BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223G22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 13,304,042 - 13,437,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCubn, Trdmt1
Upstream gene2310047O13Rik, LOC100040837, Pter, C1ql3, Rsu1
Downstream geneVim, St8sia6, Ptpla, Stam, 2010003H20Rik, Mrc1, Slc39a12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223G22.bB6Ng01-223G22.g
ACCGA038177GA038178
length1,1801,108
definitionB6Ng01-223G22.b B6Ng01-223G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,436,199 - 13,437,348)(13,304,042 - 13,305,166)
sequence
gaattccctttctactgaagttcttgtttccataggtctgatttggtaac
tccacactagactggggtcagggggttcccttcaataggcttattttgtt
gttattgttattaactgaggcctcaagtgtacttgatcaagcaagctaca
ttccccagctcttccctttgtatttatttttatattgagacagactttct
aagttgagcagactaatcatgagcctgctctctagacccagtggtcctta
aactcattatcctcctgcctcatccccttcagtatctgggattaggtggt
acaatcaggcttggggtcaactgggctcaactggctttttctaatgaagg
taaagggtagttgagttgactagtggaataagggctatatttgtgggttc
ccccaccctccgatttttggcaaagatatattcttttcagttatttgcct
ttgttctccactgtaaggaatgtagggggccttagaggatctacagcagg
ggagttcacaaacaaaagcaaagataaagggaaggcaaagtcctaactcc
actgtagtgcaggaaattcagggattacccgcaggaagccttggacactg
ccctgtgtatgcttaccttggccccaaggcctccccctcccccagttcca
ctgctacccgcagtctcagcactaagagatagatccatgttttcttacac
caagatctcgaagtgctctccatacctggctaaataggctgctctagggc
aaggagagggaggcctgccttaatttaaagaagaaaagattactaatttt
tcttcttggtcatctcattcaggcctcagtgatttagagattgtttctgg
aaaaaggcacaaacttccctttgtcttggtttatgtcacgaagtgagaaa
attgtagaagaggagctgagggggcggcctcagctctgctgccagtctgc
ttcctcgccactgtctaccccccccccccccccccgtggtttaaacacta
agacattactactttagaagggaaaccctatttggttggtctaacctaaa
ggtaggtttcctaaagggcttcagtaatgccgactgttttaacatctaag
gtggttggaagtttgctcggtaatttatagaaagttgggcaaaggcattg
tggagagcattgagcagagtcaacaccatg
gaattcattttttcatgggttctttcaaacctatgctctaagaatcatcc
ttgcctttgaaatgtttcctagtccaatagcttatgatgttataaattac
ttaatgtctggctctgcaattgttaatattctaggtagacctcattccat
aagttgtatttaattcttacaatgttaccaagtatctgtcagcgctcctt
ggatttatgatcatacaaacaactgatagaaaatttcagcaatgtttttg
ggcagagggattaacctgaatgctatacaaataaattaatatgtaattca
ctctagagagatttcacatagctccatactctcttggcattaaggaagtg
acttaaggtggcctcatgtcacatctctgtcctaggaaacagctatggga
ccttggacaagtcaacgagtcctctaagtttcctgtctgtgcttataaga
tgaggatatacaagagaattccctcacagtgtaagttgtaactattaaat
aaaataattcttattagttagaaaaataccagggatatagtaaccatttc
ataaacaccactaacctcaccaggcctgagtgtctattaaaacactttgt
taaaaagtatttaacatttaaagtaagtaacttattttgacagcctgaga
tcttaggcagaaaatcagtattgcaacacttaattttggatttgacaaat
ttaatgcttatttctttttacatttcctaagagtccaaaacctagtctat
ggcatgatgtatgcaattggacacttacgcttgctgaagtttttggtaca
ctgctttggctcctggtggatcacacatgtgcacccacccgggagctatt
tttgggatcctcaaatgaaagacacacacattatcttatttttaaatgcc
ttggctacctcaagactgggtacttctaaaccttcccctgaagtggccat
ttacccaaaatcctcacgtgctgatggctttatctcctgaagctctgtat
ccaccctctcccgagtatgggatctctcattctctctgcatctactatac
cacctgtagtgtctgcccatggccagccattggctggtgcatcttatgat
catcgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_13436199_13437348
seq2: B6Ng01-223G22.b_49_1228 (reverse)

