BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226H03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 134,583,521 - 134,625,270
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433478, Plcb1
Upstream geneHao1, Txndc13, LOC627897
Downstream geneLOC100043487, LOC100043786, LOC100043788, Plcb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226H03.bB6Ng01-226H03.g
ACCGA040384GA040385
length1,1871,139
definitionB6Ng01-226H03.b B6Ng01-226H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,624,094 - 134,625,270)(134,583,521 - 134,584,655)
sequence
gaattcacacttctaataagccaacagaggtgatgattctgctgggccag
agttatacttttgagatccacaatagtgaggctgtgagtcaggaaggcaa
taacaacctagggttatactcctcaggcattccctactatatgagagaca
cgtctctggccttgaactcaccaagtagatcaagctggactgctagtgtg
cccatggatctacctgtatctgtcatgcacatacgtatatattcatacac
acataaaaaatctcatgtgatcctaatatatttctatgggacagtgaaac
tacaaacactgatggcaacagcaaggaaactcagttttcttttctgtcaa
tctcatctggagattttccgtgttggcaagctactctttacctgactcag
gtaggctacaggctgatctgtgttttctcccctgcaagatgctgaagaac
tctaagcatgcccttattgggagatagtttctttaaagatatggttaagt
caagaagtcttcagggtgggtgctaatccaagtatccttagaagaagaag
aacctggggcacagacacaacctgaaagagacagagaggaaaacagctac
ccatgccaagaaaagaggcctggaacaaacttttccctctggctctgaga
agaaaataagctttctaaaactatacatttttagtctcaagaaccaagag
gagagtttctattgaaaatctgtgctactttgtactgaaagcccatatca
attgatatgaaagttaccgttagcctcctgagtagcctcaagcaccagtc
ctcagattccacaactccttccttagcacatgtgtaaggtgtgttggtca
aggctgactacaattctgacttcatggtgactttcataatttcatgctac
tccaagagaacacatgtgactagacacaagcacttctaaataaaccaata
ctttaatatcaacacaggaaaaaggagactgtgatggtccacagggtttg
cccgagatttatataggaaggtggtgggagaaaaatatgctgataatgta
cactggggtgaaaaggagattctgagacagaatatgaaacatatcataca
ctctgagtattggagataaaaagcataataatcactatttgcgtttctcc
gtgccatgactaattattcattaggagcaacaataag

gaattcttagaaatttgcaacgaaaagtcacccaacaaaagaactactaa
agaatgaaaacaaagcagatagaactggaaagagatcagagccatgtttg
ttattggagacaacaaatccatgctgcagcaattgatagacaaaacaggc
ggcaagctagcaagcataaataaaaactcaaccacactgttagccaacag
gatataaatagcatttgtatatcaacctctccattagcagaatacatatt
catttcaagcaccaagggaaataaaccattgagaccatatcctggtctac
gacaacaaaaacctcaacaattgtgatgcagcatgttctaaccacataag
atgcaaaaacatttagcaaaaagtaaacaggaaaatctccaagcaagaaa
gaggagctaaagcaacatgcctctatatgatgatatgatgtacagggcaa
agagaaagattcaagataattctttcaaacactctgagacaggagctctt
gttccttatgtctttctgaaagaacacctctccctgaaggctgtgtgtga
gagtatgaatacaaactaatcccttgtggggacagcttgggaattgagtc
tccagattttcagggtaaaaataggttgcgtttcccatttttgactagtt
tcctcaataattttagggtctgaactcttgatgtaggggctgttacaata
gtagctttggaggccactgaggctgcctatcagagccctattggaggtcc
tttaaggaaaagctattttatcctggtcaaaagaatggaatctactctgg
ctttgggtgaggacatttcactctgatcttttccaaagattgtaacattc
tatatcattgttgcctcccttaagaatgaatcctgaaaaaaaaaaataaa
ataaaagaatgaatcctgctgagcctctccccttaactgggaaatcataa
attcaagatgggttattgtcccctaatgtcatgctatgggatatggggaa
gaaataattattctggaaaatgaaaataatgtactgttgtctcaagaacc
atgtcttctgtaacagtcattgcagagcatcgtcaacagtacgttgcttg
cccattggaaagtactcagaaagatgtaacttaacttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_134624094_134625270
seq2: B6Ng01-226H03.b_43_1229 (reverse)

seq1  ------------CTTATTGGATAATTAGTCATGGCAAGGAGAAAAGC-AA  37
                  | || || |||||||||||||||| ||||||| || ||
seq2  CTTATTGTTGCTCCTAATGAATAATTAGTCATGGCACGGAGAAACGCAAA  50

seq1  TAGGTTGAATTTATTATGC-TTTTATCTC--ATACTCAGAGTTGTATTGA  84
      |||  |||  ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| |||
seq2  TAG--TGA--TTATTATGCTTTTTATCTCCAATACTCAGAG-TGTA-TGA  94

seq1  TTATGTTTCATATTCTGTCTCAGAATTCTCCTTTTTCACCCCAGTGTACA  134
       |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  -TATGTTTCATATTCTGTCTCAGAA-TCTCC-TTTTCACCCCAGTGTACA  141

