BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227J24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 7,623,337 - 7,741,950
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCugbp2, LOC100040659, LOC100040648
Downstream geneLOC672230
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227J24.bB6Ng01-227J24.g
ACCGA041249GA041250
length1,0491,135
definitionB6Ng01-227J24.b B6Ng01-227J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,623,337 - 7,624,386)(7,740,825 - 7,741,950)
sequence
gaattcattgagttttgttttgtttttgttttgttttgagatctcttggg
tttaactagagttctcatgtaatatttgttggctccatctattggttccc
agtaggctcactagtgggtatatgactggagttattgctctccatctcac
atattctactaatattcaacagttttatagaagtggagaggacccatggt
ccttctccctcccataaatgactgttgacagctccagtcttttgtaggtc
acattcaggtttgcaatggatgtgtcattctagatgatagcatttctcaa
ccttgctccttgtcttccagttatttttacagtgttgcctgatcattaca
ttgggtggtataaatgtactcatttgtgcaatggtggcctgttacaggga
taaccaacagctgtacaatggcatttaaaacctgcttcacaggatggaaa
ctatacctggtattatatacatagttaaaaataaatttcacaagaatttg
acataactgttttaggaaagaaatcaacaatctagaatctcaaacaaaaa
cattacacacattcgacacattttttttcaattttatttagttcaaaata
ttttagaatttctcttgagatttgttcaggatatgtgtgttatgtgttgc
ttaatttttaaatattttagaattttcttcttttttagctaaattccact
gtgatttgagagaatcctccaatgatttctagacccttaaacttgctata
gtgttttgcctcacaatattgggtctatcttggctcaatgaaagcttgag
aaaaatgtttattctgctaatcggtgaagtgttccccaaacgtcaattat
ctccaggtgatttatggagctgttgagctctaccgtgcccttactaattt
tctgtgtgctgcatttgtcaaacactgagagtcagtgaggtctccaatac
aattgtgggttcatttatgtctccttagagttcatcagtttttgccttac
atattttgacactactgctcgatgcatgcgcatggcagactgctcagtt

gaattcagtcgctgcattttggcctaacaccagtatatgcactctaaaca
ataaaattgctatgttctttgaaaatatatttctctaagacaaacatatt
tatcaaatttcatttgatgaatgagactttatataacgatgactcgtagg
gataaagtgattcatttctattgataactaataagtgcatttaaaaaaaa
tctctgtcacatgcacatacatattcacagctgaatccattttagcatta
gcagtgctacatctggatgttaaatattagtactgagaattatatcagga
tatctcagtagcaatgggctcatagagttgttagctcatgttgtttcctc
atttatattttatatttgccactcattagtttattattaggaaaaataga
ctaattttaaacagatgtttaaaatgttttattgaccattgagaatataa
gaggaaatctcatattagtcatttatacaatgagcagactgcattttctt
acccaggcttccacatctctaaatcattgtgactaaggggctaattaaaa
cattattttaaaatccaccatttgaataaatttgcttctagttatcagtc
tcccatgaaatgtgtgttcgctgaaatctagcctccttaaatattttgaa
aaatttataccaacaacatgtggttttaattacaatttatagtcttgtgt
ttaaattgcattttaaactaatttggtttgttcttagagttaattaacta
atagaaagaatgtttcttggtgcaattgagataatagagcagatgcagag
acttattggcatctcttggaagcatcccaaacttggacgtttttcttttt
gtaatgcttgactaacctttaaaaccacatgccctcctcaaggagagaaa
ccatttatatgtttttagtggacacaaagtcaaaatctggtaggctatgt
tgaggatacttttcttccagttatcacacgtgcattgatgtgagtagcac
ttgctgtctgtcttcagagctaccatcccataagtgggcatggaagaagg
ggcctcatgcttttgttctaatgacatgattgggtattcttgttttcctt
cagcaatacagaccctatttaaaagaaattacgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_7623337_7624386
seq2: B6Ng01-227J24.b_43_1091

seq1  GAATTCATTGAGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGAGATCTCTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGAGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGAGATCTCTTGGG  50

seq1  TTTAACTAGAGTTCTCATGTAATATTTGTTGGCTCCATCTATTGGTTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTAGAGTTCTCATGTAATATTTGTTGGCTCCATCTATTGGTTCCC  100

seq1  AGTAGGCTCACTAGTGGGTATATGACTGGAGTTATTGCTCTCCATCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCTCACTAGTGGGTATATGACTGGAGTTATTGCTCTCCATCTCAC  150

seq1  ATATTCTACTAATATTCAACAGTTTTATAGAAGTGGAGAGGACCCATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTACTAATATTCAACAGTTTTATAGAAGTGGAGAGGACCCATGGT  200

seq1  CCTTCTCCCTCCCATAAATGACTGTTGACAGCTCCAGTCTTTTGTAGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCCCTCCCATAAATGACTGTTGACAGCTCCAGTCTTTTGTAGGTC  250

seq1  ACATTCAGGTTTGCAATGGATGTGTCATTCTAGATGATAGCATTTCTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGGTTTGCAATGGATGTGTCATTCTAGATGATAGCATTTCTCAA  300

seq1  CCTTGCTCCTTGTCTTCCAGTTATTTTTACAGTGTTGCCTGATCATTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTCCTTGTCTTCCAGTTATTTTTACAGTGTTGCCTGATCATTACA  350

seq1  TTGGGTGGTATAAATGTACTCATTTGTGCAATGGTGGCCTGTTACAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGGTATAAATGTACTCATTTGTGCAATGGTGGCCTGTTACAGGGA  400

seq1  TAACCAACAGCTGTACAATGGCATTTAAAACCTGCTTCACAGGATGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAACAGCTGTACAATGGCATTTAAAACCTGCTTCACAGGATGGAAA  450

seq1  CTATACCTGGTATTATATACATAGTTAAAAATAAATTTCACAAGAATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCTGGTATTATATACATAGTTAAAAATAAATTTCACAAGAATTTG  500

seq1  ACATAACTGTTTTAGGAAAGAAATCAACAATCTAGAATCTCAAACAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACTGTTTTAGGAAAGAAATCAACAATCTAGAATCTCAAACAAAAA  550

seq1  CATTACACACATTCGACACATTTTTTTTCAATTTTATTTAGTTCAAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACACACATTCGACACATTTTTTTTCAATTTTATTTAGTTCAAAATA  600

seq1  TTTTAGAATTTCTCTTGAGATTTGTTCAGGATATGTGTGTTATGTGTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAATTTCTCTTGAGATTTGTTCAGGATATGTGTGTTATGTGTTGC  650

seq1  TTAATTTTTAAATATTTTAGAATTTTCTTCTTTTTTAGCTAAATTCCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTTAAATATTTTAGAATTTTCTTCTTTTTTAGCTAAATTCCACT  700

seq1  GTGATTTGAGAGAATCCTCCAATGATTTCTAGACCCTTAAACTTGCTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTGAGAGAATCCTCCAATGATTTCTAGACCCTTAAACTTGCTATA  750

seq1  GTGTTTTGCCTCACAATATTGGGTCTATCTTGGCTCAATGAAAGCTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGCCTCACAATATTGGGTCTATCTTGGCTCAATGAAAGCTTGAG  800

seq1  AAAAATGTTTATTCTGCTAATCGGTGAAGTGTTCCCCAAACGTCAATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTTATTCTGCTAATCGGTGAAGTGTTCCCCAAACGTCAATTAT  850

seq1  CTCCAGGTGATTTATGGAGCTGTTGAGCTCTACCGTGCCCTTACTAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGTGATTTATGGAGCTGTTGAGCTCTACCGTGCCCTTACTAATTT  900

seq1  TCTGTGTGCTGCATTTGTCAAACACTGAGAGTCAGTGAGGTCTCCAATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGCTGCATTTGTCAAACACTGAGAGTCAGTGAGGTCTCCAATAC  950

seq1  AATTGTGGGTTCATTTATGTCTCCTTAGAGTTCCATCAGTTTTTGCCTTA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATTGTGGGTTCATTTATGTCTCCTTAGAGTT-CATCAGTTTTTGCCTTA  999

seq1  CATATTTTGACACTACTGCTCGATGCATGCGCATGGCAGACTGCTCAGTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTTGACACTACTGCTCGATGCATGCGCATGGCAGACTGCTCAGTT  1049


seq1: chr2_7740825_7741950
seq2: B6Ng01-227J24.g_66_1200 (reverse)

seq1  GACGTA---TCTTT--AATA-GGTCTGTATTGCCTGAAGG-AAACAGGAT  43
      ||||||   |||||  |||| ||||||||||| ||||||| ||||| || 
seq2  GACGTAATTTCTTTTAAATAGGGTCTGTATTG-CTGAAGGAAAACAAGAA  49

seq1  AACCAAATCATGTCATTAAGACAAAAGCATGAGGCCCCTTCTTCCATGCC  93
       ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAATCATGTCATTAGAACAAAAGCATGAGGCCCCTTCTTCCATGCC  99

seq1  CACTTATGGGATGGTAGCCTCTGAAGACAGACAGCAAGTGCTACTCACAT  143
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATGGGATGGTAG-CTCTGAAGACAGACAGCAAGTGCTACTCACAT  148

seq1  CAATGCACGTGTGATAACTGGAAG-AAAGTATCCTCAACATAGCCTACCA  192
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCACGTGTGATAACTGGAAGAAAAGTATCCTCAACATAGCCTACCA  198

seq1  GATTTTGACTTTGTGTCCACTAAAAACATATAAATGGTTTCTCTCCTTGA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGACTTTGTGTCCACTAAAAACATATAAATGGTTTCTCTCCTTGA  248

seq1  GGA-GGCATGTGGTTTTAAAGGTTAGTCAAGCATTACAAAA--GAAAACG  289
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  GGAGGGCATGTGGTTTTAAAGGTTAGTCAAGCATTACAAAAAGAAAAACG  298

seq1  TCCAAGTTTGGGATGCTTCCAAGAGATGCCAATAAGTCTCTGCATCTGCT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTTGGGATGCTTCCAAGAGATGCCAATAAGTCTCTGCATCTGCT  348

seq1  CTATTATCTCAATTGCACCAAGAAACATTCTTTCTATTAGTTAATTAACT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATCTCAATTGCACCAAGAAACATTCTTTCTATTAGTTAATTAACT  398

seq1  CTAAGAACAAACCAAATTAGTTTAAAATGCAATTTAAACACAAGACTATA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAACAAACCAAATTAGTTTAAAATGCAATTTAAACACAAGACTATA  448

seq1  AATTGTAATTAAAACCACATGTTGTTGGTATAAATTTTTCAAAATATTTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAATTAAAACCACATGTTGTTGGTATAAATTTTTCAAAATATTTA  498

seq1  AGGAGGCTAGATTTCAGCGAACACACATTTCATGGGAGACTGATAACTAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCTAGATTTCAGCGAACACACATTTCATGGGAGACTGATAACTAG  548

seq1  AAGCAAATTTATTCAAATGGTGGATTTTAAAATAATGTTTTAATTAGCCC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATTTATTCAAATGGTGGATTTTAAAATAATGTTTTAATTAGCCC  598

seq1  CTTAGTCACAATGATTTAGAGATGTGGAAGCCTGGGTAAGAAAATGCAGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCACAATGATTTAGAGATGTGGAAGCCTGGGTAAGAAAATGCAGT  648

seq1  CTGCTCATTGTATAAATGACTAATATGAGATTTCCTCTTATATTCTCAAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATTGTATAAATGACTAATATGAGATTTCCTCTTATATTCTCAAT  698

seq1  GGTCAATAAAACATTTTAAACATCTGTTTAAAATTAGTCTATTTTTCCTA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATAAAACATTTTAAACATCTGTTTAAAATTAGTCTATTTTTCCTA  748

seq1  ATAATAAACTAATGAGTGGCAAATATAAAATATAAATGAGGAAACAACAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAACTAATGAGTGGCAAATATAAAATATAAATGAGGAAACAACAT  798

seq1  GAGCTAACAACTCTATGAGCCCATTGCTACTGAGATATCCTGATATAATT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAACAACTCTATGAGCCCATTGCTACTGAGATATCCTGATATAATT  848

seq1  CTCAGTACTAATATTTAACATCCAGATGTAGCACTGCTAATGCTAAAATG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACTAATATTTAACATCCAGATGTAGCACTGCTAATGCTAAAATG  898

seq1  GATTCAGCTGTGAATATGTATGTGCATGTGACAGAGATTTTTTTTAAATG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGCTGTGAATATGTATGTGCATGTGACAGAGATTTTTTTTAAATG  948

seq1  CACTTATTAGTTATCAATAGAAATGAATCACTTTATCCCTACGAGTCATC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTAGTTATCAATAGAAATGAATCACTTTATCCCTACGAGTCATC  998

seq1  GTTATATAAAGTCTCATTCATCAAATGAAATTTGATAAATATGTTTGTCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATAAAGTCTCATTCATCAAATGAAATTTGATAAATATGTTTGTCT  1048

seq1  TAGAGAAATATATTTTCAAAGAACATAGCAATTTTATTGTTTAGAGTGCA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAATATATTTTCAAAGAACATAGCAATTTTATTGTTTAGAGTGCA  1098

seq1  TATACTGGTGTTAGGCCAAAATGCAGCGACTGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGGTGTTAGGCCAAAATGCAGCGACTGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |