BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228B24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 92,657,897 - 92,774,129
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyt13
Upstream geneD030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1, Phf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775, LOC100043205, Chst1
Downstream geneLOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228B24.bB6Ng01-228B24.g
ACCGA041616GA041617
length1,0591,025
definitionB6Ng01-228B24.b B6Ng01-228B24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,773,095 - 92,774,129)(92,657,897 - 92,658,910)
sequence
gaattccaggacagccagggctgttatactaaaaaaaccctgtctcaaaa
agacaataattaaagaaacaagcaaacatgaatgaataaataaatcaata
aataaataaataattctgtgtatcaatcagatgtcattcataggtctata
tattgcaccagaaggatgtgtttaaagcttactacctcatgaggaaagtg
tctatattctgcctgcttttcagaagaggaaacagaggcacagaggagta
agtctgaagtcatgtgattaatgagataccaagttagggtttggatccag
gcatgtgactatagagtctgtaggctagcctgtgcttctttgctggcagt
ggatttcccaaggctgtgggaaggtgtaaggaaagatgtgggaagaggct
tgaggagagaacgttccatctctgtgtttctaggcggtaccttcactcat
tcatctggtcagacatcattcaccatcaagggcatgttctgtgaacgaag
ccatggcagcctctggtctttaccctcacacacggtctgcacgcatgcgg
aggggagagaggtgtgtgggtctattaagttaagccagctagctgaggga
gatcactgtccccagtggaagctgacctcctacaggctaaatctgtagtc
agaatggccttactcctcttggaacttaatttggccagagaagactacgt
gcttttgtaacagcatcctctgcccaccccctctacccctcaccctccac
cccccaggtcagtggctaagcaattcgaaagcagatttttttttcccagt
ctgaggaagatctctgcttctctcatttaaactcaggcttgcagcctttt
cccaccccatgtctgtctgtgtcctccctacactgcccatgcaaattccc
gagccttcctaatctcttgtagaggaaatttatggtgatgattgatacct
aagtaccagatgttataaatggaaaacttgtcattgctctgagccttaat
taaaaacccagccttagtattggggtggctctggaatccgcacaaatttt
gtgtgcttg
gaattcttggtcccattggataatgctcttttgggaggttgtgaaaactt
taggaggtgagacctacctggaggaagtaggtcactgagagcacgcctct
gaagggtgcagacccgttcctccctctcttctgcttgtcctccataaggt
gagatgtctccctcacatgcccccattgctgtgatgttctgcccaaatgc
atggagccaagcaacaaaagaccaaggcccctgaaactgtgagccaagct
gaatcttcttgtatgttgtttctgtccagcacttgcttacaaagatgcaa
aagctataaagttggcgtcccccgaagtcctggtcgttggtgtgtgcaca
tgtgttctacaatgagctcttccagtgaacagcacaagccattggttttc
ttgtctcttgcaatagtcattatggaagtgaactcaggggcatgtgatga
gtggctggacacttgagggtattttggacaatggaaccagggtgtggaag
gaaacccccattacagcccatggtggcattgggccctgggtgtgatgatt
agtgttaactgtcaatgtgaaattacccaggagatgggcctctgggcatg
cctgtggccaggcccatttccccttggctgggggacactggactgtatag
atggataaaaggagttgtaaatcagtgtgtactcatctctctccctcctg
gttgtgtatgagctattaccagctttcaagcatctgctgccttgatttct
ctggcatgctggaccataccttgaactatgagctaaaaataaatgctttc
ttcccttaatgcttttgttgggatattttaacacatcaacaaggaaagac
atcaagaccctgggtacctgatatgacaaagaacacaccttatggctgca
ggtccaggaagtatgaaacttgagagtagcctagattcatcttggacatt
ggaacatgacattgtttttcttgagaacagaagtcttgtttcccagccct
cgctttgaattttactattatatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_92773095_92774129
seq2: B6Ng01-228B24.b_44_1102 (reverse)

seq1  CAAGC-CACAAAATCTGTGC-GATTCC--AGCCACCC--ATTCTA--GCT  42
      ||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||||  || |||  |||
seq2  CAAGCACACAAAATTTGTGCGGATTCCAGAGCCACCCCAATACTAAGGCT  50

seq1  GGGTTTTTA--TTAGGCTC--AGCA--TAGCAGTTTCCC--TTATAACAT  84
      |||||||||  | ||||||  ||||   |  ||||| ||  |||||||||
seq2  GGGTTTTTAATTAAGGCTCAGAGCAATGACAAGTTTTCCATTTATAACAT  100

seq1  CT-GTAACTATGTATCAATC-TCA-CAT-AATTTCCTCTAC-AGAGACTT  129
      || |||  || ||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||| | 
seq2  CTGGTACTTAGGTATCAATCATCACCATAAATTTCCTCTACAAGAGATTA  150