seq1  TTATCAGCATA-TTTTCT-CCACCA-CTTCCTAATATAAATCTCGGGC-A  180
      ||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |
seq2  TTATCAGCATATTTTTCTCCCACCACCTTCCT-ATATAAATCTCGGGCAA  190

seq1  ACCCTGTGGACCATCACAGTCTCCTTTTTCCTGTGTTGATATTAAAGTAT  230
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTGGACCATCACAGTCTCCTTTTTCCTGTGTTGATATTAAAGTAT  240

seq1  TGGTTTATTTAGAAGTGCTTGTGTCTAGTCACATGTGTTCTCTTGGAGTA  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTATTTAGAAGTGCTTGTGTCTAGTCACATGTGTTCTCTTGGAGTA  290

seq1  GCATGAAATTATGAAAGTCACCATGAAGTCAGAATTGTAGTCAGCCTTGA  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAATTATGAAAGTCACCATGAAGTCAGAATTGTAGTCAGCCTTGA  340

seq1  CCAACACACCTTACACATGTGCTAAGGAAGGAGTTGTGGAATCTGAGGAC  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACACCTTACACATGTGCTAAGGAAGGAGTTGTGGAATCTGAGGAC  390

seq1  TGGTGCTTGAGGCTACTCAGGAGGCTAACGGTAACTTTCATATCAATTGA  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTTGAGGCTACTCAGGAGGCTAACGGTAACTTTCATATCAATTGA  440

seq1  TATGGGCTTTCAGTACAAAGTAGCACAGATTTTCAATAGAAACTCTCCTC  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCTTTCAGTACAAAGTAGCACAGATTTTCAATAGAAACTCTCCTC  490

seq1  TTGGTTCTTGAGACTAAAAATGTATAGTTTTAGAAAGCTTATTTTCTTCT  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTTGAGACTAAAAATGTATAGTTTTAGAAAGCTTATTTTCTTCT  540

seq1  CAGAGCCAGAGGGAAAAGTTTGTTCCAGGCCTCTTTTCTTGGCATGGGTA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCAGAGGGAAAAGTTTGTTCCAGGCCTCTTTTCTTGGCATGGGTA  590

seq1  GCTGTTTTCCTCTCTGTCTCTTTCAGGTTGTGTCTGTGCCCCAGGTTCTT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTCCTCTCTGTCTCTTTCAGGTTGTGTCTGTGCCCCAGGTTCTT  640

seq1  CTTCTTCTAAGGATACTTGGATTAGCACCCACCCTGAAGACTTCTTGACT  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTAAGGATACTTGGATTAGCACCCACCCTGAAGACTTCTTGACT  690

seq1  TAACCATATCTTTAAAGAAACTATCTCCCAATAAGGGCATGCTTAGAGTT  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATATCTTTAAAGAAACTATCTCCCAATAAGGGCATGCTTAGAGTT  740

seq1  CTTCAGCATCTTGCAGGGGAGAAAACACAGATCAGCCTGTAGCCTACCTG  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCATCTTGCAGGGGAGAAAACACAGATCAGCCTGTAGCCTACCTG  790

seq1  AGTCAGGTAAAGAGTAGCTTGCCAACACGGAAAATCTCCAGATGAGATTG  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGTAAAGAGTAGCTTGCCAACACGGAAAATCTCCAGATGAGATTG  840

seq1  ACAGAAAAGAAAACTGAGTTTCCTTGCTGTTGCCATCAGTGTTTGTAGTT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAGAAAACTGAGTTTCCTTGCTGTTGCCATCAGTGTTTGTAGTT  890

seq1  TCACTGTCCCATAGAAATATATTAGGATCACATGAGATTTTTTATGTGTG  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTCCCATAGAAATATATTAGGATCACATGAGATTTTTTATGTGTG  940

seq1  TATGAATATATACGTATGTGCATGACAGATACAGGTAGATCCATGGGCAC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATATATACGTATGTGCATGACAGATACAGGTAGATCCATGGGCAC  990

seq1  ACTAGCAGTCCAGCTTGATCTACTTGGTGAGTTCAAGGCCAGAGACGTGT  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCAGTCCAGCTTGATCTACTTGGTGAGTTCAAGGCCAGAGACGTGT  1040

seq1  CTCTCATATAGTAGGGAATGCCTGAGGAGTATAACCCTAGGTTGTTATTG  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATATAGTAGGGAATGCCTGAGGAGTATAACCCTAGGTTGTTATTG  1090

seq1  CCTTCCTGACTCACAGCCTCACTATTGTGGATCTCAAAAGTATAACTCTG  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGACTCACAGCCTCACTATTGTGGATCTCAAAAGTATAACTCTG  1140

seq1  GCCCAGCAGAATCATCACCTCTGTTGGCTTATTAGAAGTGTGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCAGAATCATCACCTCTGTTGGCTTATTAGAAGTGTGAATTC  1187


seq1: chr2_134583521_134584655
seq2: B6Ng01-226H03.g_61_1199

seq1  GAATTCTTAGAAATTTGCAACGAAAAGTCACCCAACAAAAGAACTACTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGAAATTTGCAACGAAAAGTCACCCAACAAAAGAACTACTAA  50

