BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224A20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 123,442,704 - 123,585,145
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSpata5l1, AA467197, Slc30a4, Pldn, Sqrdl
Downstream gene4930517E11Rik, LOC100043360, Sema6d, LOC100043367, LOC100043369
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224A20.bB6Ng01-224A20.g
ACCGA038627GA038628
length1,0971,128
definitionB6Ng01-224A20.b B6Ng01-224A20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,442,704 - 123,443,805)(123,584,017 - 123,585,145)
sequence
gaattccatgaccaagccaggctaaaggaggtgacattacaaattttttt
attgtcccatgggagcacatgcttaatcacataatggaagtcaggagaaa
ataaatgtttcttctcaatagcactttccattagcctgagtaatttattg
ctaataaaatactttttttatacaatcaacaaattgagtgtgtgatcagg
cttacatactatgtgacatggaaaaccaaggatgatcaagtgccaaacaa
tttctttaatagaatcttcatttcattagctgagctgaatgatggatatg
aaaaagtaaaacagagctatgtgcatgatgcctgaaatgacaatgatgtc
agagttcagaaaaaaatgtgcttcatctctgatatgtacaaaatgcccaa
aaagggagaaaattcaatgttggaaacaggagcacaatgcaattaagata
ggaacaaaaatcaaaagaaagaaaaggtaaaatcattgaaatcatggctt
ttccagatggcctgcagcgtgggttagatataggaaaacaaataagtaaa
ttgttggttacatggtttgaaattttgaaagcgccatatctaaccaaagg
acatagagtgtcattattcagaaaataagcatacacttaacattttatga
tgaaagggtataaggatccagcattacaaagactaatttgatttcatgga
attggaattgacatttgtgaaatgattacaagagtatttaaaagttcaat
cagaaaaagggtgttagattatttatgtataatattataattatttaact
actattctctcatcttaagaaattcttagaaattttagttatagtgctta
gcccatagtttttgtttgtctttaagaaatacctttatactaagtgaaga
aattatggctgtggtcagtaggaaaggcatgtatgtcaaagtcaatgtga
ggtcatataatgtggaatctgtagaataactttaaataatttgaatctca
aaatttcggagatgatgataactgaaaaacatatccagggaagctgtagt
ggagattttagactgggggaggtatgcactatgataagcttatcaga
gaattcactgttacttctagaagtagagcatatgcagacttgagctacca
ctgctcttccccatctgcagtttgatacatacaaccagtttgtgtacaat
gaagcctgcagtgggcacttcacactacaggacttctagattggtaaacc
aaagctgcagagtactgagggatggacagcttcatttgtgactgcacttt
attctctccagtctccttttcaagccatcaccttcttcagatagaaaatt
catgtccttctatagctgtgatgacactagcaacacacagagagatgtgg
tgtttgcagaagtagagtgggtgacattctatgaatgtccatttgtccat
ttgtagcatagacttctatgaaatatgaaaaatagagtactaggacaaat
gttattacttacatagcattttctatggaaccaatgcaattttcaaagac
ttttacaagtactagaatcagtcaataaaaacattctcttgtccccctgc
ctctacaccccaggagctggagaaaaatgtgtgtaccacaagtttgagat
ccactttattctttgaagtaggggctgccactggactcagagctaatgag
ttgtacagaccacttagccagcaagtgcatggatcctacttctggctccc
agccctgcacctagctttgtatacaggtgctacatatctaaacagacatg
ctcatacttggtcagcaagcacttctgcaacaaagctatcaccccacctc
catgctgtcatttttacctatgacattatcttttgttattacagtcttgc
ttttcagtggcctgtgtatgaacttatcactttacttatttctatattat
aaaactcttgggattaagtatttattctcttaccatctcaatttcctata
gcaacctttcattacacaggtctttcagcagattgactaaatgcttacat
taacatttagctatttaaagctgattggacggtaaattaaaaagttaaaa
agagagtaatactttattcaacattctttttctttacaaagatagcattc
aaggaggggtgaactatctattcattatttatttttagaatataagaagg
acccatcaccaatttctgggcaatctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_123442704_123443805
seq2: B6Ng01-224A20.b_46_1142

seq1  GAATTCCATGACCAAGCCAGGCTAAAGGAGGTGACATTACAAATTTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGACCAAGCCAGGCTAAAGGAGGTGACATTACAAATTTTTTT  50

seq1  ATTGTCCCATGGGAGCACATGCTTAATCACATAATGGAAGTCAGGAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCCATGGGAGCACATGCTTAATCACATAATGGAAGTCAGGAGAAA  100

seq1  ATAAATGTTTCTTCTCAATAGCACTTTCCATTAGCCTGAGTAATTTATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTTTCTTCTCAATAGCACTTTCCATTAGCCTGAGTAATTTATTG  150