seq1  AGAAAGCTCGGGAATTTGCATGGGCAGTGTAGGGAGGACACAGACAGACA  179
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTCGGGAATTTGCATGGGCAGTGTAGGGAGGACACAGACAGACA  200

seq1  TGGGGTGGG-AAAGGCTGCAAGCCTGAGTTTAAATGAGAGAAGCAGAGAT  228
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGGAAAAGGCTGCAAGCCTGAGTTTAAATGAGAGAAGCAGAGAT  250

seq1  CTTCCTCAGACTGGG-AAAAAAAATCTGCTTTCGAATTGCTTAGCCACTG  277
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCAGACTGGGAAAAAAAAATCTGCTTTCGAATTGCTTAGCCACTG  300

seq1  ACCTGGGGGGTGGAGGGTGAGGGGTAGAGGGGGTGGGCAGAGGATGCTGT  327
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGGGGTGGAGGGTGAGGGGTAGAGGGGGTGGGCAGAGGATGCTGT  350

seq1  TAC-AAAGCACGTAGTCTTCTCTGGCCAAATTAAGTTCCAAGAGGAGTAA  376
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGCACGTAGTCTTCTCTGGCCAAATTAAGTTCCAAGAGGAGTAA  400

seq1  GGCCATTCTGACTACAGATTTAGCCTGTAGGAGGTCAGCTTCCACTGGGG  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTCTGACTACAGATTTAGCCTGTAGGAGGTCAGCTTCCACTGGGG  450

seq1  ACAGTGATCTCCCTCAGCTAGCTGGCTTAACTTAATAGACCCACACACCT  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATCTCCCTCAGCTAGCTGGCTTAACTTAATAGACCCACACACCT  500

seq1  CTCTCCCCTCCGCATGCGTGCAGACCGTGTGTGAGGGTAAAGACCAGAGG  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTCCGCATGCGTGCAGACCGTGTGTGAGGGTAAAGACCAGAGG  550

seq1  CTGCCATGGCTTCGTTCACAGAACATGCCCTTGATGGTGAATGATGTCTG  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATGGCTTCGTTCACAGAACATGCCCTTGATGGTGAATGATGTCTG  600

seq1  ACCAGATGAATGAGTGAAGGTACCGCCTAGAAACACAGAGATGGAACGTT  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATGAATGAGTGAAGGTACCGCCTAGAAACACAGAGATGGAACGTT  650

seq1  CTCTCCTCAAGCCTCTTCCCACATCTTTCCTTACACCTTCCCACAGCCTT  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCAAGCCTCTTCCCACATCTTTCCTTACACCTTCCCACAGCCTT  700

seq1  GGGAAATCCACTGCCAGCAAAGAAGCACAGGCTAGCCTACAGACTCTATA  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATCCACTGCCAGCAAAGAAGCACAGGCTAGCCTACAGACTCTATA  750

seq1  GTCACATGCCTGGATCCAAACCCTAACTTGGTATCTCATTAATCACATGA  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGCCTGGATCCAAACCCTAACTTGGTATCTCATTAATCACATGA  800

seq1  CTTCAGACTTACTCCTCTGTGCCTCTGTTTCCTCTTCTGAAAAGCAGGCA  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACTTACTCCTCTGTGCCTCTGTTTCCTCTTCTGAAAAGCAGGCA  850

seq1  GAATATAGACACTTTCCTCATGAGGTAGTAAGCTTTAAACACATCCTTCT  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAGACACTTTCCTCATGAGGTAGTAAGCTTTAAACACATCCTTCT  900

seq1  GGTGCAATATATAGACCTATGAATGACATCTGATTGATACACAGAATTAT  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAATATATAGACCTATGAATGACATCTGATTGATACACAGAATTAT  950

seq1  TTATTTATTTATTGATTTATTTATTCATTCATGTTTGCTTGTTTCTTTAA  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTATTGATTTATTTATTCATTCATGTTTGCTTGTTTCTTTAA  1000

seq1  TTATTGTCTTTTTGAGACAGGGTTTTTTTAGTATAACAGCCCTGGCTGTC  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTCTTTTTGAGACAGGGTTTTTTTAGTATAACAGCCCTGGCTGTC  1050

seq1  CTGGAATTC  1035
      |||||||||
seq2  CTGGAATTC  1059

seq1: chr2_92657897_92658910
seq2: B6Ng01-228B24.g_69_1093

seq1  GAATTCTTGGTCCCATTGGATAATGCTCTTTTGGGAGGTTGTGAAAACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGTCCCATTGGATAATGCTCTTTTGGGAGGTTGTGAAAACTT  50