seq1  AGAATGAAAACAAAGCAGATAGAACTGGAAAGAGATCAGAGCCATGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAAAACAAAGCAGATAGAACTGGAAAGAGATCAGAGCCATGTTTG  100

seq1  TTATTGGAGACAACAAATCCATGCTGCAGCAATTGATAGACAAAACAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGAGACAACAAATCCATGCTGCAGCAATTGATAGACAAAACAGGC  150

seq1  GGCAAGCTAGCAAGCATAAATAAAAACTCAACCACACTGTTAGCCAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCTAGCAAGCATAAATAAAAACTCAACCACACTGTTAGCCAACAG  200

seq1  GATATAAATAGCATTTGTATATCAACCTCTCCATTAGCAGAATACATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAATAGCATTTGTATATCAACCTCTCCATTAGCAGAATACATATT  250

seq1  CATTTCAAGCACCAAGGGAAATAAACCATTGAGACCATATCCTGGTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAAGCACCAAGGGAAATAAACCATTGAGACCATATCCTGGTCTAC  300

seq1  GACAACAAAAACCTCAACAATTGTGATGCAGCATGTTCTAACCACATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAAAAACCTCAACAATTGTGATGCAGCATGTTCTAACCACATAAG  350

seq1  ATGCAAAAACATTTAGCAAAAAGTAAACAGGAAAATCTCCAAGCAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAAACATTTAGCAAAAAGTAAACAGGAAAATCTCCAAGCAAGAAA  400

seq1  GAGGAGCTAAAGCAACATGCCTCTATATGATGATATGATGTACAGGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCTAAAGCAACATGCCTCTATATGATGATATGATGTACAGGGCAA  450

seq1  AGAGAAAGATTCAAGATAATTCTTTCAAACACTCTGAGACAGGAGCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGATTCAAGATAATTCTTTCAAACACTCTGAGACAGGAGCTCTT  500

seq1  GTTCCTTATGTCTTTCTGAAAGAACACCTCTCCCTGAAGGCTGTGTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTATGTCTTTCTGAAAGAACACCTCTCCCTGAAGGCTGTGTGTGA  550

seq1  GAGTATGAATACAAACTAATCCCTTGTGGGGACAGCTTGGGAATTGAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGAATACAAACTAATCCCTTGTGGGGACAGCTTGGGAATTGAGTC  600

seq1  TCCAGATTTTCAGGGTAAAAATAGGTTGCGTTTCCCATTTTTGACTAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATTTTCAGGGTAAAAATAGGTTGCGTTTCCCATTTTTGACTAGTT  650

seq1  TCCTCAATAATTTTAGGGTCTGAACTCTTGATGTAGGGGCTGTTACAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAATAATTTTAGGGTCTGAACTCTTGATGTAGGGGCTGTTACAATA  700

seq1  GTAGCTTTGGAGGCCACTGAGGCTGCCTATCAGAGCCCTATTGGAGGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTTGGAGGCCACTGAGGCTGCCTATCAGAGCCCTATTGGAGGTCC  750

seq1  TTTAAGGAAAAGCTATTTTATCCTGGTCAAAAGAATGGAATCTACTCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGAAAAGCTATTTTATCCTGGTCAAAAGAATGGAATCTACTCTGG  800

seq1  CTTTGGGTGAGGACATTTCACTCTGATCTTTTCCAAAGATTGTAACATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTGAGGACATTTCACTCTGATCTTTTCCAAAGATTGTAACATTC  850

seq1  TATATCATTGTTGCCTCCCTTAAGAATGAATCCTG-AAAAAAAAAATAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATATCATTGTTGCCTCCCTTAAGAATGAATCCTGAAAAAAAAAAATAAA  900

seq1  ATAAAAGAATGAATCCTGCTGAGCCTCTCCCCTTAACTGGG-AATCAT-A  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  ATAAAAGAATGAATCCTGCTGAGCCTCTCCCCTTAACTGGGAAATCATAA  950

seq1  ATTCAAGAT-GGTTATTGTCCCCTAATGTCATGCTAT-GGATAT-GGGAA  994
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  ATTCAAGATGGGTTATTGTCCCCTAATGTCATGCTATGGGATATGGGGAA  1000

seq1  G-AATAATTATTCTGG-AAATG-AAATAATGTACTGTTGTCTCCAAGAAC  1041
      | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAATAATTATTCTGGAAAATGAAAATAATGTACTGTTGTCT-CAAGAAC  1049

seq1  CATGTC-TCTGT-ACAGTCATTTGCAGAGCATCCGTTCAACAGTACCGTG  1089
      |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||| 
seq2  CATGTCTTCTGTAACAGTCA-TTGCAGAGCATC--GTCAACAGTA-CGTT  1095

seq1  GCTTGCCCATTTGAAAGTTACTCAGAAAGATGTAACTTTTACTTGT  1135
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||
seq2  GCTTGCCCATTGGAAAG-TACTCAGAAAGATGTAAC-TTAACTTGT  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |