BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223P19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 154,376,562 - 154,556,301
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApba2bp, E2f1, Pxmp4, Zfp341, Chmp4b, LOC668936
Upstream geneCommd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465, 5430413K10Rik, OTTMUSG00000015915, Cdk5rap1, Snta1, Cbfa2t2, 1700003F12Rik
Downstream geneLOC435692, Raly, Eif2s2, a, Ahcy, Itch, LOC100043877, LOC668931, Dynlrb1, Map1lc3a, Cdc91l1, Trp53inp2, Ncoa6, LOC668938, Ggtl3, Acss2, Gss, Myh7b, Trpc4ap, Edem2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223P19.bB6Ng01-223P19.g
ACCGA038579GA038580
length893625
definitionB6Ng01-223P19.b B6Ng01-223P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,376,562 - 154,377,813)(154,555,677 - 154,556,301)
sequence
gaattcagtaccacagattgcttaaaacaaaaattgagctgggcggtggt
ggctcacgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcggatttc
tgagtttgaggccagtctggtctacaaagtcagttccaggagagccaggg
ctacacagagaaaccctgtctcgagaaaaaaaaaaaagtcttacacactg
agaatgtttcacctggggctagagatggcagaatgcctcagctcactaga
accataagctatgcaattaaggctgcacttgtgttactatccacaggctg
gaattgtgctggaaaatgtgtgaaccatacacagtatgtgtctccctact
cgagagctaattgccctgtcaaatgttatcagcacatgcatgcttggctc
aagctggctccatcatctcccctacaactgtaattgggaactttaagaga
ccttcccagttatacctatatgggcagatcctgttcctaagacctatttt
tgcccctatgatccagaaaatatccaggatctctgtaataagatccttat
tttagcttaggtgcatctgagtcttctatttgcaaccaacatggtctatc
caggaggcagggctcattgctgtctttaggagttagaaacaccacggaag
agacttggacttgcttagggttgctatgtgagcttcaaagctgaaggggt
cagaccagaccccatgcggctgtcacacagggaaagtacctgtacatctg
aagtttctctttagaaccgagagttaaagtgctggacatctagccagagc
acataaatactccaaacagacagatccttaacatgggctcccaaatggct
gctgccattagcccacgcaaggggggtggaggaggggggttgc
gaattcccaaggtttaagtctcagggatacagcttaccagctacctggtg
tatttgccctgagcctcagttccatatctgtgaagtgcagatggtctaag
accatcatgaatggaatttgttgctgcttggagtttgcttagcacagtaa
tctgcacatagtgaactcccattaaactgtccctaaggttctcactctat
gctgttgtgccctgagtccaattgcaaagcccgctgcaactcgccaagag
tctttttattgtttcaagttcgaacccggttcacccacctagcactcact
gcgtgaatgttggcaagcaaccctgagtccagaaaacattggtttatata
cagtacaggaatagtgtgaatatttacagagaaggggaatagagggtgga
atagtactgaagcgtgagggtgggttaatgggtgcctgttcagggactaa
ttttatggccagtcgtaactgtctgtgacctgacctctgtttacctttta
ctttttccatggtctcccttgagctcaaggacaggcacctggagagttat
caggagaagtgttgggtgttggtttttggagacccagaggcagggagaat
gtctcacgataggggagtgggatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_154376562_154377813
seq2: B6Ng01-223P19.b_45_937

seq1  GAATTCAGTACCACAGATTGCTTAAAACAAAAATTGAGCTGGGCGGTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACCACAGATTGCTTAAAACAAAAATTGAGCTGGGCGGTGGT  50

seq1  GGCTCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTC  100

seq1  TGAGTTTGAGGCCAGTCTGGTCTACAAAGTCAGTTCCAGGAGAGCCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTGAGGCCAGTCTGGTCTACAAAGTCAGTTCCAGGAGAGCCAGGG  150

seq1  CTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAGAAAAAAAAAAAAGTCTTACACACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAGAAAAAAAAAAAAGTCTTACACACTG  200

seq1  AGAATGTTTCACCTGGGGCTAGAGATGGCAGAATGCCTCAGCTCACTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTTCACCTGGGGCTAGAGATGGCAGAATGCCTCAGCTCACTAGA  250

seq1  ACCATAAGCTATGCAATTAAGGCTGCACTTGTGTTACTATCCACAGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAGCTATGCAATTAAGGCTGCACTTGTGTTACTATCCACAGGCTG  300

seq1  GAATTGTGCTGGAAAATGTGTGAACCATACACAGTATGTGTCTCCCTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTGCTGGAAAATGTGTGAACCATACACAGTATGTGTCTCCCTACT  350

seq1  CGAGAGCTAATTGCCCTGTCAAATGTTATCAGCACATGCATGCTTGGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGCTAATTGCCCTGTCAAATGTTATCAGCACATGCATGCTTGGCTC  400

seq1  AAGCTGGCTCCATCATCTCCCCTACAACTGTAATTGGGAACTTTAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGCTCCATCATCTCCCCTACAACTGTAATTGGGAACTTTAAGAGA  450

seq1  CCTTCCCAGTTATACCTATATGGGCAGATCCTGTTCCTAAGACCTATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCAGTTATACCTATATGGGCAGATCCTGTTCCTAAGACCTATTTT  500

seq1  TGCCCCTATGATCCAGAAAATATCCAGGATCTCTGTAATAAGATCCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTATGATCCAGAAAATATCCAGGATCTCTGTAATAAGATCCTTAT  550

seq1  TTTAGCTTAGGTGCATCTGAGTCTTCTATTTGCAACCAACATGGTCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTAGGTGCATCTGAGTCTTCTATTTGCAACCAACATGGTCTATC  600

seq1  CAGGAGGCAGGGCTCATTGCTGTCTTTAGGAGTTAGAAACACCACGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCAGGGCTCATTGCTGTCTTTAGGAGTTAGAAACACCACGGAAG  650

seq1  AGACTTGGACTTGCTTAGGGTTGCTATGTGAGCTTCAAAGCTGAAGGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGGACTTGCTTAGGGTTGCTATGTGAGCTTCAAAGCTGAAGGGGT  700

seq1  CAGACCAGACCCCATGCGGCTGTCACACAGGGAAAGTACCTGTACATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAGACCCCATGCGGCTGTCACACAGGGAAAGTACCTGTACATCTG  750

seq1  AAGTTTCTCTTTAGAACCGAGAGTTAAAGTGCTGGACATCTAGCCAGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCTCTTTAGAACCGAGAGTTAAAGTGCTGGACATCTAGCCAGAGC  800

seq1  ACATAAATACTCCAAACAGACAGATCCTTAACATGGGCTCCCAAATGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATACTCCAAACAGACAGATCCTTAACATGGGCTCCCAAATGGCT  850

seq1  GCTGCCATTAGCCCACGCAA-GGGGGTGGAGGAGGGGG--TGCCTGCAAG  897
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||       
seq2  GCTGCCATTAGCCCACGCAAGGGGGGTGGAGGAGGGGGGTTGC-------  893

seq1  GCTGAGGTCATAATGAGCCCAATCTAAGTTCCTTCCCACCTCTACATCCA  947
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  GGTAACTCTAGCCAAGCTAAGTGACGTGTGAAGAGAGCTGCCTAGGAAGG  997
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  CTGGGACTCTGGGACTCTAAGGAAGAATCAAGTCTTGACTAATAGTGACA  1047
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  CTACTTTTGAGGTAGTGCCACAAAAAAGGAATCCCTACTCTTAAGAGGTG  1097
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  GAGCCTTATAGCCAAAGGCGGAGCTGAGAACTAAGAGGGCCAGTTATCCG  1147
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  CCCTGAAGGCCCATAGGGCTTCGGGGCACATTGAGCCCTGAAGGTGGCGT  1197
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  CTTCGGTGCACCGGACTCGCCGCGCCCACAGGCTGCCTTCATTGGACCAC  1247
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  893

seq1  GTTGC  1252
           
seq2  -----  893

seq1: chr2_154555677_154556301
seq2: B6Ng01-223P19.g_67_691 (reverse)

seq1  CCATCCCACTCCCCTATCGTGAGACATTCTCCCTGCCTCTGGGTCTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCACTCCCCTATCGTGAGACATTCTCCCTGCCTCTGGGTCTCCAA  50

seq1  AAACCAACACCCAACACTTCTCCTGATAACTCTCCAGGTGCCTGTCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACACCCAACACTTCTCCTGATAACTCTCCAGGTGCCTGTCCTTG  100

seq1  AGCTCAAGGGAGACCATGGAAAAAGTAAAAGGTAAACAGAGGTCAGGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGGGAGACCATGGAAAAAGTAAAAGGTAAACAGAGGTCAGGTCA  150

seq1  CAGACAGTTACGACTGGCCATAAAATTAGTCCCTGAACAGGCACCCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTTACGACTGGCCATAAAATTAGTCCCTGAACAGGCACCCATTA  200

seq1  ACCCACCCTCACGCTTCAGTACTATTCCACCCTCTATTCCCCTTCTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCCTCACGCTTCAGTACTATTCCACCCTCTATTCCCCTTCTCTGT  250

seq1  AAATATTCACACTATTCCTGTACTGTATATAAACCAATGTTTTCTGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCACACTATTCCTGTACTGTATATAAACCAATGTTTTCTGGACT  300

seq1  CAGGGTTGCTTGCCAACATTCACGCAGTGAGTGCTAGGTGGGTGAACCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTGCTTGCCAACATTCACGCAGTGAGTGCTAGGTGGGTGAACCGG  350

seq1  GTTCGAACTTGAAACAATAAAAAGACTCTTGGCGAGTTGCAGCGGGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGAACTTGAAACAATAAAAAGACTCTTGGCGAGTTGCAGCGGGCTTT  400

seq1  GCAATTGGACTCAGGGCACAACAGCATAGAGTGAGAACCTTAGGGACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGGACTCAGGGCACAACAGCATAGAGTGAGAACCTTAGGGACAGT  450

seq1  TTAATGGGAGTTCACTATGTGCAGATTACTGTGCTAAGCAAACTCCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGGAGTTCACTATGTGCAGATTACTGTGCTAAGCAAACTCCAAGC  500

seq1  AGCAACAAATTCCATTCATGATGGTCTTAGACCATCTGCACTTCACAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAAATTCCATTCATGATGGTCTTAGACCATCTGCACTTCACAGAT  550

seq1  ATGGAACTGAGGCTCAGGGCAAATACACCAGGTAGCTGGTAAGCTGTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTGAGGCTCAGGGCAAATACACCAGGTAGCTGGTAAGCTGTATC  600

seq1  CCTGAGACTTAAACCTTGGGAATTC  625
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACTTAAACCTTGGGAATTC  625