BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228F12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 142,518,185 - 142,678,844
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKif16b
Upstream geneLOC668913, LOC668914
Downstream geneSnrpb2, Otor, LOC668915, LOC668916, Pcsk2, Bfsp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228F12.bB6Ng01-228F12.g
ACCGA041779GA041780
length987778
definitionB6Ng01-228F12.b B6Ng01-228F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,518,185 - 142,519,146)(142,678,075 - 142,678,844)
sequence
gaattccaagcagtaactcacaactgctaacactgctggcaaggggtttg
gtgcctctttgctttactgtaacacttagctttctcttcttctagtccac
gtttcaagggtctatgaccataccatcttgaatgtacctgatcttgtcaa
aaacggataaggcagggatctgaagatgtctgagcaaacacataatataa
agagaaaaataaaaaacgaacatgtttctacctagtattgctgtagggta
gggtttctttcccacaattactttatgaagccaattccataagaaacata
cagttctcagatacagttgtgaaaggtccttaatattttcctaaaatatg
tcttgaacagtatgagaattaatattcataagtgtatgcttgacttgtgt
atgactgtattttgaacacctagctttgccctagacacaggaatacgtgc
tgaaccacatagtttatgagtacttttcagtatcagggcattgcttactt
tggagtcagtcattttttttttttttttctgtagtggccattgactctca
ggcttaacagagaaactagtgacacatcagcacaagaggtagtgagatac
aaaggccttatattagaaaagagcaaatccaatgtgagtgtatatgtaag
atgctacaagaaccttaaaatgtactgtggaatggttccacttagaaata
aagcgtctggaacagccacacaattagtagcttgtattatatgttcgata
agtaagagattattaaataacatttttttattattttaatgaaatattta
tcttgtgtatgcacatactattttttttttttttttgaaaaaaaaaaaaa
tctgtgccctgagccacagaggctaaagtaacaaggaggatccattgggg
aaaatgccatggaaagggtaataaaataaaatatttggtgggatggaatt
aggggaatggggagcaaaaggaattcatgtggggaaa
gaattcaccttctagactaaaatagaagtagcttattgagcgtagtacaa
aggtacagcaggctaagcaatagctagagcaccacattagtgtgctgtgg
aggtctttgtttatagtcatggtgggttttcttgtgtacagtttcctggc
atgtaatgcatgccccatgtgaaggagtacaatcccaactggcttaagta
gttctgagaggtcagcttaagcctgcgtgcatataactttcagttgtata
tcctaaactgtgaaattaatagccatgcacaccagggtcatgcagtccag
ggcagtcttgctcaaagggtcttggcaccatttctgggctgcagctttgt
ggtgttaaattgtagccttctggcatgagcactgcggttcctgggtcatg
attgtgaaaatttgttaacttttggtctcttattagtggccttcccccac
ctccccatactaaccaagggtcagttagtcatggagggtgttacatatga
tattgtattatggctttcccccacctccccatactaactgagggacagtt
tagtcatggagggtgttacatgtgatattgtattgtgaattagctcttgc
catgtatttaaaataggctataatagttaatcttgtttgtcaactccatg
ggattttgagttactgaggaaacaaaatctctgggcacgtctgtgaggag
ttatctagatgacttttagttgaggtaagacaactttcagcctaaattaa
tggtagccaccatgccatggtcctgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_142518185_142519146
seq2: B6Ng01-228F12.b_50_1036

seq1  GAATTCCAAGCAGTAACTCACAACTGCTAACACTGCTGGCAAGGGGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCAGTAACTCACAACTGCTAACACTGCTGGCAAGGGGTTTG  50

seq1  GTGCCTCTTTGCTTTACTGTAACACTTAGCTTTCTCTTCTTCTAGTCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCTTTGCTTTACTGTAACACTTAGCTTTCTCTTCTTCTAGTCCAC  100

seq1  GTTTCAAGGGTCTATGACCATACCATCTTGAATGTACCTGATCTTGTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAGGGTCTATGACCATACCATCTTGAATGTACCTGATCTTGTCAA  150

seq1  AAACGGATAAGGCAGGGATCTGAAGATGTCTGAGCAAACACATAATATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGATAAGGCAGGGATCTGAAGATGTCTGAGCAAACACATAATATAA  200

seq1  AGAGAAAAATAAAAAACGAACATGTTTCTACCTAGTATTGCTGTAGGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAATAAAAAACGAACATGTTTCTACCTAGTATTGCTGTAGGGTA  250

seq1  GGGTTTCTTTCCCACAATTACTTTATGAAGCCAATTCCATAAGAAACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTTTCCCACAATTACTTTATGAAGCCAATTCCATAAGAAACATA  300

seq1  CAGTTCTCAGATACAGTTGTGAAAGGTCCTTAATATTTTCCTAAAATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTCAGATACAGTTGTGAAAGGTCCTTAATATTTTCCTAAAATATG  350

seq1  TCTTGAACAGTATGAGAATTAATATTCATAAGTGTATGCTTGACTTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAACAGTATGAGAATTAATATTCATAAGTGTATGCTTGACTTGTGT  400

seq1  ATGACTGTATTTTGAACACCTAGCTTTGCCCTAGACACAGGAATACGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTATTTTGAACACCTAGCTTTGCCCTAGACACAGGAATACGTGC  450

seq1  TGAACCACATAGTTTATGAGTACTTTTCAGTATCAGGGCATTGCTTACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCACATAGTTTATGAGTACTTTTCAGTATCAGGGCATTGCTTACTT  500

seq1  TGGAGTCAGTCATTTTTTTTTTTTTTTTCTGTAGTGGCCATTGACTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCAGTCATTTTTTTTTTTTTTTTCTGTAGTGGCCATTGACTCTCA  550

seq1  GGCTTAACAGAGAAACTAGTGACACATCAGCACAAGAGGTAGTGAGATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAACAGAGAAACTAGTGACACATCAGCACAAGAGGTAGTGAGATAC  600

seq1  AAAGGCCTTATATTAGAAAAGAGCAAATCCAATGTGAGTGTATATGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCTTATATTAGAAAAGAGCAAATCCAATGTGAGTGTATATGTAAG  650

seq1  ATGCTACAAGAACCTTAAAATGTACTGTGGAATGGTTCCACTTAGAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACAAGAACCTTAAAATGTACTGTGGAATGGTTCCACTTAGAAATA  700

seq1  AAGCGTCTGGAACAGCCACACAATTAGTAGCTTGTATTATATG-TCGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGCGTCTGGAACAGCCACACAATTAGTAGCTTGTATTATATGTTCGATA  750

seq1  AGTAAGAGA-TATTAAATAACATTTTTATA----TTTAATGAAATA-TTA  793
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||    |||||||||||| |||
seq2  AGTAAGAGATTATTAAATAACATTTTTTTATTATTTTAATGAAATATTTA  800

seq1  TCTTGTGTATGCACATACTATTTTTTTTTTTTTT---GAGAAAAAAAAAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||
seq2  TCTTGTGTATGCACATACTATTTTTTTTTTTTTTTTGAAAAAAAAAAAAA  850

seq1  TCTGTG-CCTGAGCCACAGAGGCT-AAGTAACAAGGAGGATCAAT---GG  885
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||
seq2  TCTGTGCCCTGAGCCACAGAGGCTAAAGTAACAAGGAGGATCCATTGGGG  900

seq1  GAAATG-CATGGAAA-GGTAATAAAAT-AAATATT--GT-GGATGG-ATT  928
       ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||| |||
seq2  AAAATGCCATGGAAAGGGTAATAAAATAAAATATTTGGTGGGATGGAATT  950

seq1  AGGGGA--TGGGAGCAAAAGGAA-TCAGGTGGGGAAA  962
      ||||||   |||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  AGGGGAATGGGGAGCAAAAGGAATTCATGTGGGGAAA  987

seq1: chr2_142678075_142678844
seq2: B6Ng01-228F12.g_69_845 (reverse)

seq1  TGCA-GACCATGGCATGGT-GCTACCATT-ATTTAGGCTG-AAGTTGTCT  46
      |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TGCAGGACCATGGCATGGTGGCTACCATTAATTTAGGCTGAAAGTTGTCT  50

seq1  TACCTCAACT-AAAGTCATCTAGATAACTCCTCACAGACGTGCCCAGAGA  95
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCAACTAAAAGTCATCTAGATAACTCCTCACAGACGTGCCCAGAGA  100

seq1  -TTTGTTTCCTCAGTAACTCAAAATCCCATGGAGTTGAC-AACAAGATTA  143
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTTGTTTCCTCAGTAACTCAAAATCCCATGGAGTTGACAAACAAGATTA  150

seq1  ACTATTATAGCCTATTTTTAAATACATGGCAAGAGCTAATTCACAATACA  193
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTATAGCCTA-TTTTAAATACATGGCAAGAGCTAATTCACAATACA  199

seq1  ATATCACATGTAACACCCTCCATGACT-AACTGTCCCTCAGTTAGTATGG  242
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACATGTAACACCCTCCATGACTAAACTGTCCCTCAGTTAGTATGG  249

seq1  GGAGGTGGGGGAAAGCCATAATACAATATCATATGTAACACCCTCCATGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGGGGAAAGCCATAATACAATATCATATGTAACACCCTCCATGA  299

seq1  CTAACTGACCCTTGGTTAGTATGGGGAGGTGGGGGAAGGCCACTAATAAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGACCCTTGGTTAGTATGGGGAGGTGGGGGAAGGCCACTAATAAG  349

seq1  AGACCAAAAGTTAACAAATTTTCACAATCATGACCCAGGAACCGCAGTGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAAAGTTAACAAATTTTCACAATCATGACCCAGGAACCGCAGTGC  399

seq1  TCATGCCAGAAGGCTACAATTTAACACCACAAAGCTGCAGCCCAGAAATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCAGAAGGCTACAATTTAACACCACAAAGCTGCAGCCCAGAAATG  449

seq1  GTGCCAAGACCCTTTGAGCAAGACTGCCCTGGACTGCATGACCCTGGTGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAAGACCCTTTGAGCAAGACTGCCCTGGACTGCATGACCCTGGTGT  499

seq1  GCATGGCTATTAATTTCACAGTTTAGGATATACAACTGAAAGTTATATGC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTATTAATTTCACAGTTTAGGATATACAACTGAAAGTTATATGC  549

seq1  ACGCAGGCTTAAGCTGACCTCTCAGAACTACTTAAGCCAGTTGGGATTGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGGCTTAAGCTGACCTCTCAGAACTACTTAAGCCAGTTGGGATTGT  599

seq1  ACTCCTTCACATGGGGCATGCATTACATGCCAGGAAACTGTACACAAGAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTCACATGGGGCATGCATTACATGCCAGGAAACTGTACACAAGAA  649

seq1  AACCCACCATGACTATAAACAAAGACCTCCACAGCACACTAATGTGGTGC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACCATGACTATAAACAAAGACCTCCACAGCACACTAATGTGGTGC  699

seq1  TCTAGCTATTGCTTAGCCTGCTGTACCTTTGTACTACGCTCAATAAGCTA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTATTGCTTAGCCTGCTGTACCTTTGTACTACGCTCAATAAGCTA  749

seq1  CTTCTATTTTAGTCTAGAAGGTGAATTC  770
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTTTAGTCTAGAAGGTGAATTC  777