BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231D01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 157,927,707 - 158,037,934
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTgm2, D630003M21Rik
Upstream geneSamhd1, Rbl1, LOC100043882, 4922505G16Rik, Rpn2, Ghrh, LOC100043678, Manbal, Src, Blcap, Nnat, Ctnnbl1, LOC100043681, Gm691, 2610036D13Rik, 2610304G08Rik
Downstream geneBpi, Lbp, 9430008C03Rik, A930034L06Rik, B230339M05Rik, LOC628935, BC054059, LOC545481, Slc32a1, Actr5, Ppp1r16b, 2310007D09Rik, Dhx35, LOC100043891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231D01.bB6Ng01-231D01.g
ACCGA043855GA043856
length3621,051
definitionB6Ng01-231D01.b B6Ng01-231D01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,037,573 - 158,037,934)(157,927,707 - 157,928,760)
sequence
ctcacttccctgcaagactgcatgagttatagtgattatatacaaagtag
ggggtctccttacggctctgtctcactccactggctgcttgtcccccacc
tcccaatattcacccccccccatgcaccttcaaagagccccttaaaggag
aaaatagcctgttctgaagccatttagttaacttgtctcatctcattggg
aaaaggtaggtcacatgaccccatcgagcccagtcattggccagggaagt
tgggttactagtgcagcctctataggtcaggagccacacatgggggctgg
taaattctgaacaatctggagtcctgcctacacaaagaaacaggggtgtg
ttgggggggggg
gaattcagtccttagcatttatgtaaaaagccaggcgcctgggcacaaat
cccagtgctggggagtcagagacagggaatccctgaggcttgtctggctg
agtcagtgagttccagcttcagtgatagaccacggctcaataagtaggat
cagaaagcaggtaaggaagacataaagtgacctctggctaccgtatgcac
acattcacacatatgaacatttgaacacaatacatgaaaatgcatagaca
cacacagacatactcagatgcacacacaaacacacagacatactcagata
tacacacagacacatccacacagttacagacacacacagagacacagaca
cacacacacatacacacactgactgtggtagtagtggctgctgttgccct
tgcattcttgtgaatttgtttctaggtcactttgttttggaaccaggtgc
taggagaagctgaagctacacagagtgtccctgtgtgagcactgtagcat
caatgccagcctcgtgaaggagatgtctgagcatcctgcagcatagggag
acttcaggagacagaacgctctggaacactggcgatctagatggaatacc
tttgagcataggctttgcagaaggaaaggactttgggtgtcagtaagcag
cgggagtgagagaagcaagcgtggaccagactagaggattgttgagtgac
ttgggcaaaggcaatgaacgatggattctgtcttaaagaacagtctggtg
tcagagaggagagtgggtgaggaagggcgtggtaccctggggtgccaatg
agcttatgctcatgggtgacctttgtgagttggaggtaaagagactcagt
ggcttgggaataaaaacatcaggtcttgatgggtccggtaaggttgcggg
cagtctgtaggctttggttctgagcgactaactggaacagcgatgcccgt
tactaagatgggcaggtctaagaagggcaggtgagagaggaggagtcttt
tctggtcatgggaagctggggttctgggcagcagccttctcgggatgggg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_158037573_158037934
seq2: B6Ng01-231D01.b_51_412 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCAACACACCCCTGTTTCTTTGTGTAGGCAGGACTCCAGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCAACACACCCCTGTTTCTTTGTGTAGGCAGGACTCCAGATT  50

seq1  GTTCAGAATTTACCAGCCCCCATGTGTGGCTCCTGACCTATAGAGGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAATTTACCAGCCCCCATGTGTGGCTCCTGACCTATAGAGGCTGC  100

seq1  ACTAGTAACCCAACTTCCCTGGCCAATGACTGGGCTCGATGGGGTCATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTAACCCAACTTCCCTGGCCAATGACTGGGCTCGATGGGGTCATGT  150

seq1  GACCTACCTTTTCCCAATGAGATGAGACAAGTTAACTAAATGGCTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACCTTTTCCCAATGAGATGAGACAAGTTAACTAAATGGCTTCAGA  200

seq1  ACAGGCTATTTTCTCCTTTAAGGGGCTCTTTGAAGGTGCATGGGGGGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTATTTTCTCCTTTAAGGGGCTCTTTGAAGGTGCATGGGGGGGGG  250

seq1  TGAATATTGGGAGGTGGGGGACAAGCAGCCAGTGGAGTGAGACAGAGCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTGGGAGGTGGGGGACAAGCAGCCAGTGGAGTGAGACAGAGCCG  300

seq1  TAAGGAGACCCCCTACTTTGTATATAATCACTATAACTCATGCAGTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGACCCCCTACTTTGTATATAATCACTATAACTCATGCAGTCTTG  350

seq1  CAGGGAAGTGAG  362
      ||||||||||||
seq2  CAGGGAAGTGAG  362

seq1: chr2_157927707_157928760
seq2: B6Ng01-231D01.g_72_1122

seq1  GAATTCAGTCCTTAGCATTTATGTAAAAAGCCAGGCGCCTGGGCACAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTTAGCATTTATGTAAAAAGCCAGGCGCCTGGGCACAAAT  50

seq1  CCCAGTGCTGGGGAGTCAGAGACAGGGAATCCCTGAGGCTTGTCTGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGCTGGGGAGTCAGAGACAGGGAATCCCTGAGGCTTGTCTGGCTG  100

seq1  AGTCAGTGAGTTCCAGCTTCAGTGATAGACCACGGCTCAATAAGTAGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTGAGTTCCAGCTTCAGTGATAGACCACGGCTCAATAAGTAGGAT  150

seq1  CAGAAAGCAGGTAAGGAAGACATAAAGTGACCTCTGGCTACCGTATGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCAGGTAAGGAAGACATAAAGTGACCTCTGGCTACCGTATGCAC  200

seq1  ACATTCACACATATGAACATTTGAACACAATACATGAAAATGCATAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACACATATGAACATTTGAACACAATACATGAAAATGCATAGACA  250

seq1  CACACAGACATACTCAGATGCACACACAAACACACAGACATACTCAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGACATACTCAGATGCACACACAAACACACAGACATACTCAGATA  300

seq1  TACACACAGACACATCCACACAGTTACAGACACACACAGAGACACAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACAGACACATCCACACAGTTACAGACACACACAGAGACACAGACA  350

seq1  CACACACACATACACACACTGACTGTGGTAGTAGTGGCTGCTGTTGCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATACACACACTGACTGTGGTAGTAGTGGCTGCTGTTGCCCT  400

seq1  TGCATTCTTGTGAATTTGTTTCTAGGTCACTTTGTTTTGGAACCAGGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCTTGTGAATTTGTTTCTAGGTCACTTTGTTTTGGAACCAGGTGC  450

seq1  TAGGAGAAGCTGAAGCTACACAGAGTGTCCCTGTGTGAGCACTGTAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGAAGCTGAAGCTACACAGAGTGTCCCTGTGTGAGCACTGTAGCAT  500

seq1  CAATGCCAGCCTCGTGAAGGAGATGTCTGAGCATCCTGCAGCATAGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCAGCCTCGTGAAGGAGATGTCTGAGCATCCTGCAGCATAGGGAG  550

seq1  ACTTCAGGAGACAGAACGCTCTGGAACACTGGCGATCTAGATGGAATACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGAGACAGAACGCTCTGGAACACTGGCGATCTAGATGGAATACC  600

seq1  TTTGAGCATAGGCTTTGCAGAAGGAAAGGACTTTGGGTGTCAGTAAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCATAGGCTTTGCAGAAGGAAAGGACTTTGGGTGTCAGTAAGCAG  650

seq1  CGGGAGTGAGAGAAGCAAGCGTGGACCAGACTAGAGGATTGTTGAGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGTGAGAGAAGCAAGCGTGGACCAGACTAGAGGATTGTTGAGTGAC  700

seq1  TTGGGCAAAGGCAATGAACGATGGATTCTGTCTTAAAGAACAGTCTGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAAAGGCAATGAACGATGGATTCTGTCTTAAAGAACAGTCTGGTG  750

seq1  TCAGAGAGGAGAGTGGGTGAGGAAGGGCGTGGTACCCTGGGGTGCCAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGGAGAGTGGGTGAGGAAGGGCGTGGTACCCTGGGGTGCCAATG  800

seq1  AGCTTATGCTCATGGGTGACCTTTGTGAGTTGGAGGTAAAGAGACTCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATGCTCATGGGTGACCTTTGTGAGTTGGAGGTAAAGAGACTCAGT  850

seq1  GGCTTGGGAATAAAAACATCAGGTCTTGATGGGTCCGGTAAAGGTTGCGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGCTTGGGAATAAAAACATCAGGTCTTGATGGGTCCGGT-AAGGTTGCGG  899

seq1  GCAGTCTGTAGGCTTTGGTTCTGAGCGACTAACTGG-ACAGCGATGCCCG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGTCTGTAGGCTTTGGTTCTGAGCGACTAACTGGAACAGCGATGCCCG  949

seq1  TTACTAAGATGGGCAGGTCTAAGAAGGGGCAGGTGAGAGAGGAGGAGTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAGATGGGCAGGTCTAAGAA-GGGCAGGTGAGAGAGGAGGAGTCT  998

seq1  TTTCTGGTCCATGGGAAGCCTGGGGTCCTGGGCAGCAGCCTCACAGGGAT  1049
      |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    |||||
seq2  TTTCTGGT-CATGGGAAG-CTGGGGTTCTGGGCAGCAGCCTTCTCGGGAT  1046

seq1  GGGGG  1054
      |||||
seq2  GGGGG  1051