BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229L17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 59,660,327 - 59,814,221
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTanc1, Wdsub1, Baz2b
Upstream geneBC062650, Pkp4, LOC625354, 2310032F03Rik, LOC100038999, LOC100039016
Downstream geneLOC667103, LOC667106, Ldha-ps, LOC100039092, March7, Cd302, LOC625861, Ly75, LOC100039176, Pla2r1, Itgb6, Rbms1, ENSMUSG00000075325
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229L17.bB6Ng01-229L17.g
ACCGA042784GA042785
length1,0911,172
definitionB6Ng01-229L17.b B6Ng01-229L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,660,327 - 59,661,413)(59,813,032 - 59,814,221)
sequence
gaattcactgtgaaggacaagctagcctctgacttgtgcagtcttcctac
ctcaccctttaactgtcagaattatgtaggcgttcaccaccaggcccaga
agtcaagagttttattgattgagaggatttgaaaatacaacatttaaagt
aagtaaaggccgggccagctgtccatcgggcttagagagccacagcagcc
ctccaagagtcccgtgcttccttcatccctgatgaccgcagccctgaacc
tttctgcctgccacagctgcccatgtcaggtgaacagcctgacacctcac
aaggcacaacttagaggagagaatatcagcagattttgggcctgactgca
cgtgtgctggctggatgctgagagctgtacttcggatttgaccattgggg
tctattacttgactccaagtgtggaattgagagaaatgtgggtggtgagc
agggttctgacttagcacaccctgaagtgacagtggttcacaggccatcg
ggtcacagccttcatcaccagcttcttctaagcatcagggcctggccttt
ccttagcgactgtagggtagtgctccccacatgttgtctggtcctcatca
cagtaggaattctcagcagtgagagtggttgcttggtcagtggctttgcc
tggttctcattcttttttgtttttgtttttaagaattatttattttattt
tattttggtttttcgagacagggtttctctgtattagccctggctgtcct
ggaactcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccacctgc
ctctgcctcccaagtgctgggatttaaaggcatgcgccaccactgcccgg
cttattttatttttatgtatatgagtacactatagctgtcttcagataca
ccagaagagggtatcagatcccattacagatggttgtgagctaccatgta
attgctgggaattgaacttcaggacctctagaagagcagtcagttgcttt
tacactgaagccatggcttcagcccctggtcctcatcttgagtgtttctc
acagtgcttttgtgtcagaacatcccagattccttgtgtgt
gaattcaaattgtgtacaccgtctagtgtacttcattgacattgctgcag
tttataagccagttttgctgagaaattaatgggtacctttctagataatt
tttctggcaccccagctaaaaggacatcagtctagttccccgagcactat
attggacagtgtttcctgtgtgccagggccttggcccataggatccggtg
ggcaagagctacttcctctcaacagatctgaagcttagccttcagtgaat
ggggagcgtggggaagaagccctccttaaccctgcagaaaaatggctctc
ggctatctctgtattatttagaggggtgccctttattgttttcatcggac
atcttcttttacaagtaaaattgcaaggtaattcttagagctctgtttgc
tttgttttgagacagggtgtttctttgtggaccacactggtctggaactt
gagctcctcctgcctcacctcctacatgctgaggtggctggtgtgtattt
gtccagccaactacttgaaaattctttgttaccctctttggttcagattg
ctgacatgtattgctcttttttgctatagaattggtttcagatgtaccat
tagtatctaatttgctcctgtgataaagtcatccagattcaatcattccg
agcttttgacttccttattcacataaagcaagggaaaccctgacatgcag
cttccctgaagtccaggttttgtttattcagcttcagctacattttactt
tgttctctttcccttgctctgttttctcagcagagaagagatatttcccg
gaatatagtacgccccataaaagcttggcaggcgtcatctggtgtctcta
agaagcttactgagggtctctctccagtcctttacagggctccaaccaac
acggttgtctgcttcaaacagcaccgagcaaagctgatgagagccgcctc
tctctggggcactctcccacctgctctctcggctcttagtctcctcagat
catgtcagacatctatcagtttagcaacagggctgtttctgagctctctt
ctgcctcctcagcatgtcacacactaggaccacttaacttcatgcctgtg
tgaccagatccttgccattatgtcatggaaatctgtctgaccgtaatgtc
tattgccagttgtctgtacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_59660327_59661413
seq2: B6Ng01-229L17.b_44_1134

seq1  GAATTCACTGTGAAGGACAAGCTAGCCTCTGACTTGTGCAGTCTTCCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGAAGGACAAGCTAGCCTCTGACTTGTGCAGTCTTCCTAC  50

seq1  CTCACCCTTTAACTGTCAGAATTATGTAGGCGTTCACCACCAGGCCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCTTTAACTGTCAGAATTATGTAGGCGTTCACCACCAGGCCCAGA  100

seq1  AGTCAAGAGTTTTATTGATTGAGAGGATTTGAAAATACAACATTTAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGAGTTTTATTGATTGAGAGGATTTGAAAATACAACATTTAAAGT  150