seq1  CATGGTG-TGACTCTGCTCA---TCCTCCAC-ATCCCTT--ACCAAC-TT  42
      ||||||| ||||||||||||     |||||| || ||||   ||||| ||
seq2  CATGGTGTTGACTCTGCTCAATGCTCTCCACAATGCCTTTGCCCAACTTT  50

seq1  CTA-ATATTACCGAAGCAACT----ACAACACTAGATG-TAAAACAGTCG  86
      ||| | ||||||||   ||||    || ||  |||||| |||||||||||
seq2  CTATAAATTACCGAGCAAACTTCCAACCACCTTAGATGTTAAAACAGTCG  100

seq1  GCA-TACTG-AGCC--TTAGG-AACCTA-CTTTA-GTTAGA-CAACC-AA  127
      ||| ||||| ||||  ||||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||
seq2  GCATTACTGAAGCCCTTTAGGAAACCTACCTTTAGGTTAGACCAACCAAA  150

seq1  TAGG--TTTCCTTCT-AAGTAGT-ATGTCTTAGTGTTTAAAACAC-GGGG  172
      ||||  || |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  TAGGGTTTCCCTTCTAAAGTAGTAATGTCTTAGTGTTTAAACCACGGGGG  200

seq1  GGGGGGGGGGGGGTAGACAGTGGCGAGGAAGCAGACTGGCAGCAGAGCTG  222
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGGGTAGACAGTGGCGAGGAAGCAGACTGGCAGCAGAGCTG  250

seq1  AGGCCG-CCCCTCAGCTCCTCTTCTACAATTTTCTCACTTCGTGACATAA  271
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGCCCCCTCAGCTCCTCTTCTACAATTTTCTCACTTCGTGACATAA  300

seq1  ACCAAGAC-AAGGGAAGTTTGTGCCTTTTTCCAGAAACAATCTCTAAATC  320
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGACAAAGGGAAGTTTGTGCCTTTTTCCAGAAACAATCTCTAAATC  350

seq1  ACTGAGGCCTGAATGAGATGACCAAGAAGAAAAATTAGTAATCTTTTCTT  370
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGCCTGAATGAGATGACCAAGAAGAAAAATTAGTAATCTTTTCTT  400

seq1  CTTTAAATTAAGGCAGGCCTCCCTCTCCTTGCCCTAGAGCAGCCTATTTA  420
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATTAAGGCAGGCCTCCCTCTCCTTGCCCTAGAGCAGCCTATTTA  450

seq1  GCCAGGTATGGAGAGCACTTCGAGATCTTGGTGTAAGAAAACATGGATCT  470
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTATGGAGAGCACTTCGAGATCTTGGTGTAAGAAAACATGGATCT  500

seq1  ATCTCTTAGTGCTGAGACTGCGGGTAGCAGTGGAACTGGGGGAGGGGGAG  520
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTAGTGCTGAGACTGCGGGTAGCAGTGGAACTGGGGGAGGGGGAG  550

seq1  GCCTTGGGGCCAAGGTAAGCATACACAGGGCAGTGTCCAAGGCTTCCTGC  570
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGGCCAAGGTAAGCATACACAGGGCAGTGTCCAAGGCTTCCTGC  600

seq1  GGGTAATCCCTGAATTTCCTGCACTACAGTGGAGTTAGGACTTTGCCTTC  620
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATCCCTGAATTTCCTGCACTACAGTGGAGTTAGGACTTTGCCTTC  650

