BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231D13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 29,239,355 - 29,374,299
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrsp8
Upstream geneGm347, 1700007K13Rik, Mrps2, LOC665412, Gbgt1, Ralgds, Cel, Gtf3c5, Gfi1b, Tsc1, 1700026L06Rik, 1190002A17Rik, LOC665643, Gtf3c4, Ddx31, Barhl1, LOC100033452, 1700101E01Rik, LOC100039666, Ttf1, Setx, Ntng2
Downstream geneRapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, Spna2, LOC665532, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231D13.bB6Ng01-231D13.g
ACCGA043879GA043880
length1,1111,104
definitionB6Ng01-231D13.b B6Ng01-231D13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,239,355 - 29,240,472)(29,373,196 - 29,374,299)
sequence
gaattccttgggaaattgaagtttgcaggtttaccacctttgggggctca
cattctggtagataccaagatgggtttgtgtgggccaatgagctggatga
ctgtagtgcaagtttctttcgattagtgaatcgctgcctggatcaggacc
atttagttataacctgactccccaggttctgctggtttaaaaatcagtac
tgttttttttttaaaaacaagaactttgtatagagagctctactgtatgt
gagaaatatgaatcacaaagcaaccacatctgtacttctccctgaggagg
gtctgctctgtctccctgattatcactgcaaacttttctgtgactcactc
caggcacaccaacatacacagtctgaattttgagtttgttatttctagaa
ggcagatatctgtattcttttaaaaatttatttatatcttgttttatata
tatgactatttggcctgcatgcatatctctgcaccatatgcctgctggtg
cccatggaggccacaggagggtctcacatcccctgaaactggagttacag
aagggtgtgagctaccacacaggtgctgggaattgaatcccgaatccctg
gaagagaagccagtgctcctaattcccaagccatctctccagccccagta
ttccttctgcgaaggccaactgaggcacttgtgtctggcaagaaggataa
ttgccacattggcacccacatctcaagcgcctcctcctcctgtgggtggt
aggcgtttcctgtgacctcctgtgtcctaattgagactgtgaccgttccc
aaagaagaagtctactttggaagcattactttctctgctgaggtttcttt
ttgtcttcctggccttcatcagaaagcttaccttgcctcaaagggtaaag
tggctggggtctatggacagtctgtgtctggacctccttgacttagagta
atgggcgtctgaccacaggagcaaacactctctttatagtcagccggtgg
gttcccatgagtcatcttgtctcagaggagagctggcctctagaagtcaa
tgttgggattttctgcacaagttttgaagtttcacaacctcaggtgaaca
tgagaatacag
gaattcatctcctgcccatgttacacgggagcagtaggatgaggagggct
gcagtacacagtgattcagaggaagtacagaacacaggaggttgggggtc
ctggagatagtgcagaagccatgtgttcccccgtccagggatgagtctgg
gacacacccctgccccaagcccaggagccaaagtggtgacctaggaaagg
tttggagagggaaggctcttagacctactgctgccaggcacacttccctg
aaagggaaggctctgcaagtgagaggatggagaccaccatagcagccagg
ggtaggaacaaccatgtggtctgcagcagggaccctcggctgtgtgtgct
cctcctcccccacctcatttccacacagctctaacctggggtggtttagt
ttttatagaacgagagacccttgagtgtcttcaggggctcaggagacctc
tcagggggaggcattagtacctgcaggaaccacacccagctttagaagct
gttgaggggcgctgcctaagagctcagaatatgaggaagcccaggccacc
aggagcaggacagcagcctaggtgagctggcctcagcctccagcaaatcc
tccatcctttctagacagcttcactgatccttagagccaaacacccaagg
cgtgtccctgccaggctagggacttggggctgctattaaaagcatctcct
gcgaggtacccaagtaactacagctgcttatttaagagagaatttggtga
tgatttgtctctggcctccctccgggcagcactagcccccacatgcatgc
tgtaaaggtagactgtgacttggtggagggtagggagcctgggtgatggt
gggtggcctggtcctgcaggttcccagttattcattgccagcactcagct
aagcagcaccatctctgggccctccccaggttgtgacttaaaacccgttt
ttaaaaagagagggtcttattctgtaaacctggcttggcctgggacttac
tatgtatgtatgcttgcctcaaacatacaggtaagttgaggccctctccc
tccctatcctgtatgtgggtctaacggggtgcaccactatgcagctacca
ctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_29239355_29240472
seq2: B6Ng01-231D13.b_43_1153

seq1  GAATTCCTTGGGAAATTGAAGTTTGCAGGTTTACCACCTTTGGGGGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGGGAAATTGAAGTTTGCAGGTTTACCACCTTTGGGGGCTCA  50

seq1  CATTCTGGTAGATACCAAGATGGGTTTGTGTGGGCCAATGAGCTGGATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGGTAGATACCAAGATGGGTTTGTGTGGGCCAATGAGCTGGATGA  100

seq1  CTGTAGTGCAAGTTTCTTTCGATTAGTGAATCGCTGCCTGGATCAGGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTGCAAGTTTCTTTCGATTAGTGAATCGCTGCCTGGATCAGGACC  150

seq1  ATTTAGTTATAACCTGACTCCCCAGGTTCTGCTGGTTTAAAAATCAGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTATAACCTGACTCCCCAGGTTCTGCTGGTTTAAAAATCAGTAC  200

seq1  TGTTTTTTTTTTAAAAACAAGAACTTTGTATAGAGAGCTCTACTGTATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTTTTAAAAACAAGAACTTTGTATAGAGAGCTCTACTGTATGT  250

seq1  GAGAAATATGAATCACAAAGCAACCACATCTGTACTTCTCCCTGAGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATATGAATCACAAAGCAACCACATCTGTACTTCTCCCTGAGGAGG  300

seq1  GTCTGCTCTGTCTCCCTGATTATCACTGCAAACTTTTCTGTGACTCACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTCTGTCTCCCTGATTATCACTGCAAACTTTTCTGTGACTCACTC  350

seq1  CAGGCACACCAACATACACAGTCTGAATTTTGAGTTTGTTATTTCTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACACCAACATACACAGTCTGAATTTTGAGTTTGTTATTTCTAGAA  400

seq1  GGCAGATATCTGTATTCTTTTAAAAATTTATTTATATCTTGTTTTATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATATCTGTATTCTTTTAAAAATTTATTTATATCTTGTTTTATATA  450

seq1  TATGACTATTTGGCCTGCATGCATATCTCTGCACCATATGCCTGCTGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTATTTGGCCTGCATGCATATCTCTGCACCATATGCCTGCTGGTG  500

seq1  CCCATGGAGGCCACAGGAGGGTCTCACATCCCCTGAAACTGGAGTTACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGAGGCCACAGGAGGGTCTCACATCCCCTGAAACTGGAGTTACAG  550

seq1  AAGGGTGTGAGCTACCACACAGGTGCTGGGAATTGAATCCCGAATCCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGTGAGCTACCACACAGGTGCTGGGAATTGAATCCCGAATCCCTG  600

seq1  GAAGAGAAGCCAGTGCTCCTAATTCCCAAGCCATCTCTCCAGCCCCAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAAGCCAGTGCTCCTAATTCCCAAGCCATCTCTCCAGCCCCAGTA  650

seq1  TTCCTTCTGCGAAGGCCAACTGAGGCACTTGTGTCTGGCAAGAAGGATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTGCGAAGGCCAACTGAGGCACTTGTGTCTGGCAAGAAGGATAA  700

seq1  TTGCCACATTGGCACCCACATCTCAAGCGCCTCCTCCTCCTGTGGGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACATTGGCACCCACATCTCAAGCGCCTCCTCCTCCTGTGGGTGGT  750

seq1  AGGCGTTTCCTGTGACCTCCTGTGTCCTAATTGAGACTGTGACCGTTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGTTTCCTGTGACCTCCTGTGTCCTAATTGAGACTGTGACCGTTCCC  800

seq1  AAAGAAGAAGTCTACTTTGGAAGCATTACTTTCTCTGCTGAGGTTTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAAGTCTACTTTGGAAGCATTACTTTCTCTGCTGAGGTTTCTTT  850

seq1  TTGTCTTCCTGGCCTTCATCAGAAAGCTTACCTTGCCTCAAAGGGTAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCCTGGCCTTCATCAGAAAGCTTACCTTGCCTCAAAGGGTAAAG  900

seq1  TGGCTGGGGTCTATGGACAGTCTGTGTCTGGACCTCCCTGACTTAGAGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGCTGGGGTCTATGGACAGTCTGTGTCTGGACCTCCTTGACTTAGAGTA  950

seq1  ATGGGCGTCTGACCAACAGGAGCAAACACTCTCTTTATAGTCAGCCCGGT  1000
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGGGCGTCTGACC-ACAGGAGCAAACACTCTCTTTATAGTCAG-CCGGT  998

seq1  GGGTTCCCATGAGTCATCTTGTCTCAGAAGAGAGCTGGCCTCTAGAAGTT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GGGTTCCCATGAGTCATCTTGTCTCAGAGGAGAGCTGGCCTCTAGAAGT-  1047

seq1  CAAATGTTGGGGATTTTCTGCCACAAGTTTTGGAAAGTTTCACAA-CTCA  1099
        |||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||
seq2  -CAATGTT-GGGATTTTCTG-CACAAGTTTTG--AAGTTTCACAACCTCA  1092

seq1  GGTGAACATTGAG-ATACAG  1118
      |||||||| |||| ||||||
seq2  GGTGAACA-TGAGAATACAG  1111

seq1: chr2_29373196_29374299
seq2: B6Ng01-231D13.g_66_1169 (reverse)

seq1  ACAGTTGTAGCTGGCATAGTGGTGCACACCGTTAGACCCAACATACAGGA  50
      ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  ACAGTGGTAGCT-GCATAGTGGTGCACCCCGTTAGACCC-ACATACAGGA  48

seq1  TAGGGAGGGAGAGGGCCTCAACCTACCTGTATGTTTGAGGCCAGCATAAC  100
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TAGGGAGGGAGAGGGCCTCAACTTACCTGTATGTTTGAGGCAAGCAT-AC  97

seq1  ATACATAGTAAGTCCCAGGCC-AGCCAGG-TTACAGAATAAGACCCTCTC  148
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGTAAGTCCCAGGCCAAGCCAGGTTTACAGAATAAGACCCTCTC  147

seq1  TTTTTAAAAACGGGTTTTAAAGTCAC-ACCTGGGGAGGG-CCAGAGATGG  196
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTTTAAAAACGGGTTTT-AAGTCACAACCTGGGGAGGGCCCAGAGATGG  196

seq1  TGCTGCTTAGCTGAGTGCTGGCAATGAATAACTGGGAACCTGCAGGACCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTAGCTGAGTGCTGGCAATGAATAACTGGGAACCTGCAGGACCA  246

seq1  GGCCACCCACCATCACCCAGGCTCCCTACCCTCCACCAAGTCACAGTCTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCCACCATCACCCAGGCTCCCTACCCTCCACCAAGTCACAGTCTA  296

seq1  CCTTTACAGCATGCATGTGGGGGCTAGTGCTGCCCGGAGGGAGGCCAGAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACAGCATGCATGTGGGGGCTAGTGCTGCCCGGAGGGAGGCCAGAG  346

seq1  ACAAATCATCACCAAATTCTCTCTTAAATAAGCAGCTGTAGTTACTTGGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCATCACCAAATTCTCTCTTAAATAAGCAGCTGTAGTTACTTGGG  396

seq1  TACCTCGCAGGAGATGCTTTTAATAGCAGCCCCAAGTCCCTAGCCTGGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCGCAGGAGATGCTTTTAATAGCAGCCCCAAGTCCCTAGCCTGGCA  446

seq1  GGGACACGCCTTGGGTGTTTGGCTCTAAGGATCAGTGAAGCTGTCTAGAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACGCCTTGGGTGTTTGGCTCTAAGGATCAGTGAAGCTGTCTAGAA  496

seq1  AGGATGGAGGATTTGCTGGAGGCTGAGGCCAGCTCACCTAGGCTGCTGTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGAGGATTTGCTGGAGGCTGAGGCCAGCTCACCTAGGCTGCTGTC  546

seq1  CTGCTCCTGGTGGCCTGGGCTTCCTCATATTCTGAGCTCTTAGGCAGCGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTGGTGGCCTGGGCTTCCTCATATTCTGAGCTCTTAGGCAGCGC  596

seq1  CCCTCAACAGCTTCTAAAGCTGGGTGTGGTTCCTGCAGGTACTAATGCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAACAGCTTCTAAAGCTGGGTGTGGTTCCTGCAGGTACTAATGCCT  646

seq1  CCCCCTGAGAGGTCTCCTGAGCCCCTGAAGACACTCAAGGGTCTCTCGTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGAGAGGTCTCCTGAGCCCCTGAAGACACTCAAGGGTCTCTCGTT  696

seq1  CTATAAAAACTAAACCACCCCAGGTTAGAGCTGTGTGGAAATGAGGTGGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAAACTAAACCACCCCAGGTTAGAGCTGTGTGGAAATGAGGTGGG  746

seq1  GGAGGAGGAGCACACACAGCCGAGGGTCCCTGCTGCAGACCACATGGTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGAGCACACACAGCCGAGGGTCCCTGCTGCAGACCACATGGTTG  796

seq1  TTCCTACCCCTGGCTGCTATGGTGGTCTCCATCCTCTCACTTGCAGAGCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACCCCTGGCTGCTATGGTGGTCTCCATCCTCTCACTTGCAGAGCC  846

seq1  TTCCCTTTCAGGGAAGTGTGCCTGGCAGCAGTAGGTCTAAGAGCCTTCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTCAGGGAAGTGTGCCTGGCAGCAGTAGGTCTAAGAGCCTTCCC  896

seq1  TCTCCAAACCTTTCCTAGGTCACCACTTTGGCTCCTGGGCTTGGGGCAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAACCTTTCCTAGGTCACCACTTTGGCTCCTGGGCTTGGGGCAGG  946

seq1  GGTGTGTCCCAGACTCATCCCTGGACGGGGGAACACATGGCTTCTGCACT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTCCCAGACTCATCCCTGGACGGGGGAACACATGGCTTCTGCACT  996

seq1  ATCTCCAGGACCCCCAACCTCCTGTGTTCTGTACTTCCTCTGAATCACTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAGGACCCCCAACCTCCTGTGTTCTGTACTTCCTCTGAATCACTG  1046

seq1  TGTACTGCAGCCCTCCTCATCCTACTGCTCCCGTGTAACATGGGCAGGAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGCAGCCCTCCTCATCCTACTGCTCCCGTGTAACATGGGCAGGAG  1096

seq1  ATGAATTC  1104
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1104