BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223L09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 128,863,597 - 128,978,066
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668894, Ttl, LOC100043738, Rpo1-2, Chchd5
Upstream geneAcoxl, Bcl2l11, LOC100043424, LOC100043729, LOC383791, LOC100043730, Gm355, Anapc1, Mertk, Tmem87b, 1600015H20Rik, Zc3h8, LOC100043735, LOC100043736, Zc3h6
Downstream geneLOC545461, LOC100043431, Slc20a1, A730036I17Rik, LOC671466, Ckap2l, Il1a, Il1b, OTTMUSG00000015529, LOC668896, F830045P16Rik, Sirpa, Pdyn, Ppia-ps2_1620.1, Stk35, Tgm3, AU015228, LOC100043438, Tgm6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223L09.bB6Ng01-223L09.g
ACCGA038373GA038374
length1,0971,124
definitionB6Ng01-223L09.b B6Ng01-223L09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,976,984 - 128,978,066)(128,863,597 - 128,864,699)
sequence
gaattctctgcaacagggtcatttattttgtgctcagtgcatgatgggag
aggcagtctcctgcttagtggaatgacagacagtgcagctcgctcaggcc
ttggctccagccatcctcactttctctcccatctcgtcaccttcacaagg
acagatattttgtccatttaagtaattctcaaacttaaattggacaaata
catatctttgttcatttttccctttttaactttatttttaactaatctcc
aaaacaatcataaaatttgcacatactaacagggtgttacgtaaggtttt
tatacatatgtacattgcagaatatttaaataaggttaaacatctctgtg
tcttcaatgacttgccattgctctatggcaaaaactctagaatcgttctg
tctgctcctttaaaatatgtatattatattaccatgtactagcgcaccgg
tgtgcttgctcctgtctaattgtagcctaacgcccattgatcagcctttc
ctcatccacgtttaaatttttgaagatttgccagcttggtttcaaagcag
cagcagcagcagcagcagcaccatcttgcctctgtcccccacagacagat
atgccaccacaaacaccatgagctcttggctatttcctagtttccaatcc
tgccaaacacccactctctcatttcttcaccaattacatgaaagtcttga
tttcctaaaaagtttagttgatttattgagatgaaggggggaagccttaa
tgaaacaaacattaattctgagttctgttgtttctttattccccattcac
ccttcccaatctcacagagctgaacagcaaatgttagatgtaaacatttt
taataagctgccagtttttatcatataaaagctttagctttatacgttat
ttgattccgttcatgtgcgattatatttatcatgagtagcaggaggatcg
cacccgtttcacttagcagcttgttaacgtattattttttgaatattgga
tatgtttggtgttgaggggctctgtttgcattgaggacctggctgccaac
gattggggccagcctgggagctgctgtctctgcttgagatctaggca
gaattctgctctggcgtgttggtgcatggtaaggtcactacttgatggtt
cctgttctccatagtagtgacacctttgctgacagcagggagtggaaatc
tccacccatgtatgcaggtgccagggaccactgtgtaggaaagttgttct
actggtagcaaagaggtgtttgggccacttttccataacccaggtacccg
ctggtactttatttcagaagctgtgggatgctgggggctggggagaataa
aataagaccaccccttggtcatatcaaacctttggacctggactcgaagt
gggctgaggatgtctggatggttggacccatccagcccctcgcggacttg
ctgggctgcatggatgaggtgctttgccatggttaaaaagacatctgtgt
cctgagcactgtcctcagctctgctgccttcagtggctgcacctagggtc
acggaagactgtgccagctgttgaaccacgactctcatcccgttccggaa
aataggatcagggtcttgacccacatatctgctcatcacctgtactatgt
gggtggctcttccgcgtaagaatgccacagatctggaaaactctctggac
gctccgctcctcagagcaattgtggacaagtccaagtgtttagtcatttc
ctggatggacacactcaggaattctggaatgttgagaacgacatcaaagc
atgacaggaggtgttcggattccctggcccaagcctcaagcagggcctgg
agggtggcagggctccaatccaggccaagcgtctggggactttgtgaaaa
gagttctttcactttgatcacaagcctctgaagacctgccacggcagcct
ccaagtctctgccagttttgctgctgtgggcagcagacccaaaccaatgg
gccacccggatcatcttgcttagcctggttgtggaaagcatcgagaagta
tctgggacagtctcttgccaaggcttcgcttattcacaagcggaaacctg
gatatgggacgtcgccaaaggcggcctgaaaccagtgttcctctagagtg
actttgggtgttctgtgaccgtgtcagaattcctggctgcaagtaacctc
cagtgcgaactggctcgtaaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_128976984_128978066
seq2: B6Ng01-223L09.b_58_1145 (reverse)

seq1  TGCCTAGATCTCAAAGCAGAGACAGCAGCTCCCA-GCTGGGCCCCATCGT  49
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||
seq2  TGCCTAGATCTC-AAGCAGAGACAGCAGCTCCCAGGCTGGCCCCAATCGT  49

seq1  TGGCAGCCAAGTCCTCAATGCAAACAGAG-CCCTC-ACACC-AACATATC  96
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
seq2  TGGCAGCCAGGTCCTCAATGCAAACAGAGCCCCTCAACACCAAACATATC  99

seq1  CAATATTC-AAAAATAATACGTTAACAAGCTGCTAAGTGAAACGGGTGCG  145
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTCAAAAAATAATACGTTAACAAGCTGCTAAGTGAAACGGGTGCG  149

seq1  ATCCTCCTGCTACTCATGATAAATATAATCGCACATGAACGGAATCAAAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTGCTACTCATGATAAATATAATCGCACATGAACGGAATCAAAT  199

seq1  AACGTATAAAGCTAAAGCTTTTATATGATAAAAACTGGCAGCTTATT-AA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACGTATAAAGCTAAAGCTTTTATATGATAAAAACTGGCAGCTTATTAAA  249

seq1  AATGTTTACATCTAACATTTGCTGTTCAGCTCTGTGAGATTGGGAAGGGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTACATCTAACATTTGCTGTTCAGCTCTGTGAGATTGGGAAGGGT  299

seq1  GAATGGGGAATAAAGAAACAACAGAACTCAGAATTAATGTTTGTTTCATT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGGAATAAAGAAACAACAGAACTCAGAATTAATGTTTGTTTCATT  349

seq1  AAGGCTTCCCCCCTTCATCTCAATAAATCAACTAAACTTTTTAGGAAATC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTCCCCCCTTCATCTCAATAAATCAACTAAACTTTTTAGGAAATC  399

seq1  AAGACTTTCATGTAATTGGTGAAGAAATGAGAGAGTGGGTGTTTGGCAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTCATGTAATTGGTGAAGAAATGAGAGAGTGGGTGTTTGGCAGG  449

seq1  ATTGGAAACTAGGAAATAGCCAAGAGCTCATGGTGTTTGTGGTGGCATAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAACTAGGAAATAGCCAAGAGCTCATGGTGTTTGTGGTGGCATAT  499

seq1  CTGTCTGTGGGGGACAGAGGCAAGATGGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTGGGGGACAGAGGCAAGATGGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT  549

seq1  GCTTTGAAACCAAGCTGGCAAATCTTCAAAAATTTAAACGTGGATGAGGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAAACCAAGCTGGCAAATCTTCAAAAATTTAAACGTGGATGAGGA  599

seq1  AAGGCTGATCAATGGGCGTTAGGCTACAATTAGACAGGAGCAAGCACACC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGATCAATGGGCGTTAGGCTACAATTAGACAGGAGCAAGCACACC  649

seq1  GGTGCGCTAGTACATGGTAATATAATATACATATTTTAAAGGAGCAGACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCGCTAGTACATGGTAATATAATATACATATTTTAAAGGAGCAGACA  699

seq1  GAACGATTCTAGAGTTTTTGCCATAGAGCAATGGCAAGTCATTGAAGACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGATTCTAGAGTTTTTGCCATAGAGCAATGGCAAGTCATTGAAGACA  749

seq1  CAGAGATGTTTAACCTTATTTAAATATTCTGCAATGTACATATGTATAAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGTTTAACCTTATTTAAATATTCTGCAATGTACATATGTATAAA  799

seq1  AACCTTACGTAACACCCTGTTAGTATGTGCAAATTTTATGATTGTTTTGG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTACGTAACACCCTGTTAGTATGTGCAAATTTTATGATTGTTTTGG  849

seq1  AGATTAGTTAAAAATAAAGTTAAAAAGGGAAAAATGAACAAAGATATGTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGTTAAAAATAAAGTTAAAAAGGGAAAAATGAACAAAGATATGTA  899

seq1  TTTGTCCAATTTAAGTTTGAGAATTACTTAAATGGACAAAATATCTGTCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCAATTTAAGTTTGAGAATTACTTAAATGGACAAAATATCTGTCC  949

seq1  TTGTGAAGGTGACGAGATGGGAGAGAAAGTGAGGATGGCTGGAGCCAAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAGGTGACGAGATGGGAGAGAAAGTGAGGATGGCTGGAGCCAAGG  999

seq1  CCTGAGCGAGCTGCACTGTCTGTCATTCCACTAAGCAGGAGACTGCCTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCGAGCTGCACTGTCTGTCATTCCACTAAGCAGGAGACTGCCTCT  1049

seq1  CCCATCATGCACTGAGCACAAAATAAATGACCCTGTTGC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCATGCACTGAGCACAAAATAAATGACCCTGTTGC  1088

seq1: chr2_128863597_128864699
seq2: B6Ng01-223L09.g_68_1191

seq1  GAATTCTGCTCTGGCGTGTTGGTGCATGGTAAGGTCACTACTTGATGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTCTGGCGTGTTGGTGCATGGTAAGGTCACTACTTGATGGTT  50

seq1  CCTGTTCTCCATAGTAGTGACACCTTTGCTGACAGCAGGGAGTGGAAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTCCATAGTAGTGACACCTTTGCTGACAGCAGGGAGTGGAAATC  100

seq1  TCCACCCATGTATGCAGGTGCCAGGGACCACTGTGTAGGAAAGTTGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCATGTATGCAGGTGCCAGGGACCACTGTGTAGGAAAGTTGTTCT  150

seq1  ACTGGTAGCAAAGAGGTGTTTGGGCCACTTTTCCATAACCCAGGTACCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTAGCAAAGAGGTGTTTGGGCCACTTTTCCATAACCCAGGTACCCG  200

seq1  CTGGTACTTTATTTCAGAAGCTGTGGGATGCTGGGGGCTGGGGAGAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACTTTATTTCAGAAGCTGTGGGATGCTGGGGGCTGGGGAGAATAA  250

seq1  AATAAGACCACCCCTTGGTCATATCAAACCTTTGGACCTGGACTCGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGACCACCCCTTGGTCATATCAAACCTTTGGACCTGGACTCGAAGT  300

seq1  GGGCTGAGGATGTCTGGATGGTTGGACCCATCCAGCCCCTCGCGGACTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAGGATGTCTGGATGGTTGGACCCATCCAGCCCCTCGCGGACTTG  350

seq1  CTGGGCTGCATGGATGAGGTGCTTTGCCATGGTTAAAAAGACATCTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGCATGGATGAGGTGCTTTGCCATGGTTAAAAAGACATCTGTGT  400

seq1  CCTGAGCACTGTCCTCAGCTCTGCTGCCTTCAGTGGCTGCACCTAGGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCACTGTCCTCAGCTCTGCTGCCTTCAGTGGCTGCACCTAGGGTC  450

seq1  ACGGAAGACTGTGCCAGCTGTTGAACCACGACTCTCATCCCGTTCCGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAAGACTGTGCCAGCTGTTGAACCACGACTCTCATCCCGTTCCGGAA  500

seq1  AATAGGATCAGGGTCTTGACCCACATATCTGCTCATCACCTGTACTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGATCAGGGTCTTGACCCACATATCTGCTCATCACCTGTACTATGT  550

seq1  GGGTGGCTCTTCCGCGTAAGAATGCCACAGATCTGGAAAACTCTCTGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCTCTTCCGCGTAAGAATGCCACAGATCTGGAAAACTCTCTGGAC  600

seq1  GCTCCGCTCCTCAGAGCAATTGTGGACAAGTCCAAGTGTTTAGTCATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGCTCCTCAGAGCAATTGTGGACAAGTCCAAGTGTTTAGTCATTTC  650

seq1  CTGGATGGACACACTCAGGAATTCTGGAATGTTGAGAACGACATCAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGGACACACTCAGGAATTCTGGAATGTTGAGAACGACATCAAAGC  700

seq1  ATGACAGGAGGTGTTCGGATTCCCTGGCCCAAGCCTCAAGCAGGGCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGGAGGTGTTCGGATTCCCTGGCCCAAGCCTCAAGCAGGGCCTGG  750

seq1  AGGGTGGCAGGGCTCCAATCCAGGCCAAGCGTCTGGGGACTTTGTGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGCAGGGCTCCAATCCAGGCCAAGCGTCTGGGGACTTTGTGAAAA  800

seq1  GAGTTCTTTCACTTTGATCACAAGCCTCTGAAGACCTGCCACGGCAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTTTCACTTTGATCACAAGCCTCTGAAGACCTGCCACGGCAGCCT  850

seq1  CCAAGTCTCTGCCAG-TTTGCTGCTGTGGGCAGCAGACCCAAACCAAATG  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCAAGTCTCTGCCAGTTTTGCTGCTGTGGGCAGCAGACCCAAACC-AATG  899

seq1  GGCCACCCGGATCATC-TGCTTAGCCTGGTTGTGGAAAGCATCGAGAAGT  948
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCCGGATCATCTTGCTTAGCCTGGTTGTGGAAAGCATCGAGAAGT  949

seq1  ATCT-GGACAGTCTC-TGCCAAGGCTTCGCT--ATCAC-AGCGG-AACCT  992
      |||| |||||||||| |||||||||||||||   |||| ||||| |||||
seq2  ATCTGGGACAGTCTCTTGCCAAGGCTTCGCTTATTCACAAGCGGAAACCT  999

seq1  -GATAGTGGACGTCGCC-AAGGCGGCCTG-GACCAGTGT--CTCTAGAG-  1036
       ||||  |||||||||| |||||||||||  ||||||||  |||||||| 
seq2  GGATATGGGACGTCGCCAAAGGCGGCCTGAAACCAGTGTTCCTCTAGAGT  1049

seq1  GACTTTGGGTG-TCTGTGAACGTGTCCAGAAT--CTGGC-GC-AGTAAC-  1080
      ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||  ||||| || |||||| 
seq2  GACTTTGGGTGTTCTGTGACCGTGT-CAGAATTCCTGGCTGCAAGTAACC  1098

seq1  -CCAGCGCGAACT-GCTCG-AAAGAG  1103
       |||| ||||||| ||||| ||||||
seq2  TCCAGTGCGAACTGGCTCGTAAAGAG  1124