seq1  AAGTAAAGGCCGGGCCAGCTGTCCATCGGGCTTAGAGAGCCACAGCAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGGCCGGGCCAGCTGTCCATCGGGCTTAGAGAGCCACAGCAGCC  200

seq1  CTCCAAGAGTCCCGTGCTTCCTTCATCCCTGATGACCGCAGCCCTGAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGAGTCCCGTGCTTCCTTCATCCCTGATGACCGCAGCCCTGAACC  250

seq1  TTTCTGCCTGCCACAGCTGCCCATGTCAGGTGAACAGCCTGACACCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCTGCCACAGCTGCCCATGTCAGGTGAACAGCCTGACACCTCAC  300

seq1  AAGGCACAACTTAGAGGAGAGAATATCAGCAGATTTTGGGCCTGACTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACAACTTAGAGGAGAGAATATCAGCAGATTTTGGGCCTGACTGCA  350

seq1  CGTGTGCTGGCTGGATGCTGAGAGCTGTACTTCGGATTTGACCATTGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGCTGGCTGGATGCTGAGAGCTGTACTTCGGATTTGACCATTGGGG  400

seq1  TCTATTACTTGACTCCAAGTGTGGAATTGAGAGAAATGTGGGTGGTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTACTTGACTCCAAGTGTGGAATTGAGAGAAATGTGGGTGGTGAGC  450

seq1  AGGGTTCTGACTTAGCACACCCTGAAGTGACAGTGGTTCACAGGCCATCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTGACTTAGCACACCCTGAAGTGACAGTGGTTCACAGGCCATCG  500

seq1  GGTCACAGCCTTCATCACCAGCTTCTTCTAAGCATCAGGGCCTGGCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGCCTTCATCACCAGCTTCTTCTAAGCATCAGGGCCTGGCCTTT  550

seq1  CCTTAGCGACTGTAGGGTAGTGCTCCCCACATGTTGTCTGGTCCTCATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCGACTGTAGGGTAGTGCTCCCCACATGTTGTCTGGTCCTCATCA  600

seq1  CAGTAGGAATTCTCAGCAGTGAGAGTGGTTGCTTGGTCAGTGGCTTTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGAATTCTCAGCAGTGAGAGTGGTTGCTTGGTCAGTGGCTTTGCC  650

seq1  TGGTTCTCATTCTTTTTTGTTTTTGTTTTTAAGAATTATTTATTTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTCATTCTTTTTTGTTTTTGTTTTTAAGAATTATTTATTTTATTT  700

seq1  TATTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATTAGCCCTGGCTGTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATTAGCCCTGGCTGTCCT  750

seq1  GGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGC  800

seq1  CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGA-TTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCCGG  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCCGG  850

seq1  CTTATTT--ATTTTATGTATATGAGTACACTATAGCTGTCTTCAGATACA  897
      |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTATTTTTATGTATATGAGTACACTATAGCTGTCTTCAGATACA  900

seq1  CCAGAAGAGGGTATCAGATTCCATTACAGATGGTTGTGAGCTACCATGTA  947
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGAGGGTATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCTACCATGTA  950

seq1  ATTGCTGGGAATTGAAC-TCAGGACCTCTAGAAGAGCAGTCAG-TGCTTT  995
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATTGCTGGGAATTGAACTTCAGGACCTCTAGAAGAGCAGTCAGTTGCTTT  1000

seq1  TAACCACTG-AGCCATGGCTCCAGCCCCTGGTCCTCATTCTTGAGTG-TT  1043
      ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TA--CACTGAAGCCATGGCTTCAGCCCCTGGTCCTCA-TCTTGAGTGTTT  1047

seq1  CTCAACAGTGC-TTTGTGTCCAGAACATCCCAGA-TCCTTGTGTGT  1087
      ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTC-ACAGTGCTTTTGTGT-CAGAACATCCCAGATTCCTTGTGTGT  1091

seq1: chr2_59813032_59814221
seq2: B6Ng01-229L17.g_66_1237 (reverse)

seq1  AAAGTACAGACAACTGGCATTTAGACATACAGTTCAGACAGATCTCCAAT  50
      |||||||||||||||||||  |||||||   | |||||||||| ||| ||
seq2  AAAGTACAGACAACTGGCA-ATAGACATTACGGTCAGACAGATTTCC-AT  48

seq1  GACATAAT-GCAAGAGATCTGTGTCACACA-GCATGGAAGGT-AGTGTGT  97
      |||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||| | |||| ||
seq2  GACATAATGGCAAG-GATCTG-GTCACACAGGCAT-GAAGTTAAGTG-GT  94

seq1  CCCTTAGTGTGTGACATGCTGA-GAGGCCAGAGAGAGCTCAGAAACAGGC  146
      ||  |||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||  
seq2  CC--TAGTGTGTGACATGCTGAGGAGGCAGAAGAGAGCTCAGAAACAG--  140