seq1  CCTTTATCTTTGCTTTTGTTTGTGAACTCCCCTGCTGTAGATCCTCTAAG  670
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATCTTTGCTTTTGTTTGTGAACTCCCCTGCTGTAGATCCTCTAAG  700

seq1  GCCCCCTACATTCCTTACAGTGGAGAACAAAGGCAAATAACTGAAAAGAA  720
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTACATTCCTTACAGTGGAGAACAAAGGCAAATAACTGAAAAGAA  750

seq1  TATATCTTTGCCAAAAATCGGAGGGTGGGGGAACCCACAAATATAGCCCT  770
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTTTGCCAAAAATCGGAGGGTGGGGGAACCCACAAATATAGCCCT  800

seq1  TATTCCACTAGTCAACTCAACTACCCTTTACCTTCATTAGAAAAAGCCAG  820
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCACTAGTCAACTCAACTACCCTTTACCTTCATTAGAAAAAGCCAG  850

seq1  TTGAGCCCAGTTGACCCCAAGCCTGATTGTACCACCTAATCCCAGATACT  870
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCCAGTTGACCCCAAGCCTGATTGTACCACCTAATCCCAGATACT  900

seq1  GAAGGGGATGAGGCAGGAGGATAATGAGTTTAAGGACCACTGGGTCTAGA  920
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGATGAGGCAGGAGGATAATGAGTTTAAGGACCACTGGGTCTAGA  950

seq1  GAGCAGGCTCATGATTAGTCTGCTCAACTTAGAAAGTCTGTCTCAATATA  970
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGCTCATGATTAGTCTGCTCAACTTAGAAAGTCTGTCTCAATATA  1000

seq1  AAAATAAATACAAAGGGAAGAGCTGGGGAATGTAGCTTGCTTGATCAAGT  1020
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATACAAAGGGAAGAGCTGGGGAATGTAGCTTGCTTGATCAAGT  1050

seq1  ACACTTGAGGCCTCAGTTAATAACAATAACAACAAAATAAGCCTATTGAA  1070
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGAGGCCTCAGTTAATAACAATAACAACAAAATAAGCCTATTGAA  1100

seq1  GGGAACCCCCTGACCCCAGTCTAGTGTGGAGTTACCAAATCAGACCTATG  1120
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCCCCTGACCCCAGTCTAGTGTGGAGTTACCAAATCAGACCTATG  1150

seq1  GAAACAAGAACTTCAGTAGAAAGGGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAGAACTTCAGTAGAAAGGGAATTC  1180

seq1: chr2_13304042_13305166
seq2: B6Ng01-223G22.g_66_1173

seq1  GAATTCATTTTTTCATGGGTTCTTTCAAACCTATGCTCTAAGAATCATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTTCATGGGTTCTTTCAAACCTATGCTCTAAGAATCATCC  50

seq1  TTGCCTTTGAAATGTTTCCTAGTCCAATAGCTTATGATGTTATAAATTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTGAAATGTTTCCTAGTCCAATAGCTTATGATGTTATAAATTAC  100

seq1  TTAATGTCTGGCTCTGCAATTGTTAATATTCTAGGTAGACCTCATTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTCTGGCTCTGCAATTGTTAATATTCTAGGTAGACCTCATTCCAT  150

seq1  AAGTTGTATTTAATTCTTACAATGTTACCAAGTATCTGTCAGCGCTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTATTTAATTCTTACAATGTTACCAAGTATCTGTCAGCGCTCCTT  200

seq1  GGATTTATGATCATACAAACAACTGATAGAAAATTTCAGCAATGTTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTATGATCATACAAACAACTGATAGAAAATTTCAGCAATGTTTTTG  250

seq1  GGCAGAGGGATTAACCTGAATGCTATACAAATAAATTAATATGTAATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGGATTAACCTGAATGCTATACAAATAAATTAATATGTAATTCA  300

