BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223M14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 93,788,341 - 93,941,223
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620695, Alkbh3, Hsd17b12
Upstream geneSyt13, LOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335
Downstream geneE530001K10Rik, Ttc17, Itpa-ps1, Api5, LOC100043259
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223M14.bB6Ng01-223M14.g
ACCGA038431GA038432
length1,1111,096
definitionB6Ng01-223M14.b B6Ng01-223M14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,788,341 - 93,789,441)(93,940,124 - 93,941,223)
sequence
gaattcaccactgaagcagtcgaagccttgacttttctcctctgagggtt
tttcaattgttaattcaatgcctttacttggtataagtatacagtcagct
tggtttaaaaatatatatatatatatatatgtatattcagcttaaaactc
atttttttttgttttagttttgtgtctcactcttaacccctgcccccaat
aaaaataagccacactggctcaagaggtatctcaatctatgtaagaggct
ggaaacgaagggatgaccaatgacagccatgccaggcacataagagtaac
taggatactaggatatcaatgcatagcaaacaagtgcaacccaggccaat
gagcatagagcgtgatgacaaggagcagtgtaatgacttgagtgccaccc
aaatcacatgcaaaaatatagccatgattaatagctctacagtaaatgcc
caagctattctgctcaatgttaatttctacattgcatggaggtcagcagc
atgctagtatccacctctcctgatgggtcacatggaaagaaggatcaaag
ctagtgtgcatctgggacagttctgcagagcaagaggtctctgtcacagg
gaaagactctttttatcctgaaatagcccaggatagcaggcagcttatcc
cacattccttctaggttgagggttggtgaagccaagttacctctagcaaa
acttgctggtgcatgcctgtaatcctagcacccagggtatgaggcaggag
agtaacatgagtccaggccagactagaatacagaataagacctgtaatgg
ttttgtatatgttcggcccagggcatggcactattagagggtgtggccct
gttggagtaggtgtgtcattgtggatgtgggctttaagaccctcattcta
gctgctggaaaccagtattctgctagcagtctttagagctctcagttcct
cctgtaccatgcctgcctggatgtgaccattttccctgcccttgatgata
acagactgaaccctgtaagccagccccaattaaatgttgtccttgaaaag
acttggcttggtcatgatgccttgtttccacagcagtaaaacctctaact
taagaagagaa
gaattcctgagtgggcccaacattcctgcagagtgactatcagctagaga
tatgatgaagtgatcgttcagatgagatgatcacttcctgtttcctgtag
ctcctcatacttactattactcaataactacttgggcccagaagacattg
agtacgcagcctcttatccattgaggtctcttagcatacatagaaagaaa
ttcagcattgcttacaaggcagtgtacagcatttgcatggcatgaacatt
tgaggggatttaccttatttttagtgagatgtatttcttctgtaattgaa
cttggggtcgctacctgtgttactagtcagatccaaccacccatccttaa
taagccaatcaaaagaaccaaattaacagcagaaagaaaaaaagattttt
tttcaatatggctatattggaaagcgggaccaagagatctgttgaatcct
ccaagtccttaaatgagatgaaagtttaaatagagggaccaataaactta
actgtttaaagtatatgcacatagactctaagaagcttgccaaggtgtgg
tcccaaccattactgacccatcattcttttgatttcagtctcattcattc
attcatttcttttttttaaaaagatttatttatttatttacttacttact
ttatgtatatgagtgcactgtggctgtactgatggttgtgagccatcatg
tgtttgctggaaatgaaggttgctcactccagtcggccctgctcactctg
gcctaaagatttatttatcattatatcaaagtacagtgtagctgtctttc
aaacataccagaagaggacatcagatctcattgcagatggttgggagccg
tagttgttgagatttgagctcagggacctttggaagagcagtcagtgttc
ttaactgtgagccacttcggcccaagttgccattttctttgagttccatt
acttaaatagtctgagtcagatttggctacacttctggtaggtacgtaag
ggcatgtgctactaggtggtggctttgatgagagtgtgtcagtgtgcggt
gggcttaggtcctcttatgcccactcgtgttctgatcattatgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_93788341_93789441
seq2: B6Ng01-223M14.b_49_1159

seq1  GAATTCACCACTGAAGCAGTCGAAGCCTTGACTTTTCTCCTCTGAGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCACTGAAGCAGTCGAAGCCTTGACTTTTCTCCTCTGAGGGTT  50

seq1  TTTCAATTGTTAATTCAATGCCTTTACTTGGTATAAGTATACAGTCAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTGTTAATTCAATGCCTTTACTTGGTATAAGTATACAGTCAGCT  100

seq1  TGGTTTAAAAATATATATATATATATATATGTATATTCAGCTTAAAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAAAATATATATATATATATATATGTATATTCAGCTTAAAACTC  150

seq1  ATTTTTTTTTGTTTTAGTTTTGTGTCTCACTCTTAACCCCTGCCCCCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTTGTTTTAGTTTTGTGTCTCACTCTTAACCCCTGCCCCCAAT  200

seq1  AAAAATAAGCCACACTGGCTCAAGAGGTATCTCAATCTATGTAAGAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAGCCACACTGGCTCAAGAGGTATCTCAATCTATGTAAGAGGCT  250

seq1  GGAAACGAAGGGATGACCAATGACAGCCATGCCAGGCACATAAGAGTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACGAAGGGATGACCAATGACAGCCATGCCAGGCACATAAGAGTAAC  300

seq1  TAGGATACTAGGATATCAATGCATAGCAAACAAGTGCAACCCAGGCCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATACTAGGATATCAATGCATAGCAAACAAGTGCAACCCAGGCCAAT  350

seq1  GAGCATAGAGCGTGATGACAAGGAGCAGTGTAATGACTTGAGTGCCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATAGAGCGTGATGACAAGGAGCAGTGTAATGACTTGAGTGCCACCC  400

seq1  AAATCACATGCAAAAATATAGCCATGATTAATAGCTCTACAGTAAATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACATGCAAAAATATAGCCATGATTAATAGCTCTACAGTAAATGCC  450

seq1  CAAGCTATTCTGCTCAATGTTAATTTCTACATTGCATGGAGGTCAGCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTATTCTGCTCAATGTTAATTTCTACATTGCATGGAGGTCAGCAGC  500

seq1  ATGCTAGTATCCACCTCTCCTGATGGGTCACATGGAAAGAAGGATCAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGTATCCACCTCTCCTGATGGGTCACATGGAAAGAAGGATCAAAG  550

seq1  CTAGTGTGCATCTGGGACAGTTCTGCAGAGCAAGAGGTCTCTGTCACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTGCATCTGGGACAGTTCTGCAGAGCAAGAGGTCTCTGTCACAGG  600

seq1  GAAAGACTCTTTTTATCCTGAAATAGCCCAGGATAGCAGGCAGCTTATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTCTTTTTATCCTGAAATAGCCCAGGATAGCAGGCAGCTTATCC  650

seq1  CACATTCCTTCTAGGTTGAGGGTTGGTGAAGCCAAGTTACCTCTAGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCCTTCTAGGTTGAGGGTTGGTGAAGCCAAGTTACCTCTAGCAAA  700

seq1  ACTTGCTGGTGCATGCCTGTAATCCTAGCACCCAGGGTATGAGGCAGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTGGTGCATGCCTGTAATCCTAGCACCCAGGGTATGAGGCAGGAG  750

seq1  AGTAACATGAGTCCAGGCCAGACTAGAATACAGAATAAGACCTGTAATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACATGAGTCCAGGCCAGACTAGAATACAGAATAAGACCTGTAATGG  800

seq1  -TTTGTATATGTTCGGCCCAGGGCATGGCACTATTAGAGGGTGTGGCCCT  849
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATATGTTCGGCCCAGGGCATGGCACTATTAGAGGGTGTGGCCCT  850

seq1  GTTGGAGTAGGTGTGTCATTGTGGATGTGGGCTTTAAGACCCTCATTCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGTAGGTGTGTCATTGTGGATGTGGGCTTTAAGACCCTCATTCTA  900

seq1  GCTGCTGGAAACCAGTATTCTGCTAGCAGTCTTTAGAGCTCTCAGTTCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGAAACCAGTATTCTGCTAGCAGTCTTTAGAGCTCTCAGTTCCT  950

seq1  CCTGTACCATGCCTGCCTGGATGTGACCATTTT-CCTG-CCTTGATGATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  CCTGTACCATGCCTGCCTGGATGTGACCATTTTCCCTGCCCTTGATGATA  1000

seq1  ACAGACTGAA-CCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTGAAAAG  1046
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGAACCCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTGAAAAG  1050

seq1  ACTTGCCTTGGTCATGATGCC-TGTT--CACAGCAGTAAAA-CTCTAAC-  1091
      ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||| 
seq2  ACTTGGCTTGGTCATGATGCCTTGTTTCCACAGCAGTAAAACCTCTAACT  1100

seq1  TAAG-AGAGAA  1101
      |||| ||||||
seq2  TAAGAAGAGAA  1111

seq1: chr2_93940124_93941223
seq2: B6Ng01-223M14.g_70_1165 (reverse)

seq1  CTACATATTGATCAGAACACGAGTGGGCATAGGA-GACCTTAAAGCCCAC  49
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||| 
seq2  CTACATAATGATCAGAACACGAGTGGGCATAAGAGGACCT--AAGCCCA-  47

seq1  CCGCACACTGACACACTTCCTTCAACAAAGCCA-CACCTAGTAGCACCAT  98
      |||||||||||||||||    ||| |||||||| |||||||||||| |||
seq2  CCGCACACTGACACACT---CTCATCAAAGCCACCACCTAGTAGCA-CAT  93

seq1  GCCCCTACGTACCCTACCAGAAGTGTAGCCAAATCTGACTCAGACTATTT  148
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTACGTA-CCTACCAGAAGTGTAGCCAAATCTGACTCAGACTATTT  142

seq1  AAGTAATGGAACTCAAAG-AAATGGCAAACTTGGGCCGAAGTGGCTCACA  197
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATGGAACTCAAAGAAAATGGC-AACTTGGGCCGAAGTGGCTCACA  191

seq1  GTTAAGAACACTGACTGCTCTTCCAAAGGT-CCTGAGCTCAAATCTCAAC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAACACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCCTGAGCTCAAATCTCAAC  241

seq1  AACTACGGCTCCCAACCATCTGCAATGAGATCTGATGTCCTCTTCTGGTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACGGCTCCCAACCATCTGCAATGAGATCTGATGTCCTCTTCTGGTA  291

seq1  TGTTTG-AAGACAGCTACACTGTACTTTGATATAATGATAAATAAATCTT  345
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAAGACAGCTACACTGTACTTTGATATAATGATAAATAAATCTT  341

seq1  TAGGCCAGAGTGAGCAGGGCCGACTGGAGTGAGCAACCTTCATTTCCAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAGAGTGAGCAGGGCCGACTGGAGTGAGCAACCTTCATTTCCAGC  391

seq1  AAACACATGATGGCTCACAACCATCAGTACAGCCACAGTGCACTCATATA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATGATGGCTCACAACCATCAGTACAGCCACAGTGCACTCATATA  441

seq1  CATAAAGTAAGTAAGTAAATAAATAAATAAATCTTTTTAAAAAAAAGAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGTAAGTAAGTAAATAAATAAATAAATCTTTTTAAAAAAAAGAAA  491

seq1  TGAATGAATGAATGAGACTGAAATCAAAAGAATGATGGGTCAGTAATGGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAATGAATGAGACTGAAATCAAAAGAATGATGGGTCAGTAATGGT  541

seq1  TGGGACCACACCTTGGCAAGCTTCTTAGAGTCTATGTGCATATACTTTAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCACACCTTGGCAAGCTTCTTAGAGTCTATGTGCATATACTTTAA  591

seq1  ACAGTTAAGTTTATTGGTCCCTCTATTTAAACTTTCATCTCATTTAAGGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAAGTTTATTGGTCCCTCTATTTAAACTTTCATCTCATTTAAGGA  641

seq1  CTTGGAGGATTCAACAGATCTCTTGGTCCCGCTTTCCAATATAGCCATAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGGATTCAACAGATCTCTTGGTCCCGCTTTCCAATATAGCCATAT  691

seq1  TGAAAAAAAATCTTTTTTTCTTTCTGCTGTTAATTTGGTTCTTTTGATTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAAAATCTTTTTTTCTTTCTGCTGTTAATTTGGTTCTTTTGATTG  741

seq1  GCTTATTAAGGATGGGTGGTTGGATCTGACTAGTAACACAGGTAGCGACC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTAAGGATGGGTGGTTGGATCTGACTAGTAACACAGGTAGCGACC  791

seq1  CCAAGTTCAATTACAGAAGAAATACATCTCACTAAAAATAAGGTAAATCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCAATTACAGAAGAAATACATCTCACTAAAAATAAGGTAAATCC  841

seq1  CCTCAAATGTTCATGCCATGCAAATGCTGTACACTGCCTTGTAAGCAATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATGTTCATGCCATGCAAATGCTGTACACTGCCTTGTAAGCAATG  891

seq1  CTGAATTTCTTTCTATGTATGCTAAGAGACCTCAATGGATAAGAGGCTGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTTCTTTCTATGTATGCTAAGAGACCTCAATGGATAAGAGGCTGC  941

seq1  GTACTCAATGTCTTCTGGGCCCAAGTAGTTATTGAGTAATAGTAAGTATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCAATGTCTTCTGGGCCCAAGTAGTTATTGAGTAATAGTAAGTATG  991

seq1  AGGAGCTACAGGAAACAGGAAGTGATCATCTCATCTGAACGATCACTTCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTACAGGAAACAGGAAGTGATCATCTCATCTGAACGATCACTTCA  1041

seq1  TCATATCTCTAGCTGATAGTCACTCTGCAGGAATGTTGGGCCCACTCAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCTCTAGCTGATAGTCACTCTGCAGGAATGTTGGGCCCACTCAGG  1091

seq1  AATTC  1100
      |||||
seq2  AATTC  1096