seq1  CCTTGTTGCTTAAACTGATAGGATGTCCTTGGACATGATCCTGAGGGAGA  196
      || |||||| |||||||||| ||||||    |||||||| |||| |||||
seq2  CCCTGTTGC-TAAACTGATA-GATGTC---TGACATGAT-CTGA-GGAGA  183

seq1  CCTAAGAGCCGGAGAGAGCAGGTGGGAGAGTGCCCCAGAGAGAGGCGGCT  246
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTAAGAGCC-GAGAGAGCAGGTGGGAGAGTGCCCCAGAGAGAGGCGGCT  231

seq1  CTTCCTTCAGCTTTGCTCGGTGCTGTTTGAAGCAGACAACCGTGTTGGTT  296
      ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CT--CATCAGCTTTGCTCGGTGCTGTTTGAAGCAGACAACCGTGTTGG-T  278

seq1  TGGAGCCCTGTAAAGGACTGGAGAGAGACCCTCAGTAAGCTTCTTAGAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCCTGTAAAGGACTGGAGAGAGACCCTCAGTAAGCTTCTTAGAGA  328

seq1  CACCAGATGACGCCTGCCAAGCTTTTATGGGGCGTACTATATTCCGGGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGATGACGCCTGCCAAGCTTTTATGGGGCGTACTATATTCCGGGAA  378

seq1  ATATCTCTTCTCTGCTGAGAAAACAGAGCAAGGGAAAGAGAACAAAGTAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCTTCTCTGCTGAGAAAACAGAGCAAGGGAAAGAGAACAAAGTAA  428

seq1  AATGTAGCTGAAGCTGAATAAACAAAACCTGGACTTCAGGGAAGCTGCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGCTGAAGCTGAATAAACAAAACCTGGACTTCAGGGAAGCTGCAT  478

seq1  GTCAGGGTTTCCCTTGCTTTATGTGAATAAGGAAGTCAAAAGCTCGGAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGTTTCCCTTGCTTTATGTGAATAAGGAAGTCAAAAGCTCGGAAT  528

seq1  GATTGAATCTGGATGACTTTATCACAGGAGCAAATTAGATACTAATGGTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAATCTGGATGACTTTATCACAGGAGCAAATTAGATACTAATGGTA  578

seq1  CATCTGAAACCAATTCTATAGCAAAAAAGAGCAATACATGTCAGCAATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAACCAATTCTATAGCAAAAAAGAGCAATACATGTCAGCAATCT  628

seq1  GAACCAAAGAGGGTAACAAAGAATTTTCAAGTAGTTGGCTGGACAAATAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAAGAGGGTAACAAAGAATTTTCAAGTAGTTGGCTGGACAAATAC  678

seq1  ACACCAGCCACCTCAGCATGTAGGAGGTGAGGCAGGAGGAGCTCAAGTTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCCACCTCAGCATGTAGGAGGTGAGGCAGGAGGAGCTCAAGTTC  728

seq1  CAGACCAGTGTGGTCCACAAAGAAACACCCTGTCTCAAAACAAAGCAAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAGTGTGGTCCACAAAGAAACACCCTGTCTCAAAACAAAGCAAAC  778

seq1  AGAGCTCTAAGAATTACCTTGCAATTTTACTTGTAAAAGAAGATGTCCGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTAAGAATTACCTTGCAATTTTACTTGTAAAAGAAGATGTCCGA  828

seq1  TGAAAACAATAAAGGGCACCCCTCTAAATAATACAGAGATAGCCGAGAGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACAATAAAGGGCACCCCTCTAAATAATACAGAGATAGCCGAGAGC  878

seq1  CATTTTTCTGCAGGGTTAAGGAGGGCTTCTTCCCCACGCTCCCCATTCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCTGCAGGGTTAAGGAGGGCTTCTTCCCCACGCTCCCCATTCAC  928

seq1  TGAAGGCTAAGCTTCAGATCTGTTGAGAGGAAGTAGCTCTTGCCCACCGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTAAGCTTCAGATCTGTTGAGAGGAAGTAGCTCTTGCCCACCGG  978

seq1  ATCCTATGGGCCAAGGCCCTGGCACACAGGAAACACTGTCCAATATAGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATGGGCCAAGGCCCTGGCACACAGGAAACACTGTCCAATATAGTG  1028

seq1  CTCGGGGAACTAGACTGATGTCCTTTTAGCTGGGGTGCCAGAAAAATTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGGAACTAGACTGATGTCCTTTTAGCTGGGGTGCCAGAAAAATTAT  1078

seq1  CTAGAAAGGTACCCATTAATTTCTCAGCAAAACTGGCTTATAAACTGCAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAGGTACCCATTAATTTCTCAGCAAAACTGGCTTATAAACTGCAG  1128

seq1  CAATGTCAATGAAGTACACTAGACGGTGTACACAATTTGAATTC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCAATGAAGTACACTAGACGGTGTACACAATTTGAATTC  1172