seq1  CTCTAGAGAGATTTCACATAGCTCCATACTCTCTTGGCATTAAGGAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAGAGATTTCACATAGCTCCATACTCTCTTGGCATTAAGGAAGTG  350

seq1  ACTTAAGGTGGCCTCATGTCACATCTCTGTCCTAGGAAACAGCTATGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGGTGGCCTCATGTCACATCTCTGTCCTAGGAAACAGCTATGGGA  400

seq1  CCTTGGACAAGTCAACGAGTCCTCTAAGTTTCCTGTCTGTGCTTATAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGACAAGTCAACGAGTCCTCTAAGTTTCCTGTCTGTGCTTATAAGA  450

seq1  TGAGGATATACAAGAGAATTCCCTCACAGTGTAAGTTGTAACTATTAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATATACAAGAGAATTCCCTCACAGTGTAAGTTGTAACTATTAAAT  500

seq1  AAAATAATTCTTATTAGTTAGAAAAATACCAGGGATATAGTAACCATTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATTCTTATTAGTTAGAAAAATACCAGGGATATAGTAACCATTTC  550

seq1  ATAAACACCACTAACCTCACCAGGCCTGAGTGTCTATTAAAACACTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACCACTAACCTCACCAGGCCTGAGTGTCTATTAAAACACTTTGT  600

seq1  TAAAAAGTATTTAACATTTAAAGTAAGTAACTTATTTTGACAGCCTGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTATTTAACATTTAAAGTAAGTAACTTATTTTGACAGCCTGAGA  650

seq1  TCTTAGGCAGAAAATCAGTATTGCAACACTTAATTTTGGATTTGACAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGCAGAAAATCAGTATTGCAACACTTAATTTTGGATTTGACAAAT  700

seq1  TTAATGCTTATTTCTTTTTACATTTCCTAAGAGTCCAAAACCTAGTCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCTTATTTCTTTTTACATTTCCTAAGAGTCCAAAACCTAGTCTAT  750

seq1  GGCATGATGTATGCAATTGGACACTTACGCTTGCTGAAGTTTTTGGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGATGTATGCAATTGGACACTTACGCTTGCTGAAGTTTTTGGTACA  800

seq1  CTGCTTTGGCTCCTGGTGGATCACACATGTGCACCCACCCGGGAGCTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGGCTCCTGGTGGATCACACATGTGCACCCACCCGGGAGCTATT  850

seq1  TTT-GGATCCTCAAATGAAAGACACACACATTATCTTATTTTTAAATGCC  899
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGATCCTCAAATGAAAGACACACACATTATCTTATTTTTAAATGCC  900

seq1  TTGGCTACCTCAAAGACTGGGTACTTCTAAACCTTCCCCTGAAGTGGCCA  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTACCTC-AAGACTGGGTACTTCTAAACCTTCCCCTGAAGTGGCCA  949

seq1  TTTACCCAAAAT-CTCACGTGGCTGGTTGGCTTTATCTCCTGAAGCTCTG  998
      |||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCCAAAATCCTCACGT-GCT-GATGGCTTTATCTCCTGAAGCTCTG  997

seq1  TATCCCACCCTTCTTCCCGGAGTTATGGGGAATCTCTCATTCTTCTCTGC  1048
      ||| |||||| |||  || ||| ||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  TAT-CCACCC-TCT--CCCGAG-TATGGG--ATCTCTCATTC-TCTCTGC  1039

seq1  ATCCTACCTATA-CAACTGTAAGTGTCCTGCCCCATGCCCAGCCATTGGC  1097
      || ||| ||||| || |||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||
seq2  AT-CTA-CTATACCACCTGT-AGTGT-CTG-CCCATGGCCAGCCATTGGC  1084

seq1  TGTTGGCATCTTTATTGATCAATCGAAA  1125
      || | |||||||   ||||| |||||||
seq2  TGGT-GCATCTT--ATGATC-ATCGAAA  1108