BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226K06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 154,871,797 - 155,017,561
singlet/doubletdoublet
Overlap genea, Ahcy, Itch, LOC100043877
Upstream geneLOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465, 5430413K10Rik, OTTMUSG00000015915, Cdk5rap1, Snta1, Cbfa2t2, Apba2bp, 1700003F12Rik, E2f1, Pxmp4, Zfp341, Chmp4b, LOC668936, LOC435692, Raly, Eif2s2
Downstream geneLOC668931, Dynlrb1, Map1lc3a, Cdc91l1, Trp53inp2, Ncoa6, LOC668938, Ggtl3, Acss2, Gss, Myh7b, Trpc4ap, Edem2, Procr, Mmp24, Itgb4bp, 5530400B04Rik, 2410003P15Rik, Gdf5, Cep250, Ergic3, Fer1l4, Spag4, Cpne1, Rbm12, Nfs1, 2010100O12Rik, Rbm39
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226K06.bB6Ng01-226K06.g
ACCGA040523GA040524
length1,1311,107
definitionB6Ng01-226K06.b B6Ng01-226K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,871,797 - 154,872,926)(155,016,452 - 155,017,561)
sequence
gaattcctcaacaaaacaaactttaggtaaaccatggactagaaatgagt
ctgcaataaactagtcttgtcataggatgggaagttacagggagtgtctt
ggagatcttgtggtttgatctcacctaatcataaagggctaaggatgaag
ccaagtggcagagtgcatgcttagcacacataaggctcggttcagttcct
gtaaccaaaataataaaaacacacatagtatgccagaatttgtgagctcc
tgtttgattcatgttttacaagtgatgaaactggggcttactgacatcag
ttcctaatgggcagagctggaatgcaaacaggcgggttatacatggacgc
tcacaacgagtagctctttgaagacttgcattgtcactgggcacagaaat
attgtctaatctagacgttacagggaagttataagagggaaaagaggtgg
catcaatattctttagttactattgatataccagccctctttattttatt
tggttattggttggtttttgtttttgttttcaaaacaaggtctctctgta
tagctctagctgtcttggatctcaccctgaagaccaagctgtcctcagag
gatcctgcctctgccttccaagtgctgggactaaaaatgtgtaccaccat
gcccagctgatatatcagacttttaaaaatattttattttagcagggcag
tgatggctcatgcctttaatctcagcactcgggaagcagaggcaggcaga
tttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttacaggacagcc
aaggctatatatagaaaccctgtctcgaaaaccaaaaaaaaagaaaaaca
tatttttatatgaatgggcatttaccttcttgtatgcttatacactgtgt
gtgtgcccagtaccctcagaggccagaagaggatgttggaaccctctgaa
actggagttacaggcagttatgagtcacccactgtgagtcctgtgaagaa
acaaaccagaaacaaaacaccaagtaatctcactgctgagccacctctca
gccccactcagactttttgttttgtaacttattaaaaattatgattgaac
tctttctgggaaataagaaaactatttgtca
gaattctgggggagaatcaggccagggtgttcaccagccagaaacagaga
agtaatgagccacatggcagaatgtagattagtataaataggcttattta
agttatatgagctagctgggaacaagccagctaaggcctaaagcattcat
aattaatagaagtctccaggtcattcattacttggggaactggtgggtca
gagacaacctgccatacccacttacacttttaagagttctttctgtttct
tagtgagattataaaatattatttttgggctgggagtggtatctttgcac
ttaagagcacttatgctattctagaggacccaagttcagttcccagcacc
cacatcaggtagttcacaactgtaactcaagagtacttaaggtttctgag
gggacctggacttaggtgcacatgtccacatacagacccacatatccaca
taaaataaaaatacaataaaaaatttttaaatttttaaataaaaaatttc
taagaagctaaaagatttattttatattgtcctgcccatataacttctca
gctatttagctttacacaaatgacatatgggtttgtgtgtgtgaaagtag
gtgtgaacttaaggtctatgagaactaggtagggaatttacacctcagat
actccgtcagctccctcagcccacgattcaagattctgagatcaagaggt
gattttttttccctatagctgcttcaaaagagtaaaaaatggtgtgttag
taagcatcaccataaaaatgagtccaagttctgctgtaaaatgaaaggtg
ggggctgggagaaatggctcagtggttaagagcactagctactctttaga
ggtcctgagttcaattctcagaacccatgtggtagctcacaactgcctgt
aactgaagttcctgagcggatccactcttctgtaggcaccaagtataccc
agatacatatgcagcaaaaaaaaaatgtattacatataaaataaaattga
cataaattctaaaaaatagtagaagatggagtataaatgtgtagcttcaa
ctattatacaaataaagagtgtagagcaagcatacaattctatgttctag
caatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_154871797_154872926
seq2: B6Ng01-226K06.b_42_1172

seq1  GAATTCCTCAACAAAACAAACTTTAGGTAAACCATGGACTAGAAATGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAACAAAACAAACTTTAGGTAAACCATGGACTAGAAATGAGT  50

seq1  CTGCAATAAACTAGTCTTGTCATAGGATGGGAAGTTACAGGGAGTGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATAAACTAGTCTTGTCATAGGATGGGAAGTTACAGGGAGTGTCTT  100

seq1  GGAGATCTTGTGGTTTGATCTCACCTAATCATAAAGGGCTAAGGATGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCTTGTGGTTTGATCTCACCTAATCATAAAGGGCTAAGGATGAAG  150

seq1  CCAAGTGGCAGAGTGCATGCTTAGCACACATAAGGCTCGGTTCAGTTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGGCAGAGTGCATGCTTAGCACACATAAGGCTCGGTTCAGTTCCT  200

seq1  GTAACCAAAATAATAAAAACACACATAGTATGCCAGAATTTGTGAGCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCAAAATAATAAAAACACACATAGTATGCCAGAATTTGTGAGCTCC  250

seq1  TGTTTGATTCATGTTTTACAAGTGATGAAACTGGGGCTTACTGACATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATTCATGTTTTACAAGTGATGAAACTGGGGCTTACTGACATCAG  300

seq1  TTCCTAATGGGCAGAGCTGGAATGCAAACAGGCGGGTTATACATGGACGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATGGGCAGAGCTGGAATGCAAACAGGCGGGTTATACATGGACGC  350

seq1  TCACAACGAGTAGCTCTTTGAAGACTTGCATTGTCACTGGGCACAGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACGAGTAGCTCTTTGAAGACTTGCATTGTCACTGGGCACAGAAAT  400

seq1  ATTGTCTAATCTAGACGTTACAGGGAAGTTATAAGAGGGAAAAGAGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTAATCTAGACGTTACAGGGAAGTTATAAGAGGGAAAAGAGGTGG  450

seq1  CATCAATATTCTTTAGTTACTATTGATATACCAGCCCTCTTTATTTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATATTCTTTAGTTACTATTGATATACCAGCCCTCTTTATTTTATT  500

seq1  TGGTTATTGGTTGGTTTTTGTTTTTGTTTTCAAAACAAGGTCTCTCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATTGGTTGGTTTTTGTTTTTGTTTTCAAAACAAGGTCTCTCTGTA  550

seq1  TAGCTCTAGCTGTCTTGGATCTCACCCTGAAGACCAAGCTGTCCTCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTAGCTGTCTTGGATCTCACCCTGAAGACCAAGCTGTCCTCAGAG  600

seq1  GATCCTGCCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGGACTAAAAATGTGTACCACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGCCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGGACTAAAAATGTGTACCACCAT  650

seq1  GCCCAGCTGATATATCAGACTTTTAAAAATATTTTATTTTAGCAGGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCTGATATATCAGACTTTTAAAAATATTTTATTTTAGCAGGGCAG  700

seq1  TGATGGCTCATGCCTTTAATCTCAGCACTCGGGAAGCAGAGGCAGGCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCTCATGCCTTTAATCTCAGCACTCGGGAAGCAGAGGCAGGCAGA  750

seq1  TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTACAGGACAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTACAGGACAGCC  800

seq1  AAGGCTATATATAGAAACCCTGTCTCGAAAACCAAAAAAAAAGAAAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTATATATAGAAACCCTGTCTCGAAAACCAAAAAAAAAGAAAAACA  850

seq1  TATTTTTATATGAATGGGCATTTACCTTCTTGTATGCTTATACACTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATATGAATGGGCATTTACCTTCTTGTATGCTTATACACTGTGT  900

seq1  GTGTGCCCAGTACCCTCAGAGGCCAGAAGAGGATGTTGGAACCCTCTGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCCAGTACCCTCAGAGGCCAGAAGAGGATGTTGGAACCCTCTGAA  950

seq1  ACTGGAGTTACAGGCAGTTATGAGTCA-CCACTGTGAGT-CTGTGAAGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTGGAGTTACAGGCAGTTATGAGTCACCCACTGTGAGTCCTGTGAAGAA  1000

seq1  ACAAACCAGAAAC-AAACACCAAGTAATCTCAACTGCTGAGCCACCTCTC  1047
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ACAAACCAGAAACAAAACACCAAGTAATCTC-ACTGCTGAGCCACCTCT-  1048

seq1  CAGCCCCACTCAGACTTTTTGTTTTGTAAACTTATAAAAAATTATGATAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |
seq2  CAGCCCCACTCAGACTTTTTGTTTTGT-AACTTATTAAAAATTATGATTG  1097

seq1  AACTCTTTCTGGGAGATAAGAAAACTA-TTGTCA  1130
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  AACTCTTTCTGGGAAATAAGAAAACTATTTGTCA  1131

seq1: chr2_155016452_155017561
seq2: B6Ng01-226K06.g_67_1172 (reverse)

seq1  TGCATTGCTAG-ACATAG-ATTGTATGCTTTGCTTCTACACCTCTTTTAT  48
      ||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| ||| |||||
seq2  TGCATTGCTAGAACATAGAATTGTATGC-TTGC-TCTACA-CTC-TTTAT  46

seq1  TTGTAT-ATAGTTGAAGGCTACACATTTATACTCCATCTTCTACTTATTT  97
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGTATAATAGTTGAA-GCTACACATTTATACTCCATCTTCTAC-TATTT  94

seq1  TTTAAGATTTATGTTCATTTTTATTTTATATGT-ATACATTTTTTTTTTT  146
      ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TTTAGAATTTATG-TCAATTTTATTTTATATGTAATACATTTTTTTTTT-  142

seq1  GCCTGCATATGTATCTGGGTATACTTGGTGCCTACAGAAGAGTGGATCCG  196
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCTGCATATGTATCTGGGTATACTTGGTGCCTACAGAAGAGTGGATCCG  191

seq1  CTCAGGAACTTCAGTTACAGGCAGTTGTGAGCTACCACATGGGTTCTGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAACTTCAGTTACAGGCAGTTGTGAGCTACCACATGGGTTCTGAG  241

seq1  AATTGAACTCAGGACCTCTAAAGAGTAGCTAGTGCTCTTAACCACTGAGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAACTCAGGACCTCTAAAGAGTAGCTAGTGCTCTTAACCACTGAGC  291

seq1  CATTTCT-CCAGCCCCCACCTTTCATTTTACAGCAGAACTTGGACTCATT  345
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTCCCAGCCCCCACCTTTCATTTTACAGCAGAACTTGGACTCATT  341

seq1  TTTATGGTGATGCTTACTAACACACCATTTTTTACTCTTTTGAAGCAGCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGTGATGCTTACTAACACACCATTTTTTACTCTTTTGAAGCAGCT  391

seq1  ATAGGGAAAAAAAATCACCTCTTGATCTCAGAATCTTGAATCGTGGGCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAAAAAAAATCACCTCTTGATCTCAGAATCTTGAATCGTGGGCTG  441

seq1  AGGGAGCTGACGGAGTATCTGAGGTGTAAATTCCCTACCTAGTTCTCATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCTGACGGAGTATCTGAGGTGTAAATTCCCTACCTAGTTCTCATA  491

seq1  GACCTTAAGTTCACACCTACTTTCACACACACAAACCCATATGTCATTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAAGTTCACACCTACTTTCACACACACAAACCCATATGTCATTTG  541

seq1  TGTAAAGCTAAATAGCTGAGAAGTTATATGGGCAGGACAATATAAAATAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGCTAAATAGCTGAGAAGTTATATGGGCAGGACAATATAAAATAA  591

seq1  ATCTTTTAGCTTCTTAGAAATTTTTTATTTAAAAATTTAAAAATTTTTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTAGCTTCTTAGAAATTTTTTATTTAAAAATTTAAAAATTTTTTA  641

seq1  TTGTATTTTTATTTTATGTGGATATGTGGGTCTGTATGTGGACATGTGCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTTATTTTATGTGGATATGTGGGTCTGTATGTGGACATGTGCA  691

seq1  CCTAAGTCCAGGTCCCCTCAGAAACCTTAAGTACTCTTGAGTTACAGTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTCCAGGTCCCCTCAGAAACCTTAAGTACTCTTGAGTTACAGTTG  741

seq1  TGAACTACCTGATGTGGGTGCTGGGAACTGAACTTGGGTCCTCTAGAATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACCTGATGTGGGTGCTGGGAACTGAACTTGGGTCCTCTAGAATA  791

seq1  GCATAAGTGCTCTTAAGTGCAAAGATACCACTCCCAGCCCAAAAATAATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGTGCTCTTAAGTGCAAAGATACCACTCCCAGCCCAAAAATAATA  841

seq1  TTTTATAATCTCACTAAGAAACAGAAAGAACTCTTAAAAGTGTAAGTGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAATCTCACTAAGAAACAGAAAGAACTCTTAAAAGTGTAAGTGGG  891

seq1  TATGGCAGGTTGTCTCTGACCCACCAGTTCCCCAAGTAATGAATGACCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAGGTTGTCTCTGACCCACCAGTTCCCCAAGTAATGAATGACCTG  941

seq1  GAGACTTCTATTAATTATGAATGCTTTAGGCCTTAGCTGGCTTGTTCCCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTCTATTAATTATGAATGCTTTAGGCCTTAGCTGGCTTGTTCCCA  991

seq1  GCTAGCTCATATAACTTAAATAAGCCTATTTATACTAATCTACATTCTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTCATATAACTTAAATAAGCCTATTTATACTAATCTACATTCTGC  1041

seq1  CATGTGGCTCATTACTTCTCTGTTTCTGGCTGGTGAACACCCTGGCCTGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGCTCATTACTTCTCTGTTTCTGGCTGGTGAACACCCTGGCCTGA  1091

seq1  TTCTCCCCCAGAATT  1110
      |||||||||||||||
seq2  TTCTCCCCCAGAATT  1106