seq1  TAGGAGGTGAGACCTACCTGGAGGAAGTAGGTCACTGAGAGCACGCCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTGAGACCTACCTGGAGGAAGTAGGTCACTGAGAGCACGCCTCT  100

seq1  GAAGGGTGCAGACCCGTTCCTCCCTCTCTTCTGCTTGTCCTCCATAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTGCAGACCCGTTCCTCCCTCTCTTCTGCTTGTCCTCCATAAGGT  150

seq1  GAGATGTCTCCCTCACATGCCCCCATTGCTGTGATGTTCTGCCCAAATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTCTCCCTCACATGCCCCCATTGCTGTGATGTTCTGCCCAAATGC  200

seq1  ATGGAGCCAAGCAACAAAAGACCAAGGCCCCTGAAACTGTGAGCCAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCCAAGCAACAAAAGACCAAGGCCCCTGAAACTGTGAGCCAAGCT  250

seq1  GAATCTTCTTGTATGTTGTTTCTGTCCAGCACTTGCTTACAAAGATGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTCTTGTATGTTGTTTCTGTCCAGCACTTGCTTACAAAGATGCAA  300

seq1  AAGCTATAAAGTTGGCGTCCCCCGAAGTCCTGGTCGTTGGTGTGTGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATAAAGTTGGCGTCCCCCGAAGTCCTGGTCGTTGGTGTGTGCACA  350

seq1  TGTGTTCTACAATGAGCTCTTCCAGTGAACAGCACAAGCCATTGGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTACAATGAGCTCTTCCAGTGAACAGCACAAGCCATTGGTTTTC  400

seq1  TTGTCTCTTGCAATAGTCATTATGGAAGTGAACTCAGGGGCATGTGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTTGCAATAGTCATTATGGAAGTGAACTCAGGGGCATGTGATGA  450

seq1  GTGGCTGGACACTTGAGGGTATTTTGGACAATGGAACCAGGGTGTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGGACACTTGAGGGTATTTTGGACAATGGAACCAGGGTGTGGAAG  500

seq1  GAAACCCCCATTACAGCCCATGGTGGCATTGGGCCCTGGGTGTGATGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCCCATTACAGCCCATGGTGGCATTGGGCCCTGGGTGTGATGATT  550

seq1  AGTGTTAACTGTCAATGTGAAATTACCCAGGAGATGGGCCTCTGGGCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAACTGTCAATGTGAAATTACCCAGGAGATGGGCCTCTGGGCATG  600

seq1  CCTGTGGCCAGGCCCATTTCCCCTTGGCTGGGGGACACTGGACTGTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGCCAGGCCCATTTCCCCTTGGCTGGGGGACACTGGACTGTATAG  650

seq1  ATGGATAAAAGGAGTTGTAAATCAGTGTGTACTCATCTCTCTCCCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATAAAAGGAGTTGTAAATCAGTGTGTACTCATCTCTCTCCCTCCTG  700

seq1  GTTGTGTATGAGCTATTACCAGCTTTCAAGCATCTGCTGCCTTGATTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTATGAGCTATTACCAGCTTTCAAGCATCTGCTGCCTTGATTTCT  750

seq1  CTGGCATGCTGGACCATACCTTGAACTATGAGCT-AAAATAAATGCTTTC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGGCATGCTGGACCATACCTTGAACTATGAGCTAAAAATAAATGCTTTC  800

seq1  TT-CCTTAATGCTTTTGTTGGGATATTTTAACACAGCAACAAGGAAAGAC  848
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCCTTAATGCTTTTGTTGGGATATTTTAACACATCAACAAGGAAAGAC  850

seq1  ACAAAGACACTGGGTACCTGATATGACAAAGAACACACCTAAGGGCTGCA  898
      |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  ATCAAGACCCTGGGTACCTGATATGACAAAGAACACACCTTATGGCTGCA  900

seq1  GGTCCAGGAAGTATGAAACTTGAAGAGAAGCTAAGATTCATCTT-GACAT  947
      |||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||| |||||
seq2  GGTCCAGGAAGTATGAAACTTG-AGAGTAGCCTAGATTCATCTTGGACAT  949

seq1  T-GAACATGACACTGTTTTTC-TGAG-ACAG-AGTC-TGTTTCCCAG-CC  991
      | |||||||||| |||||||| |||| |||| |||| |||||||||| ||
seq2  TGGAACATGACATTGTTTTTCTTGAGAACAGAAGTCTTGTTTCCCAGCCC  999

seq1  TCGC-TTGAA-TTTACTA-TATATCC  1014
      |||| ||||| ||||||| |||||||
seq2  TCGCTTTGAATTTTACTATTATATCC  1025