seq1  CTAATAAAATACTTTTTTTATACAATCAACAAATTGAGTGTGTGATCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAATACTTTTTTTATACAATCAACAAATTGAGTGTGTGATCAGG  200

seq1  CTTACATACTATGTGACATGGAAAACCAAGGATGATCAAGTGCCAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATACTATGTGACATGGAAAACCAAGGATGATCAAGTGCCAAACAA  250

seq1  TTTCTTTAATAGAATCTTCATTTCATTAGCTGAGCTGAATGATGGATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAATAGAATCTTCATTTCATTAGCTGAGCTGAATGATGGATATG  300

seq1  AAAAAGTAAAACAGAGCTATGTGCATGATGCCTGAAATGACAATGATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTAAAACAGAGCTATGTGCATGATGCCTGAAATGACAATGATGTC  350

seq1  AGAGTTCAGAAAAAAATGTGCTTCATCTCTGATATGTACAAAATGCCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAGAAAAAAATGTGCTTCATCTCTGATATGTACAAAATGCCCAA  400

seq1  AAAGGGAGAAAATTCAATGTTGGAAACAGGAGCACAATGCAATTAAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAGAAAATTCAATGTTGGAAACAGGAGCACAATGCAATTAAGATA  450

seq1  GGAACAAAAATCAAAAGAAAGAAAAGGTAAAATCATTGAAATCATGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAAAATCAAAAGAAAGAAAAGGTAAAATCATTGAAATCATGGCTT  500

seq1  TTCCAGATGGCCTGCAGCGTGGGTTAGATATAGGAAAACAAATAAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATGGCCTGCAGCGTGGGTTAGATATAGGAAAACAAATAAGTAAA  550

seq1  TTGTTGGTTACATGGTTTGAAATTTTGAAAGCGCCATATCTAACCAAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGTTACATGGTTTGAAATTTTGAAAGCGCCATATCTAACCAAAGG  600

seq1  ACATAGAGTGTCATTATTCAGAAAATAAGCATACACTTAACATTTTATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAGTGTCATTATTCAGAAAATAAGCATACACTTAACATTTTATGA  650

seq1  TGAAAGGGTATAAGGATCCAGCATTACAAAGACTAATTTGATTTCATGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGGTATAAGGATCCAGCATTACAAAGACTAATTTGATTTCATGGA  700

seq1  ATTGGAATTGACATTTGTGAAATGATTACAAGAGTATTTAAAAGTTCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAATTGACATTTGTGAAATGATTACAAGAGTATTTAAAAGTTCAAT  750

seq1  CAGAAAAAGGGTGTTAGATTATTTATGTATAATATTATAATTATTTAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAGGGTGTTAGATTATTTATGTATAATATTATAATTATTTAACT  800

seq1  ACTATTCTCTCATCTTAAGAAATTCTTAGAAATTTTAGTTATAGTGCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCTCTCATCTTAAGAAATTCTTAGAAATTTTAGTTATAGTGCTTA  850

seq1  GCCCATAGTTTTTGTTTGTCTTTAAGAAATACCTTTATACTAAGTGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATAGTTTTTGTTTGTCTTTAAGAAATACCTTTATACTAAGTGAAGA  900

seq1  AA-TATGGCTGTGGTCAGTAGGAAAGGCATGTATGTCAAAGTCAATGTGA  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGCTGTGGTCAGTAGGAAAGGCATGTATGTCAAAGTCAATGTGA  950

seq1  GGTCATATAATGTGGAATCTGTAGAATAACTTTAAATAATTTGAATCTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATATAATGTGGAATCTGTAGAATAACTTTAAATAATTTGAATCTCA  1000

seq1  AAATTTCGGAGGATGATGATAACTGAAAAACATATCCAGGAAAGCTGGAA  1049
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |
seq2  AAATTTCGGA-GATGATGATAACTGAAAAACATATCCAGGGAAGCT-GTA  1048

seq1  GTGGAAGAATTTTAAGACT-GGGGAGGTATGCACTAATGGATAGCCTTAT  1098
      |||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||||   ||||  |||||
seq2  GTGG-AGA--TTTTAGACTGGGGGAGGTATGCACTA--TGATAAGCTTAT  1093

seq1  CAGA  1102
      ||||
seq2  CAGA  1097

seq1: chr2_123584017_123585145
seq2: B6Ng01-224A20.g_65_1192 (reverse)

seq1  ACAGAT--GCCAGAA--TGGTGATGGGT-CTTCTTATATCTTAAAAAATA  45
      ||||||   ||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||  |
seq2  ACAGATTGCCCAGAAATTGGTGATGGGTCCTTCTTATATTCTAAAAATAA  50

seq1  ATAATGATTAAGATAGTTTCACCCTCCTTTGAAATGCTAATCTTTGTAAA  95
      ||||||| | ||||||||   ||||||||   |||||| |||||||||||
seq2  ATAATGAAT-AGATAGTTCACCCCTCCTT--GAATGCT-ATCTTTGTAAA  96

seq1  G--AAAGAATGTTTGAATAAAGTATTACCTTCTCTTTTTACCTTTTTATT  143
      |  |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |
seq2  GAAAAAGAATG-TTGAATAAAGTATTAC--TCTCTTTTTAACTTTTTAAT  143

seq1  TTACCGTCCAATCAGCTTTTAAATAGCTAATTGTTAATGTAAGCATTTAG  193
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTACCGTCCAATCAGC-TTTAAATAGCTAAATGTTAATGTAAGCATTTAG  192

seq1  TCAATCTGCTGAAAGACCTGTGTAATGAAAGGTTGCTATAGGAAATTGAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGCTGAAAGACCTGTGTAATGAAAGGTTGCTATAGGAAATTGAG  242

seq1  ATGGTAAGAGAATAAATACTTAATCCCAAGAGTTTTATAATATAGAAATA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAGAGAATAAATACTTAATCCCAAGAGTTTTATAATATAGAAATA  292

seq1  AGTAAAGTGATAAGTTCATACACAGGCCACTGAAAAGCAAGACTGTAATA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGTGATAAGTTCATACACAGGCCACTGAAAAGCAAGACTGTAATA  342

seq1  ACAAAAGATAATGTCATAGGTAAAAATGACAGCATGGAGGTGGGGTGATA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGATAATGTCATAGGTAAAAATGACAGCATGGAGGTGGGGTGATA  392

seq1  GCTTTGTTGCAGAAGTGCTTGCTGACCAAGTATGAGCATGTCTGTTTAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTGCAGAAGTGCTTGCTGACCAAGTATGAGCATGTCTGTTTAGA  442

seq1  TATGTAGCACCTGTATACAAAGCTAGGTGCAGGGCTGGGAGCCAGAAGTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGCACCTGTATACAAAGCTAGGTGCAGGGCTGGGAGCCAGAAGTA  492

seq1  GGATCCATGCACTTGCTGGCTAAGTGGTCTGTACAACTCATTAGCTCTGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCATGCACTTGCTGGCTAAGTGGTCTGTACAACTCATTAGCTCTGA  542

seq1  GTCCAGTGGCAGCCCCTACTTCAAAGAATAAAGTGGATCTCAAACTTGTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTGGCAGCCCCTACTTCAAAGAATAAAGTGGATCTCAAACTTGTG  592

seq1  GTACACACATTTTTCTCCAGCTCCTGGGGTGTAGAGGCAGGGGGACAAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACACATTTTTCTCCAGCTCCTGGGGTGTAGAGGCAGGGGGACAAGA  642

seq1  GAATGTTTTTATTGACTGATTCTAGTACTTGTAAAAGTCTTTGAAAATTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTTTTATTGACTGATTCTAGTACTTGTAAAAGTCTTTGAAAATTG  692

seq1  CATTGGTTCCATAGAAAATGCTATGTAAGTAATAACATTTGTCCTAGTAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTTCCATAGAAAATGCTATGTAAGTAATAACATTTGTCCTAGTAC  742

seq1  TCTATTTTTCATATTTCATAGAAGTCTATGCTACAAATGGACAAATGGAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTTCATATTTCATAGAAGTCTATGCTACAAATGGACAAATGGAC  792

seq1  ATTCATAGAATGTCACCCACTCTACTTCTGCAAACACCACATCTCTCTGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAGAATGTCACCCACTCTACTTCTGCAAACACCACATCTCTCTGT  842

seq1  GTGTTGCTAGTGTCATCACAGCTATAGAAGGACATGAATTTTCTATCTGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCTAGTGTCATCACAGCTATAGAAGGACATGAATTTTCTATCTGA  892

seq1  AGAAGGTGATGGCTTGAAAAGGAGACTGGAGAGAATAAAGTGCAGTCACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGATGGCTTGAAAAGGAGACTGGAGAGAATAAAGTGCAGTCACA  942

seq1  AATGAAGCTGTCCATCCCTCAGTACTCTGCAGCTTTGGTTTACCAATCTA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCTGTCCATCCCTCAGTACTCTGCAGCTTTGGTTTACCAATCTA  992

seq1  GAAGTCCTGTAGTGTGAAGTGCCCACTGCAGGCTTCATTGTACACAAACT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCTGTAGTGTGAAGTGCCCACTGCAGGCTTCATTGTACACAAACT  1042

seq1  GGTTGTATGTATCAAACTGCAGATGGGGAAGAGCAGTGGTAGCTCAAGTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTATGTATCAAACTGCAGATGGGGAAGAGCAGTGGTAGCTCAAGTC  1092

seq1  TGCATATGCTCTACTTCTAGAAGTAACAGTGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGCTCTACTTCTAGAAGTAACAGTGAATTC  1128