BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222N08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 142,174,791 - 142,331,234
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222N08.bB6Ng01-222N08.g
ACCGA037742GA037743
length9361,185
definitionB6Ng01-222N08.b B6Ng01-222N08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,330,319 - 142,331,234)(142,174,791 - 142,175,709)
sequence
gaattcaccctatatgtcatccccagatttttcattttacatactttgta
agtcctcatcaaatgtcttgatgaagactgaagtgatgactcagcaagtc
agagcacttgttgctcaagcttgaggaactgagttcaaatcctcagaacc
atgtaaaattctatgtttgcttgcagctgcatgtaaccccacagctatgg
gggactaaagagaatttctaaggcttgttgtccaactccaggttcagtga
gagaccctgcctcaaggagttagggtctagaatgatagagtactttctat
atgcatgtgagcatacccgatacatacaaagaagtaaataagcaagtaaa
taaactcttaaaagttatgatattgctgaaatgacttttagatatggagt
ttggtttggttttctctgttgtttgaggtaaggacttgctatactggcct
taaattttaatcctcctgtccaagtttcccaagttccattgaaatgaaag
gtgagattttcaaatctggtctgtctcagattaacaaggcagtttgggga
tcttaacatttccatgctcccatcttagctggatgtggggaaaccccccc
cctgagcagtgcagtctctgctagacagttgttcaggattggggaaataa
agaaagttggaaagtgggtaggagaatgttgtggtgagtaatacagctag
aaggagacacaccccactttctcgatgaagacaggaaaggttgggttgga
ttctgaaaatatcaaaggaattttgttgcatctgggaactcacagactga
ggtaatcaatggtgtacaaggaattaagcctggaaatgagtagggagcaa
caattaattctgacaagcattttgggatccattgggatattgatagttga
agtgtattttgacttgaagagatgtgttgtgggttt

gaattcagaagccacctggtctacagcattggaggtctccagctggtctt
cagtagacactgtactcccagaaaagtaggctctaatgccaataaaagaa
tgaacttgctaacaacacaagcacaagcaagcaaagtgcaaaagtccttc
tgtcttcttactaaggcttccagcagaaagcgtgaccaagattaaaggtg
tgtcttctcacctcaaaaatccagatcaaaagtgtgtgattcccagtatc
aaaggtccagagtagaagtggattcacctccttcaaacaaagcaagttat
ctcttacagatgtgccctccatttgtggattgttgttcattcaattgtaa
ggtagtcaccagagaagactactgggacatgaatttaagccaataaaaag
tttttattgtctggccagtgtctacactgggtgttcagaatcctagaatt
gctctgagtcttctcagggagacgtttaagcatcaaaactatgttctggg
ttgacatacttcagttagcaagaacagttagccaaaaacagaactacaga
agccaaaaatcaaggtcagtccgtttagagactttctcagaactatgaac
tttgatggattaggtccttgttttcatcttggtggacggtgctatctatg
tgctgaggtttacagcatgaatcatatttccatcacagagtcagttatgc
ttcttctgttacaattccagatgtggtcaagttgacaaccaagaataacc
atcatacatgcctcttaagtttggagtgagattgggaataagggctgccc
ctctaagttttgccatgtgtgctatctactaaaaagtacatattaaaatt
catatttgggatcccactgtgatgaatgatttgggatggcttcggtgcat
cttccctgaaatgggtgttttgttttggttttgtttttaaataccacgac
tatagcatctagggaaaactacatcccttggcttgcagcattgtttaaat
ggccaggtaacagttgttctagttttcatggccaagtgctttccatttta
ggacaacaggcttaccaggtggtcacatattatagtctggaaagtttggg
atcacttccaattggggaaatttagggatggacatttacacgggagattc
aagagttggcattccaatttaccacctggcagatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_142330319_142331234
seq2: B6Ng01-222N08.b_45_961 (reverse)

seq1  TCAAGTCAAAATTACACTTCAACTATCAATATCCCAATGGTTCC--AAAT  48
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||
seq2  TCAAGTCAAAA-TACACTTCAACTATCAATATCCCAATGGATCCCAAAAT  49

seq1  GCTTGTCAGAATTAATTGTTGCTCCCTACTCATTTCCAGGCTTAATTCCT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCAGAATTAATTGTTGCTCCCTACTCATTTCCAGGCTTAATTCCT  99

seq1  TGTACACCATTGATTACCTCAGTCTGTGAGTTCCCAGATGCAACAAAATT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACCATTGATTACCTCAGTCTGTGAGTTCCCAGATGCAACAAAATT  149

seq1  CCTTTGATATTTTTCAGAATCCAACCCAACCTTTCCTGTCTTCATCGAGA  198
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATA-TTTTCAGAATCCAACCCAACCTTTCCTGTCTTCATCGAGA  198

seq1  AAGT-GGGTGTGTCTCCTTCTAGCTGTATTACTCACCACAACATTCTCCT  247
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGGTGTGTCTCCTTCTAGCTGTATTACTCACCACAACATTCTCCT  248

seq1  ACCCACTTTCCAACTTTCTTTATTTCCCCAATCCTGAACAACTGTCTAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTTTCCAACTTTCTTTATTTCCCCAATCCTGAACAACTGTCTAGC  298

seq1  AGAGACTGCACTGCTCAGGGGGGGGGTTTCCCCACATCCAGCTAAGATGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGCACTGCTCAGGGGGGGGGTTTCCCCACATCCAGCTAAGATGG  348

seq1  GAGCATGGAAATGTTAAGATCCCCAAACTGCCTTGTTAATCTGAGACAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGAAATGTTAAGATCCCCAAACTGCCTTGTTAATCTGAGACAGA  398

seq1  CCAGATTTGAAAATCTCACCTTTCATTTCAATGGAACTTGGGAAACTTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTTGAAAATCTCACCTTTCATTTCAATGGAACTTGGGAAACTTGG  448

seq1  ACAGGAGGATTAAAATTTAAGGCCAGTATAGCAAGTCCTTACCTCAAACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGATTAAAATTTAAGGCCAGTATAGCAAGTCCTTACCTCAAACA  498

seq1  ACAGAGAAAACCAAACCAAACTCCATATCTAAAAGTCATTTCAGCAATAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAAACCAAACCAAACTCCATATCTAAAAGTCATTTCAGCAATAT  548

seq1  CATAACTTTTAAGAGTTTATTTACTTGCTTATTTACTTCTTTGTATGTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTTTAAGAGTTTATTTACTTGCTTATTTACTTCTTTGTATGTAT  598

seq1  CGGGTATGCTCACATGCATATAGAAAGTACTCTATCATTCTAGACCCTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTATGCTCACATGCATATAGAAAGTACTCTATCATTCTAGACCCTAA  648

seq1  CTCCTTGAGGCAGGGTCTCTCACTGAACCTGGAGTTGGACAACAAGCCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGAGGCAGGGTCTCTCACTGAACCTGGAGTTGGACAACAAGCCTT  698

seq1  AGAAATTCTCTTTAGTCCCCCATAGCTGTGGGGTTACATGCAGCTGCAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTCTCTTTAGTCCCCCATAGCTGTGGGGTTACATGCAGCTGCAAG  748

seq1  CAAACATAGAATTTTACATGGTTCTGAGGATTTGAACTCAGTTCCTCAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATAGAATTTTACATGGTTCTGAGGATTTGAACTCAGTTCCTCAAG  798

seq1  CTTGAGCAACAAGTGCTCTGACTTGCTGAGTCATCACTTCAGTCTTCATC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCAACAAGTGCTCTGACTTGCTGAGTCATCACTTCAGTCTTCATC  848

seq1  AAGACATTTGATGAGGACTTACAAAGTATGTAAAATGAAAAATCTGGGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATTTGATGAGGACTTACAAAGTATGTAAAATGAAAAATCTGGGGA  898

seq1  TGACATATAGGGTGAATTC  916
      |||||||||||||||||||
seq2  TGACATATAGGGTGAATTC  917


seq1: chr2_142174791_142175709
seq2: B6Ng01-222N08.g_326_1251

seq1  GAGTAGAAGTGGATTCACCTCCTTCAAACAAAGCAAGTTATCTCTTACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGAAGTGGATTCACCTCCTTCAAACAAAGCAAGTTATCTCTTACAG  50

seq1  ATGTGCCCTCCATTTGTGGATTGTTGTTCATTCAATTGTAAGGTAGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCCTCCATTTGTGGATTGTTGTTCATTCAATTGTAAGGTAGTCAC  100

seq1  CAGAGAAGACTACTGGGACATGAATTTAAGCCAATAAAAAGTTTTTATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGACTACTGGGACATGAATTTAAGCCAATAAAAAGTTTTTATTG  150

seq1  TCTGGCCAGTGTCTACACTGGGTGTTCAGAATCCTAGAATTGCTCTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCAGTGTCTACACTGGGTGTTCAGAATCCTAGAATTGCTCTGAGT  200

seq1  CTTCTCAGGGAGACGTTTAAGCATCAAAACTATGTTCTGGGTTGACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGGGAGACGTTTAAGCATCAAAACTATGTTCTGGGTTGACATAC  250

seq1  TTCAGTTAGCAAGAACAGTTAGCCAAAAACAGAACTACAGAAGCCAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTAGCAAGAACAGTTAGCCAAAAACAGAACTACAGAAGCCAAAAA  300

seq1  TCAAGGTCAGTCCGTTTAGAGACTTTCTCAGAACTATGAACTTTGATGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTCAGTCCGTTTAGAGACTTTCTCAGAACTATGAACTTTGATGGA  350

seq1  TTAGGTCCTTGTTTTCATCTTGGTGGACGGTGCTATCTATGTGCTGAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCCTTGTTTTCATCTTGGTGGACGGTGCTATCTATGTGCTGAGGT  400

seq1  TTACAGCATGAATCATATTTCCATCACAGAGTCAGTTATGCTTCTTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCATGAATCATATTTCCATCACAGAGTCAGTTATGCTTCTTCTGT  450

seq1  TACAATTCCAGATGTGGTCAAGTTGACAACCAAGAATAACCATCATACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTCCAGATGTGGTCAAGTTGACAACCAAGAATAACCATCATACAT  500

seq1  GCCTCTTAAGTTTGGAGTGAGATT-GGAATAAGGGCTGCCCCTCTAAGTT  549
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTAAGTTTGGAGTGAGATTGGGAATAAGGGCTGCCCCTCTAAGTT  550

seq1  TTGCCATGTGTGCTATCTACTAAAAAGTACATATTAAAATTCATATTTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATGTGTGCTATCTACTAAAAAGTACATATTAAAATTCATATTTGG  600

seq1  GATCCCACTGTGATGAATGATTTGGGATGGCTTCGGTGCATCTTCCCTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCACTGTGATGAATGATTTGGGATGGCTTCGGTGCATCTTCCCTGA  650

seq1  AATGGGTGTTTTGTTTT-GTTTTGTTTTTAAATACCACGACTATAGCATC  698
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTGTTTTGTTTTGGTTTTGTTTTTAAATACCACGACTATAGCATC  700

seq1  TA-GGAAAACTACATCCCTT-GCTTGCAGCATTG-TTAAATGGCCAGGTA  745
      || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGGGAAAACTACATCCCTTGGCTTGCAGCATTGTTTAAATGGCCAGGTA  750

seq1  ACAG-TGTTCTAGTTTTCCATGGCCAAGTGC-TTCCATTTTAGGAACAAA  793
      |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| 
seq2  ACAGTTGTTCTAGTTTT-CATGGCCAAGTGCTTTCCATTTTAGG-ACAAC  798

seq1  CAGCCTACCAAGT-GTCACTATATTTATAGTCTTGAAAGTTTGGTATCAC  842
        || ||||| || ||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AGGCTTACCAGGTGGTCAC-ATA-TTATAGTCTGGAAAGTTTGGGATCAC  846

seq1  TCCCA---TGGGAGATATAGGGAAAGGAACATTTACA-GAGA-ATTCACA  887
      | |||    |||| || |||||  | | ||||||||| | || ||||| |
seq2  TTCCAATTGGGGAAATTTAGGG--ATGGACATTTACACGGGAGATTCA-A  893

seq1  GAG-TGGCATTCCAATTTACCACCCTGCAGATC  919
      ||| ||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  GAGTTGGCATTCCAATTTACCACCTGGCAGATC  926


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |