gtaacaagctcaggtgtcatgactctggccctgcttctgtgctatgttcc
tgcctttatcctcaatctgaaggttgggttttgtttagtgcagtggataa
gatgtccaagggatgggaaggcatttgcggaggatgtctttgcctcttgc
ctacttgggtaagttgtctgttgttcctgcccttattacactgcttcctt
gtccaggtgggccccatgaggctgcctacaagccagcatcctgccatgag
agatgatcagaggagcacacttatcacagcagtgggctgcacagtagagc
ttcccgcttggttggtggtatgggctgtatgacatttggccatcaagggc
agctctggtgtgggatgttctaaagggaagcttttggtagcccttggtgt
taaaggaagtagggcagtccctagagagtggtatcttctccagagatact
tgtttccacctcctctgtcaagttgactaaaaacttgggaactgctttga
gactttctttagttttggtaga
ctgagccttctgtccccacctcctcagtgtgggggttacaggtgtgcacc
accacatctggggctttttccagagactgtagacaaacttatattcaaga
actgtgcatcattcaaatacaactccacatatagactggcttcaggcagc
ttgactgtgttctgggtattgtgtatatgtatgtatatatgtatgtatgt
at
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143770500_143771364
seq2: B6Ng01-221P20.b_48_919

seq1  GAATTCTACCAGAAGTTGGCTATGATGATGTTACTTCTGAGAATATCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCAGAAGTTGGCTATGATGATGTTACTTCTGAGAATATCAGT  50

seq1  TTCTGGAAAGCAGCCATGACTTGGATAGTCATGGTCTTACTACAGAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAAAGCAGCCATGACTTGGATAGTCATGGTCTTACTACAGAGCTG  100

seq1  CCTAGGTCCCTGGCAGCTTCATCTCTGTAGCCCATTGGAGAATGAACCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTCCCTGGCAGCTTCATCTCTGTAGCCCATTGGAGAATGAACCCG  150

seq1  CCAAGGATTTAGAACCATTTTGAAATAATACAGTTTGGGCTGCCACTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGATTTAGAACCATTTTGAAATAATACAGTTTGGGCTGCCACTGGA  200

seq1  AGAAGGGACACTCTGTGTGACAGGATGTTCAGGGGAGCCAGGGTTCCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGACACTCTGTGTGACAGGATGTTCAGGGGAGCCAGGGTTCCTGG  250

seq1  GACATGGTAGGGCAGCTGACCAGGGTACCTGGAAAGCTCCTGGCTAGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGTAGGGCAGCTGACCAGGGTACCTGGAAAGCTCCTGGCTAGTCC  300

seq1  TTCCGTAGCCAGCACGGAGGGAAAGCAGTTCTAACTAGGCAGCTTGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTAGCCAGCACGGAGGGAAAGCAGTTCTAACTAGGCAGCTTGACTT  350

seq1  GTAACAAGCTCAGGTGTCATGACTCTGGCCCTGCTTCTGTGCTATGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAGCTCAGGTGTCATGACTCTGGCCCTGCTTCTGTGCTATGTTCC  400

seq1  TGCCTTTATCCTCAATCTGAAGGTTGGGTTTTGTTTAGTGCAGTGGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTATCCTCAATCTGAAGGTTGGGTTTTGTTTAGTGCAGTGGATAA  450

seq1  GATGTCCAAGGGATGGGAAGGCATTTGCGGAGGATGTCTTTGCCTCTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCAAGGGATGGGAAGGCATTTGCGGAGGATGTCTTTGCCTCTTGC  500

seq1  CTACTTGGGTAAGTTGTCTGTTGTTCCTGCCCTTATTACACTGCTTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGGGTAAGTTGTCTGTTGTTCCTGCCCTTATTACACTGCTTCCTT  550

seq1  GTCCAGGTGGGCCCCATGAGGCTGCCTACAAGCCAGCATCCTGCCATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGTGGGCCCCATGAGGCTGCCTACAAGCCAGCATCCTGCCATGAG  600

seq1  AGATGATCAGAGGAGCACACTTATCACAGCAGTGGGCTGCACAGTAGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATCAGAGGAGCACACTTATCACAGCAGTGGGCTGCACAGTAGAGC  650

seq1  TTCCCGCTTGGTTGGTGGTATGGGCTGTATGACA-TTGGCCATCAAGGGC  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCCCGCTTGGTTGGTGGTATGGGCTGTATGACATTTGGCCATCAAGGGC  700

seq1  AGCTCTGGTGTGGGATGTTCTAAAGGGAAGCTTTTGGTAGCCC-TGGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCTCTGGTGTGGGATGTTCTAAAGGGAAGCTTTTGGTAGCCCTTGGTGT  750

seq1  TAAAGGAAGTAGGGCAGT-CCTAGAGAGTGGTATCTTCTCAAGAGATACT  797
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAAAGGAAGTAGGGCAGTCCCTAGAGAGTGGTATCTTCTCCAGAGATACT  800

seq1  TGTTCCCACCTCCTCTGTCAAG-TGACTAGAAGCT--GGGACTGC-TTGA  843
      |||| ||||||||||||||||| |||||| || ||  || ||||| ||||
seq2  TGTTTCCACCTCCTCTGTCAAGTTGACTAAAAACTTGGGAACTGCTTTGA  850

seq1  GCACTTCTTTAGTTTTGGTAGA  865
      |   ||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCTTTAGTTTTGGTAGA  872

seq1: chr2_143971656_143971857
seq2: B6Ng01-221P20.g_76_277 (reverse)

seq1  ATACATACATACATATATACATACATATACACAATACCCAGAACACAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATACATATATACATACATATACACAATACCCAGAACACAGTC  50

seq1  AAGCTGCCTGAAGCCAGTCTATATGTGGAGTTGTATTTGAATGATGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCCTGAAGCCAGTCTATATGTGGAGTTGTATTTGAATGATGCACA  100

seq1  GTTCTTGAATATAAGTTTGTCTACAGTCTCTGGAAAAAGCCCCAGATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGAATATAAGTTTGTCTACAGTCTCTGGAAAAAGCCCCAGATGTG  150

seq1  GTGGTGCACACCTGTAACCCCCACACTGAGGAGGTGGGGACAGAAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCACACCTGTAACCCCCACACTGAGGAGGTGGGGACAGAAGGCTC  200

seq1  AG  202
      ||
seq2  AG  202