BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222K04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 29,823,719 - 29,969,177
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpna2, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1
Upstream gene1700101E01Rik, LOC100039666, Ttf1, Setx, Ntng2, Crsp8, Rapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, LOC665532
Downstream geneLOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l, Cstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20, Fnbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222K04.bB6Ng01-222K04.g
ACCGA037601GA037602
length1,1691,132
definitionB6Ng01-222K04.b B6Ng01-222K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,968,006 - 29,969,177)(29,823,719 - 29,824,855)
sequence
gaattcctgatcctctttgcctctgcctcccaggtgctgggattacaggt
ttgtacagcctaaattttaaggtcctgatttgaatgtgatggatggatgg
ggctccccattcaccaatcaagaagtagacacaggttcttatctgcatct
catttggctgcttttctccttcccaggctgtggctctgccaatgatcttg
tgattattggtaatccatagttgcccttgtgggccgctgctgccgtctcc
cagcatggcgtctgacacgcccgagtccctgatggccctctgtactgact
tctgtctccggaatcttgatggcaccctgggctacctcctggacaaagag
accctgcggctgcatccagacatcttcttgcccagtgaaatctgtgacca
gctggtcaatgagtgagcaagggtctccccaggactgggcagggttggag
cccaatgtgaggggtgaagttgagctgatgatcaagaccaaggcaagggg
gagtggctgtgagggtcaatgtgttaccagacatatggttacatgtgcat
tggtgtgtatgcacaggggcacacatgaaggaatgggtatacatgtagga
ttatgcagcacagaacgtgtgtgtgtgtgtgtgaagcaccatgtgtgtga
tgacagataagttactataaagtcctgcatgtacatgggccagcattatg
tgctcctgtgtgtgtgctcgcacctgtgcctgcacctctgaactacgtac
acataaacacgtgtgtcaagatcaggaacagtagacctgtgatcagagac
tgactcacgcagatgctctttgtacagcctcctggtggatccccaccgct
ctggaaccccacagcacagtgtgcatgtcctttcctgaatgcttagttac
cagttgccccaacaggaaaccacaggatcaaagagtttcacagccagata
ggaaccaagggaaacaagctccttatgtgttctcagcactcagtgtaggc
caggcatgtggctgaacctttatcaactagcatggagccaagtgcatctc
atagatggaaaggtctggggaggttcagttgctgtgaaaggtttccggtt
ggagcagcctagcattctgaaaatgctatggctttcacagtgcagagcct
tcatatcttcttatccgcc
gaattccttactacacttaggctttcatgaaattatctttttacttaatt
actttgacaatgcaaatgcctaaagcccccaagatccctatttcatcaga
atgtagatgagaagaggcatatttatttttaaaagaacattcagtattaa
aaattaattcttggagccaggcgtaatggcgcacacctttaatcccagca
ctcaggaggcagaggcaggggtatttctgatttcgaggtcagcctggtct
acagagtgagttccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcg
gaaaaaaaaaaaattaattcttgggcaaactggggtctgagagagagcat
gaattggccaaggcagcacatttaggtgatggtgattgtccattcccaga
agcctgggctccctgattacagctcagatttctggtgggattctgatgct
ggggcagtgccgtttgatttttacctgttttcatgtgttttcacagattt
gttctcttcactttaaagtgattctatcccagttgcccttagaagtgtgt
tgtcttgctcttccccttcctctttagagtccacattccttcaacatgtt
gtcatcgtttcgtaagcgcagagctcaggtatttgaccagcatgcagaaa
atgtgttgccttttgggtttttgcctggcttgcagtgaagacacattggt
gtccaagaggttgaatgatccccagaaggggaagccctgcctacacgacc
tttctgttaagtagaaaggttggtgacagtctggttgggattgctggcca
catgatcagaagtgttgtatgtttactgttttctacctttctgtttctcc
ttaaggcatgagtatattggtctcttattgccatcctggtgtttgcatgt
gatgtttgctgatttgtaattgatggctgcttgggttcctaagaaccaaa
gggagtaagttactttagatattcagaaaaattacccgaaaaacataata
gtgtgatggttgttttccaggttggacaagtgctgtcactgggtttatct
cctttcccattgactagctcttacatatcctgagaaatgaaatggaactc
agtatcttctttaaaccaactctgtagtgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_29968006_29969177
seq2: B6Ng01-222K04.b_44_1212 (reverse)

seq1  GGCGGAATAAGAAAGATATGGAAGCTCTTGGCACTGTGAAACCCATAGCA  50
      ||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  GGCGG-ATAAG-AAGATATGAAGGCTCT--GCACTGTGAAAGCCATAGCA  46

seq1  -TCTCAG-ATGCTAGGCTGCTTCCACCCGGGAACCTTTCACAGGCAACTG  98
       | |||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||
seq2  TTTTCAGAATGCTAGGCTGC-TCCAACCGGAAACCTTTCACA-GCAACTG  94

seq1  AACCTCCCCAGA-CTTTCCATCTATGAGATGCACTTGGCTCCATGCTAGG  147
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACCTCCCCAGACCTTTCCATCTATGAGATGCACTTGGCTCCATGCTA-G  143

seq1  TTGATAAAGGGTTCAGCCACATGCCTGGCCTACACTGAGTGCTGAGAACA  197
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAA-GGTTCAGCCACATGCCTGGCCTACACTGAGTGCTGAGAACA  192

seq1  CATAAGGAGCTTGTTTCCCTTGGTTCCTATCTGGCTGTGAAACTCTTTGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGAGCTTGTTTCCCTTGGTTCCTATCTGGCTGTGAAACTCTTTGA  242

seq1  TCCTGTGGTTTCCTGTTGGGGCAACTGGTAACTAAGCATTCAGG-AAGGA  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCTGTGGTTTCCTGTTGGGGCAACTGGTAACTAAGCATTCAGGAAAGGA  292

seq1  CATGCACACTGTGCTGTGGGGTTCCAGAGCGGTGGGGATCCACCAGGAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACACTGTGCTGTGGGGTTCCAGAGCGGTGGGGATCCACCAGGAGG  342

seq1  CTGTACAAAGAGCATCTGCGTGAGTCAGTCTCTGATCACAGGTCTACTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAAAGAGCATCTGCGTGAGTCAGTCTCTGATCACAGGTCTACTGT  392

seq1  T-CTGATCTTGACACACGTGTTTATGTGTACGTAGTTCAGAGGTGCAGGC  445
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATCTTGACACACGTGTTTATGTGTACGTAGTTCAGAGGTGCAGGC  442

seq1  ACAGGTGCGAGCACACACACAGGAGCACATAATGCTGGCCCATGTACATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGCGAGCACACACACAGGAGCACATAATGCTGGCCCATGTACATG  492

seq1  CAGGACTTTATAGTAACTTATCTGTCATCACACACATGGTGCTTCACACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTTTATAGTAACTTATCTGTCATCACACACATGGTGCTTCACACA  542

seq1  CACACACACACGTTCTGTGCTGCATAATCCTACATGTATACCCATTCCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACGTTCTGTGCTGCATAATCCTACATGTATACCCATTCCTT  592

seq1  CATGTGTGCCCCTGTGCATACACACCAATGCACATGTAACCATATGTCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCCCCTGTGCATACACACCAATGCACATGTAACCATATGTCTG  642

seq1  GTAACACATTGACCCTCACAGCCACTCCCCCTTGCCTTGGTCTTGATCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACATTGACCCTCACAGCCACTCCCCCTTGCCTTGGTCTTGATCAT  692

seq1  CAGCTCAACTTCACCCCTCACATTGGGCTCCAACCCTGCCCAGTCCTGGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAACTTCACCCCTCACATTGGGCTCCAACCCTGCCCAGTCCTGGG  742

seq1  GAGACCCTTGCTCACTCATTGACCAGCTGGTCACAGATTTCACTGGGCAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTTGCTCACTCATTGACCAGCTGGTCACAGATTTCACTGGGCAA  792

seq1  GAAGATGTCTGGATGCAGCCGCAGGGTCTCTTTGTCCAGGAGGTAGCCCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTCTGGATGCAGCCGCAGGGTCTCTTTGTCCAGGAGGTAGCCCA  842

seq1  GGGTGCCATCAAGATTCCGGAGACAGAAGTCAGTACAGAGGGCCATCAGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCATCAAGATTCCGGAGACAGAAGTCAGTACAGAGGGCCATCAGG  892

seq1  GACTCGGGCGTGTCAGACGCCATGCTGGGAGACGGCAGCAGCGGCCCACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGGGCGTGTCAGACGCCATGCTGGGAGACGGCAGCAGCGGCCCACA  942

seq1  AGGGCAACTATGGATTACCAATAATCACAAGATCATTGGCAGAGCCACAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAACTATGGATTACCAATAATCACAAGATCATTGGCAGAGCCACAG  992

seq1  CCTGGGAAGGAGAAAAGCAGCCAAATGAGATGCAGATAAGAACCTGTGTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAGGAGAAAAGCAGCCAAATGAGATGCAGATAAGAACCTGTGTC  1042

seq1  TACTTCTTGATTGGTGAATGGGGAGCCCCATCCATCCATCACATTCAAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTTGATTGGTGAATGGGGAGCCCCATCCATCCATCACATTCAAAT  1092

seq1  CAGGACCTTAAAATTTAGGCTGTACAAACCTGTAATCCCAGCACCTGGGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCTTAAAATTTAGGCTGTACAAACCTGTAATCCCAGCACCTGGGA  1142

seq1  GGCAGAGGCAAAGAGGATCAGGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAAAGAGGATCAGGAATTC  1169

seq1: chr2_29823719_29824855
seq2: B6Ng01-222K04.g_69_1200

seq1  GAATTCCTTACTACACTTAGGCTTTCATGAAATTATCTTTTTACTTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTACTACACTTAGGCTTTCATGAAATTATCTTTTTACTTAATT  50

seq1  ACTTTGACAATGCAAATGCCTAAAGCCCCCAAGATCCCTATTTCATCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGACAATGCAAATGCCTAAAGCCCCCAAGATCCCTATTTCATCAGA  100

seq1  ATGTAGATGAGAAGAGGCATATTTATTTTTAAAAGAACATTCAGTATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATGAGAAGAGGCATATTTATTTTTAAAAGAACATTCAGTATTAA  150

seq1  AAATTAATTCTTGGAGCCAGGCGTAATGGCGCACACCTTTAATCCCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATTCTTGGAGCCAGGCGTAATGGCGCACACCTTTAATCCCAGCA  200

seq1  CTCAGGAGGCAGAGGCAGGGGTATTTCTGATTTCGAGGTCAGCCTGGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAGGCAGAGGCAGGGGTATTTCTGATTTCGAGGTCAGCCTGGTCT  250

seq1  ACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCG  300

seq1  GAAAAAAAAAAAATTAATTCTTGGGCAAACTGGGGTCTGAGAGAGAGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAAATTAATTCTTGGGCAAACTGGGGTCTGAGAGAGAGCAT  350

seq1  GAATTGGCCAAGGCAGCACATTTAGGTGATGGTGATTGTCCATTCCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGCCAAGGCAGCACATTTAGGTGATGGTGATTGTCCATTCCCAGA  400

seq1  AGCCTGGGCTCCCTGATTACAGCTCAGATTTCTGGTGGGATTCTGATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGCTCCCTGATTACAGCTCAGATTTCTGGTGGGATTCTGATGCT  450

seq1  GGGGCAGTGCCGTTTGATTTTTACCTGTTTTCATGTGTTTTCACAGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGTGCCGTTTGATTTTTACCTGTTTTCATGTGTTTTCACAGATTT  500

seq1  GTTCTCTTCACTTTAAAGTGATTCTATCCCAGTTGCCCTTAGAAGTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTTCACTTTAAAGTGATTCTATCCCAGTTGCCCTTAGAAGTGTGT  550

seq1  TGTCTTGCTCTTCCCCTTCCTCTTTAGAGTCCACATTCCTTCAACATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGCTCTTCCCCTTCCTCTTTAGAGTCCACATTCCTTCAACATGTT  600

seq1  GTCATCGTTTCGTAAGCGCAGAGCTCAGGTATTTGACCAGCATGCAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCGTTTCGTAAGCGCAGAGCTCAGGTATTTGACCAGCATGCAGAAA  650

seq1  ATGTGTTGCCTTTTGGGTTTTTGCCTGGCTTGCAGTGAAGACACATTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGCCTTTTGGGTTTTTGCCTGGCTTGCAGTGAAGACACATTGGT  700

seq1  GTCCAAGAGGTTGAATGATCCCCAGAAGGGGAAGCCCTGCCTACACGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGAGGTTGAATGATCCCCAGAAGGGGAAGCCCTGCCTACACGACC  750

seq1  TTTCTGTTAAGTAGAAAGGTTGGTGACAGTCTGGTTGGGATTGCTGGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTAAGTAGAAAGGTTGGTGACAGTCTGGTTGGGATTGCTGGCCA  800

seq1  CATGATCAGAAGTGTTGTATGTTTACTGTTTTCTACCTTTCTGTTTCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCAGAAGTGTTGTATGTTTACTGTTTTCTACCTTTCTGTTTCTCC  850

seq1  TTAAGGCATGAGTATATTGGTCTCTTATTGCCATCCTGGTGTTTGCATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCATGAGTATATTGGTCTCTTATTGCCATCCTGGTGTTTGCATGT  900

seq1  GATGTTTGCTGATTTGTAATTGATGGCTGCTT-GGTTCCTAAGAACC-AA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GATGTTTGCTGATTTGTAATTGATGGCTGCTTGGGTTCCTAAGAACCAAA  950

seq1  GGGAGTAAGTTACTTTAGATATTCAGAAAAATTACCCG-AAAACAT-ATA  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GGGAGTAAGTTACTTTAGATATTCAGAAAAATTACCCGAAAAACATAATA  1000

seq1  GTGTGAATGGTGTTTTCCA-GTTGGACAAGTGCTGTCACCTGGGTTTATC  1045
      ||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGTGATGGTTGTTTTCCAGGTTGGACAAGTGCTGTCA-CTGGGTTTATC  1049

seq1  TCCTTTCCCATTGACTTAGCTCTACCATAATCCCTGAG-AATGAAATGGA  1094
      ||||||||||||||| |||||||  ||||   |||||| |||||||||||
seq2  TCCTTTCCCATTGAC-TAGCTCTTACATA--TCCTGAGAAATGAAATGGA  1096

seq1  ACTCAGTATCTTTCTTTAAAACCAAAACTCTGGTAGGGTGTGG  1137
      |||||||||| ||||||||| |   |||||| |||  ||||||
seq2  ACTCAGTATC-TTCTTTAAACC---AACTCT-GTA--GTGTGG  1132