BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226M02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 142,646,244 - 142,843,512
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKif16b
Upstream geneLOC668913, LOC668914
Downstream geneSnrpb2, Otor, LOC668915, LOC668916, Pcsk2, Bfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226M02.bB6Ng01-226M02.g
ACCGA040602GA040603
length1,1941,127
definitionB6Ng01-226M02.b B6Ng01-226M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,646,244 - 142,647,456)(142,842,388 - 142,843,512)
sequence
gaattcaaggatagcctgagctacatgaaactgtatccaaacaacacaac
aaaatatactacatggctccatccatgtgaatttcagcaacaagcaacct
gggccaaggaacaaatgctgccgtggccattaactctaaaggaaataacg
tacaaagatggaggagtctatgagaacctgcttgtgggtcacaatggagg
aagtgggagtcaaaacccctatagtgcttatttacacaatgtactcaaat
ttaaaagtgaagctaattttgcaagaagattctacaaacagactattgta
tttaacaataatttgaatcaattcagctaaaatttcatttcaaatggcat
catccaatgtcacctagtgacagcaagagtgcagcaatgcaggggtggga
acaagaaagaggtgctcttaacaagtgacctccacaagcactaggggaaa
tgaatggaaatgtttgcaaggctcagggcacttgctcaaaacaatgattt
ctgaaggtattacccctaaaacttcccatccgtatgtgtgcaatggggct
aagaaaactgtcttttgaaaagatcctcataagctcaccacacagacaac
ctagctctcttgagcagttctaggccagtgagagactgtctcggaaaaac
agacaagagttcctgaggactggcaccaaggtcaacctttagcttgcaca
cacaccacaaatgtgtgtgcccacactaacatgtcccttcacgcaaatat
acacactcacacaaatatacacactcacacaaatatacacactcacacaa
acatccagaggttgaggaggatgtacctaagagattctgtacggaaacca
cttctctgtggaaaatcaactgctcatgaggtatagaatagcttgtatgc
atgttaattagaatgataaaatgggcctatcaacttcaagaagtattaca
gcaagttctgtaacataacgttagtcaattcgttagttatatcagtagat
attattttacttgaatataaaatacaacgcctaaaaatatgacaaaataa
tataaagctggtgctatcaaagtgacaatcttcagtgacatctcagtgtc
acattgagagtcgagatattgactcactgttctttggacagacacattct
ggaaagctgctttcctgaacaagcgaatggccacaaagaatatg
gaattcaatccctgaaaaccccataatacaaggaaagatccaacccctcc
cccaagttgctctctgacattgatatatgcgccctggtatttcatatgtc
ccccatacacaaatgaataagtaaatgtcactaaagcaaaggaaagaaag
aacacatgacatcactgtgcacattcactatgcatttgtgtattagcatt
gtaataaactaccagactggctaacttaaagaagacttttttccttgtag
ttttggaagatccagtccacaatcaaggtgctggaaagactgctgtgtcc
cctaaagttttctcattgacatttagagggccaccttcttgctgtgtgca
tggatgtctgggtaattcttatctaaagaggttgaccattaaaagatgga
atagtaattaaaatgaacagattcagttgtgagttgttggaatgcttggt
tattctttagtcaagagttcttggtttcttttttttttaatatttaaatg
attctacttcagtatgcctgtctattgttatttatagactacaagcatta
tttatctcagttagggttgttatagtccttcctttctcaggggggtctta
agagatcacttatcttcatgaccacttaaccgttataatgattattaaac
tggaagctacttaatacatgagaaagaagtacaagtattgggccagcgac
atagctcagtgaacaaaagtgctttccaggcaattctggcaactatgtaa
atatggagagagagaacagactccataaaagctctcctctgacctctata
cgtgccccagggcacacacacacatcttccaagatataataaataaaaat
ttaacagacccatttcccttatgaatatcgatgcaaaaatactcaataaa
attctcactaaccgaatccaagaacacattaaaacaatcatccatcctga
ccaagtaggttttatttccagggaatgcagggatggtttaatatacggaa
tccatcaacgtattcaattatataaacaactcaagacaaaaaccacatga
tcatctccgctagatgaggaaaagcattcgaccaagatccaacatccatt
catgataaaaggtcttggaaggatcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_142646244_142647456
seq2: B6Ng01-226M02.b_47_1240

seq1  GAATTCAAGGATAGCCTGAGCTACATGAAACTGTATCCAAACAACACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGATAGCCTGAGCTACATGAAACTGTATCCAAACAACACAAC  50

seq1  AAAATATACTACATGGCTCCATCCATGTGAATTTCAGCAACAAGCAACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATACTACATGGCTCCATCCATGTGAATTTCAGCAACAAGCAACCT  100

seq1  GGGCCAAGGAACAAATGCTGCCGTGGCCATTAACTCTAAAGGAAATAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAGGAACAAATGCTGCCGTGGCCATTAACTCTAAAGGAAATAACG  150

seq1  TACAAAGATGGAGGAGTCTATGAGAACCTGCTTGTGGGTCACAATGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGATGGAGGAGTCTATGAGAACCTGCTTGTGGGTCACAATGGAGG  200

seq1  AAGTGGGAGTCAAAACCCCTATAGTGCTTATTTACACAATGTACTCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGAGTCAAAACCCCTATAGTGCTTATTTACACAATGTACTCAAAT  250

seq1  TTAAAAGTGAAGCTAATTTTGCAAGAAGATTCTACAAACAGACTATTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTGAAGCTAATTTTGCAAGAAGATTCTACAAACAGACTATTGTA  300

seq1  TTTAACAATAATTTGAATCAATTCAGCTAAAATTTCATTTCAAATGGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAATAATTTGAATCAATTCAGCTAAAATTTCATTTCAAATGGCAT  350

seq1  CATCCAATGTCACCTAGTGACAGCAAGAGTGCAGCAATGCAGGGGTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAATGTCACCTAGTGACAGCAAGAGTGCAGCAATGCAGGGGTGGGA  400

seq1  ACAAGAAAGAGGTGCTCTTAACAAGTGACCTCCACAAGCACTAGGGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAGAGGTGCTCTTAACAAGTGACCTCCACAAGCACTAGGGGAAA  450

seq1  TGAATGGAAATGTTTGCAAGGCTCAGGGCACTTGCTCAAAACAATGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGAAATGTTTGCAAGGCTCAGGGCACTTGCTCAAAACAATGATTT  500

seq1  CTGAAGGTATTACCCCTAAAACTTCCCATCCGTATGTGTGCAATGGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGTATTACCCCTAAAACTTCCCATCCGTATGTGTGCAATGGGGCT  550

seq1  AAGAAAACTGTCTTTTGAAAAGATCCTCATAAGCTCACCACACAGACAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAACTGTCTTTTGAAAAGATCCTCATAAGCTCACCACACAGACAAC  600

seq1  CTAGCTCTCTTGAGCAGTTCTAGGCCAGTGAGAGACTGTCTCGGAAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCTCTTGAGCAGTTCTAGGCCAGTGAGAGACTGTCTCGGAAAAAC  650

seq1  AGACAAGAGTTCCTGAGGACTGGCACCAAGGTCAACCTTTAGCTTGCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGAGTTCCTGAGGACTGGCACCAAGGTCAACCTTTAGCTTGCACA  700

seq1  CACACCACAAATGTGTGTGCCCACACTAACATGTCCCTTCACGCAAATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCACAAATGTGTGTGCCCACACTAACATGTCCCTTCACGCAAATAT  750

seq1  ACACACTCACACAAATATACACACTCACACAAATATACACACTCACACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCACACAAATATACACACTCACACAAATATACACACTCACACAA  800

seq1  ACATCCAGAGGTTGAGGAGGATGTACCTAAGAGATTCTGTACGGAAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAGAGGTTGAGGAGGATGTACCTAAGAGATTCTGTACGGAAACCA  850

seq1  CTTCTCTGTGGAAAATCAACTGCTCATGAGGTATAGAATAGCTTGTATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGTGGAAAATCAACTGCTCATGAGGTATAGAATAGCTTGTATGC  900

seq1  ATGTTAATTAGAATGATAAAATGGGCCTATCAACTTCAAGAAGTATTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAATTAGAATGATAAAATGGGCCTATCAACTTCAAGAAGTATTACA  950

seq1  GCAAGTTCTGTAACATAACGTTAGTCAAATTCGTTAGTTATATCAGTAAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  GCAAGTTCTGTAACATAACGTTAGTC-AATTCGTTAGTTATATCAGT-AG  998

seq1  ATATTATTTTACTTGAATATAAAAATACAAAAGGCCTAAAAATATGACAA  1050
      |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTTACTTGAATAT-AAAATAC--AACGCCTAAAAATATGACAA  1045

seq1  AATAATATAAAGCTTGTTGGCTATCAAAGGTGACAATCTTCAGTGACATC  1100
      |||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATAATATAAAGCTGGT--GCTATCAAA-GTGACAATCTTCAGTGACATC  1092

seq1  TCAGTTGTTCACATTTGAGGAAGTCAGAGATATTTGGAACTCACTTGTCT  1150
      |||||   ||||| |||||  |||| ||||||||    |||||||  |||
seq2  TCAGT--GTCACA-TTGAG--AGTC-GAGATATT---GACTCACTGTTCT  1133

seq1  TTGTGACAGACAACATTCTTGAGAAGCTGCTTTTCCCTGACAAAGCAGAT  1200
      ||| ||||||| ||||||| || ||||||||||  |||||  ||||  ||
seq2  TTG-GACAGAC-ACATTCTGGA-AAGCTGCTTT--CCTGAACAAGCGAAT  1178

seq1  -GCCACAA--AATATG  1213
       |||||||  ||||||
seq2  GGCCACAAAGAATATG  1194

seq1: chr2_142842388_142843512
seq2: B6Ng01-226M02.g_65_1191 (reverse)

seq1  CTGATCTTTCCAAGA-CTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATCTT-GTCGA  48
      |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CTGATCCTTCCAAGACCTTTTATCATGAATGGATGTTGGATCTTGGTCGA  50

seq1  ATGCTTTTTCCTCATCTAGC-GAGATGATCATGTGGTTTTTGTCTTTGAG  97
      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGC-TTTTCCTCATCTAGCGGAGATGATCATGTGGTTTTTGTC-TTGAG  98

seq1  TTTGTTTATATAATGGATTACGTTGATGGATTTCCGTATATTAAACCATC  147
       ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -TTGTTTATATAATTGAATACGTTGATGGA-TTCCGTATATTAAACCATC  146

seq1  CCTGCATT-CCTGG-AATAAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTGTTT  195
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTCCCTGGAAATAAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTGTTT  196

seq1  TAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGTGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGTGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCA  246

seq1  TCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGTTAAATTTTTATTTATTATATCT  295
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATATTCATAAGGGAAATGGGTCTGTTAAATTTTTATTTATTATATCT  296

seq1  TGGAAGATGTGTGTGTGTGCCCTGGGGCACGTATAGAGGTCAGAGGAGAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATGTGTGTGTGTGCCCTGGGGCACGTATAGAGGTCAGAGGAGAG  346

seq1  C-TTTATGGAGTCTGTTCTCTCTCTCCATATTTACATAGTTGCCAGAATT  394
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGGAGTCTGTTCTCTCTCTCCATATTTACATAGTTGCCAGAATT  396

seq1  GCCTGGAAAGCACTTTTGTTCACTGAGCTATGTCGCTGGCCCAATACTTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAAGCACTTTTGTTCACTGAGCTATGTCGCTGGCCCAATACTTG  446

seq1  TACTTCTTTCTCATGTATTAAGTAGCTTCCAGTTTAATAATCATTATAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTTTCTCATGTATTAAGTAGCTTCCAGTTTAATAATCATTATAAC  496

seq1  GGTTAAGTGGTCATGAAGATAAGTGATCTCTTAAGACCCCCCTGAGAAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGTGGTCATGAAGATAAGTGATCTCTTAAGACCCCCCTGAGAAAG  546

seq1  GAAGGACTATAACAACCCTAACTGAGATAAATAATGCTTGTAGTCTATAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTATAACAACCCTAACTGAGATAAATAATGCTTGTAGTCTATAA  596

seq1  ATAACAATAGACAGGCATACTGAAGTAGAATCATTTAAATATTAAAAAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATAGACAGGCATACTGAAGTAGAATCATTTAAATATTAAAAAAA  646

seq1  AAAGAAACCAAGAACTCTTGACTAAAGAATAACCAAGCATTCCAACAACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACCAAGAACTCTTGACTAAAGAATAACCAAGCATTCCAACAACT  696

seq1  CACAACTGAATCTGTTCATTTTAATTACTATTCCATCTTTTAATGGTCAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTGAATCTGTTCATTTTAATTACTATTCCATCTTTTAATGGTCAA  746

seq1  CCTCTTTAGATAAGAATTACCCAGACATCCATGCACACAGCAAGAAGGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTAGATAAGAATTACCCAGACATCCATGCACACAGCAAGAAGGTG  796

seq1  GCCCTCTAAATGTCAATGAGAAAACTTTAGGGGACACAGCAGTCTTTCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTAAATGTCAATGAGAAAACTTTAGGGGACACAGCAGTCTTTCCA  846

seq1  GCACCTTGATTGTGGACTGGATCTTCCAAAACTACAAGGAAAAAAGTCTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTGATTGTGGACTGGATCTTCCAAAACTACAAGGAAAAAAGTCTT  896

seq1  CTTTAAGTTAGCCAGTCTGGTAGTTTATTACAATGCTAATACACAAATGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGTTAGCCAGTCTGGTAGTTTATTACAATGCTAATACACAAATGC  946

seq1  ATAGTGAATGTGCACAGTGATGTCATGTGTTCTTTCTTTCCTTTGCTTTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAATGTGCACAGTGATGTCATGTGTTCTTTCTTTCCTTTGCTTTA  996

seq1  GTGACATTTACTTATTCATTTGTGTATGGGGGACATATGAAATACCAGGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATTTACTTATTCATTTGTGTATGGGGGACATATGAAATACCAGGG  1046

seq1  CGCATATATCAATGTCAGAGAGCAACTTGGGGGAGGGGTTGGATCTTTCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATATATCAATGTCAGAGAGCAACTTGGGGGAGGGGTTGGATCTTTCC  1096

seq1  TTGTATTATGGGGTTTTCAGGGATTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTATGGGGTTTTCAGGGATTGAATTC  1127